Constructing Hordeum vulgare Protein- Protein Interaction Network Based on Interolog Method
Author(s):
Message:
Abstract:

Hordeum vulgare is a one-year-old herb of the Poaceae family. It is an important cereal used by humans which has been applied in many cases instead of wheat. The limitation of experimental methods is one of the important problems for identifying protein-protein interactions. So, in recent years, computational methods have played an important role in predicting and identifying protein-protein interactions. In this study, for constructing protein-protein interaction (PPI) network, the experimental PPI information of six model organisms includes Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Homo sapiens, Oryza sativa, and Arabidopsis thalian were extracted from the Intact database. Inparanoid was used for identifying barley orthologous proteins with model organisms. The Interolog method which was used in this study can predict protein-protein interactions by mapping protein interactions of the model organisms on orthologous proteins. After removing repetitive interactions, the final predicted barley PPI network contained 235966 interactions between 7350 proteins. This study is the first report presented on protein-protein interaction prediction in barley.

Article Type:
Research/Original Article
Language:
Persian
Published:
Modares Journal of Biotechnology, Volume:10 Issue: 4, 2019
Pages:
557 - 564
magiran.com/p2055561  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.