شناسایی نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس با استفاده از روش Real Time PCRدر ایزوله های بالینی

طیف بیماری های عفونی ناشی از نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس بسیار گسترده است.افتراق بین گونه ای اعضای جنس نوکاردیا جهت تعیین پیش آگهی، درمان مناسب و بموقع و همچنین مطالعات اپیدمیولوژیک ضروری است. از آن جهت که هر یک از گونه های نوکاردیا الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی خاص خود را دارد، دقت روش تشخیصی در درجه اول اهمیت قرار دارد. نیاز به روش های مولکولی با توجه به مزیت های آشکاری که بر روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی دارند برای تشخیص به موقع و دقیق گونه های این کمپلکس کاملا روشن است. در این مطالعه برای اولین بار از روش Real Time PCR برای افتراق بین گونه ای نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس استفاده شد.

از مجموع 25 ایزوله بالینی مشکوک به  جنس نوکاردیا، 10 تعداد ایزوله با استفاده از روش ها بیوشیمیای و فنوتیپی به عنوان نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس شناسایی شدند. سپس استخراج DNA از 10 ایزوله مشکوک انجام گرفت. کنترل مثبت هر سه گونه با استفاده از سویه های استاندارد تهیه شد.  Real Time PCR برای هر 10 ایزوله انجام شد. در نهایت محصول تکثیر شده گونه هایی که با Real Time PCR به عنوان نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس شناسایی شد، جهت تایید هویت برای توالی یابی فرستاده شد.

نتایج توالی یابی نشان داد که از بین 10 ایزوله بالینی مشکوک به نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس 3 ایزوله مربوط به نوکاردیا استروئیدس کمپلکس است. 1 گونه نوکاردیا آستروئیدس، 1 گونه نوکاردیا فارسینیکا و 1 گونه نوکاردیانوا یافت شد.

این مطالعه نشان داد که روش Real Time PCR نسبت به روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی اختصاصیت  و سرعت بیش تری داشته و جهت افتراق بین گونه ای روشی کارآمد محسوب می شود.