بررسی تاثیر فراوانی های مختلف آللی بر اجزای واریانس ژنومی وزن بدن گوسفند سافوک با استفاده از داده های چند شکلی تک نوکلئوتیدی

نشانگرهای تک نوکلئوتیدی تمامی جایگاه های صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه می کنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان سافوک استرالیایی که با تراشه نشانگری 50k شرکت ایلومینا، تعیین ژنوتیپ شده بودند، به منظور برآورد اجزای واریانس ژنومی، استفاده شد. صفات مورد بررسی وزن تولد و وزن شیرگیری بودند. کنترل کیفیت برای فراوانی آللی کمیاب (MAF) در دو آستانه یک و پنج درصد انجام گرفت. برای مطالعه رابطه بین فراوانی آللی و مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده، SNPها در پنج گروه مختلف MAF، با تعداد تقریبا برابر در هر گروه، طبقه بندی شدند. تجزیه و تحلیل ها با رویکرد حداکثر درست نمایی محدود شده ژنومی و روش تجزیه و تحلیل صفات پیچیده ژنوم گسترده، انجام گرفت. مقدار وراثت پذیری ژنومی برآورد شده توسط SNPهای با MAF بیشتر از یک درصد، برای اوزان تولد و شیرگیری به ترتیب برابر 45/0 و 19/0 و برای SNPهای با فراوانی آللی کمیاب بیشتر از 5 درصد به ترتیب برابر 42/0 و 18/0 بود. سهم گروه های مختلف SNPهای با فراوانی آللی کمیاب در توجیه واریانس ژنتیکی برای دو صفت متفاوت بوده و به طور کلی بخش قابل توجهی از واریانس ژنتیکی، توسط SNPهای با 20/0 MAF < توجیه شد. با توجه به نتایج به دست آمده حجم نمونه بسیار بزرگ، ایده آل و پوشش بهتر واریانت های با فراوانی پایین مورد نیاز است تا استنتاج قوی تر و قابل اعتمادتری به دست آید.