تاثیر نرخ شیوع بیماری در جمعیت مرجع بر عملکرد روش های جنگل تصادفی و بیز آستانه ای A

هدف از تحقیق حاضر، بررسی نقش نرخ شیوع بیماری در جمعیت مرجع و معماری های مختلف ژنومی بر عملکرد روش جنگل تصادفی و بیز A در صفات آستانه ای بود. بدین منظور، جمعیت های ژنومی برای سطوح متفاوت وراثت پذیری (05/0 و 25/0)، سطوح مختلف LD (پایین و بالا) و تعداد متفاوت جایگاه های صفات کمی (150 و 600) بر روی 30 کروموزم شبیه سازی شدند. جهت ایجاد فنوتیپ دودویی با نسبت های مختلف شیوع بیماری، ابتدا برای 5 درصد حیوانات جمعیت مرجع که کم ترین میانگین فنوتیپی را داشتند کد یک (یا بیمار) و 95 درصد دیگر کد صفر (یا سالم) در نظر گرفته شد. این روند با افزایش یک نرخ 5 درصدی تا زمانی که 50 درصد افرادجمعیت مرجع کد یک داشتند ادامه یافت .صحت ژنومی در هر دو روش جنگل تصادفی و بیز A، با افزایش نرخ شیوع بیماری از5 به 20 درصد، افزایش و پس از آن تا رسیدن به 50 درصد، کاهش یافت. اثر منفی سطوح بالای شیوع بیماری بر صحت ژنومی بیش تر از سطوح پایین آن بود. در مجموع روش جنگل تصادفی نسبت به بیز A نوسانات بیشتری به تغییرات معماری ژنومی و نرخ شیوع بیماری داشت. با وجود صحت ژنومی بالاتر بیز آستانه ای A در جمعیت های مختلف، هنگامی که صفات با وراثت پذیری بالا توسط تعداد زیادی QTL کنترل شدند، روش جنگل تصادفی عملکرد بهتری داشت. علی رغم نقش مهم ساختار ژنتیکی جمعیت مورد آنالیز، بهترین روش پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی صفات آستانه ای به نرخ شیوع بیماری در جمعیت مرجع وابسته بود