بررسی خصوصیات دینامیک باقی مانده های جایگاه اتصال وارفارین-آزاپروپازون در پروتئین آلبومین سرم انسانی

آلبومین سرم انسانی یکی از مهم ترین پروتئین های خون است که توانایی اتصال به گستره زیادی از مواد مختلف و داروهای مختلفی مانند وارفارین را دارد؛ بنابراین شناخت سرم آلبومین در مطالعات دارویی نقش بسیار مهمی دارد. در این پژوهش به مطالعه دینامیک باقی مانده های جایگاه اتصال وارفارین سرم آلبومین پرداخته شد.

ابتدا ساختار 3 بعدی آلبومین (PDB ID:4G04) از پایگاه داده RCSB دریافت شد. سپس به کمک بسته نرم افزاری گرومکس شبیه سازی دینامیک مولکولی در مدت 30 نانوثانیه بر روی زنجیره آی این ساختار کریستالوگرافی انجام شد.

با استفاده از آنالیز RMSD که بر روی باقی مانده های جایگاه اتصال انجام شد، مشاهده شد که 2 باقی مانده آرژینین 186 و 218 دارای تغییرات RMSD زیادی هستند، 2 باقی مانده لیزین 185 و 190 تقریبا دارای تغییرات زیادی هستند؛ ولی از آرژینین ها کمتر است و باقی مانده های دیگر مانند گلیسین 189 دارای تغییرات بسیار کمی هستند. تغییرات RMSD باقی مانده ها با سطح در دسترس حلال رابطه مستقیم دارد.

 نتایج به دست آمده نشان داد که جایگاه اتصال وارفارین در آلبومین می تواند وضعیت های کنفورماسیونی متنوعی با توجه به دینامیک باقی مانده های خود بگیرد. این مسئله می تواند در طراحی دارو بسیار مهم باشد. در کل بر اساس نتایج، باقی مانده ها به 3 دسته تقسیم شدند. از میان آن ها تریپتوفان 214 که بر اساس مقالات مختلف یکی از مهم ترین باقی مانده های جایگاه اتصال به حساب می آید جزء کم تحرک ترین باقی مانده های جایگاه اتصال دسته بندی شد.