Effects of high fat medium condition on cellular gene expression profile: a network analysis approach
Message:
Abstract:
AIM

Evaluation of high fat medium (HFM) effect on gene expression profile human Sk-hep1 cells and determination of critical differential proteins are the aim of this study.

Background

There is correlation between high fat diet (HFD), obesity, and non-alcoholic fatty liver disease. Despite of wide range of investigations, molecular mechanism understanding of HFD of onset and progression of NAFLD implies more examination. In this study network analysis is applied to obtain a clear perspective about HFD effects and NAFLD. 

Methods

Gene expression profiles of human Sk-hep1 cells treated with HFM versus controls were extracted from GEO. Data was analyzed by GEO2R and the significant and characterized DEGs were included in the PPI network. Numbers of 10 top nodes of query DEGs based on four centrality parameters were selected to determine central nodes. The common hub nodes with at least other one central group were identified as central nodes. Action map was provided for the introduced central nodes.

Results

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein family including A1, A2/B1, D, R, and D-like, and five proteins (PRPF40A, SRSF1, PCF11, LSM8, and HSP90AA1) were introduced as differentially proteins.

Conclusion

mRNA processing and several biological terms including hypoxia and oxidative stress, apoptosis, regulation of cell morphology and cytoskeletal organization, and differentiation of micro tubes were introduced as dysregulated terms under HFM condition.

Article Type:
Research/Original Article
Language:
English
Published:
Gastroenterology and Hepatology From Bed to Bench Journal, Volume:12 Issue: 4, 2019
Pages:
130 - 135
magiran.com/p2074243  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 300,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.