ژنوتایپینگ ویروس برونشتی عفونی پرندگان در گله های گوشتی استان اردبیل در سال 2016

چکیده ویروس برونشیت عفونی (IBV) عامل بیماری ویروسی حاد تنفسی در طیور همراه با رال های تنفسی و سرفه و عطسه می باشد. کرونا ویروس ها طیف گسترده ای از بیماری های تنفسی، روده ای، کبدی، عصبی با حدت های مختلف در گربه ها، سگ ها، خوک ها، جوندگان، گاو، پرندگان و انسان ایجاد می کنند. ویروس برونشیت عفونی عامل بسیار واگیردار بیماری برونشیت عفونی در طیور می باشد. کرونا ویروس ها توانایی نوترکیبی و جهش زیادی دارند. توالی یابی ژنS1  برای مطالعات اپیدمیولوژی مولکولی و مشخصات ژنوتیپی ویروس برونشیت عفونی کاربرد دارد. به منظور فراهم شدن درک بهتری از اپیدمیولوژی مولکولی ویروس برونشیت عفونی در ایران جدایه های ژن S1 ویروس برونشیت عفونی طیور که در مزارع گوشتی در استان اردبیل جمع آوری شده بود، در این مطالعه توالی یابی شد. در سال 1395 در محدوده استان اردبیل 30 عدد سواب نای از گله های گوشتی به صورت تصادفی برای ردیابی و تعیین ژنوتیپ ویروس جمع آوری گردید. سپس RNA آنها با استفاده از کیت تخلیص RNA استخراج گردید. ساخت cDNA با روش RT-PCR صورت گرفت و محصول RT-PCR با روش Nested- PCR با پرایمرهای کد کننده5'UTR، تکثیر شد. این کار جهت شناسایی ویروس برونشیت عفونی صورت گرفت.برای تعیین ژنوتیپ نمونه های مثبت (توالی یابی ژن گلیکوپروتئین S) با ارسال به شرکت کره ای انجام شد. 70 درصد نمونه های نایی مثبت بودند که در ادامه شناسایی سروتیپ ها بر اساس پروتکل های موجود انجام شد. در این مطالعه مراحل استخراج و RT-PCR بر روی نمونه های مشکوک مثبت چندین بار تکرار شد. می توان نتیجه گرفت که کرونا ویروس در بین گله های گوشتی کشور در حال چرخش است. در طول مراحل آزمایش از دو کنترل منفی شامل کنترل منفی استخراج و کنترل منفی واکنش RT-PCR استفاده گردید. آنالیز ژنتیکی بر اساس توالی نوکلئوتیدی بخش بسیار تغییر پذیر ژن S1 نشان داد که میزان کلی عفونت 65-70% بود و این ژنوتیپ ها با این درصد مشخص شد: (واریانت2 (IS/1494), 52.3%، 793/B  33.5% , MASS 9.5%، QX 4.7%)