مقایسه روش های چند مرحله ای و تک مرحله ای بیزی برای برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی در حیوانات ژنوتیپ شده و نشده- مطالعه شبیه سازی

هدف از این مطالعه، مقایسه صحت ارزیابی ژنومی روش های چندمرحله ای BayesA، BayesB،BayesC ، BayesL و روش های تک مرحله ای بیزیSSBR-C و SSBR-A در مقادیر متفاوت π برای برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات تعیین ژنوتیپ شده و نشده بود. ژنومی حاوی 40000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دوآللی پراکنده شده روی 20 کروموزوم هرکدام به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. مقادیر بهینه π در روش BayesC به ترتیب 980/0 و 995/0 در دو توزیع نرمال و گامای اثرات ژنی برآورد شد و در روش SSBR-C نیز مورد استفاده قرار گرفت. صحت پیش بینی ژنومی در روش SSBR-C (π=0.995)  نسبت به سایر روش ها از 02/0 تا 09/0 در توزیع گامای اثرات ژنی بیش تر برآورد شد. بنابراین، روشSSBR-C (π=0.995) با در نظر گرفتن توزیع مزدوج و استفاده همزمان از همه اطلاعات شجره ای، فنوتیپی و ژنومی توانست در حالت توزیع گامای اثرات ژنی عملکرد بهتری را از خود نشان داده و انتخاب مناسب تری به شمار رود. کلیه روش های تک مرحله ای و چندمرحله ای بیزی عملکرد تقریبا مشابهی را در حالت توزیع نرمال اثرات ژنی از خود نشان دادند. فلذا، در حالت توزیع نرمال اثرات ژنی توصیه می شود تا از روش SSBR-C (π=0) با توجه به ضریب تابعیت پیش بینی ژنومی نزدیک به یک استفاده شود. همچنین، افت صحت پیش بینی ژنومی با افزایش فاصله نسلی بین جمعیت مرجع و تایید برای افراد ژنوتیپ شده در مقایسه با افراد ژنوتیپ نشده از حساسیت کمتری برخوردار بود.