ارزیابی مقایسه ای نشانگرهای CBDP و SCoTدر بررسی تنوع ژنتیکی موجود در توده های مختلف Aegilops

اهداف اصلی این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در 103 توده Aegilops و مقایسه کارایی دو نشانگر مولکولی SCoT (Start codon targeted) و CBDP (CAAT box-derived polymorphism) بود.

در این مطالعه تنوع ژنتیکی 103 توده وحشی متعلق به هفت گونه Aegilops شامل هفت نمونه از Ae. caudata، 14 نمونه از Ae. crassa، 19 نمونه از Ae. cylindrica، 11 نمونه از Ae. neglecta، 20 نمونه از گونه Ae. tauschii، 15 نمونه از Ae. triuncialisو 17 نمونه از Ae. umbellulata استفاده شد با استفاده از 30 آغازگر SCoT و CBDP مورد ارزیابی قرار گرفتند.

در مجموع 15 آغازگر SCoT و 15  آغازگر CBDP به ترتیب 164 و 141 قطعه چند شکل تکثیر کردند. متوسط کلیه شاخص های تعیین کننده کارایی نشانگرهای مولکولی برای آغازگرهای SCoT بیشتر از CBDP بود. هر دو سیستم نشانگری از مقدار PIC یکسانی برخوردار بودند. نتایج تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد بیشترین سهم واریانس ژنتیکی مربوط به درون گونه ها می باشد. مقایسه پارامترهای ژنتیکی درون جمعیتی نشان داد که در بین گونه های مورد ارزیابی، Ae. cylindricaنسبت به سایر گونه ها از تنوع بیشتری برخوردار بود. تجزیه خوشه ای بر اساس هر یک از سیستم های نشانگری کلیه توده های مورد بررسی را به دو گروه اصلی تفکیک نمود. الگوی گروه بندی به وجود آمده بر اساس آغازگرهای CBDP روند فیلوژنتیکی مشخصی را بین برخی از گونه های Aegilops نشان داد، به طوریکه نتایج تجزیه به مختصات اصلی (Principal Coordinates Analysis) گروه بندی به دست آمده را تایید نمود.

هر دو سیستم نشانگری به خوبی قادر به شناسایی چندشکلی موجود در نمونه های مورد بررسی بودند، با این حال داده های CBDP الگوی گروه بندی دقیق تری را بر اساس روابط فیلوژنتیکی نشان داد. از اینرو استفاده از این نشانگرها به صورت مجزا و یا در ترکیب با سایر نشانگرها در بررسی روابط فیلوژنتیکی توصیه می شود.