تعیین توالی کامل جدایه ایرانی ویروس موزاییک چغندرقند

ویروس موزاییک چغندر (Beet mosaic virus, BtMV)، تنها پوتی ویروس آلوده کننده چغندرقند بوده و امروزه در سراسر چغندرکاری های جهان پراکنش دارد. در مطالعه حاضر ژنوم کامل جدایه ای از این ویروس (Ir-VRU) با استفاده از آغازگرهای دژنره عمومی پوتی ویروس ها، آغازگرهای اختصاصی طراحی شده و همچنین روش 5'-RACE برای اولین بار در ایران توالی یابی شد. ژنوم کامل جدایه ایرانی BtMV، بدون در نظر گرفتن دنباله poly-A، 9591 باز طول داشته، و بخش های 5'-UTR و 3'-UTR به ترتیب 165 و 168 باز می باشند. موتیف های معمول، چارچوب ژنی پلی پروتئین و PIPO در این جدایه شناسایی گردید. کد شدن پلی پروتئینی به طول 3086 آمینواسید و نه جایگاه برش در این پلی پروتئین پیش بینی گردید. بربررسی ها بر روی پنج جدایه مختلف BtMV نشان داد که جدایه ایرانی یکسانی زیادی به دو جدایه آلمانی و چینی داشته و از طرف دیگر بیشترین تفاوت را با جدایه آمریکایی نشان می دهد. تحلیل تبارزایی نیز جدایه Ir-VRU را به عنوان یک عضو از سوپر گروه BCMV نشان می دهد.