جداسازی، همسانه سازی، بررسی بیوانفورماتیکی ویژگی های پروتئینی و تحلیل بیان ژن دی هیدروبنزوفنانتریدین اکسیداز (DBOX) گیاه دارویی شقایق (.Papaveer somniferum L)

پیام:
چکیده:

گیاه شقایق P. somniferum از مهم ترین گیاهان دارویی به شمار رفته و تنها منبع بسیاری از آلکالوییدهای بنزیل ایزوکوینولینی (BIAs) محسوب می گردد. آلکالوییدهای بنزیل ایزوکوینولینی گروه بزرگ و پیچیده ای از متابولیت های ثانویه گیاهی بوده که از خواص دارویی و درمانی قابل توجهی بر خوردار هستند. در مطالعه حاضر (در آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشگاه لرستان در سال 1393-1395) به منظور جداسازی و همسانه سازی ژن DBOXژنوتیپ ایرانی گیاه شقایق، ابتدا توالی مورد نظر با استفاده از آغازگرهای طراحی شده، تکثیر و سپس قطعه تولید شده به پلاسمید pTZ57R/T منتقل گردید. نتایج توالی یابی قطعه 1614 جفت بازی را معین نمود که با 100 درصد همسانی با ژن DBOX گیاه شقایق شباهت داشت. توالی پروتیینی کد شده توسط این ژن مورد تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی قرار گرفت و سه دامنه عملکردی FAD binding، Berberine و FAD/FMN-containing dehydrogenase در توالی پروتیینی و وجود یک سیگنال پپتید در انتهای آمینی آن مشخص گردید. همچنین نتایج نشان داد که بیشترین تجمع پروتیین کد شده توسط ژن DBOX در ناحیه غشای سلولی و پلاسمایی بوده و بیشترین عملکرد این پروتیین در ناحیه خارج سلولی می باشد. جهت تجزیه و تحلیل بیان ژن DBOX و تعیین الگوی بیانی آن در بافت های مختلف گیاهی، تعداد 5 کتابخانه ترنسکریپتومی حاصل از داده های RNA-seq گیاه شقایق با شماره های دسترسی ERX651037، ERX651023، ERX651056، ERX651082 و ERX651062 از پایگاه SRA سایت NCBI دریافت شد. تعداد توالی های حاصل از همردیفی بین بافت های مختلف با استفاده از آزمون های آماری Fisher exact test و Chi-squared 2X2 مقایسه گردید. نتایج تجزیه و تحلیل بیان ژن با استفاده از تکنیک real time RT-PCR و آزمون های In silico نشان داد که بیشترین سطح بیان این ژن در ریشه و کمترین آن در ساقه می باشد.

نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل
زبان:
فارسی
صفحات:
67 -80
لینک کوتاه:
magiran.com/p2138323 
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.