بررسی پروفایل ترنسکریپتوم بافت تخمدان در میش های نژاد شال با استفاده از داده های RNA-Seq

هدف از این مطالعه بررسی پروفایل بیان ژن در بافت تخمدان گوسفندان شال با استفاده از داده های توالی یابی RNA بود. برای این منظور، تخمدان های پنج راس گوسفند شال بعد از هم زمان سازی فحلی جدا سازی و RNA آن ها با استفاده از فناوری Illumina Hiseq 4000 توالی یابی شد. به طور میانگین، داده های به دست آمده از توالی یابی شامل 26638311 جفت خوانش با نرخ نقشه یابی منحصر به فرد 81/08 بود. نتایج حاصل از آنالیز های بیوانفورماتیکی، بیان 21085 ژن را در بافت تخمدان گوسفندان شال نشان داد که از این تعداد 15087 ژن دارای میانگین بیان بالاتر از 10 بودند. تجزیه و تحلیل عملکردی ژن ها، معنی داری (p<0/05) بود 162 عبارت GO شامل 41 فرایند بیولوژیکی، 46 عملکرد مولکولی و 75 جز سلولی را نشان داد. همچنین آنالیز مسیرهای KEGG ، 149 مسیر معنی دار (p <0/05) را شناسایی کرد که مهم ترین آن ها مسیر پیام رسانی استروژن، مسیر پیام رسانی TGF-beta و تقسیم میوز اووسیت بود. بررسی بیان ژن های عمده برای دوقلوزایی و تولیدمثل، بیان بالایی برای ژن های INHA, INHBA,BMPR1B را نشان داد و ژن INHA یک فاکتور پاراکرین مهم در فولیکول های تخمدان جز 10 ژن با بالاترین میانگین بود. همچنین ژن های  FSHR, ESR1 و ESR2 بیان متوسط و ژن های GDF9, BMP15 و PRLR بیان پایینی در نمونه ها نشان دادند. در این مطالعه برای اولین بار ترنسکریپتوم بافت تخمدان میش های شال با استفاده از فناوری  RNA-seq بطور جامع بررسی شد و این مطالعه می تواند پایه ژنتیکی مفیدی برای شناخت بهتر ژن ها و فرایندهای درگیر در تولیدمثل گوسفندان شال فراهم کند.