بررسی بیوانفورماتیکی پروتئین شوک حرارتی جدایه های ایرانی ویروس زردی کلروتیک کدوئیان (Cucurbit chlorotic yellows virus) در افزایش تفاوت ژنتیکی

پروتئین شوک حرارتی در کلستروویروس ها نقش های متعددی به ویژه حرکت سلول- به- سلول را برای ایجاد آلودگی سیستمیک بر عهده دارد. در پژوهش حاضر، تفاوت ژنتیکی ژن همولوگ پروتئین شوک حرارتی (HSP70h) جدایه های ایرانی ویروس زردی کلروتیک کدوییان و همچنین فشار انتخاب وارد شده بر آن ها بررسی شد .به این منظور تعداد 195 نمونه با علایم زردی، کوتولگی و بدشکلی برگ ها از مزارع کدوییان استان سیستان و بلوچستان جمع آوری و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، از منطقه ژنتیکی پروتئین همولوگ شوک حرارتی ویروس CCYV  قطعه ای به طول 462 جفت باز برای 15 نمونه توسط روش RT-PCR تکثیرشد و 7 جدایه مورد بررسی فیلوژنتیکی قرار گرفت. نتایج به دست آمده نشانگر آلودگی 7 درصد نمونه ها به ویروس زردی کلروتیک کدوییان در مناطق مورد بررسی بود. آنالیزفیلوژنی توالی های نوکلیوتیدی و اسید آمینه ای جدایه های CCYV را به دو گروه ایرانی و شرق آسیا تقسیم نمود و جدایه های سیستان و بلوچستان در دو شاخه مجزا قرارگرفتند. هم ردیفی توالی اسیدآمینه فرضی پروتئین همولوگ شوک حرارتی و مطالعات فشار انتخاب بر روی 7 جدایه موجود در تحقیق با 3 جدایه ایرانی و جدایه های خارجی این ویروس نشان داد که ژن HSP70h در جدایه های ایرانی و سایر جدایه های این ویروس تحت فشار انتخاب مثبت در کدون 82 قرار دارند که منجر به تغییر یک اسید نوکلییک (CTC به TTC) به ترتیب برای جدایه های مرکزی و جدایه های زابل، هیرمند و نیمروز در موقعیت 244 شده و اسید آمینه لوسین به فنیل آلانین در پروتئین همولوگ شوک حرارتی تغییر نموده است. نتایج نشان دهنده وجود جدایه های متنوع ویروس CCYV  در کشور بوده و تفاوت در توالی نوکلیوتیدی و اسیدآمینه ای می تواند حاکی از تفاوت در منشا میزبانی باشد بنابراین فشار انتخاب در تنوع ژنتیکی جدایه ها دخالت داشته است.