مطالعه پویش کل ژنومی صفات مرتبط با تولید شیر بر پایه تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی در گاو هلشتاین

 اخیرا انتخاب به کمک QTLها و مناطق ژنومی موثر بر صفات تولیدی برای افزایش بازده انتخاب مورد توجه قرار گرفته است.

پژوهش حاضر به منظور مطالعه پویش ژنومی بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی ژن های موثر بر صفات مرتبط با تولید شیر گاو هلشتاین با استفاده از تکنیک توالی یابی GGRS بوده است.

بدین منظور، مطالعه پویش ژنومی از 1092 راس گاو هلشتاین و رکورد مرتبط با تولید شیر، درصد چربی و امتیاز سلو ل های بدنی در برنامه Plink ارزیابی شد. آنالیز غنی سازی ژنی با استفاده از بسته نرم افزاری goseq برنامه R و شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا از طریق پایگاه های برخط GO، KEGG و Panther انجام گردید.

تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده به طور مستقیم و غیر مستقیم با ژن های موثر بر امتیاز سلول های بدنی، تولید و چربی شیر همپوشانی دارند. در این پژوهش تعداد 11 نشانگر تک نوکلیوتیدی واقع روی کروموزوم های 5، 6، 7، 8، 14، 19، 22، 24، 25، 27 و 28 شناسایی شدند که با ژن های ASIC2، ANXA3، CCL2، CCL11، CCL24،IL33،TLR3 ، WWOX،EGFR ،PRKCA ، CAMK2A،KCNMA1 ،FABP2 ،SPP1 ،THBS4 ، HSP90B1 وITPR1 مرتبط بودند. برخی از این ژن ها در مناطق معنی دار با مطالعه قبلی هم خوانی داشت. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد 25 مسیر هستی شناسی ژنی و مسیر KEGG با صفات تولید و امتیاز سلول های بدنی مرتبط بودند (P˂0.01). از این بین، مسیرهای positive regulation of inflammatory response و defense response نقش مهمی در سیستم ایمنی داشتند. همچنین در ارتباط با تولید و چربی شیر مسیرهای PPAR signaling pathway، Oxytocin signaling pathway و Focal adhesion ارتباط معنی داری داشتند.

با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی صفات تولیدی، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافته های این تحقیق می تواند باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی گاو شود.