معرفی DNA آپتامر کوتاه شده به عنوان پروب مولکولی جدید برای ردیابی آفلاتوکسین B1 به کمک تکنیک های شبیه سازی محاسباتی

توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسین B1 (AFB1)، ابتدا به کمک الگوریتم ژنتیک یک کتابخانه الیگونوکلیوتیدی اولیه (Lib1) براساس توالی آپتامری اختصاصی آفلاتوکسین B1 (bp 50 Apt1,) طراحی گردید. قدرت اتصال توالی های آپتامری کتابخانه Lib1 به مولکول AFB1 با روش داکینگ مولکولی ارزیابی و بهترین توالی آپتامری با هدف ایجاد کتابخانه جدید (Lib2) و با استراتژی کوتاه کردن تغییر داده شد. غربال مجازی توالی های آپتامری کتابخانه Lib2 از نظرقدرت اتصال به مولکول AFB1 منجر به معرفی توالی آپتامری کوتاه شده C52-T با طول bp 19 گردید. پایداری و نوع تعاملات درکمپلکس آپتامری C52-T و مولکول AFB1 با روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی و MM-PBSA مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تخمین ثابت اتصال برای توالی های آپتامری C52، C52-T و Apt1 با روش رنگ سنجی مبتنی بر نانوذرات تغییر نیافته طلا در مطابقت کامل با نتایج مطالعات درون رایانه ای بود. به نظر می رسد که تکنیک های محاسباتی از پتانسیل بسیار خوبی درمعرفی پروب های مولکولی و حساس جهت طراحی آپتاسنسورهای اختصاصی مایکوتوکسین ها برخوردار باشند.