شناسایی ژن های مسیر بیوسنتزی تری ترپن و سزکویی ترپن در میوه هندوانه ابوجهل (.Citrullus colocynthis L) با استفاده از فناوری توالی یابی نسل جدید (NGS)

شناسایی ژن های بیوسنتز کننده متابولیت های اختصاصی گیاهان دارویی امروزه با سرعت و دقت فراوان با استفاده از فناوری های جدید مطالعه ترنسکریپتوم مانند توالی یابی RNA انجام می شود. این مطالعه به منظور شناسایی ژن های اختصاصی مسیر بیوسنتز تری ترپن ها و سزکویی ترپن های موجود در بافت میوه هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis L.) انجام شد. با استخراج RNA از بافت میوه های هندوانه ابوجهل برداشت شده از منطقه اندیمشک واقع در استان خوزستان در سال 1396، تکنیک توالی یابی RNA با استفاده از بن سازه Iluumina HiSeq 2500 اجرا شد. مراحل بیوانفورماتیکی شامل یک پارچه سازی نوپدید با استفاده از نرم افزار Evidential-gene و تفسیر کارکردی با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KAAS انجام گردید. از تعداد 21952885 توالی دارای کیفیت بالا، تعداد 55311 تک ژن یک پارچه تولید شد و این تک ژن ها به صورت موازی در پایگاه های اطلاعاتی مختلف بارگذاری شدند. در پایگاه KAAS تعداد 17359 تک ژن در 134 مسیر گیاهی آنوتیت (Annotate) شدند. از میان مسیرهای متابولیت های ثانویه مختلف و مهم در بافت میوه گیاه هندوانه ابوجهل، به مسیر ژنی "تری ترپن ها" و" سزکویی ترپن ها" تعداد 39 تک ژن و 8 ژن اورتولوگ اختصاص داشت. آنالیز ترنسکریپتوم این گیاه دارویی با هدف شناسایی ژن های مسیرهای بیوسنتزی متابولیت های ثانویه جنبه های پژوهشی و اجرایی مختلفی ازجمله مهندسی مسیر بیوسنتز متابولیت های دارویی گیاهی را زمینه سازی می کنند.