بررسی داروهای ضد ویروسی با تاثیر بر RNA پلیمراز و شبیه سازی اتصال آنها به RNA پلیمراز وابسته به RNA در SARS-CoV-2 به روش داکینگ مولکولی

به دنبال شیوع SARS-CoV (سندرم شدید و حاد تنفسی کروناویروس) در سال 2002 و شیوع سندرم تنفسی کرونا ویروس خاورمیانه (MERS-CoV) در سال 2012 ، با گسترش سریع کرونا ویروس جدید کرونا (COVID-19) در سال 2019 روبرو هستیم.تعدد شیوع ویروس و همچنین گستردگی شیوع آن نیازمند طراحی دارو و واکسن در کمترین زمان ممکن دارد. این امر امکان پذیر نیست مگر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک. در این مطالعه ، اتصال داروهای موثر بر RNA پلیمراز به ساختار RNA پلی مراز وابسته به RNA  متعلق بهSARS-CoV-2 با روش داکینگ مولکولی، شبیه سازی گردیده است.

ساختار داروهای مورد استفاده در درمان COVID-19 و ساختارهای مشابه آنها از بانک اطلاعاتی drugbank دریافت شده است. سپس توسط نرم افزار AutoDock Vina ، داکینگ مولکولی انجام گرفت. ساختار دارویی که منفی ترین انرژی پیوند را داشت، در جایگاه اختصاصی تر، دوباره داک شد. سرانجام ، اسیدهای آمینه درگیر در اتصال توسط نرم افزار Discovery Studio  مورد بررسی قرار گرفت.

در شرایط کامپیوتری(insillico)، دارویRifabutin  بهترین عملکرد را برای اتصال به RNA پلی مراز وابسته به RNA متعلق بهSARS-CoV-2  داشت و محل اتصال مشخص شده برای این دارو با محل اتصال نشان داده شده در پایگاه داده PDB متفاوت بود.

تحقیقات بیشتر در مورد Rifabutin می تواند کلید اصلی کشف داروهای جدید برای COVID-19 باشد.