همسانه سازی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن CCD1 زعفران (Crocus sativus) ایران

پیام:
چکیده:

ایران بزرگترین تولید کننده زعفران جهان می باشد بر همین اساس زعفران در کشور به عنوان یک محصول راهبردی محسوب می گردد. از آنجا که متابولیسم آپوکاروتنوییدها عامل ارزش اقتصادی در گیاه زعفران است، لذا جداسازی و تجزیه و تحلیل شیمیایی ژن های درگیر در متابولیسم کاروتنوییدها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. باتوجه به اهمیت ژن CsCCD1 در بیوسنتز آپوکاروتنوییدها، در این تحقیق به منظور شناخت بیشتر از ساختار ژنومی زعفران ایران، به بررسی ویژگی های فیزیکوشیمیایی این ژن پرداخته شد همچنین روابط فیلوژنتیکی آنزیم CsCCD1 توسط سرورها و نرم افزارهای بیوانفورماتیکی با هدف مطالعه پتانسیل ساختاری آن مورد پیش بینی قرار گرفت. ویژگی های فیزیکوشیمیایی و فیزیولوژی پروتیین CsCCD1 توسط سرورها و ابزارهای Protparam، SOPMA، ProtScale، Pfam، ProtComp، SignalP، TMHMM، TargetP و ChloroP بررسی شدند. همچنین با استفاده از سرور Swiss-Model ساختار سه بعدی پروتیین CCD1 مورد بررسی قرار گرفت و جهت اعتبار سنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی، پلات راماچاندران ترسیم گردید. نتایج تجزیه و تحلیل درخت فیلوژنتیکی نشان داد که از لحاظ ساختار اسید آمینه ای، پروتیین CsCCD1 بیشترین قرابت را با CaCCD داشت. نتایج تجزیه و تحلیل ساختار پروتیین CsCCD1 حاکی از فقدان وجود توالی راهنما و منطقه تراغشایی در آن بود و بطور کلی نتایج نشان داد که پروتیین CsCCD1، آنزیمی از خانواده کاروتنوییداکسیژنازها و پایدار در شرایط آزمایشگاهی است. تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیکی انجام شده بر روی پروتیین CsCCD1 زمینه را برای مطالعات عملکردی آینده فراهم می کند.

نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل
زبان:
فارسی
صفحات:
173 -189
فایل متن این مقاله در مگیران وجود ندارد!
دسترسی به متن مقالات تنها در صورت اعلام موافقت و همراهی نشریات با مگیران امکان پذیر است.
شایان ذکر است خدمات مگیران به نشریات به صورت رایگان ارایه می‌شود. کافی است هر نشریه ضمن اعلام موافقت کتبی خود با این خدمات فایل PDF مقالات را در اختیار ما قرار دهد.
شما نیز می‌توانید با پیشنهاد استفاده از خدمات مگیران به نشریه‌ای که مقاله شما در آن منتشر شده‌است آن را از این طریق در اختیار کاربران این پایگاه مرجع قرار دهید.