تاثیر استنباط ژنوتیپی، ساختار جمعیت مرجع و تراکم پنل SNP بر صحت ارزیابی ژنومی در جمعیت های خالص و آمیخته

هدف از این تحقیق، مقایسه صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومیکی با تراکم های مختلف نشانگری قبل و بعد از ایمپیوت در جمعیت های شبیه سازی شده خالص و آمیخته بر اساس سناریوهای مختلف انتخاب جمعیت مرجع و روش های مختلف برآورد آثار نشانگری بود. جمعیت های شبیه سازی شده شامل دو جمعیت خالص (لاین A و B) و دو جمعیت آمیخته (کراس و بک کراس) بودند. سه سناریو مختلف در ارتباط با نحوه انتخاب دام ها در جمعیت مرجع شامل: 1-رابطه خویشاوندی بالا با جمعیت تایید 2-تصادفی 3-همخونی بالا، برای ایمپیوت حیوانات جمعیت تایید با تراکم های K5 و K50 به تراکممارکری K777 ارزیابی شدند. سپس صحت برآورد ارزش های اصلاحی در افراد جمعیت تایید، قبل و بعد از امپیوت با روش های ABLUP، GBLUP و SSGBLUP در دو سطح وراثت پذیری 25/0 و 5/0 محاسبه گردید. نتایج نشان داد که حداکثر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی در جمعیت های خالص با روش GBLUP و در سناریو انتخاب جمعیت مرجع خویشاوند با حیوانات جمعیت ایمپیوت (تایید) بود. همچنین نتایج نشان دادند در سناریو انتخاب جمعیت مرجع خویشاوند در زمان استفاده از پنل K50 برای استنباط ژنوتیپی به تراکم K777 صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی افزایش یافت، ولی در اکثر سناریوهای انتخاب جمعیت مرجع همخون و تصادفی تفاوت معنی داری در صحت پیش بینی ارز ش های اصلاحی ژنومی بین تراکم های K5 و K50 بعد از استنباط ژنوتیپی به K777 وجود نداشت.