تشخیص و تفسیر آسان، کم هزینه و دقیق ویروس نیوکاسل و تفریق سویه حاد از غیرحاد با روش RT-ARMS PCR آشیانه ای

بیماری نیوکاسل، یک بیماری ویروسی ماکیان است که توسط پارامیکسوویروس تیپ 1 از جنس Avulavirus است ایجاد می شود  و تشخیص سریع و دقیق آن از اهمیت بالایی برخوردار است.  حدت این ویروس به پروتئین اتصالی (F)، یکی از شش پروتئین این ویروس، بستگی دارد که می تواند ابرای تشخیص حدت سویه های آن استفاده شود.  بنابراین، این مطالعه بنا دارد با توجه به پیشرفت های علم بیوانفورماتیک، روشی پیشنهاد نماید که برای شناسایی ارزان و آسان ویروس نیوکاسل و تفریق سویه های حاد و غیرحاد آن مورد استفاده قرار گیرد.  ابتدا توالی کلیه ی سویه های در دسترس ویروس نیوکاسل از بانک اطلاعاتی NCBI به روش همترازی (BLAST) جمع آوری و پس از همردیف سازی، پرایمرهای عمومی و اختصاصی سویه ها طراحی شدند.  در مرحله ی بعد تایید ویروس نیوکاسل با روش PCR و پرایمرهای عمومی روی cDNA نمونه ی کنترل مثبت بهینه سازی شد.  سپس تفریق سویه ی غیرحاد از حاد با روش ARMS-PCR (سیستم بازتاب تکثیری جهش) با دو پرایمر فوروارد اختصاصی بهینه سازی شد.  از آن جایی که روش مورد استفاده در این مطالعه نوعی ARMS-PCR است که بر روی cDNA حاصل از واکنش RT انجام گرفته است و همچنین به علت آن که به منظور افزایش ویژگی از محصول PCR اول به عنوان الگو برای واکنش PCR آشیانه ای استفاده شده است "RT-ARMS-PCR آشیانه ای" نام گذاری شده است.  سپس تعدادی از نمونه های جمع آوری شده از مزارع پروش مرغ گوشتی با این روش و همچنین Real-Time PCR به عنوان تست استاندارد طلایی آزمایش شدند.  نتایج نشان داد که حساسیت و ویژگی تشخیص ویروس و سویه ی آن در هردو روش با هم مطابقت کامل داشتند.  در مجموع این روش در مقایسه با روش Real-Time PCR با صرف زمانی اندکی بیش تر ولی هزینه، تجهیزات و پیچیدگی بسیار کم تر به عنوان جایگزین مناسبی برای روش Real-Time PCR برای تشخیص ویروس نیوکاسل و تفریق سویه های حاد از غیرحاد پیشنهاد می گردد.