شناسایی ژن ها و میکرو RNAهای کلیدی درگیر در مسیر آپوپتوزیس عقرب Androctonus crassicauda

رخداد مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس به عنوان روش حفاظت شده، تحت کنترل تعدادی ژن قرار دارد که جهت حذف سلول های غیر ضروری بکار می رود. این رویداد سلولی در سیستم های مرتبط با ایمنی و بیماری دخیل است. آپوپتوزیس یک مکانیسم تنظیم گر سلولی است که اثرات تکثیر سلولی و مرگ سلولی را متعادل می کند. در مسیر آپوپتوزیس، ژن ها و مولکول های فراوانی درگیر هستند. اخیرا گسترش تولید داده ها با استفاده از تکنیک RNAseq نشان داده که میکرو RNAها، نقش مهمی در تنظیم مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس بازی می کنند. هدف از این مطالعه شناسایی ژن ها و میکرو RNA ی کلیدی موثر در مسیر آپوپتوزیس در عقرب های آندروکتونوس کراسیکودا بود.

مواد و روش ها: 

در این پژوهش پس از توالی یابی ترانسکریپتوم غده زهر عقرب های اندوروکتونوس کراسیکودا با استفاده از پلتفرم ایلومینا 2000 Hiseq و پیکربندی ترانسکریپتوم با استفاده از نرم افزار Trinity، مهم ترین پروتئین های ترانسکریپتوم غده زهر عقرب دخیل در آپوپتوزیس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KEGG شناسایی شدند. رسم شبکه ژنی آپوپتوزیس با نرم افزار استرینگ، تجزیه و تحلیل شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از نرم افزار سایتواسکیپ و بررسی هستی شناسی ژن های کلیدی به وسیله پایگاه WebGestalt صورت گرفت. علاوه بر آن پس از شناسایی میکرو RNAهای عقرب با استفاده از جستجوی همسانی، پیش بینی ژن های هدف و رسم شبکه میانکنش پروتئین- میکروRNA توسط برنامه های miRTarBase, TarBase ,miRecords و نرم افزار miRNet انجام گرفت.

سه مسیر مرتبط با آپوپتوزیس شناسایی شدند که 103 پروتئین از آن ها استخراج شدند. نتایج به دست آمده از آنالیز شبکه برهمکنش پروتئینی منجر به شناسایی 30 ژن کلیدی دخیل در بروز آپوپتوزیس شد که بر اساس نتایج بدست آمده، موثرترین ژن های کلیدی درگیر در بروز آپوپتوزیس Akt1،bsk ، Jra، Dronc و rl هستند. نتایج تجزیه و تحلیل آماری شبکه برهمکنش پروتئین- میکرو RNA نیز نشان داد که میکروRNAی mir-7-5p بیش ترین ارزش را درا می باشد.

نتیجه گیری: 

نتایج این بررسی نشان داد که میکروRNAها در تنظیم بسیاری از ژن های مسیر آپوپتوزیس نقش اساسی ایفا می کنند و می توان برای کنترل بیان ژن ها از آن ها کمک گرفت.