استفاده از الگوریتم CTAnalyzer به منظور شناسایی توالی های کاندید pri-microRNA در ژنوم Azadirachta indica

ساختارهایی که مولکول های microRNA بالغ از آن ها حاصل می شوند (pri-microRNA و pre-microRNA) دارای ویژگی های به خصوصی هستند که آن ها را از مولکول های مشابه، متمایز ساخته و برای آنزیم ها و پروسسورها قابل شناسایی می نماید. این خصوصیات عمدتا متاثر از ویژگی های ساختار ثانویه مولکول RNA است. به همین دلیل، تا به امروز الگوریتم های متعددی به منظور پیش بینی ساختار ثانویه برای توالی های پلی نوکلیوتید طراحی شده است. نرم افزار CTAnalyzer الگوریتمی است که با هدف رقومی سازی ویژگی های ساختارهای ثانویه مولکول RNA طراحی شده و طبقه بندی این ساختارها را با محوریت ویژگی های مهم در شناسایی مولکول های microRNA انجام می دهد. در تحقیق حاضر، نرم افزار CTAnalyzer با تعریف فیلترها و ضوابط مناسب، برای بررسی و طبقه بندی ساختارهای ثانویه استخراج شده از توالی ژنوم گیاه Azadirachta indica مورد استفاده قرار گرفت و هدف از این پژوهش، بررسی کارامدی این نرم افزار در شناسایی جزییات ساختاری RNA دو رشته ای و دسته بندی توالی ها برمبنای ویژگی های ساختارهای ثانویه آن ها بود. برای این منظور همردیفی بین ژنومA. indica  و تمام توالی های miR گیاهی به وسیله الگوریتم BLASTn انجام گرفت و تعداد 80217 ناحیه در سراسر ژنومA. indica  با هومولوژی قابل قبول شناسایی شدند. پس از گسترش طولی نواحی شناسایی شده در هم ردیفی و حذف توالی هایی که در نواحی کدکننده ژنوم قرار داشتند، برای 38067 توالی باقی مانده پیش بینی ساختار ثانویه انجام گرفت. مقادیر مورد توافق برای ضوابط مربوط به ساختارهای ثانویه microRNA در فیلتر نرم افزار CTAnalyzer تعریف شد و این نرم افزار موفق به شناسایی و معرفی توالی های کاندید microRNA شد. بر اساس نتایج نرم افزار CTAnalyzer از کل 566754 ساختار ثانویه مورد بررسی برای شناسایی microRNAهای ژنوم A. indica، تعداد 482 ساختار ثانویه (08/0 درصد) با دارا بودن تمام ویژگی های مورد تایید برای microRNAها شناسایی شدند.