شناسایی In Silico ژن های دخیل در بیوسنتز توکوفرول در گیاه عدس (Lens culinaris)

توکوفرول ها (ویتامین E)، گروهی از ترکیبات آلی هستند که فعالیت های حیاتی را در سلول های گیاهی فراهم می کنند، دستگاه فتوسنتزی را از خسارت اکسیداتیو نوری در امان نگه داشته و باعث حفاظت غشای کلروپلاست از پروکسیداسیون لیپید می شوند؛ همچنین وجود آن ها در تغذیه انسانی ضروری است. در این تحقیق شش ژن دخیل در بیوسنتز توکوفرول ها شامل: HPPD/PDS1، VTE5، HPT/VTE2، VTE3/APG1/IE35، TC/VTE1، γ-TMT/VTE4 و محصولات این ژن ها به کمک پایگاه های اطلاعاتی و نرم افزارهای بیوانفورماتیک، به صورت In Silico در گیاه عدس شناسایی شدند. ترسیم درخت فیلوژنتیکی با برنامه MEGA 7 نشان داد که اکثر این ژن ها در گیاه عدس با گیاهان هم خانواده خود مانند نخود و یونجه هومولوژی بالایی دارند. پیش بینی حضور دمین های حفاظت شده مشخص کرد که پروتیین HPPD دارای دو دمین و یک زیردمین و پروتیین های γ-TMT و VTE3 هر کدام دارای یک دمین حفاظت شده می باشند. نتایج حاصل از توصیف پروتیین ها با استفاده از ابزار ProtParam تعیین کرد که بالاترین فراوانی از نظر ترکیب اسیدهای آمینه متعلق به لوسین، سرین، گلایسین و کمترین فراوانی متعلق به دو اسیدآمینه سلنوسیستیین و پیرولیزین است. با استفاده از برنامه DeepLoc-1.0 پیش بینی شد که به غیر از پروتیین HPPD که محلول در سیتوپلاسم است، پنج پروتیین دیگر در فضای بین دو غشا پلاستیدها قرار می گیرند.