شناسایی SNP ها در ژن های CYC-B و PSY1 دخیل در رنگ میوه گوجه فرنگی

به منظور شناسایی تنوع های تک نوکلیوتیدی (Single nucleotide polymorphism) در ژن های بتا سیکلاز (CYC-B) و فیتون سنتاز (PSY1) در 93 ژنوتیپ گوجه فرنگی و سه رقم تجاری، قطعاتی به طول 409 و 1000 جفت باز از نواحی کد کننده این دو ژن تکثیر شد. سپس جهت آشکارسازی چندشکلی در نواحی تکثیری این ژن ها، هضم قطعات تکثیری با آنزیم های برشی Tru1I وPstI  انجام گرفت ولی چندشکلی بین ژنوتیپ ها مشاهده نشد. بنابراین چهار فرد از جمعیت های مختلف (ارومیه، سردشت، ترکیه و بوکان برای ژن CYC-B، ارومیه، سردشت، ترکیه و پیرانشهر برای ژن PSY1) انتخاب و قطعه تکثیری ژن ها در این افراد توالی یابی شد. بعد از بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناسایی SNPها با استفاده از هم ردیفی توالی های هر ژن با نرم افزار Clustal Omega انجام گرفت. در ژن CYC-B هشت SNP شناسایی شد که 75 درصد آن ها از نوع همجنس با فراوانی 50 درصد A/G، 25 درصد  T/Cو 25 درصد آن ها از نوع غیر همجنس با فراوانی 5/12 درصد C/A و 5/12 درصد G/C بود. در ژن PSY1 نیز هشت SNP شناسایی شد که به ترتیب سه و پنج SNP در ناحیه ی اگزون و اینترون قرار داشت. 5/62 درصد این SNPها از نوع همجنس با فراوانی 5/37 درصد A/G، 25 درصد T/C و 5/37 درصد آن ها از نوع غیر همجنس با فراوانی 25 درصد C/G و 5/12 درصد C/A بود. میانگین تعدادSNP ها به ازای هر 100 جفت باز در قطعه تکثیر شده ژن CYC-B، 44/0 بود در حالی که در نواحی اینترونی و اگزونی ژن PSY1 به ترتیب 26/1 و 71/0 بود. SNPهای شناسایی شده در این تحقیق می تواند در تهیه نقشه های ژنتیکی و همچنین شناسایی نشانگرهای عملکردی مرتبط با صفت رنگ میوه در گوجه فرنگی مورد استفاده قرار گیرد.