استفاده از ایمونولوژی محاسبه ای برای تعیین شکاف های سطحی ناحیه متصل شونده به آنتی ژن در مولکول ایمونوگلوبولین Gانسان

 ایمونوگلوبولین ها] immunoglobulins (Igs) [گلیکوپروتیینهای دفاعی بدن هستند که میکروبها را به صورت اختصاصی شناسایی و تخریب می کنند. ناحیه ای از آنتی بادی که به آنتی ژن متصل میشود، fragment of antigen binding (Fab) نامیده میشود که حاوی دومینهای متغیر و یک دومین ثابت از زنجیره های سبک و سنگین میباشد. ایدیوتیپها که اپیتوپهای واقع بر ناحیه متغیر ایمونوگلوبولینها هستند، برای ردیابی و هدفگیری سلولهای B سرطانی بکار میروند و معمولا نزدیک شکاف های سطحی Igها واقع شده اند. هدف این پژوهش بکارگیری ایمونولوژی محاسبه ای برای تعیین شکاف های سطحی ناحیه  Fab می باشد.

توالی و ساختار سوم مولکول ایمونوگلوبولین G (IgG) مرجع انسان در پایگاه داده PDB (Protein Data Bank) بدست آمدند. شکاف های سطحی ناحیه Fab-IgG توسط نرم افزارهای Profunc در پایگاه اینترنتی http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/profunc  و Isocleft finder تعیین گردیدند. 

  ده شکاف در سطح مولکول IgG توسط نرم افزار Cleft Analysis شناسایی شدند. دو تا از بزرگترین این شکاف ها در ناحیه متغیر و سومین شکاف در ناحیه ثابت Fab  واقع شده اند.  همچنین سه  شکاف توسط نرم افزار Isocleft finder شناسایی شدند که دو تا از آنها از اشتراک دومینهای متغیر و ثابت و سومی از دومینهای ثابت ناحیه Fab  تشکیل شده اند.  

شکاف های سطحی IgG شناسایی شده در این مطالعه میتوانند در تعیین اپیتوپهای مولکول IgG، ایدیوتیپهای اختصاصی و تولید آنتی بادیهای منوکلونال اختصاصی ضد ایدیوتیپ جهت رد یابی و هدف گیری سلولهای B بدخیم، طراحی و تولید پروتیینهای مشابه برای اهداف تشخیصی و درمانی مورد استفاده قرار گیرند.