کلونینگ و تعیین توالی نوکلئوتیدی ژن کامل پروتئین ماتریکس ویروس بیماری نیوکاسل شایع در گله های مرغ گوشتی شمال شرق ایران

بیماری نیوکاسل یک بیماری ویروسی شناخته شده و یکی از اصلی ترین عوامل بیماری زا در صنعت طیور در سراسر جهان است. پروتیین ماتریکس (M) یکی از پروتیین های ساختاری ویروس بیماری نیوکاسل است که نقش مهمی در بیماری زایی، تکثیر و جوانه زنی ویروس دارد و همچنین پوشش ویروسی را به کمپلکس ریبونوکلیوپروتیین (RNP) پیوند می دهد. با توجه به نقش پروتیین ماتریکس، این مطالعه با هدف فراهم نمودن اطلاعات تکمیلی جهت تعیین هویت یک جدایه ویروس بیماری نیوکاسل با نام CH/RT40/IR/2011 شایع در گله های مرغ گوشتی تجاری استان خراسان رضوی انجام گرفت. ژن کامل پروتیین ماتریکس RT40 با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر و سپس در پلاسمید PTZ57r/t کلون شد. پس از تعیین توالی نوکلیوتیدی تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار CLC Main Workbench 5.5 انجام شد. درخت فیلوژنتیک با استفاده از روش Maximum likelihood با نرم افزار MEGA6 رسم شد. تعیین توالی ژن پروتیین ماتریکس (1241نوکلیوتید)، درخت فیلوژنتیک و آنالیز فواصل ژنتیکی بین ژنوتیپی نشان داد که  RT40با تحت ژنوتیپ VII.1.1 ویروس های بیماری نیوکاسل ایرانی (MF417546) و عراقی (MT370497,MT370499) شباهت دارد. بررسی توالی پروتیینی سیگنال های متمرکزکننده هسته ای (247KKGKKVTFDKIEEKIRR263) و دیگر نواحی پروتیین ماتریکس RT40 نشان داد که این ویروس بسیار شبیه به ویروس های فوق حاد بیماری نیوکاسل است. یافته های حاصل از این مطالعه تکمیل کننده اطلاعات لازم برای شناسایی کامل جدایه RT40 و معرفی آن به عنوان یک سویه بومی ویروس بیماری نیوکاسل بود.