بررسی میزان همخونی ژنومی در گوسفندان بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم (SNP 600K)

 از آنجاییکه، سطح بالای میزان همخونی در حیوانات اهلی، منجر به کاهش تنوع ژنتیکی و افزایش احتمال هموزیگوت بودن برای آلل‌های مضر می‌شود. بنابراین، طول عمر حیوانات همخون به دلیل کاهش شایستگی ژنتیکی، کاهش می‌یابد. فلذا، در طراحی برنامه‌های اصلاح نژادی پیش آگاهی از میزان همخونی برای کنترل افزایش همخونی و پیامدهای منفی همخونی ضروری است. در این راستا، برای برآورد ضرایب همخونی می‌توان از داده‌های ژنومی استفاده کرد. هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی میزان همخونی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP  موجود در سراسر ژنوم حاصل از آرایه Illumina OvineSNP600K در گوسفندان بومی ایران بود.

در این تحقیق، همخونی ژنومی تعداد 154 نمونه شامل 11 نژاد گوسفندان بومی ایران (کرمانی، بلوچی، افشاری، قره گل، سنجابی، سیاه‌کبود، لری بختیاری، شال، قزل، کیوسی و کبوده شیراز) مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور، از پنج روش مختلف با استفاده از نرم‌افزار پلینک استفاده شد: شاخصهای مولکولی ضریب همخونی  مبتنی بر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار (FIS)، ضریب همخونی مبتنی بر هموزیگوسیتی (FROH)، ضریب همخونی مبتنی بر ماتریس روابط ژنومی (FGRM)، ضریب همخونی بر اساس تعداد ژنوتیپ‌های هموزیگوت مشاهده شده و مورد انتظار (FHOM) و همبستگی گامت‌های ترکیب شونده(FUNI) .

میانگین فراوانی آلل نادر در گوسفندان بومی ایران 0/268 بود. همچنین، میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب 0/341 و0/360 بدست آمد. کمترین میزان همخونی بر اساس FIS مربوط به نژاد بلوچی و بیشترین مربوط به نژاد شال بود. بیشترین میزان FROH (0/129) در گوسفند نژاد کرمانی و کمترین مقدار آن (0/019) در گوسفند نژاد بلوچی مشاهده شد. همچنین، بیشترین میزان شاخصهای FGRM، FHOM و FUNI مربوط به نژاد کرمانی و کمترین مربوط به نژاد بلوچی بود. بیشترین پوشش ROH در کروموزوم 26 (20/23%) مشاهده شد، در حالیکه کمترین آن در کروموزوم 2 (6/62%) بود.

تنوع ژنتیکی گوسفندان بومی ایران متوسط و از 0/315 تا 0/354 بود. ROH در همه نژادها یافت شد بطوریکه، میانگین طول قطعات ROH بین 48 تا 318 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8 تا 53 متغیر بود. میانگین ضرایب همخونی ژنومی برای کل جمعیت گوسفندان بومی مشابه (0/05) محاسبه گردید. نتایج این تحقیق بیانگر عدم سطح بالای هم خونی ژنومی در اکثر توده های گوسفند بومی ایران است.