شناسایی نشانگرهای مولکولی ریز ماهواره در گیاه زعفران (.crocus sativus L) با استفاده از داده های RNA-Seq

زعفران ارزشمندترین گیاه ادویه‎ای و دارویی جهان است. به نژادی زعفران به دلیل اطلاعات اندک از ساختار ژنوم آن با مشکلات زیادی همراه است. از این رو، دست یابی به اطلاعات ژنتیکی این گیاه از اهمیت بسیاری برای برنامه های به نژادی سنتی و مولکولی آن برخوردار می باشد. نشانگرهای مولکولی به ویژه نشانگرهای قدرتمند هم بارزی همانند نشانگرهای ریزماهواره (SSRs) جایگاه مهمی در برنامه های به نژادی دارند. در پژوهش حاضر برای اولین بار نشانگرهای ریزماهواره ی SSR بنه گیاه زعفران از ترانسکریپتوم بنه تحت تاثیر بیماری قارچی Fusarium oxysporum استخراج شدند. در این راستا پس از استخراج RNA، توالی یابی بر اساس چارچوب فنی Novaseq6000 انجام شد. یکپارچه‎سازی نوپدید با بهره گیری از نرم افزار Trinity صورت گرفت و برای شناسایی SSRها از ابزار جستجوی MISA استفاده شد. بر اساس نتایج این مطالعه، از 357028 رونوشت شناسایی شده، تعداد 70060 رونوشت دربرگیرنده ی توالی SSR بودند. همچنین از مجموع 89888 SSR شناسایی شده، تکرارهای 1 و 2 نوکلیوتیدی بیشترین فراوانی (50% و 26%) را به خود اختصاص دادند. بر اساس نتایج حاصل از الگوریتم BLAST، بیشترین میزان شباهت رونوشت های حاوی SSRها با برنج و آرابیدوپسیس به دست آمد. در مجموع از میان یونی ژن ها، تعداد 18846، 23988 و 10969 به ترتیب در پایگاه های داده ی UNIPROT، Nr و GO شناسایی شدند که تعداد 10375 یونی ژن در بین همه ی پایگاه ها مشترک بود. به دلیل اهمیت این گیاه در ایران به عنوان یک محصول راهبردی، توسعه نشانگرهای هم بارز با چندشکلی بالا مانند نشانگرهای SSR، برای بررسی تنوع ژنتیکی، ساخت نقشه های ژنتیکی، تجزیه و تحلیل پیوستگی و نقشه یابی QTLs در برنامه های به-نژادی این گیاه مهم خواهد بود.