مطالعه مقایسه ای پوشش ترانسکریپتومی و چندشکلی های تک نوکلئوتیدی ژنوم میتوکندری در گاو ‏هلشتاین (‏Bos taurus‏) در مقابل کلیستانی (‏Bos indicus‏)‏

هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی دلایل اختلاف بیان ژن بسیار فاحش بین دو زیر گونه گاو هلشتاین و کلیستانی و اهمیت ژن های میتوکندری این دو نژاد شامل COX1، COX2، COX3، ND1 وND2 می باشند که در فرآیندهای مهمی از جمله متابولیسم انرژی، در مقابله با تنش های زیستی و غیرزیستی و نیز مقاومت به بیماری نقش دارند. در این مطالعه از داده های RNA-Seq مربوط به ادغام 40 نمونه از مرکز گاو شیری دانشگاه ویسکانسین آمریکا (Bos taurus) و 45 گاو ماده کلیستانی (Bos indicus) در مزرعه گوجایتپیر شهر باهاوالپور واقع در ایالت پنجاب پاکستان استفاده شد. جهت بررسی سطح پوشش ترانسکریپتومی و اختلافات ژنتیکی که شامل نواحی چندشکلی، نواحی حذف و اضافه و نواحی اتصال بود از نرم افزار IGB استفاده شد. همچنین جهت تعیین مکان نواحی چندشکل و محاسبه درصد انواع جایگزینی های انتقالی و تقاطعی نوکلیوتیدها و هم ردیف سازی توالی ها نرم افزارهای MEGA6 و DnaSPV.5 استفاده شدند. نتایج حاصل از این مطالعه، بیانگر این بود که ژن COX1 به طول 1542 جفت باز، بیشترین سطح پوشش ترانسکریپتومی (کاوریج) در ژنوم میتوکندری را دارا بود و کمترین سطح پوشش ترانسکریپتومی مربوط به ژن ND1 بود. در بین ژن های میتوکندری، ژن COX1 بیشترین میزان حذف و اضافه را نشان داد که در نژاد هلشتاین بیشتر از کلیستانی بود. تعداد نواحی چندشکل در جایگاه COX1 بیشتر از سایر ژن ها و برابر با 19 ناحیه بود. همچنین نتایج نشان داد که درصد جایگزینی تک نوکلیوتیدی انتقالی در بازها بیشتر از جایگزینی تک نوکلیوتیدی تقاطعی می باشد که دلیل پایداری تغییرات در طی نسل های متفاوت هستند. بنابراین، دلایل احتمالی تفاوت بیان ژن های mtDNA می تواند در نتیجه تفاوت در اتفاقات فرآیندهای حذف و اضافه، پوشش ترانسکریپتوم و نواحی چندشکلی باشند.