طراحی بیوانفورماتیک و ساخت ایمونوژن RBD علیه اتصال ویروس SARS CoV_2

ویروس مسری SARS CoV_2 به سرعت در جهان شیوع پیدا کرد. این ویروس بیش از 550 میلیون نفر را در سراسر جهان آلوده کرده و منجر به مرگ حدود 7 میلیون نفر شده است. در سازوکار تهاجم ویروس، زیرواحد متصل شونده به گیرنده (RBD) از پروتیین Spike نقش مهمی در ورود ویروس به سلول میزبان دارد. در این مطالعه، با توجه به رویکردهای بیوانفورماتیکی، طراحی کاست، سازگاری کدون و پایداری پروتیین و درنهایت صحت سازه طراحی شده با بررسی بیان پروتیینی سنجیده شد. برای افزایش احتمال بیان کاست RBD، کدون های ژنی و پارامترهای مختلف بهینه شده و تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA برای افزایش ثبات انجام گردید. ساختار پروتیین سوم نیز پیش بینی شد و کیفیت ساختارها ارزیابی شدند. اپی توپ های خطی و فضایی تعیین شدند. پروتیین نوترکیب RBD بالاترین شاخص آنتی ژنی را نشان داد. شاخص سازگاری کدون پروتیین نوترکیب به 96/0 افزایش یافت. ساختار سوم پیش بینی شده بر اساس سرور I_TASSER کیفیت خوبی را نشان داد. تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA نشان داد که ساختار پیش بینی شده پایدار است و اپی توپ های تطبیقی و خطی در هر سه حوزه پروتیین نوترکیب مشاهده شده است. سپس سازه مورد نظر در میزبان باکتریایی بیان شد. نتایج ایمونوانفورماتیکی و بیان نشان داد سازه نوترکیب طراحی شده آنتی ژنیسیته و پتانسیل تولید بالایی دارد و می می تواند به عنوان یک کاندید ایمونوژن علیه ویروس SARS CoV_2 در مطالعات بعدی استفاده شود.