بررسی چند شکلی ناحیه ITS-rDNA فوزاریوم بخش‎های Elegans و Martiella-Ventricosum مرتبط با کدوییان با استفاده از مارکر RFLP در استان تهران

هدف از این تحقیق جمع آوری و شناسایی فوزاریوم های مرتبط با گیاهان تیره کدوییان در مناطق کشت این محصولات در استان تهران و ارزیابی چندشکلی ITS-rDNA RFLP به عنوان یک نشانگر مولکولی در بررسی روابط خویشاوندی این گروه از فوزاریوم ها می باشد.

در طول فصل زراعی از مناطق عمده ی کشت محصولات جالیزی استان تهران، از محل ریشه، طوقه، ساقه تا ارتفاع 15 سانتی متری و همچنین خاک اطراف گیاه (ریزوسفر)، نمونه برداری ها به عمل آمد. جدایه های قارچی بر روی محیط کشت PPA کشت، و به روش تک اسپور کردن خالص سازی شده و سپس بر اساس ویژگی های ریخت شناسی شناسایی شدند. DNA ژنومی قارچ ها استخراج شد. ناحیه ژنومی rDNA ITS جدایه های فوزاریوم با استفاده از پرایمرهای ITS1 و ITS4، تکثیر شد. محصولات PCR با استفاده از آنزیم های Sma Ι، Bgl ΙΙ و Mbo Ι مورد هضم قرار گرفتند و سپس بر روی ژل آگارز 5/2 درصد بارگذاری شدند. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار NTSYS-PC V2.02 انجام شد. بدین نحو که ابتدا یک ماتریکس داده از وجود (1) یا عدم وجود (0) هر باند برای هر جدایه ترسیم شد. سپس با استفاده از ضریب شباهت SM، ماتریکس فاصله ژنتیکی تولید و بر اساس مقیاس SAHN و روش UPGMA دندوگرام شباهت جدایه ها ترسیم شد.

در مجموع تعداد 95 جدایه فوزاریوم متعلق به گونه های Fusarium solani و F. oxysporum شناسایی شد که از این تعداد، 45 جدایه متعلق به F. solani و 50 جدایه به عنوان F. oxysporum تشخیص داده شد. از تکثیر ناحیه بین ITS1 و ITS4 در جدایه های F. oxysporum یک ناحیه ی  bp 25±550 و در جدایه های F. solani ، ناحیه ای به اندازه ی bp 25±575 به دست آمد.آنزیم Bgl ΙΙ فاقد جایگاه برشی در ناحیه ی ITS بود. آنزیم Sma Ι در گونه های F. oxysporum بدون جایگاه برشی، ولی در گونه های F. solani دارای یک جایگاه برشی بود و دو قطعه ی 350 و 230 جفت بازی تولید شد. آنزیم Mbo Ι در برخی جدایه های تشخیص داده شده به نام F. oxysporum چهار باند (bp 180،bp 160، bp 130و bp 90)تولید کرد که این جدایه ها به عنوان F. redolens تشخیص داده شدند و در دیگر جدایه های F. oxysporum دو باند bp 320 و bp 190 تولید شد. آنزیم Mbo Ι در جدایه های F. solani به استثنای چند جدایه فاقد جایگاه برشی بود.

به نظر می رسد، استفاده از روش rDNA-RFLP با استفاده از آنزیم های برشی Sma I و Mbo I می تواند روش مناسبی برای تفکیک گونه های فوزاریوم متعلق به دو بخش Elegans و Martiella-Ventricosum از همدیگر و همچنین بررسی تنوع داخل یا بین گونه ای در بخش Elegans باشد.