استفاده از علم بیوانفورماتیک برای تشخیص آلودگی میگو به ویروس بیماری لکه سفید

ویروس سندرم لکه سفید یک عامل مهم مرگ و میر میگو پرورشی در سراسر کشورهای جهان بشمار می رود (Witteveldt et al, 2001) ویریونهای غشا دار این ویروس ذرات متقارن بیضوی تا میله ای شکل با قطری بین 120 تا 150 نانومتر و طولی در حدود 270 تا 290 نانومتر هستند. انتهای دم مانندی در یک انتهای ویریون وجود دارد (Hulten et al. , 2002). این ویروس دارای ژنوم DNA حلقوی دو رشته ای با طولی در حدود 305 هزار جفت باز است که در آن ORF وجود دارد. ویروس سندرم لکه سفید، میگو و سایر سخت پوستان را آلوده می کند. ویروس دارای حداقل پنج پروتئین ویریون اصلی است که سه تا از آنها یعنی VP15, VP24, VP26 در نوکلیوکپسید میله ای شکل و دو تای دیگر یعنی VP19, VP28در غشا ویروس وجود دارد (Mohan et al. , 2002).
هیچکدام از 5 پروتئین اصلی ساختمانی این ویروس گلیکوزیله نیستند. که این یک خصوصیت غیر معمول در بین ویروس های جانوری غشا دار است (Hulten et al. , 2000b).
اگر چه ویروس لکه سفید از نظر مورفولوژی شبیه باکولوویروسهای حشرات است ولی این دو از نظر توالی های اسیدهای آمینه به هم مرتبط نیستند. حتی برخی ژنهای این ویروس همولوژی بیشتری با ژنهای یوکاریوتیک دارند. در حقیقت توالی ویروس لکه سفید با همه ویروس ها متفاوت است (Yang et al. , 2001).
مطالعات فیلوژنیک نیز نشان می دهند که پروتئین های این ویروس در ایزوله های مختلف، آن بسیار نزدیک به هم هستند. درخت فیلوژنیک این پروتئین ها را از این نظریه حمایت می کند که ویروس سندرم لکه سفید یک ویروس متمایز از سایر خانواده های ویروس می باشد و به هیچکدام از خانواده های شناخته شده فعلی تعلق ندارد (Chen et al. , 2002).