تجزیه داده های ژنومی حاصل ازk SNP chip 70 جهت شناسایی جایگاه های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب

انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی آلل های مطلوب در جمعیت های حیوانی، سبب برجای ماندن برخی نشانه ها در ژنوم حیوانات می شود که معمولا با صفات مهمی در ارتباط هستند. امروزه با پیشرفت توالی یابی نسل جدید و دسترسی آسان تر به اطلاعات ژنومی حیوانات، مدل هایی برای شناسایی نشانه های انتخاب بر پایه فراوانی آللی و طول هاپلوتیپی ارایه شده است. در این پژوهش نشانه های انتخاب متمایزکننده دو جمعیت اسب نژاد کرد و کاسپین با استفاده از تراشه k70 مورد بررسی قرار گرفت.

در این تحقیق از 35 راس اسب نژاد کاسپین و 31 راس اسب نژاد کردی نمونه خون جمع آوری شد. پس از استخراج DNA و تعیین توالی (توسط شرکت ایلومینا) کنترل کیفی داده ها برای فراوانی آلل حداقل)0/01pMAF< (و نرخ تعیین ژنوتیپ)0/05 (pGENO< و انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ) 6- 10×1PH-W<) انجام شد. در ادامه کنترل کیفی با استفاده از آزمون تتا (θ) انجام گرفت و با استفاده از سایت Ensemble به شناسایی جایگاه های SNPها پرداخته و در نهایت ژن های مرتبط با این جایگاه ها مشخص شدند.

پس از انجام کنترل کیفیت داده های ژنومی و ادغام اطلاعات دو جمعیت بر اساس بسته نرم افزاری R 61 اسب با 52650 SNP برای ادامه آنالیزها باقی ماندند. در این پژوهش با استفاده از آزمون های آماری Fst به روش براوردگر نااریب تتا در نهایت تعداد 31 نشانگر متمایز کننده دو نژاد اسب مورد مطالعه شناسایی شدند.

نتایج نشان داد که دو نژاد اسب کاسپین و اسب کرد در دو دسته جداگانه قرار دارند. نژاد اسب کردی دارای تنوع و پراکندگی بیشتری نسبت به اسب کاسپین بود. از مهم ترین ژن های شناسایی شده مرتبط با جایگاه های معنی دار، ژن های INPP5F، HPSE2، R3HCC1، DOCK3،ITGB6، GM6B، PHEX، WDR13، LRCH2، GRIA3، THOC2 بودند. بیشتر ژن های شناسایی شده در این پژوهش با تبادلات بین سلولی، انقباضات ماهیچه ای، ایمنی، پشتیبانی غشا پایه، پایداری DNA، سیستم عصبی در ارتباط بودند.