مقایسه سه روش مختلف استخراج RNA ژنومی از پوست و گوشت میوه پرتقال تامسون ناول (Citrus sinensis L.)

پژوهش حاضر به منظور مقایسه روش های مختلف استخراج RNAکل با کیفیت بالا در پرتقال تامسون ناول می باشد. مرکبات جز یکی از میوه های استراتژیک در ایران محسوب می گردد و یافتن روش مناسب و کم هزینه برای کارهای اجرایی و مولکولی حایز اهمیت است. مواد گیاهی مورد استفاده برای استخراج RNA کل از دو قسمت مختلف پوست (شامل فلاودو و آلبدو) و گوشت پرتقال تامسون ناول از ایستگاه تحقیقات باغبانی قایم شهر، مازندران در سال 1398 جمع آوری شدند. میوه ها بعد از نمونه گیری، در نیتروژن مایع به حالت فریز شده قرار گرفتند و تا زمان استفاده در منفی 80 درجه سانتی گراد نگهداری شدند. به منظور تجزیه و تحلیل مولکولی، نمونه ها به آزمایشگاه گروه باغبانی گرگان منتقل شدند. و برای مطالعه از سه روش شامل: تریازول، دنازیست غیر ستونی و RNX-PlusTM استخراج RNA کل ارزیابی گردید. به منظور نشان دادن کیفیت و کمیت RNA، بر روی ژل آگارز 1% و با استفاده از اسپکتوفتومتر نانو درآپ در طول موج 230، 260 و 280 تعیین گردید. نتایج با استفاده از طرح کاملا تصادفی در سه تکرار و آزمون دانکن در سطح معنی دار 5 درصد و با استفاده از نرم افزار SAS 9.0 مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج وجود باندهای ریبوزومی S28 و S18 مجزا و واضح روی ژل الکتروفورز نمایش می دهد و یکپارچگی RNA با باندهای ریبوزومی شارپ بدست آمد. همچنین با استفاده از این روش ها نسبت جذب 280/260، بین 94/1- 80/1 بیانگر این است که، نمونه ها بدون آلودگی پروتیین در RNA استخراج شده بودند. و در نسبت جذب 230/260، بین 14/2- 0/2 نمونه ها بدون آلودگی پلی ساکارید و فنل نشان داده شد. در مقایسه با سایر روش ها، در روش تریازول اختلاف معنی داری مشاهده شد. این روش به طور موفقیت آمیزی باعث جداسازی RNA از دو بخش میوه پرتقال شد. به طورکلی نمونه های جذب 9/1 تا 2 بیشترین خلوص RNA استخراجی دارند و متوسط غلظت RNA در روش تریازول به ترتیب در پوست پرتقال 90/379 (نانو گرم بر میکرو لیتر) و گوشت پرتقال 15/352 (نانو گرم بر میکرو لیتر) داشتند. و کمترین غلظت در روش دنازسیت غیر ستونی به میزان 10/263 (نانو گرم بر میکرو لیتر) در گوشت میوه محاسبه گردید. روش تریازول یکی از بهترین ها برای استخراج RNA کل باکیفیت می باشد. در ارتباط با این روش بیشترین غلظت و خلوص RNA در نمونه های مختلف (پوست و گوشت) پرتقال نشان داد. به طور کلی در نمونه های پوست (فلاودو و آلبدو) غلظت RNA بیشتری بدست آمد.