شناسایی و طبقه بندی واریانت های ژنومی گاومیش های رودخانه ای خوزستان با استفاده از فناوری توالی یابی
توسعه سریع فناوری های توالی یابی کل ژنوم و ابزارهای بیوانفورماتیک، نقطه شروعی برای کشف تنوع ژنتیکی گستره در سطح کل ژنوم موجودات را فراهم می کند. گاومیش از جمله حیوانات اهلی مهم در سطح جهانی است که ارزش اقتصادی زیادی برای جوامع انسانی دارد که برای تولید محصولاتی مثل شیر، گوشت، چرم و نیز به عنوان نیروی کار از آنها استفاده میشود. گاومیش های نژاد خوزستانی یکی از مهمترین نژاد گاومیش در ایران هستند که در غرب و جنوبغربی ایران پراکنده شدهاند. بیشترین جمعیت این نژاد در استان خوزستان وجود دارد که با شرایط جغرافیایی این منطقه کاملا سازگار شدهاند. در این مطالعه، شناسایی تنوع ژنتیکی در سطح کل ژنوم گاومیشهای نژاد خوزستانی با استفاده از تکنیک توالییابی انجام گرفت.
مواد و روشها:
کنترل کیفیت خوانشهای توالییابی شده با استفاده از پارامترهای مرتبط با کیفیت به وسیله ی نرم افزار FastQC (v0.12.1) انجام شد. ارزیابی خوانش های قطعات توالییابی نشان داد که همهی نمونه ها از کیفیت بالایی برخوردار بودند. برای هم ردیفی داده ها با ژنوم مرجع از بسته نرمافزاری BWA-MEM استفاده شد. در ادامه واریانتهای ژنومیک با استفاده از نرم افزار Freebayes به دست آمد. سپس، فیلتراسیون نهایی روی فایل واریانتها انجام گرفت. این فیلتراسیون به منظور افزایش کیفیت آنالیز و حذف واریانتهای با کیفیت پایین انجام گرفت.
یافته ها:
درصد همردیفی برای همهی نمونه ها بالاتر از 97/44 درصد و میزان همپوشانی در نمونه های توالییابی شده بین 4/3x تا 12/9x بود که نشان دهندهی کیفیت مناسب خوانشها است. همچنین، در این مطالعه تعداد 76.676.529 میلیون واریانت شناسایی شده است که به طور نسبتا مساوی در بین کروموزومهای گاومیشهای خوزستانی توزیع شده بودند. بیشترین و کمترین تعداد واریانتها به ترتیب روی کروموزوم شماره 1 و 28 مشاهده شد. در این مطالعه، تعداد جهش های جابه جایی و معکوس شناسایی شده در سطح ژنوم به ترتیب برابر با 298.193.017 و 135.694.466 و نسبت جهش های جابه جایی به معکوس به میزان 2/1989 (Ts/Tv) برآورد شد.
وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت گاومیش های بومی ایران، پارامترهای باارزشی هستند که با مطالعه آن ها می توان پتانسیل ژنتیکی صفات اقتصادی در این جمعیت ها را به منظور طراحی برنامه های مناسب اصلاح نژادی مورد ارزیابی قرار داد.
- حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران میشود.
- پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانههای چاپی و دیجیتال را به کاربر نمیدهد.