مطالعه مقایسه ای پروفایل بیان ژن و بیان اختصاصی آللی در سه بافت قلب، عضله اسکلتی و طحال خروس های سازگار پرورش یافته در شرایط جغرافیایی کم ارتفاع و مرتفع مبتنی بر پایگاه های با دسترسی آزاد داده های RNA-Seq

پژوهش حاضر به منظور بررسی مقایسه ای پروفایل توام بیان ژن و الگوی بیان اختصاصی آللی (ASE) در سه بافت قلب، عضله و طحال خروس های پرورش یافته و سازگار به مناطق کم ارتفاع و مرتفع مبتنی بر پایگاه های داده های RNA-Seq با دسترسی آزاد انجام شد. بدین منظور، مجموع داده های ترانسکریپتوم برای 54 خروس در سه بافت مورد اشاره از راه هم ردیفی و نقشه یابی خوانش های خام RNA-Seq روی توالی کل ژنوم مرجع مرغ اهلی با استفاده از نرم افزار TopHat2 مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، تجزیه و تحلیل بیان افتراقی ژن میان خروس ها با استفاده از نرم افزار cufflinks، 2260 ژن دارای تفاوت بیان را در دو منطقه جغرافیایی نشان داد (0002/0=P). شناسایی و یافتن چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) با استفاده از بسته نرم افزاریSamtools ، به فهرستی شامل تعداد 475996، 388224 و 1169394 SNP به ترتیب در بافت های قلب، عضله و طحال انجامید. پس از انجام آزمون کای اسکوئر، 48906 (3/10%)، 28529 (3/7%) و 76251 (5/6%) SNP به عنوان  ASE-SNP در بافت های قلب، عضله و طحال مشاهده شدند (05/0<p). مقایسه پروفایل بیان ژن و ASE-SNPهای کشف شده در سویه های سازگار با محیط های پرورشی متفاوت از نظر ارتفاع می توانند برای شناسایی جهش های مقاومت در برابر بیماری های مرتبط با پرورش در محیط های مختلف مورد استفاده قرار گیرد. در مجموع، نتایج این مطالعه می تواند روشی موثر و کارآمد و منبع جدید و مطلوبی را برای انتخاب، پیش روی متخصصان اصلاح نژاد دام و طیور قرار دهد.