شناسایی نشانگرهای مولکولی اختصاصی سیتوپلاسم نرعقیم WA در برنج و تولید نشانگرهای اختصاصی SCAR

در این مطالعه از 4 لاین نرعقیم سیتوپلاسمی و 4 لاین نگهدارنده متناظر با آنها جهت بررسی های مولکولی استفاده شد. با استفاده از 35 آغازگر RAPD اقدام به تکثیر دی. ان. ا. لاین های ایزوسیتوپلاسمیک نرعقیم و نگهدارنده شد. پنج آغازگر RAPD توانستند پنج نوار چندشکل میان لاین نرعقیم سیتوپلاسمی ندا-A و لاین نگهدارنده آن ندا-B پیدا نمایند. برای تایید بیشتر ارتباط نوارهای شناسایی شده با سیتوپلاسم نرعقیم یا نربارور، از این 5 آغازگر برای غربال دی. ان. ا. شش لاین نرعقیم و نگهدارنده هم استفاده شد که از میان آنها تنها دو آغازگر OPC05 و OPH03 توانستند نوارهای اختصاصی سیتوپلاسم نرعقیم را تکثیر کنند. آغازگرهای OPC05 و OPH03 تولید نوارهایی به ترتیب به طول 500~ جفت باز و 1900~ جفت باز نمودند. نوار 1900~ جفت بازی تولید شده توسط OPH03 با موفقیت در پلاسمید pGEM-T همسانه سازی و سپس توالی یابی شد. براساس توالی این نوار، چندین آغازگر جدید SCAR طراحی و ساخته شد و از آنها برای یافتن چندشکلی میان لاین های نرعقیم و نگهدارنده استفاده شد. نتایج PCR با این آغازگرهای SCAR حاکی از آن است که دو تا از این آغازگرها در ترکیب با هم (SCARmt01R-SCARmt01F) قادر به تولید چندشکلی میان لاین های نرعقیم و نگهدارنده هستند. همچنین استفاده از آغازگرهای ترکیبی RAPD منجر به تولید چندشکلی میان لاین CMS و لاین نگهدارنده توسط آغازگرهای OPA01-OPB04 شد. همسانه سازی و توالی یابی نوار تولید شده توسط این آغازگرها و طراحی سه جفت نشانگر SCAR جدید بر اساس این توالی، نیز منتج به شناسایی یک نشانگر همبارز و اختصاصی SCAR با قابلیت بازشناسی لاین های CMS از لاین های نگهدارنده شد. شناسایی این نشانگرها و استفاده از آنها در ترکیب با هم می تواند به پیشبرد اهداف اصلاحی در برنامه تولید برنج هیبرید کمک شایانی نماید.