جداسازی گونه Meloidogyne cruciani از گلخانه های خیار منطقه جیرفت و بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه ای آن با استفاده از نشانگر RAPD-PCR

به منظور شناسایی نماتدهای ریشه گرهی خیار در گلخانه های منطقه جیرفت، طی سال های 1386 و 1387، تعداد 35 نمونه خاک و ریشه آلوده به نماتدهای ریشه گرهی از 10 گلخانه خیار مربوط به سه منطقه عمده خیار کاری منطقه جمع آوری و از نمونه خاک برای استخراج نرها و از ریشه های آلوده جهت استخراج ماده های بالغ، لارو سن دوم و تکثیر نماتد در گلخانه استفاده شد. با توجه به مشخصات ریخت شناسی و ریخت سنجی لاروهای سن دوم، نرها و شبکه کوتیکولی انتهای بدن ماده ها، دو گونه Meloidogyne javanica و Meloidogyne cruciani شناسایی گردید. به منظور مطالعات مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه ای M. cruciani، گونه مذکور در گلخانه تکثیر شد. پس از خالص سازی و تکثیر نماتد بر روی رقم حساس گوجه فرنگی (Rutgers) در گلخانه، تخم ها و لاروهای سن دوم هر ریشه جدا و به عنوان یک جمعیت در نظر گرفته شد. سپس استخراج DNA هرجمعیت به روش سیلوا و همکاران انجام و پس از تعیین کمیت و کیفیت DNA، جهت بررسی تنوع در کل ژنوم، تکنیک RAPD-PCR با ده آغازگر ده نوکلئوتیدی و با استفاده از کیت های Bioneer''s AccupowerTMPCR PreMixes انجام گرفت. پس از انجام واکنش، فرآورده های PCR بروی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و چندشکلی های بوجود آمده از DNA هر جمعیت در این تکنیک، بر اساس وجود یا عدم وجود باند به صورت داده های صفر و یک در اکسل وارد و سپس ماتریس تشابه برمبنای ضریب شباهت Dice محاسبه شد و جهت بررسی تنوع بین جمعیت ها، ماتریس تشابه به ماتریس فاصله ژنتیکی تبدیل و تجزیه خوشه ایبه روش UPGMA در نرم افزار NTSYS انجام و دندروگرام مربوطه رسم گردید. در سطح تشابه 72 درصد جمعیت ها در دو گروه قرار گرفتند و با توجه به نتایج کلی، نشانگر RAPD توانست 91-71 درصد تشابه و 29-8 درصد تفاوت بین جمعیت های گونه مورد مطالعه نشان دهد.