ارزیابی و بهینه سازی روش های مختلف استخراج RNA از بافت های منجمد انسانی

استفاده از RNAی سالم جهت به کارگیری در روش های ژنتیک مولکولی مانند میکرواری و Real-time polymerase chain reaction یا RT-PCR کمی، ضروری به نظر می رسد. کار با RNAیی با کیفیت پایین، ممکن است نتایج بعدی حاصل از کار بر روی این RNA را تحت تاثیر قرار دهد. در مطالعه ی حاضر بر آن شدیم با مقایسه و بهینه سازی روش های مختلف استخراج RNA با استفاده از کیت های متفاوت و تیمار با آنزیم DNase، به روشی استاندارد جهت استخراج RNAی از بافت های منجمد انسانی دست یابیم.
با استفاده از کیت های RNX plus سیناژن، RNeasy Mini و RNeasy Plus Mini کیاژن، استخراج RNAی کل از بافت های منجمد انسانی شامل معده (40 عدد)، گلیوما (5 عدد) و پستان (15 عدد) صورت گرفت و به منظور از بین بردن DNAی ژنومی، از تیمار با DNase استفاده شد. پس از استخراج RNA، کیفیت و کمیت آن با استفاده از اسپکتروفوتومتری و ژل الکتروفورز مورد بررسی قرار گرفت. بعد از سنتز cDNA، روش RT-PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده برای ژن TBP انجام شد و نتایج با استفاده ی از الکتروفورز ژل آگارز مورد بررسی قرار گرفت.
RNAی استخراج شده با کیت RNX plus سیناژن بعد از تیمار با DNase نتایج مناسبی در واکنش RT-PCR نشان نداد. RNAی استخراجی با کیت RNeasy Mini کیاژن به دلیل استفاده ی از DNase در مراحل استخراج RNA و کیت RNeasy Plus Mini نیز به دلیل داشتن ستون حذف کننده ی DNA ژنومی کیفیتی خوب برای واکنش RT-PCR داشتند.
ترکیب کیت RNaesy Mini، محلول کیازل و استفاده ی از DNase طی مراحل استخراج، مناسب ترین روش جهت استخراج RNA از بافت های منجمد انسانی بوده و RNAی استخراجی می تواند با اطمینان جهت آزمایش های مولکولی پایین دستی مورد استفاده قرار گیرد.