فهرست مطالب

ژنتیک نوین - سال یازدهم شماره 3 (پیاپی 46، پاییز 1395)
  • سال یازدهم شماره 3 (پیاپی 46، پاییز 1395)
  • تاریخ انتشار: 1395/10/19
  • تعداد عناوین: 16
|
  • محمود باقری، محمدرضا نقوی، محمدرضا حسندخت، علی اکبر شاه بوشهری* صفحه 319
    یکی از مهم ترین صفات نامطلوب بادمجان وجود تلخی در میوه های آن است که عمدتا مربوط به وجود گلیکوآلکالویید سولاسونین می باشد. تولید و تجمع این ماده با اضافه شدن قند به آلکالویید سولاسودین توسط آنزیم های سولاسودین گلیکوزیل ترانسفراز (Solasodine glycosyltransferase) انجام می شود. این آنزیم در بادمجان شناسایی و خصوصیات آن تعیین شده ولی توالی ژن کدکننده آن مطالعه نشده است. بنابراین هدف از این مطالعه شناسایی و توالی یابی ژن کدکننده این آنزیم در بادمجان می باشد. در این مطالعه، توالی های مربوط به ژن sgt1 در گونه های خویشاوند بادمجان از NCBI استخراج و با هم ردیفی آن ها نواحی حفاظت شده مشخص شد. واکنش های PCR بر روی DNA و cDNA با ترکیب های آغازگری مختلف منجر به تکثیر باندهایی با اندازه های مختلف بین حدود 200 تا 3000 جفت باز شد. تعدادی از این باندها پس از الکتروفورز، از روی ژل جدا و توالی یابی شدند. توالی های مربوط بررسی و با حذف مناطق هم پوشان، توالی ناحیه کدکننده این ژن در بادمجان مشخص شد. بررسی های بیوانفورماتیکی نشان داد که توالی این ژن در بادمجان تشابه بالایی با توالی آن در سایر گیاهان خانواده Solanaceae از قبیل سیب زمینی، گوجه-فرنگی، فلفل و توتون دارد. دستیابی به توالی این ژن در بادمجان می تواند مقدمه ای برای انجام تحقیقات مشابه و دستیابی به توالی ژن های sgt2 و sgt3 شود. کاهش بیان و حتی خاموش کردن این ژن ها منجر به تولید ژنوتیپ های بادمجان با تلخی پایین تر و کیفیت به مراتب بالاتر خواهد شد.
    کلیدواژگان: بادمجان، تلخی، سولاسونین، sgt1
  • مهرداد قاسمی میمندی، محمدرضا محمدآبادی*، علی اسمعیلی زاده کشکوییه، مهدیه منتظری صفحه 329
    اندازه گیری میزان پراکنش، یکی از رویکردهای اصلی در تحقیقات زیستی به شمار می رود. آزمون انتساب نیز در تشخیص منشا یک فرد، ارزیابی تمایز جمعیتی و پزشکی قانونی اهمیت به سزایی دارد. هدف از این تحقیق، تعیین سطح تنوع ژنتیکی و انتساب افراد به پنج جمعیت از شترهای شمال استان کرمان با استفاده از هشت نشانگر ریزماهواره بود. از جمعیت شترهای شهرستان های شهربابک، رفسنجان و راور تعداد 81 نمونه خون جمع آوری شد. کم ترین میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار در جمعیت صحرای جهاد (77/0) و بیش ترین آن در جمعیت رفسنجان 1 (84/0) مشاهده شد. برای مطالعه انتساب افراد به جمعیت های مربوطه از هفت روش متفاوت استفاده شد. در بین روش های مبتنی بر درست نمایی روش بیزی رانالا و مانتین و در بین روش های مبتنی بر فاصله ژنتیکی، روش دی نئی بیش ترین صحت را نشان دادند. در مجموع نشانگرهای مورد استفاده توانستند در 29 درصد موارد در انتساب افراد به جمعیت مبداشان موفق عمل نمایند.
    کلیدواژگان: انتساب افراد، تنوع ژنتیکی، شتر، نشانگر ریزماهواره
  • زهرا پریخانی*، بهزاد صادق زاده، سید ابوالقاسم محمدی صفحه 337
    برای مکان یابی QTLهای کنترل کننده تجمع ماکروالمنت کلسیم (Ca) در جو زراعی، تعداد 148 دابل- هاپلوئید (DH) برای صفات غلظت و محتوای کلسیم در اندام هوایی در مرحله خوشه دهی در آزمایش گلدانی در قالب طرح پایه کاملا تصادفی با سه تکرار مطالعه شدند. جمعیت دابل هاپلوئید حاصل تلاقی بین Clipper (با کارایی پایین تجمع کلسیم) وSahara3771 (با کارایی بالای تجمع کلسیم) بود. در این تحقیق 30 نشانگر جدید ISSR به 466 جایگاه قبلی روی نقشه پیوستگی جمعیت اضافه شد. نشانگرها در مجموع 1460 سانتی مورگان از ژنوم جو را پوشش دادند و متوسط فاصله دو نشانگر مجاور سه سانتی-مورگان بود. تجزیه QTL منجر به شناسایی پنج و دو عددQTL به ترتیب برای صفات غلظت و محتوای کلسیم بوته شد که این QTLها توانستند به ترتیب 75 و 23 درصد از کل تنوع فنوتیپی را تبیین کنند. QTL واقع بر کروموزوم 2H با 52 درصد موثرترین (دارای بزرگ ترین اثر) QTL برای غلظت کلسیم بوته بود. شناساییQTL های بزرگ اثر در غلظت و محتوای کلسیم بوته، سودمندی استفاده از مارکر-های مولکولی در نقشه یابی ژنی برای کارایی کلسیم را نشان می دهد که از این پتانسیل می توان برای انتخاب به کمک نشانگر در آینده ای نزدیک در برنامه های اصلاح برای کارایی کلسیم در جو استفاده کرد.
    کلیدواژگان: ISSR، SSR، تجمع کلسیم، جو زراعی، مکان های ژنی صفات کمی (QTL)
  • زهرا زنگیشه‎ای، هومن سالاری* صفحه 349
    محلول‎های محافظت کننده به‎عنوان تنظیم‎کننده های اسمزی غیرسمی در سیتوپلاسم شناخته می‎شوند. گلایسین‎بتائین از‎ مهم‎ترین این ترکیبات است که در بسیاری از گیاهان در پاسخ به اثرات سوء تنش‎های غیرزیستی سنتز شده و تجمع می‎یابد. در ‎برخی ‎از گونه هایی که به عنوان انباشت‎کننده طبیعی گلایسین‎بتائین طبقه‎بندی می شوند، در شرایط تنش، کولین طی یک مسیر دو مرحله‎ای ساده توسط آنزیم‎های کولین‎مونواکسیژناز (CMO) و بتائین‎آلدهیددهیدروژناز (BADH) به گلایسین‎بتائین اکسید می شود. براساس اطلاعات موجود در پایگاه داده ژنوم آرابیدوپسیس (تارنمای TAIR) ژن‎های احتمالیAtALDH8 و AtALDH9 آنزیم‎های اکسید-کننده بتائین به گلایسین‎بتائین را در گیاه آرابیدوپسیس رمز می‏کنند. در مطالعه حاضر با بهره‎گیری از روش آنالیز نسبی بیان ژن‎ها به‎کمک تکنیک (qRT-PCR) Quantitative RealTime PCR به ارزیابی تاثیر دو سطح قطع آبیاری بر الگوی بیان دو ژن‎AtALDH8 وAtALDH9 در سه اندام برگ‎های درحال توسعه، برگ‏های توسعه یافته و ریشه در آرابیدوپسیس پرداخته شد. مشاهدات نشان داد که رفتار این دو ژن در مواجهه با تنش خشکی متفاوت است. ‎به رغم این که بیان ژن AtALDH8 چندان متاثر از تنش و نوع اندام نبود، میزان بیان ژن AtALDH9 بسیار به این فاکتورها وابسته بود. درحالی‎که بیان AtALDH9 در پاسخ به 12 روز قطع آبیاری در برگ‎های توسعه یافته بدون تغییر بود، در برگ‎های درحال توسعه به حدود 7/0 برابر شاهد کاهش و در ریشه تا نزدیک به چهار برابر آن افزایش یافت. در رفتاری متفاوت، پس از 16 روز قطع آبیاری بیان این ژن در برگ‎های در حال توسعه تقریبا به 5/2 برابر در مقایسه با شاهد افزایش و در برگ‏های توسعه یافته و ریشه با کاهش روبرو و به حدود 2/0 برابر شاهد رسید. به‎طور کلی به‏نظر می‎رسد که AtALDH9 ایزوفرم موثر در شرایط مواجهه با تنش خشکی در آرابیدوپسیس است.
    کلیدواژگان: آربیدوپسیس تالیانا، بتائین آلدهیددهیدروژناز، تنش خشکی، گلایسین بتائین، qRT، PCR
  • مجید پسندیده*، حامد خراتی کوپایی، محمدرضا محمدآبادی، علی اسماعیلی زاده کشکوییه صفحه 357
    سلول‏های بدنی یکی از اجزای شیر هستند که در اثر بازسازی طبیعی بافت غده ای پستان تولید می‏شوند. تعداد این سلول‏ها در شیر هم بیانگر سلامت دام و هم شیر تولیدی گاوها است، از این رو تعداد سلول‏های بدنی موجود در شیر شاخص مهمی برای به‏نژادی دام می‏باشد. در این مطالعه ارتباط بین ژنوتیپ‏های ژن‏های واقع روی کروموزوم شش گاوی (OPN و PPARGC1A) و تعداد سلول بدنی در شیر بررسی شد. استخراج DNA از نمونه های خون جمع آوری شده از 398 راس گاو هلشتاین از استان‏های تهران و اصفهان به روش نمکی انجام شد. چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژن‏ها با روش PCR-RFLP تعیین ژنوتیپ شدند. تجزیه مدل‏های خطی با در نظر گرفتن ژنوتیپ‏های مورد بررسی به عنوان اثرات ثابت نشان داد که اختلاف معنی‏داری بین ژنوتیپ‏های موقعیت 3359 از ژن PPARGC1A و موقعیت 8514 از ژن OPN با تعداد سلول بدنی شیر وجود دارد (05/0P<). بیش ترین میانگین تعداد سلول‏های بدنی مربوط به ژنوتیپ‏های AC و CC به ترتیب در جایگاه های (3359) PPARGC1A و (8514) OPN بود. اگرچه مطالعات بیش تری برای تایید نتایج تحقیق حاضر نیاز است، اما این مناطق ژنومی می‏توانند به عنوان نشانگرهای ژنتیکی برای بهبود ورم پستان در گاوهای شیری مورد استفاده قرار گیرند.
    کلیدواژگان: تعداد سلول های بدنی شیر، گاو هلشتاین، ورم پستان، OPN، PPARGC1A
  • انسیه طاهری، رضا شیرزادیان خرم آباد، غلامرضا شریفی سیرچی*، عاطفه صبوری، خدیجه عباس زاده صفحه 367
    در این تحقیق، تنوع فیتوشیمیایی و ژنتیکی سه توده بومادران در استان هرمزگان با استفاده از نه آغازگر RAPD مورد بررسی قرار گرفت. از مجموع نه آغازگر که برای انگشت نگاری انتخاب شد، در مجموع 112 باند چندشکل تولید شد. مقدار متوسط باند چندشکل برای هر آغازگر 44/12 باند بود. بر اساس تجزیه کلاستر بر مبنای ضریب تشابه جاکارد با استفاده از الگوریتم UPGMA برای سه جمعیت بومادرانی که شامل 30 نمونه گیاهی بود ژنوتیپ ها به سه گروه دسته بندی شدند. در این دسته بندی ژنوتیپ های هر توده در یک گروه جداگانه قرار گرفتند. همچنین در این پژوهش ترکیبهای شیمیایی و مقدار اسانس سه توده بومادران مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که تفاوت بالایی بین تمامی توده های مورد مطالعه در ترکیبات اسانسی بود. ترکیب δ-2-Carene با 79/33 درصد، بالاترین میزان ترکیب مشاهده شده در توده های بومادران بررسی شده در استان هرمزگان را به خود اختصاص داد. به طور کلی نتایج این آزمایش حاکی از تنوع بالای ژنتیکی و فیتوشیمیایی جمعیت های بومادران از لحاظ نشانگر مولکولی مورد استفاده و ترکیبات اسانسی بود.
    کلیدواژگان: تنوع ژنتیکی، تنوع فیتوشیمیایی، شاخص بازداری، RAPD، UPGMA
  • زینب رویین*، معظم حسن پور اصیل، عاطفه صبوری صفحه 377
    فعالیت های فیزیولوژیک و تغییرات بیوشیمیایی بعد از برداشت گل های بریدنی هم چنان ادامه دارد. این شرایط سبب کاهش ماندگاری و تسریع فرایند پیری گل می شود. با هدف شناسایی نشانگرهای AFLP مرتبط با پیری گل داوودی از تجزیه ارتباط استفاده شد. ارتباط بین صفات بیوشیمیایی و نشانگرهای ملکولی با استفاده از 25 ترکیب آغازگری (EcoRI و MseI ) و 44 ژنوتیپ گل داوودی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که همبستگی مثبت و معنی داری (**304/0r=) بین غلظت پروتئین و پراکسیداسیون لیپید به عنوان شاخص های پیری، وجود دارد. بررسی تجزیه ارتباط در مدل MLM برای پنج متغیر سبب شناسایی 143 نشانگر معنی دار و مرتبط با صفات بیوشیمیایی شد، در حالی که در مدل GLM، 419 نشانگر مرتبط با صفات مذکور شناسایی شد. بیش ترین تعداد نشانگر معنی دار برای میزان مالون دی آلدئید (49 نشانگر) و کم ترین تعداد نشانگر (14 نشانگر) برای پیری گلبرگ داوودی مشاهده شد. قوی ترین ارتباط (47 درصد)، بین میزان آنزیم سوپراکسیددیسموتاز و نشانگر M-CAC/E-AGA13 برقرار بود. از طرف دیگر بیش از 32 درصد از تغییرات مربوط به پیری گلبرگ توسط نشانگر M-CTT/E-AAC35 بیان شد. هم چنین نتایج پژوهش حاضر نشان داد که برخی از نشانگرها با بیش از یک صفت ارتباط دارند. بنابراین نشانگرهای آگاهی بخش حاوی اطلاعات مفید مانند M-CTG/E-ACC16، M-CAA/E-AAG40 و M-CTG/E-AGA3 که همبستگی معنی داری با چندین صفت دارند، در صورت تائید در سایر آزمایش ها، می توانند در برنامه های اصلاحی برای افزایش ماندگاری گل داوودی استفاده شوند.
    کلیدواژگان: آنزیم، پیری گلبرگ، داوودی، نشانگر آگاهی بخش، همبستگی
  • صاحب فروتنی فر* صفحه 391
    در تحقیق حاضر صحت پیش بینی های ژنومی تک صفتی و چندصفتی در حالت وجود 10، 50، 150 و 500 جایگاه کنترل کننده صفات کمی (QTL) موثر بر دو صفت با توارث پذیری 1/0 و 6/0 و در حالت وجود پنج توزیع آماری نرمال، یکنواخت،t ، گاما و لاپلاس برای آثار QTLها با استفاده از شبیه سازی تصادفی مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور ژنومی به طول 10 مورگان شبیه سازی شد و 10000 نشانگر با فواصل یکسان بر روی آن قرار گرفت. در هر سناریو QTL ها به صورت تصادفی بر روی ژنوم پخش شدند و اثر جایگزینی آن ها از یکی از پنج توزیع مذکور گرفته شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTL ها به مدت 50 نسل از رانش ژنتیکی استفاده شد. سپس در نسل 51 که جمعیت مرجع نام دارد تعداد حیوانات به 1000 حیوان افزایش یافت و برای این حیوانات یک ارزش فنوتیپی شبیه سازی شد. اثر نشانگرها در این جمعیت با استفاده از روش بهترین پیش بینی نااریب خطی (BLUP) و تجزیه های تک صفتی و چندصفتی برآورد شد. با استفاده از این اثرات برآوردی و ژنوتیپ نشانگرها برای افراد جوان نسل 52 که جمعیت تایید نام دارد و فاقد فنوتیپ بود، ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات محاسبه شده و صحت این ارزش های اصلاحی مبنای مقایسه سناریوهای مختلف این تحقیق بود. نتایج این تحقیق نشان داد که در همه سناریوهای مورد بررسی صحت ارزش های اصلاحی صفت با توارث پذیری بالا بیش تر از صفت با توارث پذیری پایین بود. همچنین ارزیابی های چندصفتی وقتی که همبستگی ژنتیکی بین صفات 6/0 بود، باعث افزایش ده درصدی صحت ارزش های اصلاحی صفت با توارث پذیری پایین شد، ولی تاثیری بر صحت ارزش های اصلاحی صفت با توارث پذیری بالا نداشت. در همه سناریوهای مورد بررسی تغییر در تعداد QTL های کنترل کننده صفات و هم چنین تفاوت توزیع آثار QTL ها تاثیری بر صحت ارزش های اصلاحی ژنومی توسط روش BLUP نداشت. در نتیجه تجزیه های چندصفتی روش BLUP بدون هیچ گونه حساسیتی به معماری صفت می توانند در ارزیابی ژنتیکی صفات با توارث پذیری پایین مورد استفاده قرار گیرند.
    کلیدواژگان: تجزیه تک صفتی، تجزیه چندصفتی، تعداد QTL، توزیع آثار QTL، شبیه سازی
  • ژیلا حسین پناهی، اسعد معروفی*، بهمن بهرام نژاد صفحه 399
    گیاهان دارویی به علت داشتن ترکیبات فعال زیستی با ارزشی که اغلب دارای خواص دارویی می-باشند، در سلامت انسان نقش به سزائی دارند. کاسنی (Cichorium intybus L.) از جمله گیاهان دارویی مهمی است که انواع متعددی از متابولیت های ثانویه ی گیاهی مانند تری ترپنوئید ساپونین-ها را تولید می کند. ساپونین ها از مهم ترین ترکیبات ترپنی هستند که اغلب به فرم گلیکوزیله بوده و به عنوان مواد با ارزش در صنعت و پزشکی کاربردهای فراوانی دارند. آنزیم β-آمیرین سنتاز یک آنزیم کلیدی در مسیر بیوسنتز ساپونین ها در گیاهان است که متعلق به گروهی از آنزیم های مهم کاتالیز کننده به نام اکسیدو اسکوالن سیکلازها می باشد. نظر به اهمیت ساپونین ها در گیاه کاسنی، جداسازی و بیان ژن کد کننده β-آمیرین سنتاز به عنوان یک ژن کلیدی مورد بررسی قرار گرفت. استخراج RNA، سنتز cDNA، جداسازی و تعیین توالی بخشی از این ژن در گیاه کاسنی به طور موفقیت آمیزی به انجام رسید. تعیین توالی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی ناحیه جدا شده نشان داد که ژن β-آمیرین سنتاز در کاسنی مشابهت زیادی با همین ژن در سایر گیاهان هم خانواده، به ویژه گل مینا و خاراگوش چینی دارد. هم چنین بیان ژن β-آمیرین سنتاز در سطح رونوشت به روش RT-PCR نیمه کمی در بافت های برگ و ریشه به کمک ژن رفرنس GAPDH در دو ژنوتیپ متفاوت کاسنی انجام شد. نتایج نشان داد که میزان بیان ژن β-آمیرین سنتاز در بافت ریشه به طور معنی داری بیش تر از بافت برگ بود. به علاوه بین دو ژنوتیپ در میزان بیان ژن β-آمیرین سنتاز در سطح رونوشت اختلاف معنی داری وجود داشت. نتایج بدست آمده در این پژوهش می تواند در تحقیقات پایه تکمیلی و هم چنین در راستای افزایش میزان ساپونین ها در کاسنی از طریق مهندسی متابولیک مورد استفاده قرار گیرد.
    کلیدواژگان: β، آمیرین سنتاز، بیان ژن، ساپونین، کاسنی
  • رضا عطایی*، ولی الله محمدی، علیرضا طالعی، محمدرضا نقوی صفحه 411
    به منظور شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با عملکرد و برخی صفات مهم زراعی از طریق نقشه یابی ارتباطی، 100 رقم جو زراعی در قالب طرح لاتیس با دو تکرار و در شرایط مزرعه کشت شدند. عملکرد، تعداد دانه در سنبله، وزن هزار دانه، زمان گلدهی، شاخص برداشت و ارتفاع گیاه اندازه-گیری شد. ارزیابی ژنوتیبی با 3964 نشانگر اس.ان.پی با فراوانی بیش تر از ده درصد صورت پذیرفت. تعیین ساختار جمعیت نشان داد که ژنوتیپ ها بر اساس نشانگرهای مورد استفاده در دو زیرگروه قرار می گیرند که با مورفولوژی دوردیفه یا شش ردیفه بودن سنبله مطابقت داشت. میانگین عدم تعادل با افزایش فاصله ژنتیکی کاهش یافت و در داخل زیرگروه ها بیش تر از عدم تعادل موجود در کل جمعیت بود. با استفاده از مدل خطی مخلوط تعداد 103 کیو.تی.ال برای صفات مورد ارزیابی شناسایی شد که 47 کیو.تی.ال با ژن ها و کیو.تی.ال های گزارش شده قبلی مطابقت داشت و 56 کیو.تی.ال جدید برای نخستین بار گزارش شد. SNP_3660 مرتبط با عملکرد و SNP_1432 مرتبط با تعداد دانه در سنبله، وزن هزار دانه و مورفولوژی دوردیفه یا شش ردیفه سنبله بیش ترین مقدار لگاریتم احتمال را دارا بودند و پتانسیل استفاده در گزینش به کمک نشانگر را دارند. این پژوهش نشان داد نقشه یابی ارتباطی روشی کارآمد برای شناسایی مکان های ژنومی کنترل کننده صفات کمی می باشد.
    کلیدواژگان: جو، نقشه یابی ارتباطی، QTL، SNP
  • مریم نصراصفهانی* صفحه 425
    روابط همزیستی بین نخود و جنس مزوریزوبیوم از لحاظ کارآیی تثبیت همزیستی نیتروژن و نیز پتانسیل تولید محصول حائز اهمیت است. شناسایی مکانیسم های مولکولی و فیزیولوژیکی مسئول ایجاد اختلاف در عملکرد همزیستی در جمعیت های همزیست لگوم-ریزوبیوم می تواند برای بالا بردن پتانسیل تولید محصول از طریق روش های مهندسی ژنتیک و اصلاح نباتات استفاده شود. در این مطالعه، کارآیی همزیستی نخود با دو گونه مزوریزوبیوم ( Mesrhizobium ciceri CP-31 و M. mediterraneum SWRI9) بر اساس شاخص های رشد مقایسه شدند. نتایج نشان داد که کارآیی همزیستی در جمعیت نخود- M. mediterraneum SWRI9 نسبت به جمعیت همزیستی نخود-M. ciceri CP-31 با توجه به بیش تر بودن وزن خشک ساقه، ریشه، گرهک و تعداد گرهک به میزان قابل ملاحظه ای بالاتر بود. سطح بالاتر عملکرد همزیستی در جمعیت نخود-M. mediterraneum SWRI9 توسط سطح بیان بالاتر ژن nifK در این جمعیت تایید شد. به علاوه تفاوت قابل توجهی در فعالیت آنزیم های مرتبط با متابولیسم کربن و نیتروژن در گرهک های هر دو جمعیت مورد بررسی مشاهده شد. فعالیت آنزیم های ساکارز سنتاز، UDP-گلوکز پیروفسفریلاز، مالات دهیدروژناز، فسفوانول پیروات کربوکسیلاز و NAD-مالیک آنزیم و هم چنین آنزیم های کلیدی مسیر اکسیداتیو پنتوز فسفات (گلوکز-6-فسفات دهیدروژناز و 6-فسفوگلوکونات دهیدروژناز) در همزیستی نخود- M. mediterraneum SWRI9 به طور معنی داری بالاتر بود. فعالیت بالاتر برای آنزیم های مسئول تثبیت آمونیوم و سنتز آمینواسیدها (گلوتامات سنتاز، گلوتامین سنتتاز، آمینواسید ترانسفراز و NAD/NADH-گلوتامات دهیدروژناز) نیز در همزیستی نخود- M. mediterraneum SWRI9 مشاهده شد. به طور کلی نتایج این مطالعه نشان می دهد که کارآیی بالاتر همزیستی نخود- M. mediterraneum SWRI9 با سطح بیان ژن nifK و فعالیت آنزیم های کلیدی متابولیسم کربن و نیتروژن در گرهک ها مرتبط می باشد.
    کلیدواژگان: ژن nifHDK، متابولیسم کربن و نیتروژن، مزوریزوبیوم، نخود، نیتروژناز، همزیستی
  • ناصحه کریمی افشار، حسین دشتی*، علی اکبر محمدی میریک، محبوبه عرب بیگی صفحه 437
    در این تحقیق کاریوتیپ 18 نمونه از اجداد دیپلوئید و تتراپلوئید وحشی گندم که شامل چهار نمونه متعلق به T. boeoticum، شش نمونه متعلق به Ae. tauschii، چهار نمونه متعلق به Ae. triuncialis، یک نمونه متعلق به Ae. cylindrical و دو نمونه که از نظر سطح پلوئیدی و ژنوم نامشخص بودند، مورد بررسی قرار گرفت. ویژگی های کروموزومی شامل طول کل کروموزوم، طول بازوی بلند و طول بازوی کوتاه اندازه گیری شد. سپس ویژگی های دیگر شامل نسبت بازوی بلند به کوتاه، شاخص سانترومری و درصد طول نسبی کروموزوم ها، درصد شکل کلی و مقدار نسبی کروماتین برای نمونه ها محاسبه شد و نمونه ها از نظر خصوصیات کروموزمی مقایسه شدند. تجزیه خوشه ایبراساس خصوصیات کروموزمی نمونه ها را در فاصله 99/12به دو گروه تقسیم نمود و گونه های دیپلوئید ازگونه‎ های تتراپلوئید تفکیک شدند. شمارش کروموزمی دو نمونه نامشخص نشان داد که این نمونه ها دیپلوئید بودند. گروه گندم های تتراپلوئید کاریوتیپ نامتقارن تری نسبت به گروه گندم های دیپلوئید داشتند. به منظور بررسی تنوع مورفولوژیکی نمونه های گندم وحشی، ژنوتیپ-های دو گونه دیپلوئید Ae. tauschii و T. boeoticum، از نظر صفات زراعی در مزرعه نیز مورد ارزیابی قرار گرفتند. تجزیه خوشه ایبر اساس صفات زراعی این دو گونه را در گروه های مجزایی طبقه بندی نمود در حالی که در دسته بندی نمونه ها بر اساس خصوصیات کاریوتیپی گونه های Ae. tauschii و T. boeoticum، به خوبی از هم تفکیک نشدند. دلیل احتمالی این موضوع می تواند این باشد که خصوصیات زراعی حاصل بیان ژن ها بوده ولی خصوصیات کاریوتیپی حاصل تفاوت ها و تشابهات کروموزومی می باشند که ضرورتا موجب تشابه ژنی و فنوتیپی نخواهد بود.
    کلیدواژگان: تتراپلوئید، تقارن کروموزومی، دیپلوئید، سیتوژنتیک، کاریوتیپ، گندم
  • مریم علیمیرزایی، اصغر میرزایی اصل*، محمدرضا عبداللهی، حسن ابراهیمی کولایی صفحه 449
    در مزارع تولید ریشه چغندرقند، ساقه دهی در سال اول باعث نقصان محصول ریشه و در نهایت کاهش عملکرد شکر می شود که این پدیده بولتینگ نامیده می شود. شناخت کنترل ژنتیکی گلدهی در چغندرقند می تواند در تولید ارقام مقاوم به بولتینگ راه گشا باشد. مکانیسم مولکولی کنترل-کننده گلدهی در گیاهان مشابه است. در این تحقیق توالی نوکلئوتیدی چغندرقند موجود در پایگاه داده Genbank که با توالی های پروتئین های FRIGIDA و VERNALIZATION INSENSITIVE 3 گیاه آرابیدوپسیس مشابه بودند با استفاده از نرم افزار tblastn جستجو شد. از دو توالی مشابه شناسایی شده آغازگرهایی طراحی و در واکنش PCR استفاده شد. از گیاهان کشت شده در مزرعه قبل از شروع سرما نمونه های برگی تهیه و استخراج RNA انجام شد. سپس cDNA حاصل به عنوان الگو در واکنش PCR استفاده شد. با انجام توالی یابی 1000 جفت باز از توالی رونوشت ژن FRI و 896 جفت باز از توالی رونوشت ژنVIN3 تعیین و در پایگاه داده Genbank ثبت شد. نتایج نشان داد که پروتئین FRI با افزایش سطح بیان ژن FLC باعث تاخیر در گلدهی می شود. پروتئین VIN3 دارای دومین PHD finger است که با متیلاسیون هیستون سه ژن FLC در طی سرما سبب سرکوب بیان FLC می شود.
    کلیدواژگان: بهاره سازی، بولتینگ، چغندرقند، ژن های گلدهی
  • مهدیه منتظری، مسعود اسدی فوزی*، علی اسمعیلی زاده کشکوییه، محمدحسین فردوسی، جولیوس ون در ورف صفحه 459
    شناخت اساس ژنتیکی تنوع فنوتیپی، یکی از اهداف اصلی تحقیقات زیستی است و استفاده از حیوانات اهلی ابزاری سودمند برای پیشرفت در راستای این هدف می باشد. نواحی تحت انتخاب، نواحی ای از ژنوم هستند که دارای اهمیت عملکردی می باشند و تحت انتخاب طبیعی و مصنوعی قرار دارند. در این مطالعه، کاوش ژنومی با 50000 نشانگر تک نوکلئوتیدی به منظور شناسایی نواحی تحت انتخاب 3000 فرد گله های گوسفند مرینوس استرالیائی صورت گرفت. پنج ناحیه ژنومی روی چهار کروموزوم متفاوت به عنوان نواحی تحت انتخاب شناسایی شدند. این مناطق با ارزش نااریب شاخص تثبیت (تتا) بالای 14/0، روی کروموزوم های 6، 7، 11 (دو ناحیه) و 26 واقع شده اند. بعد از انطباق مناطق ژنومی تحت انتخاب با مناطق ژنومی گوسفند، نه ژن کاندیدا مرتبط با صفات تولید مثل و رشد شناسایی شد. در نهایت بررسی QTLهای گزارش شده نشان داد که این مناطق با QTLهای صفات مهم اقتصادی از جمله صفات مرتبط با لاشه، رشد و پشم در ارتباط می باشند. مطالعه بیش تر این نواحی در شناسایی ژن های کاندید برای صفات مهم اقتصادی در نژادهای گوسفند موثر خواهد بود.
    کلیدواژگان: تفرق جمعیتی، چند شکلی تک نوکلئوتیدی، کاوش ژنومی، نشانه های انتخاب
  • فاطمه ملکی، خدیجه زارعی، رضا فتوت*، زهرا سادات شبر صفحه 469
    بسیاری از مطالعات در زمینه ی مکانیزم های دفاعی و تنش در گیاهان به بیان ژن متکی است. پایداری بیان ژن های مرجع مورد استفاده در real-time PCRمرحله ای اصلی در نرمال سازی داده ها می باشد. به منظور اعتبارسنجی ژن های مرجع به عنوان کنترل داخلی در برگ پرچم گندم تحت تنش خشکی، پایداری بیان هشت ژن کاندید شامل (18S rRNA) ribosomal RNA subunit، (UBQ وWUB) ubiquitin، (ACT) actin، (GAPDH)glyseraldehyd-3-phosphate dehydrogenase ، (RLI) RNase L inhibitor-like protein، (b-TUB)beta-tubulin 4 (Ta.22845) ATP-dependent 26sproteasomeregulatory subunit با استفاده از نرم افزارهای NormFinder و BestKeeper مورد ارزیابی قرار گرفت. بر اساس نتایج به دست آمده RLI و UBQ پایدارترین ژن های مرجع بوده درحالی که ژن 18S rRNA بیان ناپایداری داشت. بنابراین این دو ژن می توانند جهت نرمال سازی بیان ژن ها در برگ پرچم گندم در مطالعات مربوط به تنش خشکی مورد استفاده قرار گیرند.
    کلیدواژگان: خشکی، ژن خانه دار، نرمال سازی، BestKeeper، NormFinder، real، time PCR
  • ربیع رهبر*، برومند چهارآیین، بیژن سلیمانی صفحه 475
    ریزماهواره ها به طور گسترده برای تعیین نقشه ژنی، برآورد فاصله ژنتیکی و ارزیابی دام های مختلف مورد استفاده قرار می گیرند. هدف از مطالعه حاضر، بررسی ارتباط چندشکلی نشانگرهای ریزماهواره با صفات تولیدی و تولیدمثلی گوسفند سنجابی بود. نمونه های خون به طور تصادفی از 78 میش و 22 قوچ گوسفند نژاد سنجابی جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند. پس از استخراج DNA با استفاده از روش نمکی بهینه شده، 11 جایگاه ریزماهواره (GC101، LSCV043، TGLA377، CSSM47، OarFCB128، OarAE101، BM1329، BM143، OarHH35، OarHH55 و OarHH64) به کمک جفت پرایمرهای اختصاصی و واکنش زنجیره ای پلیمراز تکثیر شدند. با الکتروفورز محصولات روی ژل پلی آکریلامید هشت درصد، آلل های مختلف شناسایی و تجزیه های آماری روی داده های حاصل انجام شد. متوسط تعداد آلل های مشاهده شده و موثر به ترتیب 82/5 و 05/4 بود. میزان PIC نشانگرها در دامنه ای بین 63/0 (TGLA377) تا 82/0 (OarHH35) قرار داشت. متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار در بین جایگاه ها به ترتیب 64/0 و 77/0 بود. همچنین تجزیه آماری نشان داد که ژنوتیپ های مرتبط با نشانگرهای TGLA377، CSSM47، OarFCB128، OarHH35، OarHH55 و OarHH64 روی میزان دوقلوزایی گوسفندان نژاد سنجابی و ژنوتیپ های مرتبط با نشانگرهای GC101، LSCV043، TGLA377، CSSM47، OarAE101، BM143 و OarHH64 روی صفت افزایش وزن بدن در سنین مختلف تاثیر معنی-داری داشته اند. با توجه به یافته های حاصل می توان نتیجه گرفت که به جز نشانگر BM1329، سایر نشانگرهای مورد مطالعه، در برنامه های اصلاح نژاد گوسفندان نژاد سنجابی روی صفات افزایش وزن بدن و میزان دوقلوزایی مناسب هستند.
    کلیدواژگان: چندشکلی، ریزماهواره، صفات تولیدی و تولیدمثلی، گوسفند
|
  • Bagheri M., Naghavi Mr, Hasandokht Mr, Shahnejat Bushehri Aa* Page 319
  • Ghasemi Meymandi M., Mohammadabadi Mr*, Esmailzade A., Montazeri M Page 329
    Determination of dispersion is one of the major challenges in the biological studies. Also, assignment test is applied to identify the origin of a specific individual, population differentiation and medical forensic cases. Therefore, the aim of this study was to determine the genetic diversity and assigning individuals to 5 populations of Camelus dromedarius in north of Kerman using 8 autosomal microsatellite markers. Eighty one blood samples were collected from Shahr-e Babak, Rafsanjan and Ravar. Total DNAs of the samples using salting out were extracted and applied for genotyping analysis. The expected heterozygosity varied from 0.77 in Sahra-e Jahad population to 0.84 in Rafsenjan 1 population. The individual’s assignment was done using 7 different methods. Among the methods base on the likelihood, the Rannala and Mountain method and among the methods base on the genetic distance, Nei DA method showed the highest accuracy. Totally, markers used in this study could assign the individuals to their source population with 29 % accuracy.
    Keywords: Assigning individuals, Camelus dromedaries, Genetic diversity, Microsatellite marker
  • Parikhani Z.*, Sadeghzadeh B., Mohammadi Sa Page 337
    To map QTLs for traits associated with accumulation of Calcium (Ca), 148 doubled-haploid (DH) population derived from a cross between Clipper (low Ca accumulator) and Sahara3771 (high Ca accumulator) was screened for the concentration and content of Ca at the maturity stage, under controlled condition. The experiment was conducted in CRD with 3 replications. The new 30 ISSR marker loci were added to a backbone of 466 loci on the Clipper x Sahara DH linkage map. The map spanned 1460 centimorgans (cM) and had a mean density of 2 loci per 3 cM. The QTL analysis led to identification of 5 and 2 QTLs for shoot Ca concentration and content, respectively; which explained 75 and 23 percent of the total phenotypic variation, respectively. The QTL on chromosome 2H, with 52 % had the largest effect for concentration of Ca. The identifications of QTLs with large effects on shoot and grain Ca concentration and contents illustrate the usefulness of molecular markers in gene mapping and suggest that marker-assisted selection will be feasible in the near future in Ca efficiency breeding programs.
    Keywords: barley (Hordeum vulgare L.), Calcium accumulation, quantitative traits loci (QTL), ISSR, SSR markers
  • Zangishei Z., Salari H.* Page 349
    Compatible solutes or osmoprotectants serve as nontoxic solutes for cytoplasmic osmoregulation. Glycine betaine is one of the most critical compatible solutes accumulated by many plants in response to adverse effects of various abiotic stresses. In some species named Glycine betaine accumulators, Glycine betaine is synthesized by a two-step oxidation of choline by choline monooxygenase (CMO) and betaine aldehyde dehydrogenase (BADH) enzymes. According to the Arabidopsis thaliana genome database (TAIR) there are the most likely two AtALDH8 and AtALDH9 genes coding BADH enzyme. In this study, using the relative expression analysis via quantitative RealTime PCR, it has been evaluated how the expression pattern of these genes affected by drought levels in Arabidopsis thaliana tissues including fast expanding leaves, fully expanded leaves, and roots. It has been denoted that the mRNA induction level of the AtALDH9 gene varies in tissues in response to drought levels. However, the expression of AtALDH8 gene is affected negligibly by these factors. While 12-day of water withholding made no changes in the expression level of AtALDH9 gene in fully expanded leaves, the expression level of the gene were changed at about 0.7-fold and 4-fold in fast expanding leaves and roots, respectively. Differently, after 16-day of water withholding the expression level of AtALDH9 gene rose about 2.5-fold in fast expanding leaves and reduced about 0.2-fold in both fully expanded leaves and roots. Generally, it seems that AtALDH9 is the gene accountable in Arabidopsis in response to drought stress.
    Keywords: Arabidopsis thaliana, drought stress, betaine aldehyde dehydrogenase, glycine betaine, qRT, PCR
  • Pasandideh M.*, Kharrati Koopaee H., Mohammad Abadi Mr, Esmailizadeh Koshkoiyeh A Page 357
    Somatic cells are one of the milk components produced as a result of natural regeneration of the glandular tissue of mammary gland. The count of these cells in milk reflects the health state of cows; hence their level is an important indicator for improvement of livestock. In this study association between genotypes of genes located on BTA6 (OPN, PPARGC1A) and somatic cell count (SCC) in milk was investigated. Therefore, DNA was isolated from blood samples collected from 398 Holstein cows of Tehran and Esfahan provinces by salting out method. PCR-RFLP method was used for genotyping SNPs in genes. Linear models analysis with fixed effects of genotypes indicated significant associations between c.3359 genotypes of PPARGC1A gene and c.8514 genotypes of OPN gene with SCC (P
    Keywords: Holstein cattle, Mastitis, OPN, PPARGC1A, Somatic cell count
  • Taheri E., Shirzadian Khorramabad R., Sharifi Sirchi Gh*, Sabouri A., Abbaszadeh Kh Page 367
    In this study, photochemical and genetic diversity of three yarrow’s populations Achillea wilhelmsii C. Koch of Hormozgan province were evaluated using nine RAPD primers. In general, 112 polymorphic bands were produced from the applied primers. The mean value of polymorphic bands was 12/44 per primer bond. The Analysis of cluster base on Jacquard correlation coefficient was performed by using UPGMA algorithm on three populations of yarrow which contain 30 plant samples. Individuals in three populations were completely separated in clusters which revealed genetic distance between populations. In addition, the chemical compounds and the amount of essential oils, three Yarrow masses have been investigated at this study. The obtained results indicate that there were a high differences between all studied masses in their essential oil compounds. The compound of δ-2-Carene with 33/79 percent was the most observed compound in the studied Yarrow masses in Hormozgan province. In general, the results of this experiment showed that there was a high genetic and phytochemical diversity in Achillea (Yarrow) populations in terms of used molecular marker and their essential oil compounds.
    Keywords: Achillea, Genetic Diversity, Phytochemical diversity, Retention index, RAPD, UPGMA
  • Roein Z.*, Hassanpourasil M., Sabouri A Page 377
    Physiological activity and biochemical changes continues in postharvest of cut flowers. These conditions reduce the longevity of flowers and accelerate the senescence process. In order to identify informative AFLP markers for description of senescence in Chrysanthemum, association analysis was used. The relationships between biochemical traits and molecular markers based on 25 primer combinations (EcoRI and MseI) and genetic structure of 44 chrysanthemum genotypes were evaluated. The results of correlation coefficient indicated a positive and significant correlation between protein concentration and lipid peroxidation (r=0.304**) as indicators of senescence. Results of MLM association analysis model for 5 variable showed that 143 AFLP markers were found to be associated with biochemical traits in Chrysanthemum, whereas GLM model identified 419 markers for biochemical traits. Moreover, we were able to identify 49 markers associated with malondialdehyde. However, only 14 AFLP markers associated with petal senescence. The strongest association was detected between AFLP markers of M-CAC/E-AGA13, with superoxide dismutase enzyme which explained 47 percent of variation. The most variation of petal senescence (32%) was accounted by M-CTT/E-AAC35 marker. Also, our results showed that some of the markers were co-associated with different chemical traits. Moreover, informative markers such as M-CTG/E-ACC16, M-CAA/E-AAG40 and M-CTG/E-AGA3 that have been shown to significant correlation with several traits can used for breeding programs and other analyses associated with future studies of Chrysanthemum if they contribute to increase longevity in other experiments.
    Keywords: Chrysanthemum, Correlation, Enzyme, Informative markers, Petal senescence
  • Foroutanifar S.* Page 391
    Current research was carried out to study accuracy of single and multi-trait genomic prediction for two traits with 0.1 and 0.6 heritability; four 10, 50, 150 and 500 underlying QTL numbers for each trait and five normal, uniform, t, gamma and Laplace distributions for QTL effects using stochastic simulation. A genome with 10 Morgan lengths was simulated and 10000 markers were evenly spaced within it. In each scenario QTLs was randomly distributed on genome and their substitution effects was drawn from one of mentioned distributions. In order to create linkage disequilibrium between markers and QTLs genetic drift was used for 50 generations. In generation 51, called reference population, number of individuals increased to 1000 animals and phenotype of each of these animals was simulated. Marker effects were estimated in reference population using single and multi-trait best linear unbiased prediction (BLUP) methods. By using these estimated markers effects and genotype of markers for juvenile animals in generation 52, called validation population, genomic breeding values were predicted and different scenarios of this study were compared using accuracy of the predictions. Results of this study showed that in all scenarios high heritable trait had higher accuracy than low heritable trait. As well as, multi-trait BLUP increased nearly 10 percent accuracy of breeding values for low heritable trait, when genetic correlation between traits was 0.6. In all studied scenarios accuracies of genomic breeding values not affected by changes in number of QTLs and different distribution for QTLs effects. Therefore, multi-trait BLUP method without sensitivity to genetic architecture of traits can be used for genetic evaluation of low heritable traits.
    Keywords: number of QTLs, distribution of QTL effects, multi, trait analysis, single trait analysis, simulation
  • Hossein Panahi Zh, Maroufi A.*, Bahramnejad B Page 399
    Medicinal plants have a range of significant impacts on human health due to their valuable bioactive compounds with medicinal properties. Chicory (Cichorium intybus L.) belongs to the family of Astracease, is one of the important medicinal plants which produces several types of secondary metabolites such as triterpenoid saponins. Triterpenoid saponins are the most important terpene compounds, which are often in glycosylated form as valuable substances have many applications in industry and medicine. β-amyrin synthase, an important member of the oxidosqualene cyclases family of enzymes in plants, play a crucial role in triterpene saponin biosynthesis. Because of the importance of saponins in chicory plants, partial isolation and expression of the encoding gene of β-amyrin synthase was aimed. RNA isolation, cDNA synthesis, partial cloning and nucleotide sequencing were successfully performed. Sequencing and bioinformatic analysis of the partial coding regions revealed that the partial isolated β-amyrin synthase gene in chicory is very similar to the β-amyrin synthase in other plant species, particularly Aster and Artemisia. Additionally, transcript gene expression analysis with semi-quantitative RT-PCR method and using GAPDH as reference gene was performed in leaf and root tissues of two different chicory genotypes. Results illustrated that expression levels of β-amyrin in root tissues was significantly higher than those in leaf tissues. Moreover, the transcript level of β-amyrin was considerably different between the two genotypes. The results of this study can be used in a complementary basic research in chicory and also to increase saponins through metabolic engineering.
    Keywords: β, amyrin synthase, chicory, saponin, gene expression
  • Ataei R.*, Mohammadi V., Talei Ar, Naghavi Mr Page 411
    In order to detect QTLs for yield and some important agronomic traits via association mapping, 100 cultivars of winter barley (Hordeum vulgare) were evaluated in a lattice design with two replications. Yield, kernel per spike, thousand kernel weight, heading date, harvest index and plant height were measured. The population was genotyped using 3964 SNPs with minor allele frequency (MAFs) more than 10 percent. Molecular analysis of the population structure appeared two subpopulations consistent with ear row number. Average LD was observed to decay with distance increase and in the subpopulations was more than of that in the whole genome. Using a mixed linear model with kinship for controlling spurious LD effects, a total of 103 significant marker trait associations were found. 47 of the significant associations had previously been reported and 56 QTLs were reported for the first time. SNP_3660 linked with the yield and SNP_1432 associated with the kernel per spike, the thousand kernel weight and the spike morphology (two rows and six rows) had maximum -Log P and could be considered for marker assisted selection. This study showed that association mapping is a powerful tool for quantitative trait loci localization.
    Keywords: Association Mapping, Barley, QTL, SNP
  • Nasr Esfahani M. * Page 425
    The symbiotic relationships between chickpea and Mesorhizobia are important for nitrogen symbiotic fixation and also yield potential. The precise identification of physiological and molecular mechanisms involved in contrasting responses in symbiotic effectiveness of symbiotic associations will be used to enhance productivity through genetic engineering and breeding methods. In this study, symbiotic efficiency of chickpea with two Mesorhizobium species (Mesrhizobium ciceri CP-31 and M. mediterraneum SWRI9) were compared based on their growth traits. According to the results, symbiotic efficiency in chickpea- M. mediterraneum SWRI9 symbiosis was higher than chickpea- M. ciceri CP-31 symbiosis because higher content of shoot, root and nodule dry weight and also nodule number in this symbiotic association. This result was confirmed by higher expression level of nifK in chickpea- M. mediterraneum SWRI9 symbiosis. In addition, a noticeable difference in activity of enzymes related to carbon and nitrogen metabolism was observed in nodules of both symbiotic associations. The activity of sucrose synthase, UDP-glucose pyrophosphorylase, malate dehydrogenase, phosphoenol pyruvate carboxylase and NAD-malic enzyme and also key enzymes of oxidative pentose phosphate pathway (glucose-6-phosphate dehydrogenase and 6-phosphogluconate dehydrogenase) was higher in chickpea- M. mediterraneum SWRI9 symbiosis. A higher activity for enzymes responsible for ammonium assimilation and amino acid biosynthesis (glutamate synthetase, glutamine synthetase, amino acid transpherase and NAD/NADH glutamate dehydrogenase) was observed in nodules of chickpea- M. mediterraneum SWRI9 symbiosis. Collectively, higher symbiotic efficiency of chickpea- M. mediterraneum SWRI9 symbiosis may be associated with higher expression of nifK and also the activity of the key enzymes related to the nodule carbon and nitrogen metabolism
    Keywords: nifHDK gene, Carbon, nitrogen metabolism, Mesorhizobium, chickpea, nitrogenase, symbiosis
  • Karimiafshar N., Dashti H.*, Mohamadi Mirik Aa, Arab Bagi M Page 437
    In this study, karyotype of 18 samples of wild diploid and tetraploid of wheat ancestors were examined which includes four samples of the T. Boeoticum, six samples of Ae.taushii, four samples of Ae triuncialis, one sample of Ae cylindrical and also two unknown samples.Chromosomal characteristics such as total length of chromosomes, long arm and short arm length were measured . Thereafter the other characteristics including the ratio of long to short arm, centromere index and chromosome relative length percentage was calculated and the samples were compared on the base of chromosomal characteristics. In cluster analysis on the base of chromosomes characteristics, the samples are divided into two groups (diploids and tetraploids) by Euclidean distance. Two unknown samples were diploid that have showed by chromosomal counting. Tetraploid wheats had more asymmetric karyotype than diploids. In order to evaluate the morphological diversity two diploid wild wheat (Ae.tauschi and T. Boeoticum) in terms of agronomic traits were also evaluated in the field. Cluster analysis showed three groups and species are well-separated except Ae. Tauschii (44) which was grouped individually. But In grouping process on the basis of karyotype characteristic, diploid species were not separated from each other that might be because of agronomical properties which were the result of genes expression while karyotype characteristics were due to chromosomal differences and similarities that necessarily doesn’t lead to genetic and phenotypic similarity.
    Keywords: Chromosomal cymmetry, Cytogenetic, karyotype, diploid, tetraploid, wheat
  • Alimrzaee M., Mirzaie Asl A.*, Abdollahi Mr, Ebrahimi Koulaei H Page 449
    In sugar beet fields, shoot elongation in the first year called "Bolting"causes reduction of the root yield and white sugar yield. Identification of genetic control of flowering can be useful in development of bolting-resistant cultivars in sugar beet. A similar molecular mechanism for flowering control has been found in the most plants". In this study, sugar beet nucleotide sequences were searched in the Genbank database against protein sequences of FRIGIDA and VERNALIZATION INSENSITIVE 3 in Arabidopsis by tblastn software. Primers were designed from two similar founded records and used in PCR reactions. Two leaf samples were prepared from the field plants before and after vernalization. cDNA synthesized from extracted RNA of the samples and used as template in PCR reactions. cDNA fragments 896 bp and 1000 bp of VIN3 and FRI genes respectively were obtained from sequencing procedure and for the first time, these sequences were recorded in the Genbank database. FRIGIDA-like protein causes late flowering by increasing RNA levels of FLC gene.VIN3 protein containing a PHDfinger domain that acts as binding modules of methylated histone H3 in FLC gene and repressed expression of FLC gene in during vernalization.
    Keywords: bolting, flowering gene, sugar beet, vernalization
  • Montazeri M., Asadi Fozi M.*, Esmailzadeh Koshkoieh A., Ferdosi Mh, Van Der Werf J Page 459
    Deciphering the genetic basis of phenotypic diversity is one of the main aims of biological research. Domestic animals are useful tool for making substantial progress towards this goal. Selection signatures are the regions of the genome that are functionally important and therefore have been under either natural or artificial selection. In this paper, a whole genome scan was performed using 3000 individuals, ~50000 SNP markers from nine populations of Australian Merino sheep, with the aim of identifying divergently selected regions of the genome. Five genomic regions on 4 chromosomes were identified as putatively harboring selective sweeps. These regions were located on chromosomes 6, 7, 11 (two areas) and 26. These selected genomic regions were surveyed to find encoding putative candidate genes and 9 genes were extracted from areas Ovine Genome v3.1 Assembly.Study of the reported QTL in these regions of the sheep genome showed that they overlapped with QTL of economically important traits such as carcass yield, growth and wool traits. Further investigation of these regions in validation studies will help to identify the candidate genes for economically important traits in sheep breeds.
    Keywords: Genome Scan, Population Differentiation, Signatures of Selection, Single Nucleotide Polymorphism
  • Maleki F., Zarei Kh, Fotovat R.*, Shobbar Zs Page 469
    Many studies on the defence and stress mechanisms in plants are based on gene expression. The stability of the reference genes expression used in real-time PCR is a further major step in data normalization. For validation of reference genes as internal control in wheat flag leaves under drought stress , the expression stability of eight candidate genes, including ribosomal RNA subunit (18S rRNA), ubiquitin (UBQ and WUB), Actin (ACT), glyseraldehyd-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), RNase L inhibitor-like protein (RLI), beta-tubulin 4 (bTUB) and ATP-dependent 26s proteasome regulatory subunit (Ta.22845), was evaluated using NormFinder and BestKeeper softwaresResults indicated that RLI and UBQ were the most stable genes, whereas 18S rRNA was least stable gene among the eight tested genes for the normalization of gene expression in wheat flag leaf under drought and normal conditions.
    Keywords: BestKeeper, drought, reference genes, NormFinder, real, time PCR
  • Rahbar R.*, Chaharaein B., Solimani B Page 475
    Microsatellites are widely used for designing of gene mapping, genetic distance estimation and evaluation of different animals. The aim of present study was investigation of association of microsatellite markers polymorphism with production and reproduction traits of Sanjabi sheep. Blood samples were randomly collected from 78 ewes and 22 rams of Sanjabi sheep and transported to laboratory. After extraction of DNA by salting out method, 11 microsatellite loci (GC101, LSCV043, TGLA377, CSSM47, OarFCB128, OarAE101, BM1329, BM143, OarHH55, OarHH35 and OarHH64) were amplified by specific primers and polymerase chain reaction. By electrophoresis of productions on 8% polyacrylamide gel, different alleles were recognized and then data were analyzed by using of software program SAS 9.1 and POPGENE. The mean of number of observed and effective alleles were 5.82 and 4.05, respectively. PIC amount of markers was in range of 0.63 (TGLA377) to 0.82 (OarHH35). The mean of observed and expected heterozygosity was 0.64 and 0.77 in between loci, respectively. Also, the statistical analysis showed that genotypes associated with markers TGLA377, CSSM47, OarFCB128, OarHH35, OarHH55 and OarHH64 have had a significant effect (P
    Keywords: polymorphism, Microsatellite, sheep, production, reproduction traits