فهرست مطالب

میکروب شناسی پزشکی ایران - سال دهم شماره 6 (بهمن و اسفند 1395)

دو ماهنامه میکروب شناسی پزشکی ایران
سال دهم شماره 6 (بهمن و اسفند 1395)

  • تاریخ انتشار: 1395/12/28
  • تعداد عناوین: 11
|
  • مقالات پژوهشی: باکتری شناسی پزشکی
  • وحید گودرزی، محسن میرزایی* رضا رنجبر صفحات 1-8
    زمینه و اهداف
    عفونت ادراری (UTI) یکی از شایع ترین عفونت ها بوده و اشرشیاکلی رایج ترین دلیل بروز عفونت ادراری می باشد. آنتی ژن O متشکل از واحدهای الیگوساکاریدی تکراری است که یکی از اجزاء لیپوپلی ساکارید (LPS) در غشاء خارجی باکتری های گرم منفی می باشد. تغییرات آنتی ژن O مبنای اصلی مطالعات سرولوژیک در باکتری های گرم منفی می باشد. هدف از این مطالعه بررسی شیوع انواع سروگروپ های O در باکتری اشریشیاکلی جداشده از بیماران مبتلابه عفونت ادراری بود.
    مواد و روش کار
    در طول سه ماه، 210 بیمار مبتلا به عفونت ادراری، مراجعه کننده به سه بیمارستان شهرهای تهران، سنندج و بروجرد موردبررسی قرار گرفتند. جدایه های اشریشیاکلی با استفاده از روش های استاندارد تعیین هویت شدند. سپس تعیین سروگروپ های این جدایه ها با استفاده از روش PCR انجام گرفت.
    یافته ها
    از تعداد کل بیماران مورد مطالعه قرار گرفته، 150 جدایه اشریشیاکلی از نمونه ادرار جدا شد. شایع ترین انواع آنتی ژن O، (13/33%)1O، (8%) 16O، (5/33%) 8 Oو (4%)21O گزارش شد و هیچ جدایه مثبتی برای ژن های 22O و 83O شناسایی نگردید.
    نتیجه گیری
    مطالعه حاضر نشان داد که سروگروپ 1O با حداکثر تکرار و به دنبال آن سروگروپ های 16O، 8O و 21O، به ترتیب از فراوانی بیشتری برخوردار بودند. در اشریشیاکلی مولد عفونت ادراری (UPEC، سروگروپ های می توانند با الگوی عوامل ویرولانس در هر سویه در ارتباط باشند. علاوه بر این، مطالعات بیشتر در خصوص فراوانی انواع سروگروپ ها در سایر نقاط ایران واز دیگر سروگروپ توصیه می شود.
    کلیدواژگان: اشریشیاکلی، عفونت دستگاه ادراری، آنتی ژن O
  • رسول میرزایی، ملیحه طالبی، فائزه مهدیون، محمد فروزش فرد، غلامرضا ایراجیان* صفحات 9-15
    زمینه و اهداف
    با افزایش عفونت های ایجادشده توسط استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس، افتراق بین سویه های مهاجم و غیر مهاجم و تعیین الگوی مقاومت میکروبی در این سویه ها، ازنظر تشخیص و درمان، دارای اهمیت می باشد.
    مواد و روش کار
    از شهریور 93 تا فروردین 94، تعداد 123 سویه جداشده از بیماران و تجهیزات پزشک از بیمارستان های حضرت رسول (ص) و حضرت علی اصغر(ع) با استفاده از ژن های ica، atlE، agrA، sarA و mecA به روشMultiplex- PCR جهت تمایز سویه های مهاجم و آلوده کننده استفاده شد. همچنین مقاومت به آنتی بیوتیک های سفوکسیتین، لینزولاید، کلیندامایسین، اریترومایسین و تتراسایکلین به روش انتشار در آگار و ونکومایسین به روش E-test، بر اساس استانداردهای (CLSI) بررسی شد.
    یافته ها
    شیوع ژن های ica و mecA به ترتیب در سویه های مهاجم 85% و 75% و در سویه های غیر مهاجم 20% و 51% بود (P<0.05) میزان مقاومت به آنتی بیوتیک های سفوکسیتین، تتراسایکلین، کلیندامایسین و اریترومایسین به ترتیب در سویه های مهاجم: 75%،35%، 37، 76% و در سویه های آلوده کننده: 51%، 40%، 30%، 64% بود. در این مطالعه هیچ گونه مقاومتی نسبت به وانکومایسن و لینزولاید مشاهده نشد.
    نتیجه گیری
    نتایج این مطالعه نشان داد که ژن ica می تواند به عنوان مارکر مناسبی برای تمایز سویه های مهاجم از سویه های آلوده کننده مطرح باشد. همچنین جهت درمان بیماران مقاوم به متی سیلین، ونکومایسین داروی مناسبی می باشد.
    کلیدواژگان: استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس مهاجم، متی سیلین، دیسک دیفیوژن، Multiplex-PCR
  • مقالات پژوهشی: میکروب شناسی مولکولی
  • سمانه شکوهی مصطفوی، رضا رنجبر* صفحات 16-24
    زمینه و اهداف
    اشریشیا کلی (E. coli) باسیل گرم منفی از خانواده انتروباکتریاسه است. باکتری E. coli به عنوان شاخص آلودگی آب شهری به فاضلاب استفاده می شود. توالی های تکرارشونده، تکرارهایی از خود ژن ها یا قسمت هایی از آن ها است که تکرار شده اند. تکرارهای پشت سرهم ممکن ازنظر تعداد تکرارها در یک موجود نسبت به سایر جمعیت های آن موجود متفاوت باشند، که در اصطلاح به آن ها، تکرارهای پشت سرهم با تعداد متغیر می گویند. هدف از این مطالعه بررسی میزان تنوع توالی های تکرارشونده مربوط به دو لوکوس مهم یعنی ms06 و ms23 در E.coli های جداشده از منابع آب استان البرز است.
    مواد و روش کار
    تعداد 72 ایزوله جداشده E. coli که از مهرماه سال 91 تا مهرماه سال 92، از منابع آب استان البرز جمع آوری شده بودند موردبررسی قرار گرفت و از آزمون های بیوشیمیایی و استاندارد جهت شناسایی و جداسازی باکتری E. coli استفاده شد و پس ازآن استخراج ژنوم به وسیله روش جوشاندن صورت گرفت. بررسی میزان تنوع توالی های تکرارشونده مربوط به دو لوکوس ms06 و ms23 در E.coli با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز انجام گرفت.
    یافته ها
    نتایج حاصل از انجام الکتروفورز در 2 لوکوس ms06 و ms23 نشان داد که لوکوس ms06 دارای 5 نوع الل متفاوت (1 تکرار، 2 تکرار، 3 تکرار،4 تکرار، 5 تکرار) و لوکوس ms23 دارای 4 نوع الل متفاوت (1 تکرار، 2 تکرار،5/2 تکرار) می باشد و نیز لوکوس ms23، دارای الل null می باشد.
    نتیجه گیری
    مطالعه حاضر برای اولین بار بر روی E. coli های جداشده از منابع آب استان البرز انجام شده است. میزان تنوع توالی های تکرارشونده در سویه های موردبررسی زیاد بود.
    کلیدواژگان: اشریشیا کلی، توالی های تکرارشونده، واکنش زنجیره ای پلی مراز، استان البرز
  • مقالات پژوهشی: عفونت های بیمارستانی
  • سیده زهرا هاشمی کرویی*، روحا کسری کرمانشاهی، حسین فتح الله زاده بایی، سارا غروی صفحات 25-33
    زمینه و اهداف
    آلودگی باکتریایی می تواند یکی از علل عفونت های متقاطع باشد. هدف از این مطالعه، شناسایی جدایه های باکتریایی مقاوم در محیط کلینیک دندانپزشکی قبل و بعد از گندزدایی و ارزیابی تشکیل بیوفیلم توسط آن هاست.
    مواد و روش کار
    نمونه گیری در سال 1392 دریکی از کلینیک های دندانپزشکی شهر اصفهان انجام گرفت. نمونه ها با استفاده از روش سوآب و روش پلیت گذاری جمع آوری شدند. درروش اول، نمونه ها با استفاده از سوآب های استریل از سطوح ابزار و یونیت دندانپزشکی، قبل و بعد از گندزدایی جمع آوری شده و سپس به محیط TSB تلقیح شدند (درمجموع 60 لوله). درروش دوم، نمونه گیری از هوا با قرار دادن پلیت های نوترینت آگار و آگار خون دار در فاصله خاصی از بیمار به مدت 1 ساعت انجام شد (درمجموع 24 پلیت). سپس نمونه ها به مدت دو روز در دمای 37 درجه سلسیوس در شرایط هوازی گرما گذاری گردید. جدایه ها بر اساس ویژگی های مورفولوژیکی و بیوشیمیایی و توالی یابی ژن 16S rRNA تا سطح گونه شناسایی شدند. به علاوه قدرت تشکیل بیوفیلم توسط جدایه ها با روش میکروتیترپلیت سنجیده شد.
    یافته ها
    بیشتر جدایه ها، گونه های مولد اسپور باسیلوس و گونه های محیطی استافیلوکوک بودند. مهم ترین باکتری های شناسایی شده ازنظر قدرت تشکیل بیوفیلم، Staphylococcus xylosus و Bacillus safensis بودند.
    نتیجه گیری
    باکتری هایی که قادر به تشکیل بیوفیلم هستند، می توانند بعد از گندزدایی تجهیزات دندانی زنده بمانند و با فراهم کردن بستری برای استقرار عوامل عفونی، خطر انتقال عفونت در طی درمان های دندانی را افزایش دهند.
    کلیدواژگان: بیوفیلم، کلینیک دندانپزشکی، باکتری های مقاوم، Staphylococcus xylosus، Bacillus safensis
  • مقالات پژوهشی: مواد ضد میکروبی
  • نازیلا ارباب سلیمانی*، روحا کسری کرمانشاهی، باقر یخچالی صفحات 34-43
    زمینه و اهداف
    امروزه پری بیوتیک ها ازنظر تحریک رشد و فعالیت باکتری های روده ای مفید (پروبیوتیک ها)، خصوصیات ضد میکروبی و ضد توموری بسیار موردتوجه قرارگرفته اند. هدف از این تحقیق، بررسی اثر پری بیوتیک کیتوزان بر رشد باکتری های پروبیوتیک و خاصیت ضد میکروبی آن ها است.
    مواد و روش کار
    این تحقیق در سال 1389 به منظور بررسی اثر پری بیوتیک کیتوزان بر میزان رشد باکتری های پروبیوتیک 1643 Lactobacillus acidophilus PTCC و Lactobacillus casei PTCC 1608 با استفاده از رسم منحنی رشد این باکتری ها در حضور غلظت های مختلف پری بیوتیک کیتوزان انجام شد و همچنین اثر این پری بیوتیک بر خاصیت ضد میکروبی باکتری های پروبیوتیک علیه باکتری بیماری زای E.coli با استفاده از روش اثر کشت کامل و انتشار دیسک بررسی شد.
    یافته ها
    بر اساس آزمایش های انجام شده مشخص شد که رشد دو باکتری پروبیوتیک در حضور کیتوزان افزایش یافت و موثرترین غلظت پری بیوتیک کیتوزان 6/5 میلی گرم بر میلی لیتر به دست آمد. خاصیت ضد میکروبی باکتری های پروبیوتیک این تحقیق در حضور کیتوزان علیه E.coli به ویژه انتروهموراژیک اشریشیاکلی (EHEC) در مقایسه بازمانی که خاصیت ضد میکروبی باکتری های پروبیوتیک به تنهایی بررسی شد، افزایش یافت.
    نتیجه گیری
    بر اساس یافته های این تحقیق پری بیوتیک کیتوزان به علت اثر افزایشی بر رشد و خاصیت ضدمیکروبی دو لاکتوباسیلوس پروبیوتیکی می تواند به عنوان کاندید ترکیب سینبیوتیک موثر بر باکتری های بیماری زا باشد.
    کلیدواژگان: پری بیوتیک، کیتوزان، لاکتوباسیلوس، پروبیوتیک
  • مقالات پژوهشی: میکروبیولوژی مواد غذایی
  • علی خنجری *، امیر جهانبخش، پیمان رجایی، سمیرا فیاض فر، افشین آخوندزاده بستی، حسین اسمعیلی، فاطمه غلامی، زهرا شریفی خواه صفحات 44-51
    زمینه و اهداف
    بسته بندی های ضد میکروبی فعال خطرات رشد میکروارگانیسم های بیماری زا و مسبب فساد را در مواد غذایی کاهش می دهند. در این مطالعه تاثیر فیلم های پلی لاکتیک اسید حاوی غلظت های مختلف اسانس زنیان (0، 0/5، 1 و 1/5 درصد) و عصاره اتانولی بر موم (0، 1 و 2 درصد) بر لیستریا منوسیتوژنز، استافیلوکوکوس اورئوس، ویبریو پاراهمولیتیکوس و اشریشیاکلی به روش انتشار دیسک مورد مطالعه قرار گرفت.
    مواد و روش کار
    دیسک های مدوری (10 میلی متری) که از فیلم های پلی لاکتیک اسید حاوی اسانس زنیان و عصاره اتانولی برموم، که با تکنیک قالب گیری بر روی پلیت های شیشه ای تهیه شده بود، بر روی محیط کشت مولر هینتون آگار تلقیح شده با باکتری های مختلف قرار داده شد. قطر هاله عدم رشد بعد از 24 ساعت گرمخانه گذاری پلیت ها در دمای 35 درجه سلسیوس با استفاده از کولیس دیجیتال و نرم افزار Digimizer اندازه گیری شد.
    یافته ها
    نتایج این مطالعه نشان داد که قطر هاله عدم رشد با افزایش غلظت اسانس برای تمام باکتری ها افزایش یافت (0/05>p). همچنین باکتری های گرم مثبت نسبت به باکتری های گرم منفی به فیلم پلی لاکتیک اسید حاوی اسانس حساسیت بالاتری داشتند. از بین باکتری های موردمطالعه لیستریا منوسیتوژنز بالاترین حساسیت را نسبت به فیلم های حاوی اسانس زنیان و عصاره اتانولی برموم داشت (0/05>p). همچنین فیلم های پلی لاکتیک اسید حاوی عصاره اتانولی برموم هیچگونه اثر مهاری بر میکروارگانیسم های موردمطالعه نداشتند (0/05> p).
    نتیجه گیری
    فیلم های پلی لاکتیک اسیدحاوی اسانس زنیان پتانسیل بالایی برای استفاده در بسته بندی های ضد میکروبی فعال به منظور افزایش ایمنی مواد غذایی را دارا هستند.
    کلیدواژگان: انتشار دیسک، ضد میکروبی، پلی لاکتیک اسید، اسانس، برموم
  • مقالات پژوهشی: ویروس شناسی پزشکی
  • حسنا حمزوی*، آذرخش آذران، منوچهر مکوندی صفحات 52-59
    زمینه و اهداف
    مرگ میر ناشی از اسهال روتاویروس به عنوان یک مشکل مهم در میان کودکان کشورهای درحال توسعه به شمار می رود. هدف از این مطالعه بررسی شیوع روتاویروس در کودکان زیر 5 سال مبتلابه اسهال حاد مراجعه کننده به یکی از بیمارستان های مرجع (بیمارستان ابوذر) واقع در شهر اهواز می باشد.
    مواد و روش کار
    بررسی به صورت مقطعی بر روی تعداد 200 نمونه مدفوعی گرفته شده از کودکان زیر 5 سال مبتلابه عفونت گاستروانتریت مراجعه کننده به بیمارستان ابوذر شهر اهواز انجام شده است. نمونه گیری از بهمن ماه 1392 آغاز و تا شهریور 1393 ادامه داشت. نمونه ها به آزمایشگاه گروه ویروس شناسی دانشگاه جندی شاپور اهواز منتقل گردید و در همان جا مورد آزمایش قرار گرفتند. نمونه ها ازنظر تست لاتکس آگلوتیناسیون و سپس جهت تشخیص دقیق وجود روتاویروس در نمونه ها تست RT-PCR گذاشته شدند. اطلاعات توسط نرم افزار SPSS تحلیل گردید.
    یافته ها
    از 200 نمونه جمع آوری شده، تست های لاتکس 41% و RT-PCR 21% حضور روتاویروس را مثبت تشخیص دادند. نمونه های مثبت در پسرها و دخترها تقریبا برابر مشاهده شد. بیشترین میزان شیوع مربوط به کودکان زیر 2 سال 88/1% و در محدوده سنی 6-8 ماه 28/57% بوده است. اسهال و استفراغ و تب، شایع ترین علائم در بیماران بوده است و مصرف شیر خشک در 50% نمونه های مثبت مشاهده شده است. همچنین اسفندماه 1392 بیشترین تعداد نمونه های مثبت و شهریورماه 1393 کمترین تعداد گزارش شد.
    نتیجه گیری
    با توجه به درصد بالایی از عفونت روتاویروس در مناطق مختلف ایران، نظارت مداوم بر میزان گاستروانتریت روتاویروسی در مراکز درمانی توصیه می شود.
    کلیدواژگان: گاستروانتریت، لاتکس آگلوتیناسیون، RT، PCR، روتاویروس
  • مقالات پژوهشی: مقاومت پادزیستی (آنتی بیوتیکی)
  • نیکتا سجادی، وهاب پیرانفر، رضا میرنژاد* صفحات 60-65
    زمینه و اهداف
    انتروکوک ها به صورت فلور نرمال در دستگاه گوارش انسان و بسیاری از پستانداران وجود دارند . امروزه افزایش شیوع انتروکوک های مقاوم به آمینوگلیکوزیدها در بیمارستان های سراسر جهان یک مشکل مهم به شمار می آید. در انتروکوک ها ژن aph(3')-IIIa نقش اصلی در پیدایش مقاومت نسبت به استرپتومایسین بازی می کند. هدف ازانجام این مطالعه شناسائی این ژن در انتروکوک های جداشده از بیماران شهر تهران به روش PCR می باشد.
    مواد و روش کار
    در این مطالعه 350 نمونه بالینی مختلف در طی سال های 1393-1392 از بیمارستان میلاد،امام خمینی ،بقیه ا..(عج) جمع آوری شد. گونه های انتروکوک بر اساس تست های بیوشیمیایی و کشت در محیط های اختصاصی تعیین هویت گردیدند، سپس جهت تعیین الگوی مقاومت دارویی ایزوله های انتروکوک ها به آنتی بیوتیک های مختلف، روش دیسک دیفیوژن بر اساس معیار CLSI انجام پذیرفت. در ادامه برای شناسایی ژن های مقاومت نسبت به استرپتومایسین از پرایمر aph(3')-IIIaدر روش مولکولی PCR استفاده شد.
    یافته ها
    از میان 150 نمونه، 87 مورد (58%) انتروکوک فکالیس و 63 مورد (42% ) انتروکوک فاسیوم گزارش شدند. در تست آنتی بیوگرام، سویه ها، مقاومت بالایی نسبت به تتراسایکلین و اریترومایسین از خود نشان دادند و کمترین مقاومت نسبت به دو آنتی بیوتیک کلرآمفنیکل و وانکومایسین بود. هم چنین مقاومت چندگانه در اکثر سویه ها مشاهده گردید و میزان فراوانی ژن aph(3ʹ)-IIIa 22/2% بود که اکثر انها مقاوم به استرپتومایسین بودند.
    نتیجه گیری
    از این مطالعه می توان نتیجه گرفت عامل اصلی مقاومت به آنتی بیوتیک استرپتومایسین وجود این ژن aph(3ʹ)-IIIa در سویه های انتروکوک فاسیوم و فکالیس است که رفته رفته در بیمارستان های شهر تهران در حال گسترش است، لذا تشخیص سریع این نوع مقاومت ها با روش مولکولی PCR می تواند راهی برای جلوگیری از گسترش عفونت های ناشی از این باکتری باشد.
    کلیدواژگان: استرپتومایسین، انتروکوکوس، PCR، ژن مقاومت
  • مقالات کوتاه: میکروبیولوژی مواد غذایی
  • رضا شرافتی چالشتری*، نوید مزروعی ارانی، محسن تقی زاده، فرهاد شرافتی چالشتری، فرشته بارفروش صفحات 66-71
    زمینه و اهداف
    افزایش مقاومت آنتی بیوتیکی سبب افزایش استفاده از گیاهان دارویی با اثرات جانبی کم به جای داروهای معمول شده است. هدف از این مطالعه تعیین الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی در سویه های استافیلوکوکوس اورئوس کواگولاز مثبت جداشده از مواد غذایی آماده به مصرف در کاشان در 1394 بود.
    مواد و روش کار
    در این مطالعه مقطعی در سال 1394، تعداد 384 نمونه (شامل 60 نمونه سالاد، 40 نمونه سبزیجات منجمد، 120 نمونه بستنی سنتی، 90 نمونه شیرینی، 40 نمونه همبرگر و 34 نمونه کباب) به طور تصادفی از مکان های فروش در کاشان خریداری و میزان شیوع استافیلوکوکوس اورئوس به روش کشت بررسی شد. مقاومت آنتی بیوتیکی ایزوله های جداشده به روش دیسک دیفیوژن بررسی شدند. همچنین حساسیت ایزوله های جداشده نسبت به اسانس های اکالیپتوس، لاوند، لیمو، ریحان، ترخون و زیره به روش دیسک دیفیوژن بررسی شدند.
    یافته ها و
    نتیجه گیری
    از تعداد 384 نمونه غذایی، 4 نمونه (1/042 درصد) به استافیلوکوکوس اورئوس کواگولاز مثبت آلوده بودند. تعداد 2 ایزوله (50 درصد) به آنتی بیوتیک کوتریموکسازول حساس بودند. 4 ایزوله جداشده، 100 درصد به سایرآنتی بیوتیک های متی سیلین، پنی سیلین، اگزاسیلین، سفوکستین، کانامایسین، وانکومایسین، تتراسیکلین، سیپروفلوکساسین، کلرامفنیکل، آموکسی سیلین، آمپی سیلین، سفوتاکسیم، نیتروفورانتوئین، نورفلوکساسین، سفتریاکسون و جنتامایسین مقاوم بودند. هیچ کدام از ایزوله ها نسبت به تست D مقاوم نبودند. همچنین بیشترین اثر مهاری رشد بر روی استافیلوکوکوس اورئوس توسط اسانس های زیره، اکالیپتوس و لاوند ایجاد شد. نتایج به دست آمده مقاومت آنتی بیوتیکی بالای استافیلوکوکوس اورئوس های جداشده از مواد غذایی را نشان داد. بعلاوه اسانس های مذکور با اثر ضد استافیلوکوکوس اورئوس می توانند در تهیه داروهای ضد باکتریایی مورداستفاده قرار گیرند.
    کلیدواژگان: مقاومت آنتی بیوتیکی، استافیلوکوکوس اورئوس، غذا، اسانس
  • مقالات کوتاه: باکتری شناسی پزشکی
  • علی احمدی، ملیحه طالبی، الناز پرویزی، غلامرضا ایراجیان* صفحات 72-77
    زمینه و اهداف
    یکی از مشکلات مهم در جداسازی و تشخیص استرپتوکوکوس پنومونیه از نمونه های بالینی، حساسیت زیاد، اتولیز سریع و درنتیجه ناتوانی در نگهداری ایزوله های پنوموکوک می باشد. ازاین رو برای حفظ ایزوله ها به روش های اختصاصی نگهداری میان مدت و طولانی مدت باکتری موردنیاز است. در این مطالعه کارایی چندین محیط کشت مختلف برای نگهداری ایزوله های استرپتوکوکوس پنومونیه باهم مقایسه و بررسی شد.
    مواد و روش کار
    در سال 1394، دوسویه استاندارد پنوموکوک ATCC 49619 و ATCC 6305،30 ایزوله بالینی، و30 ایزوله فلور نرمال پنوموکوک موجود از مطالعه قبلی انتخاب شدند. سپس برای نگهداری میان مدت، محیط کشت دورسه آگار و برای نگهداری طولانی مدت، سه محیط نگه دارنده شاملSkim milk-Tryptone-Glucose-Glycerin (STGG)، نوترینت براث غنی شده و Todd Hewitt Broth (THB) ساخته شده و کارایی آن ها در نگهداری ایزوله های پنوموکوک ارزیابی شد.
    یافته ها و
    نتیجه گیری
    95 درصد از ایزوله های کشت داده شده روی محیط دورسه پس از 70 روز و80 درصد پس از 4 ماه بعد توانایی رشد داشتند. هر سه محیط نگه دارنده طولانی مدت، تا یک سال کارایی خوبی داشتند، اما نوترینت براث غنی شده توانست تا 2 سال باکیفیت بهتری باکتری را حفظ کند. تفاوتی بین ایزوله های جداشده از بیمار و ایزوله های فلور نرمال در توانایی بقا در محیط وجود نداشت. همچنین مهاجم بودن منشا بالینی ایزوله ها تاثیری روی میزان بقای آن ها نداشت. می توان از محیط کشت دورسه اگار به عنوان یک روش ارزان و ساده و بسیار کاربردی برای نگهداری میان مدت و از محیط نوترینت براث غنی شده برای نگهداری بلندمدت ایزوله های پنوموکوک در آزمایشگاه تشخیص طبی استفاده کرد.
    کلیدواژگان: استرپتوکوکوس پنومونیه، نگهداری میان مدت، محیط دورسه، نگهداری بلندمدت
  • نامه به سردبیر: میکروب شناسی مولکولی
  • مسعود کیخا* صفحات 78-81
    امروزه با توجه به افزایش بیماران نقص سیستم ایمنی (سرطان، دریافت کنندگان پیوند و ایدز) عفونت های حاصل از مایکوباکتریوم های محیطی در حال افزایش است. ازآنجایی که تظاهرات بالینی عفونت های ریوی مایکوباکتریوم های محیطی و بیماری سل مشابه هستند و با توجه به اینکه رژیم درمانی عفونت های مایکوباکتریوم های محیطی و مایکوباکتریوم توبرکلوزیس متفاوت است؛ لذا شناسایی و افتراق گونه های مایکوباکتریوم امری ضروری به حساب می آید. روش های مولکولی ابزار مفیدی جهت تشخیص و افتراق گونه های مایکوباکتریوم می باشد.
    کلیدواژگان: مایکوباکتریوم غیر توبرکلوزیس، hsp65، rpoB، 16S rRNA
|
  • Vahid Goudarzi, Mohsen Mirzaee*, Reza Ranjbar Pages 1-8
    Background And Aim
    Urinary tract infection (UTI) is one of the most common infections, and Escherichia coli is so far the most common causative agent of this disease. The O antigen, consisting of many repeats of an oligosaccharide unit, is part of the lipopolysaccharide (LPS) in the outer membrane of Gram-negative bacteria. The variability of the O antigen provides the major basis for serological schemes of Gram-negative bacteria. The aim of this study was to investigate the prevalence of O-serogroups among E. coli isolated from patients with UTI.
    Materials And Methods
    During three months, 210 patients with urinary tract infection, referred to three hospitals of Tehran, Sanandaj and Boroujerd. E. coli isolates were identified using standard methods then serogrouping was performed by using PCR method.
    Results
    A total of 150 E. coli strains were isolated from the urine samples. The most common types of O antigens were O1 (13.33%), O16 (8%), O8 (5.33%) and O21 (4%). There was no positive isolate for O22 and O83 genes.
    Conclusions
    The present study revealed that serogroup O1 was isolated with maximum frequency followed by O16, O8 and O21, respectively. In UPEC, the O-serogroups can be related to the virulence factor profile of each strain. Further studies from other parts of Iran and on other serogroup are recommended.
    Keywords: Escherichia coli, Urinary tract infection, O-Antigen
  • Rasoul Mirzaei, Malihe Talebi, Faeze Mahdiun, Mohammad Foroozeshfard, Gholamreza Irajian* Pages 9-15
    Background And Aim
    With increase Staphylococcus epidermidis infections, discrimination between invasive and non-invasive S. epidermidis strains and determination of drug resistance, for diagnosis and treatment is important.
    Materials And Methods
    From August 2014 to March 2015, 123 strains isolated from patients and medical instruments from Ali Asghar and Hazrat Rasoul hospitals were used to discriminate invasive and contaminating S. epidermidis strains by ica, atlE, agrA, sarA, and mecA genes by Multiplex PCR method. Also, according to the CLSI standards, resistance to cefoxitin, linzeolid, clindamycin, erythromycin and tetracycline were tested by disk diffusion method and vancomycin E-test method.
    Results
    prevalence of ica and mecA genes were 85% and 75% in invasive strains and 20% and 51% in contaminating strains, respectively. The resistance level to cefoxitin, tetracycline, clindamycin and erythromycin antibiotics in invasive strains were: 75℅, 35℅, 37℅, 76℅ and in contaminating strains were; 51℅, 40℅, 30℅, 64℅, respectively. Resistance to vancomycin and linezolid was not observed in this study.
    Conclusions
    This study shown that ica gene can be used as a suitable marker for discrimination between invasive and contaminating isolates. Also, vancomycin is a better choice for the treatment of resistant patients to methicillin.
    Keywords: Invasive Staphylococcus epidermidis, Methicillin, Disk diffusion, Multiplex PCR
  • Samaneh Shokoohi Mostafavi, Reza Ranjbar* Pages 16-24
    Background And Aim
    E.coli is a gram-negative bacillus from the family of Enterobacteriaceae. E. coli bacteria is used as a water indicator of urban sewage pollution. The repeating sequences, are replications of the genes or parts of them that are repeated. Tandem repeats may be available for the number of iterations in a different creature than other populations, which are called as consequent replications with variable numbers. The purpose of this study was to evaluate the diversity of repeated sequences of ms06 and ms23 loci in E. coli strains isolated from water resources in Alborz province.
    Materials And Methods
    A total of 72 E.coli isolates which obtained from water sources in Alborz, Iran, from September 2012 to October in 2013, were analyzed, then standard and biochemical tests were used to identify and isolate E. coli bacteria, after that, DNA extraction was performed by boiling method. The diversity of repeated sequences of ms06 and ms23 loci in E. coli was conducted using polymerase chain reaction.
    Results
    The current study showed that the locus ms06 had five different alleles (1 repeat, 2 repeat, 3 repeat, 4 repeat, 5 repeat) and locus ms23 showed four alleles (1 repeat, 2 repeat, 2.5 repeat). It is also founded that ms23 loci contain a null allele.
    Conclusions
    This is the first study on the diversity of repeated sequences in E.coli strains isolated from water resources in Alborz. In this study, the variation of repeated sequences was high.
    Keywords: Escherichia coli, Repeated sequences, Polymerase Chain Reaction, Alborz province
  • Seyedeh Zahra Hashemi Karoui*, Rouha Kasra Kermanshahi, Hossein Fatholahzadeh, Sara Gharavi Pages 25-33
    Background And Aim
    Surface bacterial contamination has been shown to be a potential source of cross-infection. The aim of this study was to identify resistant bacterial isolates in the dental clinic before and after disinfection and evaluation of biofilm formation by them.
    Materials And Methods
    Sampling was performed at a dental clinic in Isfahan, Iran, on 2014. Samples were obtained by using swab and settle plate method. In the firs method, sterile swabs were used to sample of dental instrument and unit chair surface before and after disinfection, then swabs were transferred to TSB media (60 tubes). In the second method, air monitoring was carried out by settling blood agar and nutrient agar plates at the certain distance from the patient for 1 hour (24 plates). Then these samples incubated aerobically for 2 days at 37°C. Isolates were identified to species level with morphological and biochemical features and 16S ribosomal RNA gene sequencing. In addition, the strength of biofilm formation by isolates was measured by using microtiter plate method.
    Results
    Most of these isolates were spore-forming Bacillus species and environmental Staphylococcus species. On the basis of the strength of biofilm formation, the most important identified bacteria were Staphylococcus xylosus and Bacillus safensis.
    Conclusions
    Bacteria that are able to form biofilm, can survive after disinfection of dental instruments and can enhance the risk of infection in dental practice by providing a surface for colonization of pathogens.
    Keywords: Biofilm, Dental Clinic, Resistant Bacteria, Bacillus safensis, Staphylococcus xylosus
  • Nazila Arbab Soleimani*, Roha Kasra Kermanshahi, Bagher Yakhchali Pages 34-43
    Background And Aim
    Nowadays, prebiotics are the matter of interest, because of stimulating the growth and activity of beneficial enteric bacteria (probiotic) and their antimicrobial and antitumor characteristics. The aim of this research is to study the effect of prebiotic Chitosan on the growth of probiotic bacteria and their antimicrobial effect.
    Materials And Methods
    This research was done in 2010 in order to study of the effect of prebiotic chitosan on the growth of probiotic bacteria Lactobacillus acidophilus PTCC 1643 and Lactobacillus casei PTCC 1608 by using of drawing growth curve of these bacteria in the presence of different chitosan concentrations, also, the effect of this prebiotic on antimicrobial properties of probiotic bacteria was investigated against Escherichia coli by using of overlay method and blank disk method.
    Results
    According to the test results, the growth of two probiotic bacteria were increased in the presence of chitosan and the most effective concentration of prebiotic chitosan was achieved, 6.5 (mg/mL).Antimicrobial effects of probiotic bacteria were increased in the presence of chitosan against E.coli especially Entrohaemoragic E. coli in comparison with the time that probiotic bacteria were used alone.
    Conclusions
    According to the results of this study, prebiotic chitosan, due to increasing effect on the growth and antimicrobial characteristic of probiotic lactobacillus, can be a proper candidate for effective symbiotic compound against pathogenic bacteria.
    Keywords: Prebiotic, Chitosan, Lactobacillus, Probiotic
  • Ali Khanjari*, Amir Jahanbakhsh, Peyman Rajaie, Samira Fayazfar, Afshin Akhondzadeh Basti, Hossein Esmaeili, Fatemeh Gholami, Zahra Sharifikhah Pages 44-51
    Background And Aim
    Using active antimicrobial packaging reduce the risks of growth of pathogenic or spoilage microorganisms in foods. In this study, antimicrobial activity of poly lactic acid (PLA) films containing different concentrations (0, 0.5, 1 and 1.5%) of Trachyspermum ammi essential oil and ethanolic extract of propolis (0, 1 and 2%) was evaluated against Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli O157:H7 and vibrio parahaemolyticus by using disk diffusion assay.
    Materials And Methods
    Circular discs of poly lactic acid films incorporated by essential oil and ethanolic extract of propolis, prepared by casting method on glass petri dishes, were placed on Muller-Hinton agar plates that previously inoculated by tested bacteria. Diameters of inhibition zones were measured after 24 h incubation of plates at 35o C, by using Digital Caliper and Digimizer software.
    Results
    Result of this study showed that the inhibition zone was increased with increasing concentration of essential oil for all tested bacteria. Also, gram positive bacteria were more sensitive to the poly lactic acid films containing essential oil than gram negative bacteria. The results revealed that L. monocytogenes was the most sensitive bacteria against films containing Trachyspermum ammi essential oil alone or in combination by ethanolic extract of propolis. Also, poly lactic acid films containing ethanolic extract of propolis showed no inhibitory effects against all tested bacteria.
    Conclusions
    Poly lactic acid films containing Trachyspermum ammi essential oil have a high potential for antimicrobial food packaging applications to enhance the safety of food products.
    Keywords: Disk Diffusion, Antimicrobial, Poly lactic acid, Essential oil, Propolis
  • Hosna Hamzavi*, Azarakhsh Azaran, Manoochehr Makvandi Pages 52-59
    Background And Aim
    The mortality of the Rotavirus diarrhea still remains a major problem among developing countries. The aim of this study was to evaluate the prevalence of rotavirus among children below 5 years with acute diarrhea who admitted in reference one of Hospitals (Hospital Abuzar) is located in Ahvaz.
    Materials And Methods
    The study was conducted as a cross-sectional survey on 200 fecal samples taken from children under 5 years of age with gastroenteritis, referred to Abuzar hospital in Ahwaz. Sampling started in January 2014 and continued until September 2014. Samples were transported to the laboratory in the Department of Virology, Ahvaz Jundishapur University of Medical Science and were tested. The latex agglutination test was performed on samples and the RT-PCR was tested for accurate detection of rotavirus. Data was analyzed using SPSS software.
    Results
    Of the 200 samples collected, latex agglutination test and RT-PCR confirmed the presence of rotavirus in 41% and 21% of cases, respectively. Positive samples were equally in boys and girls. The highest incidence was observed in children under 2 years of age (88.1%) and in the age range of 6-8 months (28.57%). Diarrhea, vomiting and fever were the most common symptom of the disease and powdered milk consumption was observed in 50% of the positive samples. Also, the highest and the lowest number of positive samples were reported in February-March 2014 and August- September 2014, respectively.
    Conclusions
    According to the high percentage of Rotavirus infection in different region of Iran, continuous monitoring of the amount of Rotavirus gastroenteritis is recommended in healthcare centres.
    Keywords: Gastroenteritis, Latex Agglutination, RT-PCR, Rotavirus
  • Nikta Sajjadi, Vahhab Piranfar, Reza Mirnejad* Pages 60-65
    Background And Aim
    Enterococci are normal flora and present in the intestinal tract of humans and many mammals. Today, the increasing prevalence of resistant enterococci to aminoglycosides is a major problem in hospitals around the world. In Enterococci, aph (3 ') - IIIa gene plays a major role in the emergence of resistance to streptomycin. The aim of this study was to identify this gene in enterococci isolated from patients using PCR method in Tehran.
    Materials And Methods
    In this study, 350 clinical samples were collected from Milad, Imam Khomeini, and Baghiyatallah hospitals during the years 2015-2014. Enterococcus species were identified based on specific biochemical tests and culture. Then, disk diffusion method was performed according to CLSI guidelines to determine the drug resistance of Enterococcus isolates to different antibiotics. The following primer to streptomycin resistance genes, aph (3 ') - IIIa was used in the PCR method.
    Results
    Among the 150 samples, 87 samples (58%) were reported as Enterococcus faecalis, and 63 (42%) as Enterococcus faecium. In Antibiotic test, strains showed high resistance to tetracycline and erythromycin whereas the least resistance was observed to chloramphenicol and vancomycin, respectively. The high resistance to Streptomycin was in 22.2% strains which included aph (3') -IIIa gene.
    Conclusions
    The results of this study can be concluded that the presence of aph (3') -IIIa gene is the main cause of antibiotic resistance to streptomycin in Enterococcus faecium and E. faecalis strains that is growing gradually in the hospitals in Tehran. Therefore, early detection of this type of resistance with the PCR method could be the best way to prevent the spread of infections caused by this bacterium.
    Keywords: Streptomycin, Enterococcus, PCR, Resistance Gene
  • Reza Sharafati Chaleshtori*, Navid Mazroii Arani, Mohsen Taghizadeh, Farhad Sharafati Chaleshtori, Freshteh Barfrosh Pages 66-71
    Background And Aim
    Antibiotic resistance has prompted the use of medicinal plants with fewer side effects instead of common drugs. The aim of this study was to determine the antibiotic resistance pattern in coagulase-positive Staphylococcus aureus isolated from ready to eat foods in Kashan, 2015.
    Materials And Methods
    In this cross-sectional study in 2015, 384 samples (including 60 salad, 40 frozen vegetable, 120 traditional ice cream, 90 sweet, 40 hamburger and 34 kebab samples) were randomized purchased of local markets in Kashan and evaluated for the occurrence of S. aureus by culturing methods. The obtained isolates were subjected to disc diffusion antimicrobial susceptibility tests. Also, susceptibility of the obtained isolates were evaluated by disc diffusion to eucalyptus, lavender, lemon, tarragon, basil and cumin essential oils.
    Results and
    Conclusions
    Out of 384 samples, 4 (1.042%) samples were contaminated with coagulase-positive S. aureus. The two isolates (50%) were sensitive to co-trimoxazole. Out of the 4 isolates, 100% were found to be resistant to methicillin, penicillin, oxacillin, cefoxitin, kanamycin, vancomycin, tetracycline, ciprofloxacin, chloramphenicol, amoxicillin, ampicillin, cefotaxime, nitrofurantoin, norfloxacin, ceftriaxone and gentamicin. None of the isolates were resistant in D test. Also, the highest inhibitory effect on growth of S. aureus related to cumin, eucalyptus, lavender essential oils. The obtained results showed the high antibiotic resistance of S. aureus isolated from ready to eat foods. In addition, noted essential oils with anti-S. aureus effects can be used in the preparation of antibacterial drugs.
    Keywords: Antibiotic resistance, Staphylococcus aureus, Food, Essential oil
  • Ali Ahmadi, Malihe Talebi, Elnaz Parvizi, Gholamreza Irajian* Pages 72-77
    Background And Aim
    One of the major problems for the isolation and detection of S. pneumoniae from clinical specimens, high sensitivity, rapid autolysis and thus the inability to hold isolates of pneumococcus. So, it is essential to use specific techniques for the preservation of the organism. In this study several different cultures for S. pneumoniae isolates were compared and evaluated.
    Materials And Methods
    In 2014, 2 ATCC standard , 30 clinical, and 30 normal flora pneumococcal available isolates were selected from a previous study. Dorset egg medium was prepared for midterm preservation, three storage environments, including Skim milk-Tryptone-Glucose-Glycerin (STGG), nutrient broth enriched and Todd Hewitt Broth (THB) was constructed to long-term preservation, and their performance on maintenance pneumococcal isolates was assessed.
    Results and
    Conclusions
    95% of the isolates cultured on Dorset after 70 days and 80% after four months later had the ability to grow. All three long-term storage environment, had a good performance for one year but enriched nutrient broth could keep bacteria with but better-quality up to 2 years. There is no difference between isolates from the patients and isolates from normal flora to survive in the environment. Also aggressive origin of iclinical isolates had no effect on their survival rate. Dorset egg (DE) medium can be considered as a simple, low cost and efficient, medium for midterm preservation and enriched nutrient broth for long term storage of pneumococcal isolates in clinical laboratories.
    Keywords: Streptococcus pneumonia, Midterm preservation, Dorset medium, Long term preservation
  • Masoud Keikha* Pages 78-81
    Due to immune deficiency diseases (cancer, transplant recipients and HIV) environmental mycobacteria infections are increasing. Forasmuch as the clinical symptons of environmental mycobacteria lung infections and tuberculosis are similar, due to difference of diet therapy between environmental mycobacterium infections and Mycobacterium tuberculosis, it is necessary to identify and differentiate Mycobacterium species. Molecular methods seem to be a useful tool for detection and differentiation of Mycobacterium species.
    Keywords: Nontuberculosis Mycobacteria, hsp65, rpoB, 16S rRNA