فهرست مطالب

ژنتیک نوین - سال سیزدهم شماره 2 (پیاپی 53، تابستان 1397)
  • سال سیزدهم شماره 2 (پیاپی 53، تابستان 1397)
  • تاریخ انتشار: 1397/05/15
  • تعداد عناوین: 15
|
  • شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی کنترل کننده شدت فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ؛ مطالعه پویش ژنوم
    وحید رئیسی ، علیرضا احسانی*، رسول واعظ ترشیزی صفحه 1
    در پژوهش حاضر، یک مطالعه همراهی در سطح ژنوم با هدف شناسایی نواحی ژنومیک کنترل کننده میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ انجام شد. پرندگان تحت آزمایش از یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی ضربدری لاین گوشتی آرین و سویه بومی مرغ آذربایجان غربی به دست آمد و آنالیزهای مربوطه با استفاده از پانل 60 هزارتایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی شرکت ایلومینا انجام گرفت. در این مطالعه، میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم علیه باکتری میکروکوکوس لوتئوس به عنوان شاخصی برای فعالیت ایمنی ذاتی مورد مطالعه قرار گرفت. آنالیز آماری بر اساس مدل رگرسیونی مختلط و ثابت شده با تصحیح اثرات ناشی از اریب های سیستماتیک و اثرات ثابت جنس و هچ بود. اثرات چند آزمونی با اعمال سطح 10 درصد نرخ کشف کاذب در سطح ژنوم به عنوان سطح معنی دار تصحیح شدند. نتایج این پژوهش ضمن تطابق با مطالعات پیشین، نشان داد که در هر دو مدل آماری سه نشانگر GGaluGA206187، rs16479594 و rs15204127 که به ترتیب بر روی کروموزوم های 3، 5 و 1 واقع شده اند؛ همراهی معنی داری با فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ دارند (1/0 > FDR). آنالیزهای بعدی غناء ژن در پایگاه داده DAVID نشان داد که ژن های کاندید واقع در این نواحی از ژنوم، در نه مسیر بیوشیمیایی موثر بر عملکرد سیستم ایمنی نقش قابل توجهی دارند (1/0 > FDR). تنوع جایگاه های ژنتیکی موثر بر صفت یاد شده نشان می دهد که توارث این صفت به صورت پلی ژنیک بوده و اصلاح نژاد برای این صفت می تواند در دراز مدت به بهبود ژنتیکی حیوانات تحت انتخاب برای این صفت منجر شود.
  • ندا ملکی تبریزی *، علی اکبر شاه نجات بوشهری، قاسم حسینی سالکده صفحات 181-188
    همه گیاهان در انواع بافت هایشان تعداد زیادی ریزسازواره دارند که برروی بسیاری از اعمال میزبان خود موثر هستند. عمده ترین بخش حضور ریزسازواره ها منطقه ریشه گاه است که در مجاورت ریشه گیاهان قرار دارد. سازواره های همراه ریشه نقش مهمی در ارتقا رشد و سلامت میزبان دارند. شناسایی ترکیب جمعیتی این ژنوم مکمل، در علوم کشاورزی بسیار مهم است، چرا که می تواند وابستگی کشت و زرع را به استفاده از کود های شیمیایی مضرکم ترکند. براساس روش های مرسوم آزمایشگاهی شناسایی بخش عمده ای از این جمعیت همچنان ناشناخته باقی مانده است زیرا کمتر از یک درصد جمعیت های باکتریایی محیط های خشکی امکان ایزوله شدن در محیط های کشت خالص را دارند. روش های توالی یابی نسل جدید امکان شناسایی جمعیت های میکروبی موجود در اکوسیستم های مختلف را به صورت مستقل از کشت و از طریق تکنیکی با نام متاژنومیکس فراهم می-کنند. در این مقاله شناسایی باکتری ها منطقه ریشه گاه گندم در دو نقطه زمانی مرتبط با مراحل رشد رویشی و زایشی، در کشت دیم بدون تناوب، براساس توالی یابی ژن16SrRNA انجام گرفت. براساس نتایج به دست آمده، شاخه های باکتریایی پروتئوباکتری ها، باکترویدت ها، اکتینوباکتری ها، سیانوباکتری ها و جنس های خاصی در این شاخه ها الگوی توزیع متفاوتی را در این دو مرحله نشان دادند. نتایج نشان داد که گیاه می تواند مجموعه خاصی از باکتری ها را متناسب با مرحله نموی خود برای انجام اعمال خاص مطلوب در آن مرحله، برگزیند که نقش مهمی در حفظ سلامت آن ها دارد. ازآنجایی که، شناخت ساختار جمعیتی باکتری های همراه ریشه، پیش نیاز اصلی برای تعیین نقش تک-تک افراد جمعیت است، متاژنومیکس می تواند پاسخ های مهمی را در ارتباط با این بخش بزرگ غیرقابل کشت فراهم کند.
    کلیدواژگان: ریزسازواره، ریشه گاه، توالی یابی نسل جدید، متاژنومیکس
  • انسیه نوبخت *، مصطفی محقق دولت آبادی صفحات 197-203
    امروزه استفاده از خوراک های بومی مانند میوه ی بلوط در جیره ی غذایی جوجه های گوشتی به منظور جایگزینی با ذرت، مورد توجه پرورش دهندگان این صنعت قرار گرفته است. آرد میوه ی بلوط حاوی مقادیر قابل توجهی از ترکیبات فنولی نظیر تانن ها می باشد. مصرف مواد غذایی حاوی ترکیبات فنولی می تواند میزان بیان ژن های سیستم ایمنی را تحت تاثیر قرار دهد. بنابراین، هدف از این پژوهش، بررسی اثر سطوح مختلف آرد میوه ی بلوط روی بیان ژن های اینترفرون گاما (IFN-γ) ، اینترلوکین-2 (IL-2) و اینترلوکین-13 (IL-13) در بافت تیموس جوجه های گوشتی بود. در این آزمایش، از سه جیره (فاقد بلوط، جیره حاوی 15 درصد و جیره حاوی 20 درصد بلوط) برای تغذیه جوجه های گوشتی در طول دوره ی 42 روزه استفاده شد. در سن 42 روزگی پرورش، RNA کل از بافت تیموس 18 جوجه ی گوشتی (6 جوجه برای هر تیمار) استخراج و بیان ژن های IL-2، IL-13 و IFN-γ بررسی و با ژن مرجع بتا اکتین مقایسه شد. برای آنالیز داده های بیان ژن از نرم افزار REST, 2009, V2. 0. 13 استفاده شد. نتایج نشان داد که میزان بیان ژن های IL-2 و IL-13 در تیمار 15 درصد میوه ی بلوط نسبت به تیمار شاهد افزایش معنی داری داشت (05/0P<). در تیمار 20 درصد میوه ی بلوط، هیچ تغییر معنی داری در میزان mRNA ژن های IL-2 و IL-13 یافت نشد، در حالی که بیان این دو ژن در مقایسه با تیمار 15 درصد میوه ی بلوط به طور معنی داری کم تر بود (05/0P<). با توجه به نتایج این پژوهش به نظر می رسد که با مصرف میوه ی بلوط در جیره ی جوجه های گوشتی در سطوح پایین تر، افزایش توان سیستم ایمنی در بافت تیموس قابل مشاهده است، اما افزایش مقدار میوه ی بلوط می تواند منجر به سرکوب بیان ژن های IL-2 و IL-13 در بافت تیموس جوجه های گوشتی شود.
    کلیدواژگان: اینترفرون گاما، اینترلوکین ها، بیان ژن، جوجه گوشتی، سیستم ایمنی
  • ترانه دستمالچی، منصور امیدی*، رضا عزیزی نژاد، شمسعلی رضازاده، علیرضا اطمینان صفحات 205-213
    فیتوهورمون ها و تنظیم کننده های رشد گیاهی از فاکتورهای موثر در تولید متابولیت های ثانویه هستند. گیاه Papaver bracteatum از تیره پاپاوراسه شامل آلکالوئیدهای تجاری ارزشمندی است. بنزیل ایزوکوئینولین آلکالوئیدها گروه بزرگ و متنوعی از محصولات طبیعی با خاصیت های دارویی منحصر به فرد هستند که شامل بیش از 2500 ترکیب مشخص می باشند و به طور عمده در پنج خانواده گیاهی از جمله Papaveraceae یافت می شوند. در این مطالعه اثر متیل جاسمونات (MJ) و فلوروگلیسنول (PG) در سه غلظت صفر، 100 و 200 میکرومولار و میلی گرم در لیتر به تنهایی و در ترکیب با یک دیگر روی تولید تبائین و سنگوئینارین در کشت سوسپانسیون سلولی خشخاش ایرانی مورد مطالعه قرار گرفت. افزودن هر دو الیسیتور به طور معنی داری منجر به افزایش بازده ی تولید تبائین و سنگوئینارین در مقایسه با شاهد شد. تولید تبائین در بازه ی زمانی 48 ساعت بعد از تیمار با uM 200 متیل جاسمونات و mg/L 100 فلوروگلیسینول، 63/68 برابر شاهد و بازده تولید سنگوئینارین در بازه ی زمانی 48 ساعت بعد از تیمار با uM 200متیل جاسمونات و mg/L 200 فلوروگلیسینول 71/107 برابر شاهد شد. به نظر می رسد این افزایش ناشی از هم افزایی تاثیر الیسیتورهای به کار رفته است. افزودن متیل جاسمونات و فلوروگلوسینول هرکدام به تنهایی نیز به طور معنی داری باعث افزایش تبائین و سنگوئینارین نسبت به شاهد شدند. نتایج این پژوهش نشان داد که استفاده از تنظیم کننده های رشد گیاهی می تواند چرخه بیوسنتز تولید و تجمع آلکالوئیدهای مورفینان در گیاهان را تحریک کند و منجر به دست یابی سطوح بالایی از آلکالوئید در مقایسه با شاهد شود.
    کلیدواژگان: متیل جاسمونات، فلوروگلیسینول، متابولیت های ثانویه، بنزیل ایزوکوئینولین آلکالوئیدها، تنظیم کننده های رشد گیاهی
  • هوشنگ علیزاده *، علی اکبر شاه نجات بوشهری، فریبا رفیعی صفحات 215-223
    ابرین یک پروتئین گیاهی سمی از خانواده پروتئین های بازدارنده ی ریبوزومی و با ماهیت گلیکوپروتئینی است. این پروتئین شامل دو زنجیره متفاوت A وB است، زنجیره A با وزن 30 کیلو دالتون و با فعالیت ان- گلیکوزیدازی rRNA و زنجیره B با وزن حدود 35 کیلو دالتون و با خاصیت لکتینی که نقش آن تسهیل جذب زنجیره A به داخل سلول میزبان است. در این مطالعه، جداسازی توالی DNA کدکننده زنجیره A ابرین از گیاهAbrus precatorius با استفاده از تکنیکPCR انجام و در تی وکتور همسانه سازی شد. توالی حاصل به طول bp 753 به عنوان اولین توالی ژنومی زنجیره A ابرین با شماره دسترسی MF573784 در پایگاه GenBank NCBI ثبت شد. در ادامه ساختار مولکولی و ویژگی های بیوشیمیایی آن مورد بررسی قرار گرفت. بررسی ساختارهای دوم و سوم توالی پروتئینی ABRaA با وزن مولکولی 07/28 کیلو دالتون، نشان داد که این پروتئین از نظر ساختاری مشابه با توالی پروتئین های بازدارنده ی ریبوزومی نوع II گیاهی می-باشد. بیان پروتئین نوترکیب در سویه (DE3) BL21 انجام و صحت آن با استفاده از آزمون لکه گذاری وسترن بلات تائید شد.
    کلیدواژگان: ابرین، پروتئین نوترکیب، همسانه سازی، وسترن بلات
  • سعید امینی، رضا معالی امیری*، حسن زینالی خانقاه صفحات 225-233
    در بررسی نقش پلی آمین ها (PAs) در پاسخ به تنش سرما (°C 4) در ژنوتیپ متحمل (Sel96th 11439) و حساس (ILC533) نخود (Cicer arietinum L.) ، محتوی پوتریسین (Put) ، اسپرمیدین (Spd) ، اسپرمین (Spm) ، پراکسید هیدروژن (H2O2) و بیان نسبی ژن های مسیر بیوسنتز Put، آرژنین دکربوکسیلاز (ADC) و ارنیتین دکربوکسیلاز (ODC) مطالعه شد. در ژنوتیپ متحمل محتوی H2O2 پس از افزایش معنی دار در روز اول، در روز ششم تنش کاهش یافته (بیش از 7/4 درصد) ، به طوری که تجمع آن در مقایسه با شرایط شاهد کمتر شد، در حالی که تجمع آن در ژنوتیپ حساس در مقایسه با شرایط شاهد افزایش یافت (تا50 درصد). تحت تنش سرما به موازات کاهش خسارت سلولی (H2O2) محتوی هر سه نوع PAs به ویژه Put تحت تنش سرما در مقایسه با شرایط شاهد افزایش یافت (حداکثر تا 116 درصد) ، در حالی که در ژنوتیپ حساس در روز ششم تنش افزایش محتوی Put در مقایسه با ژنوتیپ متحمل کم تر بود (تا 14 درصد). بنابراین، به نظر می رسد که Put به عنوان محافظت کننده در پاسخ به تنش سرما در اثر خسارت القایی تنش تجمع می یابد. تحت تنش سرما به موازات افزایش میزان Put، محتوی Spd و Spm نیز در مقایسه با شرایط شاهد افزایش یافت (به ترتیب حداکثر تا 66 و 69 درصد) به طوری که افزایش آن ها در ژنوتیپ متحمل بیش تر از ژنوتیپ حساس بود. تحت تنش سرما میزان بیان ژن ADC در مقایسه با شاهد در هر دو ژنوتیپ افزایش یافت (حداکثر تا بیش از 26 برابر) در حالی که میزان بیان ژن ODC در هر دو ژنوتیپ در مقایسه با شاهد کاهش یافت (تا بیش از 2 برابر). نتایج نشان داد که تحت تیمارهای آزمایش افزایش بیوسنتز Put وابسته به بیان ژن ADC مسیری غالب در مقایسه با مسیر ODC در نخود است. احتمالا افزایش بیان نسبی ژن ADC با تولید Put باعث افزایش تحمل به تنش سرما می شود. بنابراین افزایش میزان پلی آمین ها (PAs) به ویژه Put، که احتمالا با افزایش بیان ژن ADC سنتز می شود، در بهبود تحمل به تنش سرما نخود زراعی نقش مهمی ایفا می کند.
    کلیدواژگان: نخود، تنش سرما، پراکسید هیدروژن، پلی آمین ها
  • بتول اصغری اسفدن، غلامرضا داشاب* صفحات 235-246
    هدف از این مطالعه ارزیابی صحت مکان یابی QTL و پیش بینی های ژنومی سه صفت ایمنی شامل تعداد سلول های B، CD4 و CD8 بر اساس دو روش آمای بیزی شامل بیز Cπ و لاسو و GBLUP بر روی 1094 موش هتروژنوس بود. داده های ژنوتیپی متشکل از 1094 حیوان با 12226 جایگاه های چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNPs) بر روی 19 کروموزوم اتوزومی بعد از کنترل کیفیت داده های SNPs برای نرخ خوانش به ازای هر فرد و SNP و حداقل فراوانی آللی بودند. از هفت مدل آماری با در نظر گرفتن اثرات افزایشی و غالبیت نشانگرها و هم چنین آثار پلی ژنیک حیوان برای برآورد اثر SNPs و پیش بینی مولفه های واریانس استفاده شد. اثر SNPها با روش بنفرونی تصحیح شد و صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی با روش cross-validation ارزیابی شدند. مکان یابی نهایی جایگاه های کنترل کننده صفات کمی با هفت مدل و سه روش آماری برای سه صفت تعداد سلول های B، CD4 و CD8 به ترتیب 10، 6 و 7 QTL را بر روی کروموزوم های 1، 3، 5، 7، 8، 9، 12، 14، 16، 17 و 18 نشان داد. نتایج این مطالعه نشان داد که افزودن آثار افزایشی و غالبیت نشانگرها به همراه اثر پلی ژنیک حیوان منجر به افزایش صحت پیش بینی می شود. هم چنین، روش آماری نیز یکی از عامل های موثر در صحت پیش بینی های ژنومیک هستند. بالاترین پیش بینی ژنومیک برای تمام صفات مربوط به مدل 7 و روش بیز لاسو بود. تفاوت بین روش های آماری مربوط به پس زمینه ژنتیکی و همچنین فرضیاتی است که برای میزان تنوع آثار نشانگرها در نظر گرفته می-شود.
    کلیدواژگان: آثار غالبیت، پیش بینی ژنومی، روش های آماری، صفات ایمنی، مکان یابی
  • دیاکو رسولی *، بهرام ملکی، حسین جعفری، عباس بهاری صفحات 247-257
    الیسیتورها ترکیباتی با منشا زیستی و یا غیر زیستی هستند که از طریق القای پاسخ های دفاعی باعث بیوسنتز و انباشت متابولیت های ثانویه می شوند. در این پژوهش اثر الیسیتورهای کیتوزان، عصاره مخمر و متیل جاسمونات بر بیان ژن های KO، UGT85C2، UGT74G1 و UGT76G1 در مسیر تولید گلیکوزید های استویول در گیاه Stevia rebaudiana مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور گیاه استویا تحت الیسیتورهای مذکور با غلظت های 20، 40 و 80 میلی گرم بر لیتر تیمار شدند و بعد از یک ماه برداشت از برگ های انتهایی انجام گرفت. نتایج حاصل نشان داد که کیتوزان در غلظت 20 (میلی گرم بر لیتر) باعث افزایش معنی دار بیان ژن های UGT85C2 و UGT76G1 نسبت به تیمار شاهد (16 و 5 درصد) شد. هم چنین غلظت 40 کیتوزان نیز باعث افزایش معنی دار (14 درصد) بیان ژن UGT85C2 شد. تیمار متیل جاسمونات 20 باعث بیش ترین میزان بیان ژن KO شد که به نسبت تیمار شاهد 13 درصد افزایش داشت. هم چنین بیان ژن UGT85C2 تحت غلظت 20 متیل جاسمونات نیز افزایش معنی داری نشان داد. طبق نتایج مشخص شد که افزایش غلظت الیسیتورهای کیتوزان و متیل جاسمونات (80 میلی گرم بر لیتر) بر بیان ژن های مسیر گلیکوزیدهای استویول اثر منفی داشته و باعث کاهش بیان ژن شدند. عصاره مخمر در غلظت 40 باعث افزایش معنی دار بیان ژن های UGT85C2 و UGT76G1 شد که به نسبت تیمار شاهد به ترتیب 11 و 5 درصد افزایش بیان نشان دادند. به نظر می رسد که غلظت 40 نسبت به غلظت های 20 و 80 عصاره مخمر تاثیر بهتری در افزایش بیان داشته است. بنابراین با توجه به نتایج به دست آمده در این تحقیق، می توان نتیجه گرفت که الیسیتورهای کیتوزان و متیل جاسمونات در غلظت های پایین و عصاره مخمر در غلظت متوسط، می توانند از طریق تحریک بیان ژن های درگیر در مسیر تولید گلیکوزیدهای استویول و افزایش میزان ترکیبات شیمیایی در تولید متابولیت های ثانویه گیاه استویا تاثیر گذار باشند.
    کلیدواژگان: استویا، الیسیتور، بیان ژن، کیتوزان، متیل جاسمونات، گلیکوزیدهای استویول
  • حمزه حمزه، علی اصغری*، سید ابولقاسم محمدی، امید سفالیان، سلیمان محمدی، مجتبی نورآیین صفحات 259-272
    به منظور مکان یابی QTL های اصلی و اپیستاتیک و اثر متقابل آن ها با محیط برای صفات فنولوژیک، 148 اینبرد لاین نوترکیب گندم همراه با والدین‘YecoraRojo’ و ‘No. 49در دو ایستگاه تحقیقات کشاورزی میاندوآب و مهاباد در شرایط نرمال و تنش کم آبی انتهای فصل طی دو سال زراعی 1393 و 1394 مورد ارزیابی قرار گرفتند. نقشه پیوستگی مورد استفاده شامل 177 نشانگر ریز ماهواره و 51 نشانگر رتروترانسپوزون بود. نتایج تجزیه واریانس نشان داد بین ژنوتیپ های مورد بررسی از لحاظ کلیه صفات اندازه گیری شده اختلاف معنی دار وجود داشت. تجزیه QTL بر اساس روش مکان یابی فاصله ای مرکب نشان داد در شرایط نرمال رطوبتی دو QTL، دو اثر متقابل QTL  محیط، 14 اثر اپیستازی QTL× QTL و 10 اثر متقابل × QTL محیط مشاهده شد. دامنه توجیه تغییرات فنوتیپی برای QTLها در محدوده 6/2 برای طول دوره پر شدن دانه تا 14/7 درصد برای روز تا رسیدگی متغیر بود. در شرایط تنش کم آبی 6 QTL، دو اثر متقابلQTL × محیط، 9 اپیستازی QTL× QTL و 2 اثر QTL× QTL در محیط مکان یابی شد که دامنه تبیین تغییرات فنوتیپی برای QTL های افزایشی در بین 46/4 تا 44/12 درصد به ترتیب برای طول دوره پرشدن دانه و روز تا سنبله دهی قرار داشت. هم چنین، برای روز تا سنبله دهی و روز تا رسیدگی فیزیولوژیک QTL هایی بر روی کروموزوم های 2A، 3A، 5A و 2B مکان یابی شدند که با ژن های مرتبط با بهاره سازی (VRN) و ژن های حساسیت به دوره نوری (Ppd) در گندم روی کروموزوم های مشابهی قرار داشتند.
    کلیدواژگان: تنش کم آبی، صفات فنولوژیک، نشانگرهای ریز ماهواره، رتروترانسپوزون
  • نرگس ملک برمی، مریم غایب ز مهریر *، امیر محمد ناجی صفحات 273-280
    بادام با نام علمی Prunus dulcis یکی از قدیمی ترین درختان میوه است که امروزه یکی از بیشترین تولیدات میوه خشکباری جهان را به خود اختصاص داده است. در حال حاضر استراتژی کارآمد برای کنترل بیماری های مختلف استفاده از گیاهان مقاوم می باشد. گیاهان مکانیسم های مختلفی را برای دفاع در مقابل بیمارگر ها به کار می برند. این مکانیسم ها با ژن های مقاومت گیاه (R genes) فعال می شوند. در این مطالعه ژن های آنالوگ مقاومت متعلق به خانواده NBS-LRR در کولتیوارهای بادام ایران بررسی شدند. به این منظور حدود بیست کولتیوار مختلف بادام موجود در کلکسیون های ایران تهیه و DNA آن ها با روش CTAB استخراج شد. آغازگرهای دجنریت برای تکثیر ژن های آنالوگ مقاومت طراحی شد. در مجموع 90 قطعه چند شکل حاصل شد که قطعات چندشکلی از روی ژل آکریل آمید جداسازی و پس از همسانه سازی در وکتورpGEM، توالی یابی شدند. نتایج نشان داد که در آنالوگ های ژن های مقاومت خانواده NBS-LRR بین کولتیوارهای مختلف بادام تنوع زیادی وجود دارد. نتایج توالی یابی آنالوگ های تکثیرشده، نشان داد که 55 درصد آن ها با ژن های مقاومت شناخته شده یا پروتئین های مقاومت به بیماری شباهت داشتند و 45 درصد آن ها آنالوگ های جدید بوده که تاییدی بر انجام مطالعات جامع تر جهت شناسایی منابع مقاومت جدید به بیماری ها در کولتیوارهای بادام ایرانی است. توالی های شناخته شده عمدتا با پروتئین های مقاومت به نماتد شباهت داشتند. از نظر فیلوژنی توالی آنالوگ ژن های مقاومت در کولتیوارهای بادام ایران در هشت شاخه ی مجزا قرا گرفتند که از آن ها می توان در مکان یابی ژن های مقاومت منفرد و تعیین مکان های کمی مقاومت به بیماری ها در بادام استفاده نمود.
    کلیدواژگان: بادام، Prunus dulcis، مقاومت به بیماری، NBS-LRR
  • سید محمد تقی طباطبایی، محمود سلوکی *، براتعلی فاخری، محسن اسماعیل زاده مقدم، نفیسه مهدی نژاد صفحات 281-292
    یکی از روش های نوین مورد استفاده در برنامه های اصلاحی در گیاهان شناسایی مکان های صفت کمی (QTL) در ژنوم به کمک نشانگرهای مولکولی است. به منظور شناسایی QTL برای صفات کیفیت نانوایی نظیر محتوای پروتئین، حجم رسوب زلنی، حجم نان، حجم رسوب SDS، میزان جذب آب، درصد رطوبت، شاخص گلوتن، الاستیسیته گلوتن، گلوتن مرطوب، شاخص سختی دانه و وزن هزار دانه در گندم نان، یک جمعیت ژنتیکی متشکل از 169 لاین اینبرد نوترکیب (RIL) حاصل از تلاقی SeriM82 و Babax در رابطه با صفات فوق مورد ارزیابی قرار گرفت. برای شناسایی QTL از نقشه پیوستگی که با استفاده از 249 نشانگر AFLP، 264 نشانگر DarT و 74 نشانگر SSR تهیه شده بود و شامل 29 گروه لینکاژی بود، استفاده شد. در مجموع سی QTL برای صفات مورد مطالعه در شرایط نرمال و تنش به دست آمد که سه QTL برای محتوای پروتئین، شش QTL جهت گلوتن مرطوب، دو QTL مربوط به حجم نان، دو QTL جهت حجم رسوب زلنی، شش QTL جهت وزن هزار دانه و سه QTL مربوط به شاخص گلوتن شناسایی شد؛ و واریانس فنوتیپی توجیه شده به وسیله این QTL های شناسایی شده بین 05/0 تا 47/21 درصد متغیر بود و LOD در دامنه 50/2 – 08/6 قرار داشت. QTL های شناسایی شده بعد از اعتبارسنجی می توانند در برنامه های اصلاحی و گزینش به کمک نشانگر مورداستفاده قرار گیرند.
    کلیدواژگان: واریانس فنوتیپی، صفات کمی، QTL، کیفیت نانوایی، گندم نان
  • محمد امین الماسی *، ابوبکر مرادی صفحات 293-299
    سیب زمینی به وسیله ویروس های مختلفی آلوده می شود که می توانند عملکرد را کاهش دهند، ویروس X سیب زمینی (PVX) به لحاظ اقتصادی یکی از ویروس های مهم این محصول است. روش های متعددی شامل آزمون های سرولوژیکی و مولکولی جهت تشخیص این ویروس وجود دارند، اما این روش ها زمان بر بوده و نیازمند ابزارهای پیچیده ای هستند. هدف از این پژوهش، کاهش زمان مورد نیاز جهت تشخیص PVX با استفاده از روش IC-RT-LAMP بود. نمونه های برگی (50 نمونه) با علایم مشابه به ویروس X سیب زمینی از سطح استان کردستان جمع آوری و برای آزمون سرولوژیکی (DAS-ELISA) به کارگرفته شدند. واکنش IC-RT-LAMP به صورت یک مرحله ای (بدون نیاز به استخراج RNA) ، تحت شرایط هم دما انجام شد و نتایج به وسیله الکتروفورز بر روی ژل آگارز و رنگ هیدروکسی نفتول بلو (HNB) ارزیابی شد. نتیجه مثبت استفاده از رنگ HNB تغییر رنگ مخلوط واکنش از بنفش به آبی آسمانی بود. از مزایای روش IC-RT-LAMP در مقایسه با سایر روش های پیشین می توان به اختصاصیت بالا، حساسیت بالا، سرعت بالا، کارآیی بالا، ایمنی، سهولت، عدم نیاز به تجهیزات پر هزینه جهت تکثیر، عدم نیاز به استخراج RNA، عدم نیاز به کارهای تشخیصی بعد از تکثیر، تشخیص مشاهده ای و کاربر دوستی آن اشاره کرد.
    کلیدواژگان: الایزا، IC-RT-LAMP، رنگ HNB، ویروس X سیبزمینی
  • کژوان ساعد موچشی، علی ایزدی دربندی *، نامجو ساعد موچشی صفحات 301-306
    به منظور همسانه سازی ژن، ابتدا باید ژن موردنظر از سایر آلودگی ها (پروتئین، باندهای غیرتخصصی و پرایمردایمرها و…) جدا شود. خالص سازی ژن موردنظر از سایر آلودگی های با روش های شیمیایی و فیزیکی مختلفی قابل انجام است. در این پژوهش برای اولین بار، ژن هدف موجود در بافر TAE. 1X با استفاده از یک روش فیزیکی با کمک میدان الکتریکی جداسازی شد. ژن PqHMGR (FJ755158. 1) با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده از توالی های cDNA گیاه جنسینگ (Panax quinquefolius) توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز تکثیر شد. الحاق ژن خالص سازی شده به پلاسمید حامل PTG-19 و همسانه سازی آن در باکتری E. coli سویه DH5α با موفقیت انجام شد. در نهایت ژن PqHMGR توسط دستگاه و روش معرفی شده به خوبی خالص سازی و همسانه سازی شد و پلاسمید نوترکیب، به منظور تائید موفق بودن همسانه سازی توالی یابی شد.
    کلیدواژگان: ژل آگارز، خالص سازی ژن از ژل، PqHMGR
  • هانیه کافی، سعید نواب پور *، خلیل زینلی نژاد، محمد هادی پهلوانی صفحات 307-311
    گندم از جمله قدیمی ترین و مهم ترین گیاهان زراعی مورد استفاده انسان است. به طور حتم موفقیت در برنامه اصلاحی در گرو میزان تنوع ژنتیکی است. روش هایی مختلفی برای تخمین تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار می گیرد. از جمله آن ها می توان ثبت شجره، خصوصیات مورفولوژیکی و نشانگرهای مولکولی را نام برد. هدف از این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی 35 ژنوتیپ گندم نان بر اساس نشانگرهای ریزماهواره بود. برای این منظور از 15 جفت آغازگر ریزماهواره استفاده شد. تعداد آلل های مشاهده شده توسط 13 نشانگر مورد استفاده بین دو تا 11 بود که بیش ترین تعداد آلل مربوط به نشانگر 5D–Xgwm190 و کم ترین تعداد آلل مربوط به نشانگر Xcn13-6B بود. میانگین کل آلل های مشاهده شده در مجموع مکان های ژنی 84/6 به دست آمد. آغازگرهای WMC420 و BARC328 باند قابل امتیازدهی تکثیر نکردند. محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) از 11/0 تا 385 با میانگین 22/0 متغیر بود. میزان تنوع ژنی مشاهده شده برای مکان های ژنی از 107/0 تا 357 با میانگین 214/0 به دست آمد. بر اساس ضرایب تشابه به دست آمده، ارزش های تشابه دامنه ای از 90/0 تا 98/0 درصد را نشان دادند. بیش ترین تشابه ژنتیکی بین ژنوتیپ های ترکیه و ایران و کم ترین آن بین ژنوتیپ های عراق و افغانستان مشاهده شد. بر اساس نتایج حاصل، بالاترین ضریب کوفنتیک (73/0 =r) مربوط به زمانی بود که از روش جاکارد برای تشکیل ماتریس تشابه و از الگوریتم UPGMA برای ترسیم نمودار درختی استفاده شد. بنابراین نمودار درختی حاصل از این روش ملاک دسته بندی قرار گرفت. تجزیه خوشه ایژنوتیپ ها را در چهار گروه طبقه بندی کرد.
    کلیدواژگان: تنوع ژنتیکی، ضریب تشابه، محتوای اطلاعات چندشکلی ( PIC )، نشانگر ریزماهواره
  • نادیا سنچولی، حسین کمال الدینی، فاطمه حدادی، بهمن فاضلی نسب * صفحات 313-319
    به منظور بررسی تنوع ژنتیکی گیاه دارویی تربچه از 36 آغازگر REMAP استفاده شد. آغازگرهای UBC825-Ltr2، UBC815-Ltr1 و UBC815-Ltr20 با 6 آلل کم ترین و آغازگر UBC848-Ltr3 با 17 آلل بیش ترین و میانگین تعداد آلل در کل جایگاه ها برابر 04/10 بود. بیش ترین میزان شاخص چندشکلی (41/0) مربوط به آغازگر UBC848-Ltr2 و کم ترین میزان شاخص (24/0) مربوط به آغازگر UBC818-Ltr15 بود. بیش ترین میزان شاخص مارکری (69/34) مربوط به آغازگر UBC848-Ltr2 و کم ترین میزان شاخص مارکری (36/20) مربوط به آغازگر UBC857-Ltr1 بود. بیش ترین میزان تعداد الل موثره، شاخص تنوع شانن و شاخص تنوع نی به ترتیب 73/1، 42/0 و 61/0 متعلق به آغازگر UBC825-Ltr2 و کم ترین میزان تعداد آلل موثر، شاخص تنوع شاندن و شاخص تنوع ژنی به ترتیب 26/1، 18/0 و 31/0 متعلق به آغازگر UBC815-Ltr15 بود و در بین جمعیت های تربچه بیش ترین درصد مکان چندشکل، تعداد الل موثر، شاخص تنوع ژنی و شاخص تنوع شاندن به ترتیب 89 درصد، 18/42، 3/1، 170/0 و 248/0 متعلق به جمعیت French breakfast بود. تغییرات درون و بین جمعیت ها با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 66 درصد کل تغییرات ژنتیکی درون جمعیت ها وجود دارد.
    کلیدواژگان: تنوع ژنتیکی، شباهت ژنتیکی، رتروترانسپوزونی ریزماهواره، تربچه
|
  • Identification of single nucleotide polymorphisms underlying the strength of lysozyme activity in chicken, a genome-wide association study
    v raeesi, ar ehsani*, r vaezitarshizi Page 1
    Using the Illumina 60k SNP chip panel, a genome-wide association study was carried out in order to identify genomic regions underlying lysozyme activity in chicken. Data were collected from an F2 chicken population originated from reciprocal crosses between Arian broiler line and West Azerbaijan indigenous chicken strains. In this study, the lysozyme activity against Micrococus luteus bacteria, recorded as an indicator for innate immunity. Statistical analysis was based on fixed and mixed linear models to account for population stratifications and avoiding systematic biases generated from sex and hatch. Correction for multiple testing was done by applying a 10% genome-wise false discovery rates as significant threshold. Results showed that in both statistical models three markers of GGaluGA206187, rs16479594 and rs15204127, located on chromosomes 3, 5 and 1 respectively have significant associations with innate immunity in chicken (FDR<0/1). The finding are in agreement with previous published studies. Subsequent gene enrichment analysis in DAVID database underpin that candidate genes flanking these three regions of the genome have considerable roles in nine biochemical pathways with pivotal effects on the function of immune system.
  • n malekitabrizi *, aa shahboshehri, gh hosseini Pages 181-188
    Plants have many microorganisms in their different tissues which have effects on the plant as a host in many ways. Rhizosphere that exist around the root is the most significant of era for microorganisms. Root associated bacteria are critical for plant growth and health. Understanding the combination and role of root microbiota is crucial toward agricultural practices that are less dependent on chemical fertilization, which has known negative effects on the environment and human health. It has been estimated based on common approach that less than 1% of the total microbial population in dry lands have been successfully isolated in pure culture. Next generation techniques provide the possibilities of these communities through culture independent methods by metagenomics. In this study the wheat rhizosphere bacteria in dry farming without rotation cultivation during vegetative and flowering stages were identified based on 16srRNA sequencing. Results showed different distributions of Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, Cyanobacteria and also specific genera. Based on these results, plant choose specific collection of bacteria according to developmental stage that are suitable for plant health. Since the identification of bacteria communities are main prerequisites for detection of individual functions, metagenomics can provide important answers about these huge unculturable portion.
  • e nobakht *, m mohagheghdolatabadi Pages 197-203
    Today, the use of native feeds such as oak acorn, in order to replace with corn, in the diet of broiler chicken has been considered by the breeders of this industry. Oak acorn contains significant amounts of phenolic compounds such as tannins. Consumption of feeds containing phenolic compounds can affect the genes expression levels of immune system. Therefore, the aim of this study was to investigate the effects of different levels of oak acorn on expression of interferon gamma, interleukine-2 and interleukine-13 genes in thymus tissue of broiler chickens. In this experiment, three different diets (without oak, diet contains 15% and 20% oak acorn) used for feeding broiler chickens during the 42-day period. At 42 days of age, the total RNA was extracted from thymus tissue of 18 broiler chickens (6 chickens per treatment) and the expression of IL-2, IL-13 and IFN-γ genes was evaluated and compared with the beta-actin reference gene. REST, 2009, V2.0.13 software was used for analysis of gene expression data. The results showed that the expression levels of IL-2 and IL-13 genes were significantly higher in 15% oak acorn in compared to control treatment (P <0.05) but in 20% treatment oak acorn, no significant different was found in mRNA levels of IL-2 and IL-13, while expressions of two genes in compared to 15% oak acorn were significantly lower (P <0.05). According to the results of this study, it seems that consumption of oak acorn in broiler chicken diets at low levels can be observed to increase of the immune system ability in thymus tissue, but increasing the amount of oak acorn could led to suppress of expression IL-2 and IL-13 genes in thymus tissue of broiler chickens.
  • t Dastmalchi, m Omidi *, r azizinejad, sh rezazade, ar etminan Pages 205-213
    Phytohormones and PGRs are influencing factors in the production of secondary metabolites. Papaverace family includes valuable alkaloids with commercial importance and Papaver bracteatum belongs to this family. Benzylisoquinoline alkaloids are a diverse group of more than 2500 specified natural compounds with medicinal effect which are found in 5 plant families including Papaveraceae. In vitro plant cell culture is a promising source for high rate secondary metabolites production. In this study, the effect of methyl jasmonate (MJ) and phloroglucinol (PG) in three different concentration, 0, 100 and 200 uM and mg/L, individually and in combination together, on the stimulation of thebaine and sanguinarine production in Papaver bracteatum cell suspension cultures was studied. Both elicitors significantly increased yields of thebaine and sanguinarine production compared to the control. Thebaine production 48 hours after elicitation with concentration of 200uM MJ and 100mg/L PG was about 68.63-fold and sanguinarine production at the same period with concentration of 200uM MJ and 200mg/L PG increased about 107.71-fold more than control. It seem that increases can due to synergic effects of used elicitors in this suspension cell culture. Adding MJ and PG, each one lonely, also increased yields of thebaine and sanguinarine. The results of this study showed that the use of PGRs can motivate biosynthetic cycle of the production and accumulation of morphinan alkaloids in plants and levels of this alkaloids can be eleveted comparing to control plants.
  • a alizadeh *, aa shahboshehri, f rafiee Pages 215-223
    Abrin is a plant-derived glycoprotein toxin composed of two polypeptide chains, A chain and B chain. The A-chain (molecular weight 30 kDa) as a N-glycosidase is able to catalyzes the deadenylation of the 28S rRNA and thereby inactivate ribosomes. On the other hand, B-chain (molecular weight 35 kDa) is responsible for binding to the target cell and internalization of A-chain. In this study, an abrin A-chain (ABRaA) DNA was isolated from Abrus precatorius by PCR technique and then cloned into a T-vector. This isolated sequence with 753 bp in length was registered to NCBI GenBank with the accession number MF573784, as the first report of A chain abrin DNA. In continue molecular structures and biochemicalcharacteristics of ABRaA were analyzed. The secondary and three dimensional analysis of the polypeptide structure with 28.07 kDa indicated that ABRaA is similar to the RIP-II family of plant proteins. The bacterial expression of ABRaA carried out in BL21 (DE3) strain and subsequently confirmed by Western blot.
  • s amini, r maali amiri *, h zeinali Pages 225-233
    ontribution of polyamines (PAs) in response to cold stress (4◦C) were studied in chickpea (Cicer arietinum L.) genotypes. The content of putrescine (Put), spermidine (Spd), Spermine (Spd), hydrogen peroxide (H2O2) and relative expression of Arginine decarboxylase (ADC) and ornithine decarboxylase (ODC) genes that involve in Put biosynthesis pathway were investigated in cold-tolerant (Sel96th 11439) and cold-sensitive (ILC533) genotypes. In the tolerant genotype, H2O2 accumulation was gradually decreased (up to 4.7%) from the first day to 6th day of cold stress treatment and its accumulation decreased while its accumulation in sensitive genotype increased up to 50% compared to the control. Under cold stress, as damage index (H2O2) was decresed, PA and Put content increased comparing to control conditions (up to 116%), while Put content in cold-sensitive genotype was lower compared to cold-tolerant genotype on the sixth day (up to 14%). Therefore, Put accumulates as an osmoprotectant in response to induced damage caused by cold stress. Under cold stress, increasing in Put content was accompanied by increasing of Spd and Spm comparing to control conditions (up to 66% and 69%) while, their increases in cold-tolerant genotype was more than cold-sensitive one. Also in both genotypes, under cold stress the transcript levels of ADC gene was increased up to 26-fold and the transcripts of ODC gene was increased up to 2-fold comparing to control conditions. These results showed that in chickpea under cold stress, increase of Put biosynthesis dependent on ADC pathway was dominant compared to ODC gene. Possibly increasing relative expression of the ADC gene with the production of Put improved cold tolerance mechanisim. Therefor, increasing PAs content particularly Put which is probably synthesized by the up-regulation of ADC gene, plays an important role in cold tolerance development in chickpea.
  • B asghari, gh dashab * Pages 235-246
    The aim of this study was to assess the accuracy of QTL mapping and genomic predictions for three immunity traits including B cell, CD4 and CD8 based on two Bayesian statistical methods such as Cπ, LASSO and GBLUP in 1094 heterogeneous mice. Genotype data set was composed of 1094 individuals with 12226 polymorphic loci (SNPs) on 19 autosomal chromosomes, after the quality control filtering of all genotyped SNPs data, for call rate per individual and per SNP and minimum all frequency. The seven statistical model to exploring of additive and dominance effects of SNPs as well as polygenic effect of animal was used to estimate SNPs effect and variance components. SNPs effect was corrected with Bonferoni methods and accuracy of genomic breeding values for all of traits were evaluated using cross-validation. Final QTL mapping with seven model and three statistical methods showed that 10, 6 and 7 on 1, 3, 5, 7, 8, 9, 12, 14, 16, 17 and 18 chromosomes for B cell, CD4 and CD8 traits, respectively. The results of this study showed that by added to additive and dominant effects of markers with the animal's polygenic effect, the accuracy of genomic predictions is increased. Also, statistical methods were used a factor affecting the accuracy of the genomic pridictions. The highest accuracy of genomic predictions for all of traits was related to seven model and Bayesian LASSO. The difference between these statistical methods was related to the background of genetic architecture, as well as assumptions that are considered for the variance of marker effects.
  • d rasoli *, b maleki, h jafari, a bahari Pages 247-257
    The elicitors are biotic and abiotic compounds that by stimulation of defensive responses causes biosynthesis and accumulation of secondary metabolites. In this research, the expression of KO, UGT85C2, UGT74G1 and UGT76G1 genes involve in production pathway of steviol glycosides in the Stevia rebaudiana were investigated under chitosan, yeast extract and methyl jasmonate as elicitors.
    For this purpose, the stevia plants were treated by the elicitors in 3 concentrations of 20, 40 and 80 mg/L and then apical leaves were harvested after one month. The results showed that chitosan in the concentration of 20 (mg/L) significantly increased the expression of UGT85C2 and UGT76G1 genes compared to control plants (16 and 5%). Plus, Chitosan in the concentration of 40mg/l significantly increased the expression of UGT85C2 gene (14%). Methyl jasmonate 20mg/l caused the highest expression of KO gene, which increased by 13% in comparison with control plant. Also, the expression of UGT85C2 gene under the concentration of 20 methyl jasmonate showed a significant increase. According to the results, it was found that increasing the concentrations of chitosan and methyl jasmonate had a negative effect on gene expression profiles of steviol glycosides. Yeast extract in the concentration of 40mg/l significantly increased the expression of UGT85C2 and UGT76G1 genes, which showed 11 and 5% increase in expression, respectively. It was specified that concentration of 40mg/l compared to concentrations of 20 and 80mg/l of yeast extract had a better effect on gene expression enhancement. Hence, according to the results, it can be concluded that chitosan and methyl jasmonate at low concentrations and yeast extract in a moderate concentration can stimulate of the gene expression profiles that involved in the production of steviol glycosides, so increasing the amount of chemical compounds can be effective in the production of secondary metabolites in s. rebaudiana.
  • h Hamze, a asghari*, sa mohamadi, o sofalian, s mohamadi, m noraeen Pages 259-272
    In order to Mapping main and epistatic effects and environmental interactions of QTLs for Phenological traits in normal and water deficit conditions in wheat, a recombinant inbred lines population, comprising 148 lines derived from a cross between two winter wheat cultivars, ‘YecoraRojo’ and ‘No. 49’, was evaluated in two location in Miandoab and Mahabad during 2014-2016. A linkage map including 177 microsatellites and 51 retrotransposons markers. Analysis of variance results showed that there was a significant difference between genotypes for all studied traits. QTL analysis based on composite interval mapping (CIM) showed in normal moisture conditions 2 QTL, 2 QTL × environments interactions, 14 additive × additive epistasis effects and 10 QTL × QTL× environment effects were significant. Phenotypic variance explained by main QTL varied from 2.6% to 7.14% for grain filling period and days to heading. In water deficit condition, 6 QTLs, 2 QTL × environments interactions,9 additive × additive inactions and 2 QTL × QTL × environment interactions effects were found, The highest and lowest explained phenotypic variation belonged to photosynthetic for grain filling period and days to heading with R2 value of 4.46 and 12.44 respectively. Also for days to heading and days to physiological maturity QTLs was detected on chromosomes 2A, 3A, 5A and 2B which coincided with Vernalization-related genes (VRN) and genes sensitive to photoperiod (Ppd) chromosomes in wheat.
  • n malekbarmaki, m zamharir *, am naji Pages 273-280
    Almond (Prunus dulcis) as a fruit trees has one of the highest production among nut products. At the moment, the use of resistant cultivars is one of the main strategies to control and manage plants diseases. Plants use different defense mechanisms against pathogens. These mechanisms are activated by R genes. In this study resistance gene (R-gene) analogues have been studied in different Iranian almonds cultivars. In this study, 20 different Iranian almonds cultivars have been collected from almond collection and DNA was extracted using CTAB method. Four set of degenerate primers from conserved NBS (nucleotide binding site) motifs were selected. Totally, 90 resistance-gene analogues were isolated and sequenced. The results of this study shows the NBS-LRR resistance gene analogues family possessed variation between different almond cultivars that 55% of them were similar to known disease resistance genes or proteins and 45% of them were new analogues, what proof the nessesory of comprehensive studies to identify new sources of resistance to diseases in Iranian almond cultivars. Sequences of linked proteins mainly were similar to resistance gene analogues (RGA) related to root knot nematode. Phylogenetic analysis showed that differenant resistance genes analogues of almonds cultivars in Iran distribiuted in 8 main groups. From our results, we concluded that some of RGA in this study are new and could be used in resistance genes mapping in future research.
  • smt tabatabaei, m soloki *, b fakheri, m esmaeilzade, n mahdinejad Pages 281-292
    One of the new methods used in breeding programs in plants is the identification of QTLs in the genome using molecular markers. In order to identify QTL for Bread quality traits such as protein content, Zeleny sedimentation volume, bread volume, SDS sedimentation volume, water absorption, moisture content, gluten index, gluten elasity, wet gluten, grain hardness index and 1000 grain weight in bread wheat, one Genetic population of 169 recombinant inbred lines (RIL) from crosses SeriM82 and Babax in relation to the above traits was evaluated. To identify the QTL, a continuity map was developed using 249 AFLP markers, 264 DarT markers, and 74 SSR markers including 29 linkage groups. Totally 30 QTL were detected for studied traits under drought and normal conditions which 3 QTLs for protein content, 6 QTLs for wet gluten, 2 QTL for bread volume, 2 QTLs for Zeleny sedimentation volume, 6 QTLs for 1000 seed weight and 3 QTLs for gluten indexThe justified phenotypic variance with these QTLs varied from 0.05 to 21.41 percent, and the LOD was in the range of 2.50 to 6.0.08. QTLs identified after validation can be used in correction and selection programs using markers.
  • ma almasi *, a moradi Pages 293-299
    Potato can be contaminated by many different viruses that can reduce yield . Potato virus X (PVX) is one of the most economically important viruses of this product. There are several techniques to detect PVX including serological and molecular assays but these methods are time consuming and requiring using complicated tools. The aim of this study was to reduce the time required to detect PVX, using IC-RT-LAMP technique. Fifty leaf samples with symptoms similar to PVX were collected from Kurdestan province and were subjected to a serological (DAS-ELISA) test. One-step IC-RT-LAMP reaction was carried out under isothermal conditions (without RNA extraction) and results were evaluated by agarose gel electrophoresis and hydroxynaphthol blue (HNB) dye. A positive result using the HNB dye was a color change in master-mix from the violet to sky blue. The advantages of IC-RT-LAMP method in compare to other methods are the high specificity, high sensitivity, high rapidity, high efficiency, safety, high efficiency, no expensive tools for amplification, no RNA extraction, no post-amplification treatment of the amplicons, visual detection and user friendly.
  • k namjosaed, a izadi *, n namjosaed Pages 301-306
    In order to gene cloning, at first desired gene should separate from other contaminants (proteins, primer-dimer bands unskilled, etc.). Various physical and chemical methods were used for purification of target gene from other contaminates; Here we have applied a new physical methods for purification of gen from agarose gel under an electric field containing TAE.1X fluid. We isolated PqHMGR form Panax quinquefoliusby using specific primers based on cDNA sequences. Ligation of isolated gene tovector and its cloning was done through E.coli (DH5α). Finally, PqHMGR gene was purified by the foresaid device and after cloning in desired vector, extracted plasmid were sequenced for confirmation of gene purification and cloning. Our resultd showed accuracy of this device in gene purification.
  • h kafi, s navabpoor *, kh zeinali, mh pahlevani Pages 307-311
    Wheat is one of the oldest cultivated and the most important crop plant that has been used by humans. Success of any breeding program depends on the amount of genetic diversity. There are several methods to estimate genetic diversity such as pedigree, pattern morphological traits and molecular markers. This study was conducted to study genetic diversity among 35 bread wheat genotypes using SSR markers. Fifteen SSR primer pairs were used to explore the genetic diversity of the diverse population of bread wheat. The number of alleles observed by the fifteen markers were ranged from two to 11. The marker Xgwm190-5D had the highest number of alleles and the lowest number of alleles was associated with the markers Xcn13-6B. Average of observed alleles in the total of loci was 6/84. Wmc420 and BARC328 band amplification primers were not scored. Polymorphism information content (PIC) varied from 0.11 to 0.385 with an average of 0.22. The genetic diversity observed for the loci ranged from 0.107 to 0.357 with an average of 0.214. Based on similarity coefficients obtained from 0/90 to 0/98 percent showed similar values. The highest genetic similarity was found between genotypes from Turkey and Iran, and the lowest was observed between genotypes from Iraq and Afghanistan. Based on the results, the highest Cophenetic coefficient (r= 0/73) was observed when the Jacard method and UPGMA algorithm were used to create similarity matrix and to draw the dendrogram, respectively. Therefore, the dendrogram resulted of this method was considered for clustering. Cluster delineating the genotypes into four groups.
  • n sancholi, h kamaledini, f hadadi, b fazelinasab * Pages 313-319
    In this research were used 36 REMAP marker to evaluate genetic diversity among radish population. 6 alleles were amplified by UBC825-Ltr2, UBC815-Ltr1 and UBC815-Ltr20 primers and 17 alleles were amplified by UBC848-Ltr3 primer, minimum and maximum allele numbers respectively with average of 10.04 alleles. The highest diversity index (0.41) among remap primers was belong to UBC848-Ltr2 primer and the lowest (0.24) belong to UBC848-Ltr2 Primer, The highest Marker Index (34.69) among remap primers was belong to UBC848-Ltr2 and the lowest (20.36) belong to UBC857-Ltr1, the most Ne allele, Shanon diversity and Nei diversity (1.73, 0.42 and 0.61 respectively) among remap primers was belong to UBC825-Lt2 primer and the lowest Ne allele, Shanon diversity and Nei diversity (1.26, 0.18 and 0.31 respectively) was belong to UBC815-Ltr15 primer and also the most diversity loci, Ne allele, Nei diversity and Shanon diversity (89%, 42.18, 1.3, 0.17 and 0.248 respectively) among radish population was belong to French breakfast population. Partitioning variations within and between populations, using an analysis of molecular variance (AMOVA), showed that 66% of the total genetic variation existed within growing regions.