فهرست مطالب

نشریه بیولوژی کاربردی
سال هفتم شماره 2 (پیاپی 26، تابستان1396)

  • تاریخ انتشار: 1396/06/01
  • تعداد عناوین: 6
|
  • فرشاد یدالهی، الهه تاج بخش*، حسن ممتاز صفحات 1-13
    زمینه و هدف

    دیابت از جمله شایع ترین و مهم ترین بیماری های موجود در جهان می باشد و مبتلایان خود را در معرض خطر بالایی از نظر ابتلا به عفونت قرار می دهد. با توجه به شیوع بسیار زیاد دیابت در جوامع کنونی و خطرات ناشی از عفونت ادراری بررسی عوامل ایجاد کننده عفونت ادراری و راه صحیح درمان آن بشدت احساس می گردد.

    روش بررسی

    در این پژوهش با کشت ادرار 353 بیمار دیابتی و انجام تست های بیوشیمیایی بر روی نمونه های مثبت، تشخیص نوع باکتری پاتوژن صورت پذیرفته و پس از استخراج DNA از باکتری های جدا شده از بیماران، آزمون PCR جهت تایید تشخیص دقیق نوع باکتری های عامل عفونت ادراری انجام پذیرفت و با انجام تست آنتی بیوگرام بر روی نمونه های مثبت، درمان مناسب تعیین گردید.

    یافته ها

    ابتلا به عفونت ادراری در مبتلایان به دیابت نوع 2، 28/3% گزارش گردید. باکتریوری بدون علامت1/22% وباکتریوری علامت دار 6/22% گزارش شد. میانگین سن بیماران 56/15سال بود و شایع ترین باکتری های عامل عفونت ادراری در این بیماران به ترتیب اشریشیا کلی، کلبسیلا پنومونیه، پروتئوس، استافیلوکوکوس ساپروفیتیکوس، اسنیتوباکتر، سیتروباکتر، انتروباکتر، سودوموناس آئروژینوزا و پروویدنسیا بودند.

    نتیجه گیری

    با توجه به این که جمعیت باکتریایی عامل عفونت ادراری در بیماران مبتلا به دیابت ملیتوس نوع 2،تقریبا مشابه افراد غیر دیابتی مبتلا به عفونت ادراری در دیگر مطالعات می باشد، در نتیجه درمان آنتی بیوتیکی اولیهجهت بیماران مبتلا به عفونت ادراریدر بیماران دیابتی با بیماران غیر دیابتی یکسان است. بهترین آنتی بیوتیک در این مطالعه نیتروفورانتئین تعیین گردید.

    کلیدواژگان: باکتریوری، دیابت ملیتوس، عفونت ادراری، مقاومت آنتی بیوتیکی، PCR
  • عثمان سعیدی کیا، فرزانه بادپا، فرزانه برهانی*، سلیمه مرتضوی، هدایت الله محمدزایی، اشرف سادات دهقانی، طاهره دادگر، مریم رضایی، فاطمه دره گیرایی، الهام دامنی، نسرین رنجبر صفحات 15-25

    باتوجه به استفاده روزافزون از فرایند جذب سطحی درحذف آلاینده های محیط زیست،انتخاب یک ماده مناسب از نظر فنی و اقتصادی به عنوان جاذب، یکی از دغدغه های محققین این رشته بوده است. هدف از این مطالعه بررسی میزان حذف فنل و آنیلین با استفاده ازهسته خرما اصلاح شده از محلول های آبی می باشد. در این مطالعه بنیادی-کاربردی با توجه به اهداف در نظرگرفته شده در مقیاس آزمایشگاهی و درسیستم ناپیوسته، ازخاکستر خرما اصلاح شده به عنوان یک جاذب به میزان4/0، 6/0، 8/0و یک گرم استفاده شد. تغییرات اثر غلظت فنل وآنیلین،pH ،زمان تماس وغلظت جاذب مورد بررسی قرار گرفت. کلیه ی آزمایشات براساس روش استاندارد آزمایشات آب و فاضلاب انجام و از نرم افزار Excel برای تجزیه و تحلیل داده ها استفاده شد. نتایج آزمایشات نشان داد که خاکستر هسته خرمااصلاح شده راندمان بالایی درحذف فنل و آنیلین داشته و بازده جذب سطحی فنل و آنیلین با افزایش مقدارجاذب، نسبت مستقیم دارد و بهترین راندمان جذب با مقدار جاذب یک گرم وPH=6با غلظت فنل150میلی گرم درلیتر وزمان تماس 30 دقیقه PH=4با غلظت آنیلین50میلی گرم در لیتر در زمان تماس45 دقیقه بدست آمد.

    کلیدواژگان: فنل، آنیلین، خاکستر، هسته خرما
  • شراره حسین زاده، الهام سیاسی *، پرویز پاک زاد صفحات 27-34
    زمینه و هدف

    ژن DDX25 بر روی کروموزوم q24 11مستقر میباشد، 14 اگزون دارد و برای عملکرد بیضه ها و اسپرماتوژنز موثر است.فراوانی آللی ژن DDX25 در هر جمعیت ممکن است متفاوت باشد.این تفاوت میتواند در اثر فشارهای عوامل محیطی و جغرافیایی مناطق گوناگون باشد. این ژن اثراتی در روند گامتوژنز ایفا می کند واز آنجا که در کشور ایران توجه کمتری به این مساله و زمینه های علمی آن شده است، این تحقیق به بررسی فراوانی ژنوتیپی ژن DDX25 در هفت قوم فارس،کرد،ترک،بلوچ،گیلکی،عرب،افغان پرداخته است.

    روش بررسی

    در این طرح تعداد افراد بررسی شده 180 نفر می باشد. نمونه DNA افراد به روش خارج سازی نمکی انجام شده ، با استفاده از PCR قطعه ژن مورد نظر در SNP مربوطه تکثیر یافته ، سپس با استفاده از روش RFLP و آنزیم تحدیدی Ase-I،محصول PCR برش خورده و قطعات حاصله با استفاده از الکتروفورز بررسی شده اند.

    یافته ها

    در محاسبه ی درصد فراوانی ژنوتیپ ها،77/22درصد جمعیت دارای ژنوتیپ GG،6/11 درصد ژنوتیپ TT و 16/66درصد از افراد ژنوتیپ GT بودند. فراوانی آلل G برابر با 0.855 و برای آلل T برابر با 0.145 بودند.

    نتیجه گیری

    طبق محاسبات صورت گرفته توسط آزمون کای دو و p value:0.48 در جمعیت مورد مطالعه بین اقوام فارس،کرد،،ترک،بلوچ،گیلکی،عرب وافغان و ژنوتیپ ها اختلاف معناداری وجود نداشت و جمعیت نیز در تعادل هاردی واینبرگ نبود.

    کلیدواژگان: ژنوتیپ، فراوانی های آللی، ژن DDX25، اقوام ایرانی
  • کیومرث امینی*، غلام علی مرادلی، سپیده شمس صفحات 35-42
    زمینه و هدف

    اشریشیاکلی اوروپاتوژنیک(Uropathogenic Escherichia coli ‎) و اشریشیاکلی های بیماریزای پرندگان (Avian Pathogenic Escherichia coli ‎) واجد محدوده وسیعی از فاکتورهای حدت در انسان و طیور می باشند. این فاکتورها در ایجاد کلونیزاسیون، تهاجم و متعاقب آن کاهش پاسخ دستگاه ایمنی میزبان نقش دارند که شامل ژن های pap،sfa،afa،hly و cnf می باشند. هدف این مطالعه ردیابی مولکولی ژنهای چسبندگی، نکروز کننده و همولیزین پاتو وارهای UPEC, APEC اشریشیاکلی جدا شده از انسان و طیور است.

    روش بررسی

    در مجموع 36 جدایه اشریشیاکلی از نمونه های بالینی بیماران دارای عفونت ادراری پذیرش شده در بیمارستان های کرمان و 36 جدایه اشریشیاکلی طیور از دانشکده دامپزشکی استان کرمان اخذ گردید. جدایه ها بر اساس تست های بیوشیمیایی و باکتریولوژی استاندارد تشخیص داده شدند. به منظور شناسایی ژن های حدت pap،sfa،afa،hly و cnf واکنش PCR Multiplex- در شرایط آزمایشگاهی انجام شد.

    یافته ها

    بررسی ژن ها نشان داد که در نمونه های طیور تعداد 10 جدایه (27/7) درصد حاوی ژنهای حدت و 22 جدایه (61/1)درصد در نمونه های انسانی از نظر حضور ژن مثبت بودند. ژن های cfa و cnf در هیچ یک از نمونه های انسانی و طیور ردیابی نگردید. بیشترین فراوانی مربوط به ژن pap با (33/33) درصد در نمونه های طیور و (13/8) درصد در نمونه-های انسانی گزارش شد.

    نتیجه گیری

    روش PCR راهی در جهت تشخیص سریع فاکتور های حدت در اشریشیاکلی جدا شده از نمونه های دامی و انسان بوده که می توان از نحوه انتشار و منشاء آلودگی، جهت بررسی های اپیدمیولوژیکی و مبارزه سریع با بیماری استفاده نمود.

    کلیدواژگان: اشریشیاکلی اوروپاتوژنیک (UPEC)، ژنهای حدت، PCR Multiplex-
  • محسن میرزایی*، رضا یاری، مرتضی چلویی صفحات 43-50
    سابقه و هدف
    بیوسورفکتانت ماده با ارزشی است که در صنایعی نظیر نفت، پزشکی، داروسازی، آرایشی بهداشتی، غذایی و کشاورزی کاربردهای گسترده ای دارد. هدف از تحقیق حاضر شناسایی باکتری های بومی تولید کننده بیوسورفکتانت موجود در خاک آلوده به ضایعات نفتی می باشد.
    مواد و روش کار
    نمونه برداری از خاکهای آلوده نفتی اطراف شهرستان بروجرد انجام شد. پس از رقت سازی و کشت، باکتری های متفاوتی جداسازی شدند. با استفاده از آزمون های تولید بیوسورفکتانت مانند آزمون همولیز خون در محیط بلاد آگار، امولسیونه کنندگی، انهدام قطره، گسترش نفت خام و مقدار تجزیه شده هیدروکربن های نفتی، باکتری های تولید کننده بیوسورفکتانت جدا شدند. قوی ترین گونه باکتریایی تولید کننده بیوسورفکتانت، انتخاب و در محیط کشت بوشنل هاس براث همراه با گازوئیل در انکوباتور شیکردار کشت داده شد. پس از تولید و تخلیص بیوسورفکتانت از کلنی مورد نظر برای شناسایی جنس و گونه باکتری، آزمون های بیوشیمیایی همراه با PCR ناحیه16 sRNA و تعیین توالی انجام شد.
    نتایج
    با انجام آزمایشات متعدد مشخص شد باکتری، تولید کننده مقادیر فراوانی بیوسورفکتانت می باشد. در بررسی نرم افزاری پس از تعیین توالی ثابت گردید باکتری بیش از 97 درصد با جنس و گونه باسیلوس سوبتیلیس شباهت ژنتیکی دارد.
    نتیجه گیری
    با توجه به فراوانی این باکتری در خاک و توانایی بالای آن در تولید بیوسورفکتانت و هم چنین گستردگی آلودگی های مواد نفتی در کشور می توان از این باکتری جهت رفع آلودگی های زیست محیطی استفاده نمود.
    کلیدواژگان: بیوسورفکتانت، باسیلوس سوبتیلیس، نفت، آلودگی محیطی
  • زینب پیراور، شکوه چگینی* صفحات 51-65
    سلول های بنیادی اسپرماتوگونی (Spermatogonial Stem Cells) یا SSC ها جمعیتی از سلول های بنیادی هستند که با ایجاد اسپرم در تمام طول زندگی مردان قادر به حفظ تولید مثل می باشند. در پستانداران غیر پریمات، این سلول های بنیادی به ترتیب A-single(As)، A-paired(Apr) و A-aligloed(Aal) نامیده می شوند که پیش ساز های سلول های اسپرماتوگونیهستند. در انسان به علت محدودیت مطالعات روی سلول های (SSC)یافته های اندکی در دسترس است. دو نوع متفاوت اسپرماتوگونی A در انسان وجود دارد Adark و Apale. Adark به عنوان اسپرماتوگونی ذخیره و Apale به عنوان اسپرماتوگونی تجدید شونده یا خود نوزا(renewing stem cell) است. تنظیم (SSC) ها، شامل بقا و انجام تقسیمات متعدد، به ریزمحیط این سلول ها در لوله های سمی نفروس بیضه بستگی دارد. سیگنال هایی که از سلول های سوماتیکی موجود در ریزمحیط بر می خیزد سرنوشت (SSC) ها را به سمت خود نوزایی یا تمایز به اسپرماتوزوآ تعیین می کند. هر چند نشانگر ها یا مارکر های بیان شونده متعددی می تواند در جداسازی و غنی سازی (SSC) ها کمک کننده باشند اما هنوز مارکر اختصاصی و ویژه این سلول ها شناخته نشده است.کشت سلول های بیضه ای همراه با سلول های تغذیه کننده (feeder cell) امکان پرورش و گسترش این سلول ها (SSC) را برای مدت طولانی مهیا کرده است و هورمون ها و فاکتورهای رشد مختلف و نقش آنها در فرایند تکثیر سلول های بنیادی اسپرماتوگونی مورد مطالعه و بررسی قرار گرفته است.
    کلیدواژگان: سلول های بنیادی اسپرماتوگونی، سیستم کشت، مارکرهای ویژه SSC، ریزمحیط
|
  • Farshad Yadolahi, Elahe Tajbakhsh *, Hassan Momtaz Pages 1-13
    Introduction

    Diabetes is the most common and important diseases in the world, and diabetic patients are at high risk of infection. Due to the high prevalence of diabetes and risks of urinary tract infections, ccauses of urinary tract infection and the proper way to treat it acutely felt

    Material and methods

    In this study, 353 urine samples of diabetic patients cultured and by using biochemical tests were examined. After DNA extraction, PCR test for definitive diagnosis of bacteria and the antibiogram test was carried out.

    Results

    Urinary tract infection in diabetic patients 28.3% was reported. Asymptomatic bacteriuria 22.1% and symptomatic bacteriuria 6.22% was reported. The most common bacteria that cause urinary tract infections in patients were respectively Escherichia coli, Klebciella pneumonia, Proteus, Staphylococcus saprophyticus, Acinetobacter, Citrobacter, Enterobacter, Pseudomonas aeruginosa and Providencia.

    Conclusion

    Given that bacterial population of urinary tract infections in diabetic patients, similar to non-diabetic patients, so antibiotic treatment in diabetic patients is alike with and non-diabetic patients.

    Keywords: Antibiotic resistance, Bacteriuria, Diabetes, Urinary Tract Infection, PCR
  • Osman Saeedi Kia, Farzaneh Badpaa, Farzaneh Borhani *, Salimeh Mortazavi, Hedayat Allah Mohammadzai, Ashraf Sadat Dehghani, Tahere Dadgar, Maryam Rezaie, Fatemeh Darreh Garei, Elham Damani, Nasrin Ranjbar Pages 15-25

    With the increasing use of environmental pollutants removal adsorption process, the selection of a suitable material in terms of technical and economic catchy title, was one of the concerns of researchers in this field. The aim of this study was to determine the amount of phenol and aniline use of aqueous solutions. In this study, Applied according to intended purposes in laboratory scale batch system, as an adsorbent modified dates of 4/0, 6/0, 8/0 and a gr,The effect of changes were studied in the concentration of phenol, vanillin, ph, absorbent concentration and contact time. All tests analysis were used excel performed according to standard methods of water and sewage systems and software for data. The results showed that ash core of high efficiency removal and aniline, phenol and phenol and aniline adsorption efficiency by increasing adsorbent dose, are directly linked and the absorption efficiency of a heat absorber and 6 ph = concentration of 150 mg l phenol time 4ph = 30 minutes with aniline concentration of 50 mg per liter in the contact time 45 minutes.

    Keywords: Phenol, Aniline, ash, palm kernel
  • Elham Siasi Torbati *, Parviz Pakzad, Sharareh Hosseinzadeh Pages 27-34
    Background and Objectives

    DDX25 Gene is located on chromosome 11q24 ,consists of 14 exons and effective for testicular function and spermatogenesis.DDX25 gene allele frequency in each population may be different.This difference may be due to environmental pressures and geographic areas are different.The impact of gene plays in the process of gametogenesis and Since Iran less attention to this issue and it has been scientific fields, this study was investigated the prevalence of genotype DDX25 in seven people, Persians, Turks, Baluchis, Gilaki, Arabs, Afghans.

    Methods

    In this study, DNA samples was extracted from 180 menby Salting out.Then, using Ase-I restriction enzyme to RFLP and PCR product was cut and the resulting components have been studied using electrophoresis.

    Result

    In calculating the frequency of genotypes, 22/77% of the population have the genotype GG, 11/6% of genotype TT and 66/16% of patients had genotype GT. G allele frequency of 0.855 and 0.145 for allele T were equal.

    Conclusion

    According to the calculations performed by Chi-square test and Pvalue 0.48 In the study population, the ethnic Persians, Kurds, Turks, Baluchis, Gilaki, there was no significant difference between genotypes and blaring Arab population was not in Hardy-Weinberg equilibrium.

    Keywords: genotype, allele frequencies, Ddx25 gene, ethnic groups
  • Kumarss Amini *, Gholamaliye Moradli, Sepideh Shamsgoli Pages 35-42
    Background and Aim

    Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) and Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) is produce a wide range of human and animal virulence factors. These factors create colonization, invasion and the subsequent decline in the host immune response. These factors are include pap, sfa, afa, hly and cnf genes. The aim of this study was to molecular identification of adhesion, necrosis and hemolysin genes in UPEC an APEC isolated from poultry and humans samples.

    Materials and Methods

    A total of 36 isolates from clinical samples from patients with urinary tract infections in hospitals in Kerman and 36 poultry isolates were obtained from the veterinary faculty of Kerman province. Isolates were identified by standard biochemical tests. In order to identify, in vitro amlification Multiplex-PCR were performed for pap, sfa, afa, hly and cnf genes.

    Results

    Genes analysis showed that in the poultry samples, 10 (27.7%) of the isolates contained acute genes and 22 (61.1%) of the isolates were in the human specimens in terms of presence of the gene. Cfa gene and cnf were not detected poultry and humans in any of the samples. The highest frequency of pap gene was reported in 33.33% in poultry samples and 13.8% in human samples.

    Conclusion

    The PCR method is a way in early detection of virulence factors in Escherichia coli isolates from animal and human but Epidemiological studies and rapid struggle with the disease can be used to determine the distribution and source of contamination.

    Keywords: Escherichia coli (UPEC), Virulence genes, Multiplex-PCR
  • Mohsen Mirzaei *, Reza Yari, Morteza Cheloei Pages 43-50
    Background and Aim
    Biosurfactant is a material valuable in industries such as oil, pharmaceutical, cosmetic, health food, medicine and agriculture industries. The aim of this study was to identify native biosurfactant-producing bacteria in oil contaminated soils.
    Materials and Methods
    Sampling of petroleum contaminated soils around the city of Borujerd was done. After dilution and the cultivation, a variety of bacteria isolated. By using multiple tests of specifying biosurfactant-producing bacteria such as hemolysis test in blood agar, emulsification index measurement, destruction of drops, expansion of crude oil, the amount of petroleum hydrocarbons have been parsed biosurfactant-producing bacteria were isolated from other bacteria. The strongest biosurfactant-producing bacterial species were selected according to the screening tests and then was inoculated in Bushnell-Haas Broth medium with gasoline in a shaking incubator. After biosurfactant production and purification of the colony, to identify the genus and species of bacteria, a series of biochemical tests along with PCR of district 16 srRNA and sequencing were performed.
    Results
    With multiple experiments it was found the bacteria produce a significant amount of biosurfactant. After DNA sequencing, in the software review was found that more than 97% genetic similarities is between the bacteria and Bacillus subtilis.
    Conclusions
    Due to the abundance of the bacteria in soil and its ability to produce biosurfactant and extent of oil pollution in Iran, the bacteria can be easily used to eliminate environmental pollution.
    Keywords: Biosurfactant, Bacillus subtilis, Petroleum, Environmental Pollution
  • Zeynab Piravar, Shokouh Chegini * Pages 51-65
    Spermatogonial stem cells (SSCs) are a self-renewing population of adult stem cells. These cells could restors reproduction throughout the life of the male by sperm production. In non-primate mammals, spermatogonial stem cells named A-single (As), and the A-paired (Apr) and A-aligned (Aal) are the progenitor spermatogonial population. In human, very little findings is available about SSCs. there are two different types of A spermatogonia, the Adark and Apale spermatogonia. The Adark spermatogonia were referred to as the reserve stem cells, whereas the Apale were considered the renewing stem cells. Regulation of the SSC population includes establishment and maintenance of a niche microenvironment in the seminiferous tubules of the testis. Signaling from somatic cells within the niche determines the fate of SSCs by either supporting self-renewal or initiating differentiation to spermatozoa. Although numerous expression markers have been helpful in isolating and enriching spermatogonial stem cells, no specific marker for this cell type has yet been identified. Culture of testicular cells on various feeder cells has made it possible to culture and expansion of spermatogonial stem cells for a long period of time and hormones and growth factors are investigated for their role in the process of proliferation of spermatogonial stem cells.
    Keywords: Spermatogonial Stem Cells, Culture system, SSCs markers, Microenvironment