فهرست مطالب

Genetic Resources - Volume:2 Issue:2, 2016
  • Volume:2 Issue:2, 2016
  • تاریخ انتشار: 1395/06/11
  • تعداد عناوین: 7
|
  • مریم مهاجرانی*، علیرضا نقی نژاد، ملیحه آقاسی زاده شعرباف صفحات 60-66
    تحقیقات اخیر ارتباط تشکیل گونه های فعال اکسیژن (ROS) و گونه های واکنش پذیر نیتروژن (RNS) با زوال اکسیداتیو مواد غذایی و نیز پاتوژنز چندین بیماری در انسان مانند آترواسکلروز، دیابت، التهاب مزمن، اختلالات نوروژنیک و انواع خاصی از سرطان را اثبات کرده است. متابولیت های ثانویه گیاهی به طورعمده فنول ها و فلاونوئیدها در میوه ها، سبزیجات و گیاهان مختلف یافت می شوند. آنتی اکسیدان های مشتق از گیاهان می توانند به عنوان درمان دارویی برای بیماری های ذکر شده استفاده شوند. آنها نقش خود را به عنوان احیاکننده با اهدای هیدروژن به عنوان عامل کلاته کننده، به عنوان عامل خاموش کننده اکسیژن یک تایی و جاروب کننده رادیکال های آزاد بازی می کنند. در این مطالعه چهار عصاره از برگ گیاه سرو خمره ای با خیساندن در آب، متانول، اتانول و اتیل استات تهیه شده و فعالیت آنتی اکسیدانی آنها به روش DPPH ،فعالیت جاروب کنندگی اب اکسیژنه و سنجش قدرت احیاکنندگی بررسی شد. مقدار فنول و فلاونوئیدهای تام انها اندازه گیری شد و با توان آنتی اکسیدانی انها مقایسه گردید. نتایج نشان داد که اثرات آنتی اکسیدانی عصاره ها به ترتیب افزایش می یابد: عصاره آبی< عصاره اتیل استاتی< عصاره اتانولی< عصاره متانولی. در بین این عصاره ها عصاره متانولی در هر دو تست جاروبگری رادیکال های DPPH با مقدار ml/ µg 45.11: IC50 و آب اکسیژنه با مقدار ml/µg 9.49: IC50 فعال تر از سایر عصاره ها بود. عصاره اتانولی در میزان توان احیاکنندگی از سایر عصاره بهتر بود. نتایج این اندازه گیری ها نشان داد که همبستگی مثبت ومعناداری بین خاصیت آنتی اکسیدانی عصاره برگ سرو خمره ای و محتوای فنولی و فلاونوئیدی آن وجود دارد. بنابراین نتیجه گیری می شود که سرو خمره ای به عنوان یک منبع آنتی اکسیدان طبیعی در مقابل اکسیداسیون سلول ها می تواند کاربرد داشته باشد.
    کلیدواژگان: Platycladus orientalis، عصاره، آنتی اکسیدان، فنول تام، فلاونوئید
  • مریم پرویزی، مجیدشریفی تهرانی*، عزیزالله جعفری صفحات 67-80
    در این تحقیق، تنوع زیستی گونه های گیاهی در دشت جوخانه و شیب جنوبی کوه نیل به منظور تعیین فلور منطقه، تعیین اشکال زیستی و کوروتیپ گیاهان منطقه مورد بررسی قرار گرفت. منطقه مورد مطالعه در در استان کهگیلویه و بویراحمد واقع شده و مساحت آن 22475 هکتار و متوسط ارتفاع منطقه 2315 متر از سطح دریا می باشد و با وجود چند مطالعه صورت گرفته در مناطق همجوار در استان، اطلاعات کافی در مورد فلور این منطقه وجود ندارد. در این تحقیق، گیاهان بطور تصادفی در طول فصول رشد گیاهان جمع آوری شدند. پوشش گیاهی منطقه متشکل از 157 گونه و 124 جنس متعلق به 42 خانواده می باشد. خانواده های کاسنی، نعنائیان و گندمیان مهم ترین خانواده های منطقه از نظر غنای گونه بودند. مهم ترین جنس ها از نظر غنای گونه شامل Astragalus ،Salvia ، Scorzonera ،Ranunculus ،Galium و Bromus می باشند. همی کریپتوفیت ها و تروفیت ها اشکال زیستی غالب در این فلور میباشند. بومزادها 61 درصد (92 گونه) را در فلور این منطقه تشکیل می دهند، که 23 گونه انحصاری منطقه ایرانی-تورانی هستند. لیست فلوریستیک این ناحیه به منظور انجام تحلیل فلوریستیک چند متغیره، با لیست 27 ناحیه مجاور مقایسه و ترکیب گردید. تحلیل فلوریستیک چندمتغیره براساس داده های حضور و غیاب 2039 گونه در 28 فلورمحلی همجوار صورت گرفت. نتایج نشان داد که مجموعه فلورهای مورد تحلیل در چهار خوشه مجزا قرار گرفته و توزیع جغرافیایی تنوع فلوریستیک را در امتداد شمال-جنوب، شرق- غرب و مرکز منطقه مورد مطالعه نشان می دهد. این تحقیق، اهمیت منطقه مورد مطالعه را با معرفی 11 گونه که قبلا از 27 منطقه همجوار جمع آوری نشده بود برجسته می سازد و همچنین اهمیت تحلیل چندمتغیره را در مطالعه فلوریستیک مقایسه ای نشان می دهد.
    کلیدواژگان: اندمیک، پراکنش جغرافیایی، زاگرس، فلور، غنای گونه ای
  • تکتم حجار*، هادی عرفانیان زاده، فاطمه سادات علوی صفحات 81-87
    رفتار جنسی در جنس نر در مقابل استرس ها آسیب پذیر است و تغییرات ایجاد شده در این رفتارها در اثر استرس می تواند با اسپرماتوژنز غیرعادی همراه باشد. در این مطالعه، ما اثر بی حرکتی را بر رفتار جنسی و این که آیا این تاثیرات با ایجاد تغییراتی در فرآیند اسپرماتوژنز همراه است یا خیر بررسی کردیم. همچنین اثر تیمار با آنتی اکسیدانت بر روی رفتار جنسی و تعداد اسپرم مورد ارزیابی قرار گرفت. تعداد 21 موش سوری نر در سه گروه تقسیم بندی شدند: کنترل، استرس بی حرکتی (3 ساعت در هر روز)، و به ازای هر کیلوگرم وزن بدن. رفتار جنسی و تعداد C استرس بی حرکتی (3 ساعت در هر روز) همراه با دریافت 500 میلی گرم ویتامین مورد بررسی قرار گرفت. در موش هایی که در معرض بی حرکتی قرار گرفته C اسپرم بعد از 60 روز القای استرس و تیمار با ویتامین دریافت نکرده بودند، تاخیر در مانت، افزایش معنی دار و تعداد مانت کاهش معنی داری یافته بود. علاوه بر این، C بودند و ویتامین در مقایسه با C تعداد اسپرم در موش های تحت استرس قرار گرفته به طور معنی داری کاهش یافت اما موش های تیمار شده با ویتامین گروه کنترل، کاهش معنی دار در تعداد اسپرم نشان ندادند. این نتایج نشان می دهد که استرس، تاثیر زیادی بر رفتار جنسی و تعداد سبب می شود اختلالاتی که در پارامترهای رفتار جنسی و تعداد اسپرم از طریق استرس ،C اسپرم دارد. از سوی دیگر، تیمار با ویتامین القا شده اند، به حالت اولیه بازگردد.
    کلیدواژگان: بی حرکتی، ویتامین C، رفتار جنسی، تعداد اسپرم
  • فرنیا غفوری سبزواری، مجید مومنی مقدم، فریس فراستی*، ابوالفضل راد صفحات 88-92
    اخیرا، تغییرات اپی ژنتیک به عنوان یک تنظیم کننده بیان ژن در سرطان های مختلف مورد توجه قرار گرفته اند. ژن EZH2 یکی از مهم ترین اجزا کمپلکس PRC2 است. بیان بالای EZH2 در بسیاری از سرطان ها شناخته شده است که نقش EZH2 را به عنوان یک انکوژن بیشتر مورد توجه قرار می دهد. بعضی مطالعات گزارش می دهند که EZH2 در جنبه های مختلف سرطان کولورکتال مشارکت دارد. هر چند ارزیابی دقیق نقش EZH2 در CRC نیازمند مطالعات گسترده تر است. در این مطالعه، ما سلول های HCT116 را با انتقال shRNA-EZH2 درمان کردیم. در این جا ما مشاهده کردیم که، سطح بیان EZH2 در گروه سلولی درمان شده پایین تر است نسبت به گروه سلولی کنترل. هم چنین ما متوجه شدیم که مهار EZH2 بیان ژن کاسپاز3 را القا می کند در حالی تغییر معنا داری در بیان ژن BAX مشاهده نشد. کاسپاز3 و BAX نقش مهمی را در آپوپتوز سلولی بازی می کنند. علاوه بر این ما فهمیدیم که، بیان پایین ژن EZH2 تکثیر سلولی را در سلول های CRC کاهش می دهد. در مجموع نتایج ما نشان می دهد که، کاهش بیان ژن EZH2 بیان کاسپاز3 را تغییر می دهد که می تواند القا کننده افزایش آپوپتوز در سلول های HCT116 باشد، که ما حدس می زنیم تاثیر مستقیم بر کاهش رشد سلولی دارد. در هر حال، حدس زده می شود که EZH2 می تواند به عنوان یک هدف برای درمان و پیش اگاهی در سرطان مفید واقع شود.
    کلیدواژگان: EZH2، BAX، shRNA، سرطان کولورکتال
  • شیرین جمشیدی*، سیده آزاده جوادی تکلیمی، پیام پتکی، رامین صیقلانی صفحات 93-97
    در سالهای اخیر، شواهدی مبنی بر وجود نوعی خاص از ماهی گورخری وجود دارد که در رنگ ظاهر با ماهی گورخری وحشی متفاوت است. مستنداتی که نشان دهد این ماهی چطور وارد سیستم پرورش ماهیان آکوریومی ایران شده است؛ وجود ندارد اما این شک وجود داشت که این ماهی گورخری قرمز به نوع خاصی از ماهی گورخری یا ماهی که دستکاری ژنتیکی شده است؛ تعلق داشته باشد. ابتدا یک سری آغازگر برای شناسایی ماهی گورخری طراحی شد. ژن rDNA 16S برای تکثیر ژن میتوکندریایی انتخاب و تکثیر شد. تکثیر ژن rDNA 16S ،سه هاپلوتایپ متفاوت از گورخرماهی را که در بانک ژنی برای این ماهی ثبت شده است را نشان داد. با استفاده ازتحقیق روی مقالات علمی مربوط به ماهی تراریخته، اولین توجهات به سمت ماهی گورخری ترایخته درخشنده (گورخرماهی تراریخته رنگی) معطوف شد. بر این اساس مطالعه ای بر پایه PCR طراحی شدکه بتواند ژنی که مسول رنگ باشد و گورخرماهی را شناسایی کند. توالی آغازگرها برای تکثیر ژن قرمز مربوط به ژنوم شقایق دریایی بودکه بتوانند قطعه 680 بازی را در گورخرماهی قرمز و کرم، که والدین قرمز داشتند، را ایجادکند. توالی قطعه تکثیر شده نشان داد که این توالی مربوط به شقایق دریایی می باشد و هیچکدام از توالی های قطعه قرمز و پلاسمید کنترل مثبت حاوی ژن قرمز از نظر بازی با هم تفاوتی نداشتند. همچنین، نمونه پروتئینی حاصل از ماهی گورخری قرمز و کرم استخراج شد و با استفاده از فیلتر کنترل رنگ قرمز بررسی شد. گستره تاریک و قرمز برای گستره پروتئینی برای گورخر ماهی کرم و قرمز به ترتیب بدست آمد. گستره تاریک نشان دهنده پروتئین ماهی کرم رنگ و گستره قرمز نمایانگر پروتئین ماهی قرمز بود. این پژوهش به راحتی نشان دهنده وجود گورخرماهی تراریخته در صنعت پرورش ماهیان آکواریومی ایران می باشد.
    کلیدواژگان: گورخرماهی، ژن rDNA 16S، ژن ds، Rad، تغییرات ژنتیکی
  • الهام قاضی زاده، فرانک هادی*، مریم زارع صفحات 98-108
    نقش میکرو RNA ها به عنوان نشانگرهای زیستی به صورتی است که تغییرات سطح بیان آن ها با پیشرفت وتوسعه سرطان مرتبط می- باشد. میکرو RNA های موجود در گردش خون به عنوان نشانگرهای زیستی در سرطان سینه شناخته شده اند و تشخیص وردیابی آن ها می تواند به عنوان یک روش پیشرفته و حساس در بررسیهای بالینی به کار رود. دراین مطالعه ما از یک روش موثر و کارا با استفاده از تلفیق یک الیگونوکلئوتید رونوشت برداری معکوس متصل بهداکسی یوریدین با ساختارثانویه و یک PCR رقابتی (تقلیدی) برای ارزیابی وتشخیص مستقیم میکرو RNA ها موجود در سرماستفاده نمودیم. در اینجا میکرو RNA های 16 ،145 و 223 جهش یافته به عنوان میکرو RNA های رقابتی طراحی شدهاند و به منظور تشخیص واندازه گیری کمی در PCR-RT به کار رفتند. ازآنجایی که نرمال سازی میکرو RNA ها جهش یافتهرقابتی نسبت به خودشان انجام شد، لذا، سازهرقابتی ما با 80 بازازاین میکرو RNA ها بهترین روش نرمال سازی برای نمونه های خونی می باشد. این بررسی برای سرم 15 فرد بیمار درمراحل مختلف سرطان پستان و 10 اهدا کننده سالم زن صورت گرفت. براساس نتایج ما، ترکیبی از میکرو RNAهای 145 و 223 میتواند به عنوان یکی ازبهترین نشانگرهای زیستی (001.0<p (برای تشخیص حساس و اختصاصی سرطان پستان با سطح زیرمنحنی را که 96 %به کار رود. استفاده ازپلاسمید جهش یافته میکرو RNA های چند گانه، به عنوان یک کالیبراتور برای استفاده بالینی بدون نیاز به پروب مناسب می باشد. با استفاده ازتجزیه و تحلیل رگرسیون لجستیک چند متغیره، بهترین ترکیب (0001.0<p) برای تشخیص سرطان پستان، ترکیبی ازمیکرو RNAهای 145 و 223 می باشد.
    کلیدواژگان: نشانگرهای زیستی، میکرو RNA، PCR رقابتی، سرطان سینه
  • بنت الهدی قویدل، فرهاد شکوهی فر، محمدعلی ابراهیمی*، حمید سبحانیان صفحات 109-116
    ویروس موزائیک توتون (TMV) از جمله ویروسهای گیاهی بیماریزا در جهان است که بیش از 200 گونه گیاهی را آلوده میکند. پروتئین حرکتی ویروس (MP) در حرکت دیگر ویروسهای گیاهی نقش حمایتی ایفاء می کند و پروتئین پوششی (CP) به شدت در گیاهان آلوده بیان می شود و همانندسازی و حرکت TMVرا تحت تاثیر قرار می دهد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در قطعه انتهایی توالی ویروس در جدایه ایران (ir-TMV ،(RNA ژنومی ویروس از برگ آلوده توتون استخراج شد. با استفاده از آغازگر اختصاصی R1-PSh60 مرحله ساخت cDNA انجام شد. منطقه کدکننده حاوی ژن MP وCP با استفاده از آغازگرهای اختصاصی R/F-PSh63 تکثیر و بصورت دو جهته توالی یابی شد. نتایج تعیین توالی با استفاده از نرم افزار NTi Vector مورد آنالیز قرار گرفت و توالی نوکلئوتیدی به دست آمده با استفاده از نرم افزار 5 MEGA و Workbench Main CLC با دیگر جدایه های گزارش شده از ایران مورد هم ردیفی چندگانه قرار گرفت. توالی نوکلئوتیدی پروتئین حرکتی با توالی مشابه جدایه U1-TMV به عنوان جدایه رفرنس در NCBI مورد مقایسه قرار گرفت و نتایج وجود شش جهش را در آن نشان داد. همچنین مقایسه ترکیب نوکلئوتیدی توالی پروتئین پوششی ir-TMV و جدایه U1-TMV وجود دو جهش را نشان داد. نتایج کلی توالی یابی تشاندهنده کمترین فاصله نوکلئوتیدی ir-TMV با جدایه U1-TMV و بیشترین فاصله تکاملی آن با جدایه های ایران بود. بر پایه نتایج این تحقیق، ما جدایهای جدید از TMV را که از دیگر جدایه های ایرانی ویروس موزائیک توتون متفاوت بود، را گزارش کردیم. این نتایج زمینه خوب و ارزشمندی را برای طراحی کیت های تشخیصی و برنامه های اصلاحی در گیاهان می تواند فراهم کند.
|
  • Maryam Mohadjerani *, Alireza Naqinezhad, Malihe Aghasizadeh Sharbaf Pages 60-66
    Recently, the formation of reactive oxygen species (ROS) and reactive nitrogen species (RNS) have been implicated in the oxidative deterioration of food products as well as in the pathogenesis of several human diseases such atherosclerosis, diabetes mellitus, chronic inflammation, neurodegenerative disorders and certain types of cancer. Plant secondary metabolites mainly phenolics and flavonoids are commonly found in various fruits, vegetables and herbs. The plant-derived antioxidants may use as therapeutics for before mentioned diseases. They play this role through acting as reducing agents by donating hydrogen, acting as chelators, quenching singlet oxygen and scavenging free radicals. In the present study, four extracts of Platycladus orientalis (L.) Franco leaves by maceration in water, methanol, ethanol and ethyl acetate, were prepared and the antioxidant activities of the extracts have been investigated by DPPH method, H2O2 scavenging activity and reducing power assays. The total phenol and flavonoid contents of these extracts were determined and compared with their antioxidant potential. The results showed that antioxidant effect of these extracts is increased in the following order: water < ethyl-acetate < ethanol< methanol extract. Among the extracts, the methanol extract showed as strong extract in both DPPH radical (IC50: 11.45 µg/ml) and H2O2 (IC50: 49.9 µg/ml) scavenging activity assays. The ethanol extract was shown a highest reductive potential in comparison with other extracts. There was a positive and significant correlation between antioxidant properties and total phenol and flavonoid content of P. orientalis. It was concluded that the extracts of P. orientalis can use as a source of natural antioxidants in prevention of cellular oxidation.
    Keywords: Platycladus orientalis, Extract, Antioxidant, Total phenol, Flavonoid
  • Maryam Parvizi, Majid Sharifi* Tehrani *, Azizollah Jafari Pages 67-80
    Plant species diversity in Jokhaneh plain and the southern slope of Nil Mt. is investigated in order to determine the flora and life forms and chorotypes of plants in this area. The studied area is located in Kohgilouyeh va Boyerahmad province, covers 22’475 hectares and its average elevation is 2’315 m above sea level. In spite of a few studies in this region, broad knowledge of the flora of this area does not exist. In this study, plants were collected randomly along the growing seasons during 2015-2016. Vegetation of the studied area comprised of 157 species and 124 genera belonging to 42 families. Asteraceae, Lamiaceae and Poaceae were the most species-rich families. The most species-rich genera were Astragalus, Salvia, Scorzonera, Ranunculus, Galium and Bromus. Hemicryptophytes and therophytes were dominant life forms in this area. Endemic elements constitute 61% (92 species) of this flora, of which, 23 species were endemic to Irano-Turanian region. Species list of this area was both compared and combined with those of 27 more local floras in order to perform multivariate floristic analysis based on presence/absence data of 2039 plant species × 28 floras. Results showed that the set of local floras could be divided into four distinct clusters, showing geographical distribution of floristic diversity along NS, WE and center of the Zagros run. This study highlights the importance of the study area by introducing eleven species not previously collected from the region consisting 27 local floras, and also the importance of multivariate analyses in comparative floristic studies.
    Keywords: Endemics, Flora, Geographic distribution, Species richness, Zagros
  • Toktam Hajjar *, Hadi Erfanianzade, Fateme Sadat Alavi Pages 81-87
    Sexual behavior in males is vulnerable to stress and it has been suggested that alterations in sexual behavior during stress is concomitant with spermatogenesis dysfunction. In this study, we investigated the effects of immobilization on sexual behavior and whether or not these effects are accompanied by changes in spermatogenesis process. The effect of antioxidant treatment on the sexual behavior and sperm count is also evaluated. 21 male mice were divided into the following three groups: control, immobilization stress (3 hours daily), and immobilization stress (3 hours daily) plus administration of 500 mg/kg of body weight vitamin C. Sexual behavior and sperm count were assessed after 60 days of stress and vitamin C treatment. Mount latency increased significantly, and the number of mounts showed significantly decreased in males exposed to immobilization but not in vitamin C treated mice. Moreover, sperm count decreased significantly in the stressed group but mice administrated vitamin C did not show a significant reduction in the number of sperms as compared with control unstressed animals. These results indicate that stress has great effects on sexual behavior and sperm count. Interestingly, administration of vitamin C resulted in a reversal in stress-induced inhibition in sexual behavior parameters, and sperm counts.
    Keywords: Immobilization, Vitamin C, Sexual behavior, Sperm count
  • Farnia Ghafouri Sabzevari, Madjid Momeni Moghaddam *, Faris Farassati, Abolfazl Rad Pages 88-92
    Recently, the epigenetic modifications have been recognized as a regulator of gene expression in various cancers. EZH2 gene is one the most important component of the PRC2 complex. Overexpression of EZH2 was identified in multiple cancers that considered more attractive the EZH2 role as an oncogene. Some studies report that EZH2 contributes to various aspects of colorectal cancer (CRC). However accurate evaluation of the role of EZH2 in the CRC cancer requires more extensive study. In this study, we treated HCT116 cells with the transduction of EZH2-shRNA. Here we observed that the expression level of EZH2 was lower in the treatment cell groups compared to control cells groups. We also found that inhibiting ezh2 induced caspase-3 gene expression, while no significant change was observed in the expression of BAX gene. Caspase-3 and BAX play a central role in the cell apoptosis. In addition, we found that downregulation of the Ezh2 gene decreased cell proliferation in CRC cells. Collectively, our results suggest that the reduced expression of Ezh2 altered the caspase-3 gene expression that could indicate the increase of apoptosis in HCT116 cells, which we suggest to direct effect on decreased cell growth. Meanwhile, suggest that EZH2 can be a useful target for therapy and poor prognosis in cancer.
    Keywords: EZH2, BAX, shRNA, Colorectal cancer
  • Shirin Jamshidi *, Seyedeh Azadeh Javadi Taklimi, Payam Potki, Ramin Seighalani Pages 93-97
    In the recent years, there is evidence of training a red type of zebrafish which differs from wild-type in body color. There is not any document how it reaches to the ornamental fish farms of Iran but at first, it was a doubt it belongs to a morphotype or genetic modification (GM). First of all, a set primer was designed to validate zebrafish species. Mitochondrial 16srDNA was selected and amplified. The validation of 16S rDNA gene sequences data detected three haplotypes deposited in the GenBank. By seeking scientific articles about transgenic zebrafish, the first attention went to Glowfish (color transgenic zebrafish). We decided to build a foundation of PCR based detection for finding a gene correspondence red color of zebrafish. This sequence is specific for producing a red color in the sea anemone and it was not in genome database of wild zebrafish. A set primer was designed according to the red color of sea anemone (dsRed) to make a fragment of 680 bp in red zebrafish and cream zebrafish specimens (they had red parents). Fragment sequencing (ds/Red) revealed that it belongs to the sea anemone and none of the samples nucleotides differ from each order and positive sequence from a plasmid containing dsRed. Also, protein samples from cream and red zebrafish were extracted and evaluated with fluorescence microscope by TxRed control color. A dark and a red spread was detected for protein smear of the cream and redfish respectively. A dark spread was detected for cream fish protein smear but a red smear was marked for redfish protein. This research simply demonstrates the existence of transgenic zebrafish in Iranian ornamental fish industry.
    Keywords: Zebrafish, 16S rDNA gene, ds, Red gene, Genetic modification
  • Elham Ghazizadeh, Faranak Hadi *, Maryam Zare Pages 98-108
    The role of microRNAs (miRs) is shown as a biomarker whose expression level changes have been associated with cancer development and progression. Circulating miRNAs have been postulated as biomarkers for breast cancer. Detection and diagnosis of miRNA markers could provide an improved and sensitive method in the clinical application. In this study, we applied and improved the effective approach by coupling a deoxyuridine-incorporated RT oligonucleotide with a secondary structure and a mimic PCR for assessment and direct detection of circulating miRs in serum. We designed mut miR-16, mut miR-145, and mut miR-223 as mimic miRs. These mimic miRs were used in RT-PCR for detection and quantification assay. As normalization of these mut miRs was performed with themselves, our mimic construct with 80 bp of these miRs shows the best normalization for this method in blood samples. This assay was tested in serum from 15 patients with different stages of breast cancer and 10 healthy female donors. According to our results, using a combination of miR-16 and miR-145 could represent as one of the best biomarker (p
    Keywords: Biomarker, Micro RNA, Mimic PCR, Breast cancer
  • Bentolhoda Ghavidel, Farhad Shokouhifar, Mohammad Ali Ebrahimi *, Hamid Sobhanian Pages 109-116
    Tobacco mosaic virus (TMV) is one of the devastating plant viruses in the world that infects more than 200 plant species. Movement protein plays a supportive role in the movement of other plant viruses, and viral coat protein is highly expressed in infected plants and affects replication and movements of TMV. In order to investigate genetic variation in the terminal fragment sequence in Iranian TMV isolate, viral RNA was extracted from the infected tobacco leaves and cDNA was constructed using a specific antisense primer, PSh60-R1. The coding sequence of movement protein and coat protein was amplified and bi-directionally sequenced using PSH63-F/R primers. The results from sequencing were analyzed by Vector NTi software, and the nucleotide sequence was aligned with other TMV isolates of Iran using MEGA 5 and CLC Main Workbenches. Based on the results, the comparison between sequences of movement protein from TMV-ir and movement protein sequence of TMV-U1 reveals six mutations. Also, nucleotide comparison reveals that there are two mutations between coat protein sequence of TMV-ir and TMV-U1. Based on sequencing results, there is the minimum nucleotide distance between TMV-ir and TMV-U1 and maximum distance between isolates of Iran (Br50, TO79, TO32, TA, PU1, TM, G42, TV). Based on the results, we report a new isolate of TMV from Iran that genetically distinct with other Iranian isolates. These results provide good knowledge that could be valuable in designing detection kits and plant breeding programs.
    Keywords: Coat protein, Movement protein, Mutation, TMV