فهرست مطالب

میکروب شناسی پزشکی ایران - سال هجدهم شماره 1 (بهمن و اسفند 1402)

نشریه میکروب شناسی پزشکی ایران
سال هجدهم شماره 1 (بهمن و اسفند 1402)

  • تاریخ انتشار: 1402/12/12
  • تعداد عناوین: 7
|
  • نگار قربانی، اشکان علمداری، صیاد خانی زاده، مهدی بیرجندی، مهدی آجورلو* صفحات 1-7
    زمینه و اهداف

      عفونت همزمان HBV و HDV منجر به هپاتیت شدیدتر، با خطر بالاتر نارسایی حاد کبد و کارسینومای کبدی  (HCC)می شود. این مطالعه با هدف بررسی شیوع HDV در بیماران HBsAg مثبت شهر خرم آباد که قبلا مورد ارزیابی قرار نگرفته بود، صورت گرفت.

    مواد و روش کار

      در این مطالعه 200 بیمار HBsAg مثبت وارد مطالعه شدند. نمونه های خون وریدی در لوله های بدون EDTA جمع آوری شد. تست الایزا برای تشخیص آنتی بادی ها علیه HDV انجام شد و نمونه های مثبت با استفاده از RT-PCR تایید شدند. داده های جمعیت با استفاده از نرم افزار SPSS مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت و مقدار P ≤0.05 برای تمام آزمون ها از نظر آماری معنی دار در نظر گرفته شد.

    یافته ها

      از کل شرکت کنندگان در این مطالعه، 119 نفر (59/5%) مرد و 81 نفر (40/5%) زن بودند. سن بیماران بین 5 تا 89 سال با میانگین سنی 49/66 سال متغیر بود. تست HDV ELISA بر روی افراد HBsAg  مثبت انجام شد و در 37 بیمار (18/5%) نتایج مثبت به دست آمد. علاوه بر این، 10 بیمار (5%) عفونت مرزی را نشان دادند. نتایج HDV RT-PCR نشان داد که تست 42 نفر (21%) مثبت بود. شیوع HDV تفاوت آماری معنی داری را بین مناطق شهری و روستایی از نظر تست RT-PCR مولکولی نشان داد (P=0.032). علاوه بر این، زنان، افراد متاهل و معتادان به مواد مخدر در معرض خطر بالاتر ابتلا به عفونت  HDV  بودند.

    نتیجه گیری

      شیوع بالای عفونت HDV در بین بیماران HBsAg مثبت در خرم آباد وجود دارد. بنابراین، ارزیابی شیوع HDV در بیماران HBsAg مثبت می تواند به اطمینان از تشخیص به موقع و درمان مناسب برای این افراد کمک کند.

    کلیدواژگان: HBV، HDV، HBsAg، شیوع، عفونت همزمان
  • امید محمد رضاخانی، داوود فرزین، سمانه فرخ فر، عرفان دربان رضوی، علیرضا وحدتی نیا، پرنیان آزاد طریقه، بهاره لشتو آقائی* صفحات 8-15
    زمینه و اهداف

      مقاومت آنتی بیوتیکی در عفونت های باکتریایی یک بحران بهداشتی جهانی است، و منجر به مرگ سالانه بیش از 1.27 میلیون نفر در جهان در سال 2019 می شود. سودوموناس آئروژینوزا عامل اصلی عفونت های مرتبط با مراقبت های بهداشتی، بویژه در موارد سوختگی شدید است. استفاده از فاژهای لیتیک در درمان تک یا ترکیبی با آنتی بیوتیک ها می تواند برای مبارزه با عفونت های مقاوم به ضد میکروبی در بیماران زخم سوختگی مفید باشد. این مطالعه به بررسی پایداری موپیروسین و ابوخلسا از سه فاژ تعیین ویژگی شده و ثبت ژن شده اختصاصی سودوموناس آئروژینوزا PA45)، PA32، PA6) متعلق به گروه Myoviridae می پردازد.

    مواد و روش کار

      هر فاژ با موپیروسین و ابوخلسا مخلوط و به مدت 2، 4 و 24 ساعت در دمای 37 درجه سانتی گراد انکوبه گردید. نتایج با استفاده از روش آماری تحلیل واریانس یک طرفه (ANOVA) و سپس آزمون مقایسه های چندگانه هولم سیداک اندازه گیری شد.

    یافته ها

      مطالعه ما نشان می دهد که هر سه فاژ بالاتر از تیتر درمانی موثر (ETT) که بیش از 107 pfu/ml در نظر گرفته می شود، پایدار بودند، موپیروسین در مقایسه با ابوخلسا بر فعالیت فاژ اثر منفی بیشتری می گذارد. قابل ذکر است، ابوخلسا هم تا حدودی فعالیت فاژ را مهار کرد اما فاژها پس از 24 ساعت در بالای ETT فعال باقی ماندند.

    نتیجه گیری

      این مطالعه مناسب بودن پمادهای موپیروسین و ابوخلسا را ​​برای فاژهای مورد مطالعه نشان می دهد و فعالیت آنها را فراتر از ETT به مدت 24 ساعت حفظ می کند. PA6 و PA32 (جامبوفاژ) در هر دو پماد آزمایش شده پایدارتر از PA45 بودند. این یافته ها بر اهمیت تحقیقات بیشتر برای یک گزینه درمانی ترکیبی موضعی موثر در عفونت های زخم سوختگی تاکید می کنند.

    کلیدواژگان: باکتریوفاژها، موپیروسین، پمادها، سوختگی ها
  • امیرحسین علی پور، حمیده نجفی، زهرا ضیافتی کافی، سید محمد علی هاشمی، جمال سروری، آرش قلیانچی لنگرودی* صفحات 16-24
    زمینه و اهداف

      عفونت با ویروس اپشتین بار یکی از مهم ترین عوامل خطر مرتبط با گلیوبلاستوما است. در بطن این رابطه پیچیده، پروتئین آنتی ژن-1 هسته ای ویروس اپشتین بار (EBNA1) قرار دارد، یک پروتئین مهم با توانایی قابل توجه برای تنظیم بیان ژن های سلولی و ویروسی. این تحقیق به بررسی تاثیر EBNA1 بر الگوهای بیان چهار ژن سلولی - MDMX، MDM2، MYC و BIRC5 در رده سلولی U87MG می پردازد.

    مواد و روش کار

      سلول های U87MG را به دو گروه مجزا تقسیم شدند. گروه اول شامل سلول هایی بود که با پلاسمید حاوی ژن EBNA1 ترانسفکت شده بودند، در حالی که گروه دوم شامل سلول هایی بود که با پلاسمید کنترل ترانسفکت شده بودند. برای ارزیابی فعالیت رونویسی ژن های MDMX، MDM2، MYC و BIRC5 در هر دو مجموعه سلول، از تکنیک Real-time PCR استفاده کردیم. هر گونه تفاوت مشاهده شده از نظر آماری معنی دار در نظر گرفته شد در صورتی که مقادیر p-value کمتر از 0.05 باشد.

    یافته ها

      یافته های ما افزایش سه برابری قابل توجهی را در بیان ژن MDMX هنگامی که سلول های U87MG با پلاسمید EBNA1 ترانسفکت شدند نشان داد (02/0=p). اگرچه سلول های ترانسفکت شده با پلاسمید EBNA1 به ترتیب افزایش دو، سه برابر و پنج برابری در سطوح بیان ژن های MDM2، MYC و BIRC5 را نشان دادند، اما این تغییرات از نظر آماری معنی دار نبودند.

    نتیجه گیری

      نتایج این تحقیق نشان داد که EBNA1 توانایی تحریک بیان چهار ژن سلولی حیاتی در سلول های آستروسیتومای گلیوبلاستوما را دارد. این امر بر تاثیر بالقوه EBNA1 بر پیشرفت گلیوبلاستوما، به ویژه در افرادی که آلوده به ویروس اپشتین بار هستند تاکید می کند.

    کلیدواژگان: گلیوبلاستوما، ویروس اپشتین بار، EBNA1، MDMX، MDM2، MYC، BIRC5
  • زهرا صلواتیها، سعید قربانی، حسن سعادتی، احمد توکلی، سیدجلال کیانی، کیمیا قاسمی، سید حمیدرضا منوری* صفحات 25-32
    زمینه و اهداف

      بیماری بهجت یک بیماری نادر است که می تواند باعث التهاب در رگ های خونی در سراسر بدن شود. اگرچه مطالعات مختلفی در مورد ارتباط احتمالی بین BD و پاتوژن های مختلف مانند ویروس ها انجام شده است، اما علت اصلی این بیماری هنوز ناشناخته است. مطالعه ما با هدف بررسی حضور B19 در بیماران بهجت و ناقلین سالم انجام شد.

    مواد و روش کار

      طیف وسیعی از تظاهرات بالینی در گروه بیماران BD مشاهده شد. ما از نظر آماری تفاوت هایی را در شیوع B19 IgG بین بیماران و جمعیت های سالم پیدا کردیم (به ترتیب 84.46٪ در مقابل 55٪). با این حال، شیوع B19 IgM بین بیماران و گروه کنترل سالم مشابه بود (به ترتیب 4.58٪ در مقابل 2.5٪). ما نتوانستیم هیچ سطح قابل تشخیص DNA B19 را در گروه بیمار و ناقل سالم مشاهده کنیم.

    یافته ها

      از 269 ایزوله اشریشیاکلای (107 ایزوله، 39/7%) بعنوان تولیدکننده ESBL شناسایی شدند. تست حساسیت آنتی بیوتیکی انجام شده بر روی ایزوله های تولیدکننده ESBL، بیشترین سطوح مقاومت را نسبت به سفوتاکسیم، آمپی سیلین، آموکسی سیلین-کلاوولانات، سفالوتین، سفیکسیم و سفتریاکسون (100%)، نالیدیکسیک اسید (91/6%) و سفتازیدیم (84/1%) نشان داد. از سوی دیگر، ایزوله ها بیشترین حساسیت را نسبت به ایمی پنم (94/4%)، نیتروفورانتوئین (87/9%) و جنتامایسین (63/9%) نشان دادند.

    نتیجه گیری

      نتایج ما نتوانست رابطه ای بین عفونت B19 و ایجاد BD ایجاد کند، اما چنین همبستگی گزارش شده است. با این حال، ممکن است ارتباط غیرمستقیم بین افراد مستعد ژنتیکی پس از عفونت ویروسی وجود داشته باشد.

    کلیدواژگان: بیماری بهجت، پاروویروس B19، ایران، الایزا، ریل تایم پی سی آر
  • زین العابدین بزازو ال اوازانی، هدی بنیشا، لیلا رکلاوی، رجائی ال لودانه، سعید باریجال* صفحات 33-40
    زمینه و اهداف

      از زمانی که برای اولین بار در سال 2015 گزارش شد، ژن مقاومت به کولیستین متحرک (mcr-1) در تعداد فزاینده ای در سراسر جهان یافت شد. با این حال، تنها چند مطالعه در مراکش انجام شده است. در اینجا، هدف ما بررسی شیوع مقاومت به کولیستین و ژن های شبه mcr در بین جدایه های بالینی انتروباکتریاسه از شمال غرب مراکش بود.

    مواد و روش کار

      شیوع مقاومت به کولیستین در بین 338 ایزوله بالینی انتروباکتریاسه بررسی شد. این جدایه ها بین دسامبر 2020 و می 2021 از شهرهای طنجه و تطوان جمع آوری شدند. جدایه ها شامل اشریشیا کلی (E. coli)، کلبسیلا پنومونیه (K. pneumoniae)، Enterobacter spp، Citrobacter freundii (C. freundibil) و Proteus mirabilis (P. mirabilis) بودند. تست های حساسیت آنتی باکتریایی با استفاده از روش انتشار دیسک و غلظت های مهاری حداقل (MIC) انجام شد. تمام جدایه هایی که به کولیستین مقاوم بودند، برای غربالگری ژن های شبه mcr (mcr-1 تا mcr-5) تحت روش های PCR و توالی یابی قرار گرفتند.

    یافته ها

      22/78 درصد از جدایه ها مقاوم به چند دارو (MDR) بودند که در این میان 57/14 درصد از جدایه های P. mirabilis، 30 درصد از جدایه های انتروباکتر، 22/22 درصد از جدایه های K. pneumoniae و 22/05 درصد از ایزوله های E. coli isol. مقاومت به کولیستین در 51 مورد از 338 جدایه، از جمله 33 E. coli، 11 K. pneumoniae، و 7 P. mirabilis یافت شد. ژن mcr-1 در 3 جدایه E. coli شناسایی شد. ژن های Mcr-2 تا mcr-5 در این مطالعه وجود نداشتند. توالی یابی آمپلیکون های PCR شباهت 99 تا 100 درصدی را با ژن mcr-1 نشان داد.

    نتیجه گیری

      این اولین مطالعه ای است که در مراکش برای بررسی شیوع مقاومت به کولیستین در بین ایزوله های بالینی انجام شده است و اولین سه ژن mcr-1 را نشان می دهد که در مراکش در گردش هستند. این می تواند منجر به انتشار این ژن ها در سراسر مراکش شود.

    کلیدواژگان: کولیستین، انتروباکتریاسه، اشریشیا کلی، ژن MCR، مراکش
  • ویلدا فادیلا، ماردیاستوتی اچ. وحید، فادیله فادیله، رایک سیاهنیار، انینگ کریسنوهونی، اندی یاسمون* صفحات 41-48
    زمینه و اهداف

      بزرگترین مشکل در مدیریت بیماران مبتلا به عفونت هلیکوباکتر پیلوری مقاومت به داروی آنتی بیوتیک خط اول مترونیدازول است. چندین مکانیسم زمینه ساز مقاومت هلیکوباکتر پیلوری در برابر مترونیدازول است و یکی از آنها جهش در ژن rdxA است که پروتئین نیکوتین آمید آدنین دی نوکلئوتید فسفات (NADPH) را کد می کند. بنابراین، ما ژن rdxA تکثیر شده با PCR از بیوپسی های پارافین معده را مشخص کردیم.

    مواد و روش کار

      این یک مطالعه اکتشافی با استفاده از 34 نمونه بیوپسی پارافین معده است که هلیکوباکتر پیلوری مثبت بودند در یک روش Real-time PCR. برای تجزیه و تحلیل ژن rdxA، ما PCR تودرتوی یک قطعه ژن را انجام دادیم و به دنبال آن توالی یابی DNA برای تجزیه و تحلیل تغییرات اسید آمینه و تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین انجام شد.

    یافته ها

      از 34 نمونه بیوپسی پارافینی مثبت هلیکوباکتر پیلوری، 5 مورد برای قطعه ژن rdxA مثبت بود. تجزیه و تحلیل تغییر اسید آمینه نشان داد که پروتئین NADPH دارای جایگزینی، درج، تغییر قاب و کدون های توقف زودرس است. دو درج اسید آمینه جدید پیدا شد. تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین نشان داد که پروتئین NADPH با جایگزینی دارای تغییرات اسید آمینه است و 2 پاکت برای سایت های فعال تشکیل می دهد. پروتئین NAPDH با جایگزینی و 2 درج جدید از دست دادن یک جیب را نشان داد.

    نتیجه گیری

      مطالعه حاضر در مورد تجزیه و تحلیل ژنتیکی ژن rdxA گزارش می دهد که تنوع توالی DNA را نشان می دهد. دو درج اسید آمینه در ژن NADPH یک یافته منحصر به فرد است و اثر آنها بر فنوتیپ مقاوم به آنتی باکتریال نیاز به بررسی در مطالعات آینده دارد.

    کلیدواژگان: هلیکوباکتر پیلوری، rdxA، آمینو اسید، اینسرشن
  • صفا طاهرخانی، سید بهنام عبداللهی برائی*، رضا عرفانیان، محمدرضا فیروزی فر، فرناز حسین زاده اطاقوری، سروناز آتشیان، محمد صادق ذبیحی دان صفحات 49-57
    زمینه و اهداف

      بیماری کرونا (COVID-19) یک بیماری همه گیر خطرناک به همراه نشانه های متعددی مانند; تب، سرفه، و غیره می باشد. در این بیماری، اختلال بویایی به عنوان یک علامت شایع در نظر گرفته شده است. در این مطالعه، هدف ما بررسی اعتبار تست تشخیص بویایی (SIT) جهت غربالگری سریع  COVID-19 بود.

    گزارش مورد:  

    شرکت کنندگان در این مطالعه 94 بیمار مبتلا به کووید-19 مراجعه کننده به بیمارستان امیرالاعلم بودند. ابتدا از بیماران خواسته شد تا علائم خود از جمله اختلال بویایی، تب و غیره را توضیح دهند و در مرحله بعد بیماران از نظر علائم معاینه شدند. عملکرد بویایی شرکت کنندگان توسط تست تشخیص بویایی ارزیابی شد.

    نتیجه گیری

      بر اساس نتایج خود گزارش شده، اختلال عملکرد بویایی شایع ترین علامت بود. نتایج تست تشخیص بویایی با تست های سی تی اسکن و RT-PCR که توسط آزمایشگاه بیمارستان انجام شد مقایسه شد. نتایج نشان داد که بیشترین دقت مربوط به تست تشخیص بویایی با 76/6 درصد، سپسRT-PCR  با 68/5 درصد و سی تی اسکن قفسه سینه با 62/1 درصد بود. نتایج نشان داد که اختلال بویایی را می توان شایع ترین علامت COVID-19 در نظر گرفت و همچنین تست تشخیص بویایی بیشترین دقت را در تشخیص COVID-19 نشان داد.

    کلیدواژگان: کووید-19، اختلال بویایی، تست تشخیص بویایی
|
  • Negar Ghorbani, Ashkan Alamdary, Sayyad Khanizadeh, Mehdi Birjandi, Mehdi Ajorloo* Pages 1-7
    Background and Aim

     Co-infection of HBV and HDV leads to more severe hepatitis, with a higher risk of acute liver failure and hepatocellular carcinoma (HCC). This study aimed to assess the prevalence of HDV in HBsAg-positive patients in Khorramabad, which has not been previously evaluated.

    Materials and Methods

     A total of 200 patients who tested positive for HBsAg were included in this study. Venous blood samples were collected in EDTA-free tubes. An ELISA test was performed to detect antibodies against HDV, and positive samples were further confirmed using RT-PCR. Population data were analyzed using SPSS software, and a P value ≤0.05 was considered statistically significant for all tests.

    Results

     Out of the total participants, there were 119 (59.5%) men and 81 (40.5%) women. The age of the patients varied from 5 to 89 years, with an average age of 49.66 years. The HDV ELISA test was performed on HBsAg-positive individuals, yielding positive results for 37 (18.5%) patients. Additionally, 10 (5%) patients showed borderline infection. The HDV RT-PCR results indicated that 42 (21%) individuals tested positive. The prevalence of HDV showed a statistically significant difference between urban and rural areas with respect to molecular RT-PCR testing (P=0.032). Additionally, women, married individuals, and drug addicts were found to be at a higher risk of HDV infection.

    Conclusion

     There is a high prevalence of HDV infection among patients who test positive for HBsAg in Khorramabad. Therefore, assessing the prevalence of HDV in HBsAg-positive patients can aid in ensuring timely diagnosis and appropriate treatment for these individuals.

    Keywords: Co-infection, HBV, HDV, HBsAg, Prevalence
  • Omid Mohammad Rezakhani, Davood Farzin, Samaneh Farrokhfar, Erfan Darban Razavi, Alireza Vahdatinia, Parnian Azadtarigheh, Bahareh Lashtoo Aghaee* Pages 8-15
    Background and Aim

     Antibiotic resistance in bacterial infections poses a global health crisis, leading to over 1.27 million annual global deaths in 2019. Pseudomonas aeruginosa is the major cause of healthcare-associated infections, particularly in severe burn cases. The use of lytic phages in a mono- or combination therapy with antibiotics, can be helpful to combat antimicrobial-resistant infections in burn wound patients. This study explores stability in mupirocin and Abukhalsa of three P. aeruginosa-specific characterized and annotated phages (PA45, PA32, PA6) belonging to the Myoviridae group.

    Materials and Methods

     Each phage was mixed with the mupirocin and Abukhalsa and incubated for 2, 4, and 24 hours at 37°C, with quantification using the agar-overlay method. The results were measured with a one-way analysis of variance statistical method (ANOVA) followed by Holm-Sidak's multiple comparisons test.

    Results

     The study shows that all three phages were stable above the effective therapeutic titer (ETT) which is considered >107 pfu/mL, with mupirocin more affecting phage activity and retaining efficacy after 24 hours. Notably, Abukhalsa inhibited phage activity even though phages remained active above the ETT after 24 hours.

    Conclusion

     This study highlights the suitability of mupirocin and Abukhalsa ointments for the studied phages, sustaining their activity beyond the ETT for 24 hours. PA6 and PA32 (jumbo phage) were more stable than PA45 in both ointments tested. These findings emphasize the potency of further investigations for an effective topical combination treatment option in burn wound infections.

    Keywords: Bacteriophages, Burns, Mupirocin, Ointments
  • Amir Hossein Alipour, Hamideh Najafi, Zahra Ziafati Kafi, Seyed Mohammad Ali Hashemi, Jamal Sarvari, Arash Ghalyanchi Langeroudi* Pages 16-24
    Background and Aim

     Infection with Epstein-Barr virus (EBV) ranks as one of the most substantial risk factors associated with Glioblastoma multiforme (GBM). At the core of this intricate relationship lies the EBV nuclear antigen-1 (EBNA1) protein, a central figure with a remarkable ability to regulate the expression of both cellular and viral genes. This research delves into the impact of EBNA1 on the expression patterns of four cellular genes - MDMX, MDM2, MYC, and BIRC5 in the U87MG cell line.

    Materials and Methods

     We divided U87MG cells into two distinct groups. The first group involved cells that were transfected with a plasmid containing the EBNA1 gene, while the second group consisted of cells that were transfected with a control plasmid. To evaluate the transcriptional activity of MDMX, MDM2, MYC, and BIRC5 genes in both sets of cells, we employed a real-time PCR technique. Any observed differences were considered statistically significant if the associated P-values were less than 0.05.

    Results

     Our findings demonstrated a substantial three-fold increase in the expression of the MDMX gene when U87MG cells were transfected with EBNA1 plasmid (P=0.02). Although the cells transfected with EBNA1 plasmid displayed great elevations in the expression levels of MDM2, MYC, and BIRC5 genes, these alterations were not statistically significant.

    Conclusion

     The outcomes of this investigation have unveiled that EBNA1 has the ability to trigger the expression of four crucial cellular genes, which wield substantial influence in the genesis of GBM within glioblastoma astrocytoma cells. This underscores the potential impact of EBNA1 on the evolution of GBM, particularly in individuals harboring EBV.

    Keywords: BIRC5, EBNA1, Epstein–Barr virus, Glioblastoma, MDMX, MDM2, MYC
  • Zahra Salavatiha, Saied Ghorbani, Hassan Saadati, Ahmad Tavakoli, Seyed Jalal Kiani, Kimia Ghasemi, Seyed Hamidreza Monavari* Pages 25-32
    Background and Aim

     Behcet's disease is rare and can cause inflammation in blood vessels throughout the body. Although various studies have been conducted on the possible association between BD and various pathogens such as viruses, the major cause of this disease is still unknown. Our study aimed to evaluate the presence of B19 in Behcet patients and healthy carriers.

    Materials and Methods

     For the current case-control study, we examined 103 samples including 54 males and 49 females, and 40 healthy control samples. At first, all samples were checked by ELISA technique and then, the level of B19 DNA was confirmed by Realtime PCR. Finally, the results of patients were compared to healthy control samples.

    Results

     A wide range of clinical manifestations was observed in the BD patient group. We found statistical differences in the prevalence of B19 IgG between patients and healthy populations (84.46% vs. 55%, respectively). However, the prevalence of B19 IgM was similar between patients and healthy control groups (4.58% vs. 2.5%, respectively). We couldn’t observe any detectable levels of B19 DNA in the patient and healthy carrier groups.

    Conclusion

     Our results failed to establish a relationship between B19 infection and BD development, but such a correlation has been reported. However, there may be an indirect association between genetically susceptible people after a viral infection.

    Keywords: Behcet Disease, Parvovirus B19, Iran, ELISA, Real-time PCR
  • Zine Elabidine Bzazou El Ouazzani, Houda Benaicha, Laila Reklaoui, Rajae Alloudane, Said Barrijal* Pages 33-40
    Background and Aim

     Since first reported in 2015, the mobile colistin resistance (mcr-1) gene has been found in increasing numbers worldwide. However, only a few studies have been carried out in Morocco. Herein, we aimed to investigate the prevalence of colistin resistance and mcr-like genes among Enterobacteriaceae clinical isolates from the North-West of Morocco.

    Materials and Methods

     The prevalence of colistin resistance was investigated among 338 Enterobacteriaceae clinical isolates. These isolates were collected from Tangier and Tetouan cities between December 2020 and May 2021. The isolates included Escherichia coli (E. coli), Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), Enterobacter spp, Citrobacter freundii (C. freundii), and Proteus mirabilis (P. mirabilis). Antibacterial susceptibility tests were performed using disc diffusion assay and minimal inhibitory concentrations (MIC). All isolates that were found resistant to colistin were subjected to PCR and sequencing techniques to screen them for the presence of mcr-like genes (mcr-1 to mcr-5).

    Results

     22.78% of isolates were multidrug-resistant (MDR), among which 57.14% of P. mirabilis isolates, 30% of Enterobacter spp isolates, 22.22% of K. pneumoniae isolates, and 22.05% of E. coli isolates. Colistin resistance was found in 51 of 338 isolates, including 33 E. coli, 11 K. pneumoniae, and 7 P. mirabilis. The mcr-1 gene was detected in 3 E. coli isolates. Mcr-2 to mcr-5 genes were absent in this study. Sequencing of PCR amplicons revealed 99–100% similarity to mcr-1 gene.

    Conclusion

     This is the first study conducted in Morocco to investigate the prevalence of colistin resistance among clinical isolates, and it has revealed the first three mcr-1 genes circulating in Morocco. This could lead to the dissemination of these genes throughout Morocco.

    Keywords: Colistin, Enterobacteriaceae, Escherichia coli, MCR genes, Morocco
  • Wilda Fadila, Mardiastuti H. Wahid, Fadilah Fadilah, Rike Syahniar, Ening Krisnuhoni, Andi Yasmon* Pages 41-48
    Background and Aim

     The biggest problem in the management of patients with Helicobacter pylori infections is resistance to the first-line antibiotic drug metronidazole. Several mechanisms underlie the resistance of H. pylori to metronidazole, and one of them is mutations in the rdxA gene encoding the nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) protein. Therefore, we characterized the rdxA gene amplified by PCR from gastric paraffin biopsies.

    Materials and Methods

     This is an explorative study using 34 gastric paraffin biopsies that were H. pylori positive in a real-time PCR assay. To analyze the rdxA gene, we conducted nested PCR of a gene fragment, followed by DNA sequencing to analyze amino acid changes and protein structure analysis.

    Results

     Of the 34 H. pylori-positive paraffin biopsies, 5 were positive for the rdxA gene fragment. The amino acid change analysis showed that the NADPH protein had substitutions, insertions, frameshifts, and premature stop codons. Two novel amino acid insertions were found. The protein structure analysis showed that the NADPH protein with substitutions had amino acid changes forming 2 pockets for active sites. The NAPDH protein with substitutions and the 2 novel insertions showed the loss of one pocket.

    Conclusion

     The present study reports on the genetic analysis of the rdxA gene showing DNA sequence diversity. Two amino acid insertions in the NADPH gene are a unique finding, and their effect on antibacterial-resistant phenotype needs to be investigated in future studies.

    Keywords: Helicobacter pylori, rdxA, Amino Acid, Insertion
  • Safa Taherkhani, Seyyed Behnam Abdollahi Boraei*, Reza Erfanian, Mohammadreza Firoozifar, Farnaz Hosseinzadeh Otaghvari, Sarvenaz Atashian, Mohammadsadegh Zabihidan Pages 49-57
    Background and Aim

     Coronavirus disease (COVID-19) is a dangerous pandemic. It has several signs, such as; fever, cough, etc. Olfactory Dysfunction (OD) has been considered a prevalent symptom. In this study, we aimed to investigate the validity of the Smell Identification Test (SIT) to quickly screen for COVID-19.

    Case Presentation

     The participants in this study were 94 patients with COVID-19 referred to the Amiralam hospital. At first, the patients were asked to explain their symptoms, including Olfactory dysfunction, fever, etc. In the next step, the patients were examined for symptoms. The olfactory function of the participants was evaluated by SIT.

    Conclusion

     According to self-reported results, smell dysfunction was the most prevalent symptom. The results of ISIT were compared with the CT scan and RT-PCR which were performed by the hospital’s laboratory. The results showed that the highest accuracy was related to the ISIT test with 76.6%, followed by PCR with 68.5%, and Chest CT scan with 62. 1%. The results showed that OD can be considered the most common COVID-19 symptom and also that the ISIT showed the most accuracy in COVID-19 diagnosis.

    Keywords: COVID-19, Olfactory dysfunction, Smell Identification Test