فهرست مطالب

ژنتیک نوین - سال چهارم شماره 3 (پیاپی 18، پاییز 1388)
  • سال چهارم شماره 3 (پیاپی 18، پاییز 1388)
  • تاریخ انتشار: 1388/10/20
  • تعداد عناوین: 10
|
  • اسامی داوران همکار در این شماره
    صفحه 2
  • راهنمای نگارش مقالات پژوهشی
    صفحات 3-4
  • مهران عنایتی شریعت پناهی، داوود امامی میبدی صفحات 5-16
    تولید گیاهان هاپلوئید/دابلد هاپلوئید باعث سرعت بخشیدن به برنامه های به نژادی، بهبود کارآیی انتخاب، شناسایی همبستگی و اثرات متقابل ژنی، تخمین واریانس ژنتیکی و تعداد ژنهای کنترل کننده صفات کمی، تولید جابجایی های ژنتیکی وتسهیل انتقال ژن می گردد. کشت میکروسپور در برنامه های به نژادی، علاوه بر مزایای فوق دارای کاربردهای دیگری از قبیل ایجاد و حفظ گیاهان نرعقیم از طریق جنین زایی میکروسپور، امکان برگرداندن نرباروری از طریق بلوغ درون شیشه ای میکروسپور، غلبه بر خودناسازگاری و القا و انتخاب جهیده ها می باشد. در برنامه های مهندسی ژنتیک، سیستم انتقال ژن به لاین جنسی نر که شامل انتقال ژن به میکروسپور، بلوغ درون شیشه ای آن و سپس گرده افشانی دانه های گرده تراریخته است، بسیار کارآمد می باشد. در مطالعات پایه امکان برسی نمو دانه گرده و گرده افشانی، جنین زایی، توتی پوتنسی، چرخه سلولی، تغییر فاز و نقش تنش در نمو از طریق کشت میکروسپور امکان پذیر است. در این مقاله جنبه های مختلف کشت درون شیشه ای میکروسپور بررسی می گردد.
    کلیدواژگان: میکروسپور، جنین زایی، هاپلوئید، اصلاح نباتات، ژنتیک
  • فاطمه پیکان حیرتی، باقر مجازی امیری، حمید فرحمند صفحات 17-25
    فاکتور رشد شبه انسولین-یک، IGF-I، نقش حیاتی در فرایندهای مختلف زیستی ماهیان بر عهده دارد. هدف از اجرای این تحقیق دستیابی به توالی کامل ژن کدکننده IGF-I و بررسی الگوی بیان آن در بافتهای مختلف فیل ماهی Huso huso، به عنوان یکی از مهمترین گونه های ماهیان خاویاری بود. با استفاده از روش RACE-PCR، قطعه ای به طول 1229 نوکلئوتید به عنوان توالی کامل IGF-I در نمونه های کبدی فیل ماهی شناسایی و ثبت (1/512770AB) گردید. ناحیه کدکننده پروتئین در این توالی، شامل 483 نوکلئوتید است. پروتئین کاهش نیافته IGF-I (1/85795BAH) شامل 160 اسیدآمینه بوده که به طور کلی از دو بخش Signal peptide و پیش پروتئین IGF-I (proIGF-I) تشکیل شده است. ناحیه پیش پروتئین، خود شامل 5 حوزه B، C، A، D و E می باشد. مقایسه توالی IGF-I فیل ماهی با توالی این فاکتور در سایر موجودات، مبین شباهت نسبتا بالای IGF-I این ماهی با دیگر مهره داران خصوصا انواعی از پرندگان بود. بررسی بیان IGF-I در بافتهایی نظیر معده، آبشش، کبد، طحال، کلیه، عضله، پوست، روده، قلب و مغز با روش Real-time PCR نشان داد که اگرچه این فاکتور در تمامی بافتهای مورد مطالعه بیان می شود، اما مکانهای اصلی بیان آن به ترتیب کبد و روده می باشد. کمترین میزان بیان در بافت عضله اندازه گیری شد. نتایج این تحقیق می تواند به منظور بررسی فرایندهای فیزیولوژیکی فیل ماهی از دیدگاه مولکولی مورد استفاده قرار گیرد.
    کلیدواژگان: فیل ماهی، Huso huso، فاکتور رشد شبه انسولین، یک، توالی یابی، بیان ژن
  • منصور شمیلی، محمدرضا فتاحی مقدم، علیرضا طلایی صفحات 27-36
    انبه یکی از میوه های مهم مناطق گرمسیر و سرشار از مواد و عناصر غذایی است که در نواحی جنوبی ایران کشت و کار می شود. شناسایی ملکولی ژنوتیپ های انبه به مدیریت ژرم پلاسم و جلوگیری از نامگذاری اشتباه آنها کمک می نماید. در این تحقیق از 16 نشانگر اختصاصی ریزماهواره جهت بررسی ارتباط ژنتیکی و تنوع موجود بین 41 ژنوتیپ انبه موجود در ایران استفاده شد. در مجموع 55 آلل با متوسط تعداد آلل موثر 5/3 عدد مشاهده شد. تعداد آلل بدست آمده بین2 تا 6 عدد بود. مقدار هتروزایگوسیتی مشاهده شده و هتروزایگوسیتی مورد انتظار به ترتیب 30/0 تا 87/0 و 29/0 تا 84/0 بود. الگوی باندی حاصل از این 16 جفت آغازگر توانست ژنوتیپ های پاکستانی را از هندی تفکیک نماید. به جز ''کلک سرخ-2'' و ''کلک سرخ-3'' سایر ژنوتیپ های همنام در شاخه های متفاوت قرار گرفتند همچنین تعداد 18 اختصاصی در مجموعه ژنوتیپهای مورد بررسی بدست آمد که بیشترین تعداد ان متعلق به ''سندری 2'' و ''لانگرا 1'' بودند.
    کلیدواژگان: انبه، تنوع ژنتیکی، نشانگر مولکولی، ریزماهواره
  • اعظم جعفری، عباس پاکدل، سعید اسماعیل خانیان صفحات 37-43
    هورمون رشد طیور، یک هورمون پلی پپتیدی است که در بسیاری از فعالیتهای متابولیکی و فیزیولوژیکی نقش دارد. برای بررسی چند شکلی ژن هورمون رشد در جایگاه اینترون 1 از 217 نمونه (129 نمونه از اصفهان و 88 نمونه از مازندران) و در جایگاه اینترون4 از 134 نمونه (91 نمونه از اصفهان و 43 نمونه از مازندران) استفاده گردید. استخراج DNA، به روش نمکی بهینه یافته انجام شد. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده به روش اسپکتروفتومتری و ژل آگارز 8/0 درصد کنترل شد. با استفاده از دو جفت پرایمر اختصاصی و واکنش زنجیره ای پلی مراز قطعه 776 جفت بازی در ناحیه اینترون 1 و قطعه 1170 جفت بازی در ناحیه اینترون 4 ژن هورمون رشد تکثیر گردید. قطعات تکثیر شده بوسیله آنزیم برشی MspI هضم و محصول هضم بر روی ژل آگارز 5/2 درصد الکتروفورز شد. فراوانی آللی در ناحیه اینترون 1 برای آلل های M، N و O در جمعیت اصفهان به ترتیب 60/0، 21/0و 19/0 و در جمعیت مازندران به ترتیب 28/0، 05/0 و 67/0 تعیین شد. فراوانی آللی در ناحیه اینترون 4 نیز برای آلل های A، B و C در جمعیت اصفهان به ترتیب 28/0، 31/0 و 41/0 و در جمعیت مازندران به ترتیب 37/0، 24/0 و 37/0 مشاهده شد. علاوه بر آلل های مذکور، آلل های D و E، هر یک با فراوانی 01/0 فقط در جمعیت مازندران شناسایی شد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که نواحی اینترون 1 و 4 ژن هورمون رشد در مرغ های بومی اصفهان و مازندران از چند شکلی نسبتا بالایی برخوردار هستند.
    کلیدواژگان: هورمون رشد، چند شکلی، مرغ بومی، PCR، RFLP
  • عباسعلی امام جمعه، محمود سلوکی صفحات 45-53
    بذر گندم شامل پروتئینهای گیلیادین و گلوتنین می باشد. گلوتنین ها شامل اجزاء با وزن مولکولی بالا است. در این پژوهش، پروتئین بذر 27 لاین جایگزینی کروموزومی مربوط به ارقام کاپلا و شاین به همراه رقم کاپلای والد و نیز رقم چینی بهاره به عنوان شاهد استخراج شد. برای تفکیک زیرواحد های گلوتنین، از روش SDS-PAGE استفاده شد. براساس رنگ آمیزی ژل با کوماسی بلو(10 باند چندشکل)، دامنه ضرایب تشابه جاکارد بین لاین ها از 55/0 تا 1 با میانگین 82/0 برآورد گردید. کمترین تشابه مربوط به شاین 4B با کاپلا 3A (یعنی55/0) بود. همه لاین های جایگزینی کاپلا کاملا مشابه با کاپلای والد بودند، اما ضریب تشابه کاپلا3A با کاپلای والدی برابر 736/0 بود. کاپلا 3A با لاین های دیگر نیز دارای تشابه کمتری بود. براساس دندروگرام حاصل از ضریب تشابه جاکارد و روش UPGMA، لاین های مورد مطالعه و شاهد به 3 دسته تقسیم شدند که کاپلا 3A و شاین 4B هر کدام در یک دسته مجزا و بقیه در دسته دیگر قرار گرفتند. در رنگ آمیزی با نیترات نقره (8 باند چندشکل)، نیز دامنه ضریب تشابه جاکارد بین 7/0 تا 1 با میانگین 79/0 بود. کمترین تشابه مربوط به کاپلا3A با کاپلا 4B و شاین7B بود. براساس دندروگرام حاصل از این ضرایب، لاین های مورد مطالعه و شاهد به دو دسته تقسیم شدند که کاپلا 3A در یک دسته مجزا قرار گرفت. دندروگرام رتبه دهی باندها، لاین ها و شاهد را به 3 دسته تقسیم کرد که شاین 7A، شاین 4B و کاپلا 3A در یک گروه قرار گرفته بودند. به طور کلی در واریته کاپلا، کروموزوم جایگزین شده 3A و در واریته شاین کروموزوم های 7A و 4B بیشترین تغییرات را در الگوی باندی داشتند.
    کلیدواژگان: گندم، جایگزینی کروموزومی، زیرواحدهای با وزن مولکولی بالا، رنگ آمیزی کوماسی بلو، نیترات نقره
  • حسین دشتی، محمدرضا نقوی، علی اکبر شاه نجات بوشهری، حسین شیرانی صفحات 55-62
    اطلاع کافی از تشابه های ژنومیکی، به برنامه ریزی و استراتژی-های اصلاحی در حفاظت از ژرم پلاسم و انتقال ژن ها از گونه ای به گونه ی دیگر کمک می نماید. به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی ژرم-پلاسم، 30 نمونه از گندم های هگزاپلوئید (نان)، تتراپلوئید (دوروم) و دیپلوئیدهای وحشی با ژنوم های (AA) و (DD) به طور تصادفی انتخاب و با استفاده از 11 آغازگر 10 نوکلئوتیدی مورد تجزیه RAPD قرار گرفتند. تمامی آغازگرها، مناطقی از ژنوم گندم های مختلف را تکثیر نمودند که در مجموع 105 مکان ژنی تکثیر و 953 باند تولید گردید. آغازگرهای C وE بیشترین مکان را تکثیر نمودند و آغازگر UBC64 بیشترین تعداد باند را تولید کرد. آغازگرهای مورد استفاده، توانستند تفاوت ژنتیکی موجود در نمونه ها را نشان دهند. آغازگر F دو باند اختصاصی در ژنوم D تولید کرد. تجزیه کلاستر بر اساس ضریب تشابه جاکارد با استفاده از روش UPGMA، نشان داد که میزان تشابه بین 9/0 برای نزدیک ترین افراد و 5/0 برای دورترین افراد تغییر می کند و در تشابه 7/0، تمامی نمونه ها در 4 گروه و در تشابه 65/0.در دو قرار گرفتند. این آزمایش نشان داد که ژنوتیپ های تحت بررسی، از تنوع ژنتیکی بالایی برخوردار نیستند. گروه بندی نمونه ها بر اساس دو مولفه اصلی حاصل از PCoA مطابقت نسبی خوبی را با تجزیه کلاستر نشان داد.
    کلیدواژگان: تنوع ژنتیکی، ژرم پلاسم، گندم، RAPD، تجزیه کلاستر
  • آتوسا دانیایی، امیر موسوی، فرح فراهانی، بهاره دهسرا، محمد ضعیفی زاده صفحات 63-70
    به منظور بهینه سازی مراحل تولید جنین رویشی در نخل خرما (Phoenix dactylifera L.)، بافت های جوان و مریستمی جدا شده از پاجوش های 3-2 ساله سه ژنوتیپ شامل ارقام زاهدی، کبکاب و دیری در 10 سطح هورمون شامل 5 سطح زآتین (5/0،1،5/1،2و3 میلی گرم درلیتر) و 5 سطح تی دیازورون2 (1/0،2/0،3/0،4/0و6/0 میلی گرم درلیتر) به صورت آزمایش فاکتوریل در قالب کاملا تصادفی در 3 تکرار بر روی محیط پایه موراشیگ و اسکوگ حاوی 100 میلی گرم درلیتر توفوردی کلروفنوکسی استیک اسید، 3 گرم درلیتر زغال فعال و 30 گرم درلیتر ساکارز کشت شدند. نمونه ها در شرایط کنترل شده با دمای 225 درجه سانتی گراد در تاریکی نگهداری شدند. بافت های کشت شده در تیمارهای مختلف در زمان های متفاوت، کالوس اولیه تولید کردند و پس از انجام واکشت هایی در همان محیط ها در مدت 8-6 هفته کالوس جنین زا به دست آمد. ارقام زاهدی و کبکاب به ترتیب در غلظت های 5/0 و 3 میلی گرم درلیتر زآتین و رقم دیری در 1/0 میلی گرم درلیتر تی دیازورون، بیشترین میانگین کالوس جنین زا را داشتند. هم چنین ارقام کبکاب، زاهدی و دیری به ترتیب کوتاه ترین زمان کالوس زایی را نشان دادند.
    کلیدواژگان: خرما، رویان زایی رویشی، کالوس، کشت بافت
|
  • Enayati Shariatpanahi M., Emami Meybodi D Pages 5-16
    The production of haploid/doubled haploid plants allows one to speed up breeding programs, improve selection efficiency, detect linkage and gene interactions, estimate genetic variance and the number of genes for quantitative characteristics, produce genetic translocations, substitutions and chromosome addition lines and facilitate genetic transformation. In breeding programs, besides doubled haploids production, the microspore culture can be used to produce and maintain malesterile plants via microspore embryogenesis, possibility to restore male-fertility via in vitro microspore maturation, to overcome self-incompatibility and to induce and select for mutants. In genetic engineering, Male Germ Line Transformation (MAGELITR) in which DNA is transferred into microspores and cultured in vitro to form mature pollen and then using the transformed pollen for pollination in vivo, is very efficient method. In basic studies, the microspore culture can be used to investigate pollination, pollen development, embryogenesis, totipotency, cell cycle, phase change and the role of stress in development. In this paper, various aspects of in vitro microspore culture are discussed
  • Paykan Heyrati F., Mojazi Amiri B., Farahmand H Pages 17-25
    Insulin-like growth factor I, IGF-I, plays important roles in different biological activities in fish. The present study was aimed at isolating cDNA encoding IGF-I and measuring relative gene expression levels in different tissues in the beluga, Huso huso one of the most important Iranian sturgeon. A fragment of 1229 nucleotides coding for IGF-I was cloned (AB512770.1) from liver using RACE-PCR. It included 483 nucleotides encoding sequences for deduced IGF-I protein (BAH85795.1). Deduced IGF-I involved 160 amino acids and included both the signal peptide and the proIGF-I. The proIGF-I consisted of B, C, A, D and E domains. Comparison of IGF-I in beluga and some animal species from different phyla showed high similarity especially with birds. Expression levels of IGF-I were analyzed in stomach, gill, liver, spleen, kidney, muscle, skin, intestine, heart and brain using real-time PCR. The results showed that although IGF-I expressed in all analyzed tissues, the highest IGF-I transcript levels were in the liver and intestine tissues. The lowest transcript level was measured in the muscle. The results of the present study can help scientists evaluate different aspects of molecular physiology in the beluga
  • Jafari A., Pakdel A., Esmail, Khanian S Pages 37-43
    The chicken growth hormone (cGH) is a polypeptide hormone which is involved in a wide variety of physiological functions. To investigate the growth hormone gene polymorphism, 217 samples (129 samples of Isfahan and 88 samples of mazandaran) for intron 1 and 134 samples (91 samples of Isfahan and 43 samples of mazandaran) for intron 4 were analyzed. The genomic DNA was extracted using salting out technique. The quantity and the quality of the extracted DNA was examined using spectrophotometery and then analyzed on a 0.8% agarose gel electrophoresis. A fragment with the size of 776 bp from the intron 1 and a fragment with the size of 1170 bp from the intron 4 were amplified using two pair of specific primers and polymerase chain reaction. The PCR products digested with MspI restriction enzyme and then it analyzed on %2.5 agarose gel. The allelic frequency of intron 1 locus for M, N and O alleles in Isfahan native fowls was 0.60, 0.21 & 0.19 respectively and in Mazandaran populations was 0.28, 0.05, 0.67 respectively. The allelic frequency of intron 4 for A, B and C alleles in Isfahan native fowls populations were 0.28, 0.31 & 0.41 respectively and in Mazandaran population were 0.37, 0.24 & 0.37 respectively. Also D and E alleles were observed in Mazandaran population solely with 0.01 frequency for each allele. The result of current study indicated that the introns 1 and 4 of cGH is relatively highly polymorphic in Isfahan and Mazandaran native fowls.
  • Emamjomeh A., Solouki M Pages 45-53
    heat seed contains gliadines and glutenins. Glutenins is consisted of high molecular weight and low molecular weight. Total protein was extracted from 27 substitutions Lines related to kapla – shayen substitutions lines and Chinese Spring as control samples using laemmli protocol. After protein extraction, the samples were electrophoresed using SDS-PAGE. The gels were stained using commassie blue R250 and silver nitrate methods; then similarity matrix was calculated using Jaccard coefficient. Payne scoring system was calculated for each line. The range of coefficients of similarity was 0.55 -1. The coefficients of similarity were 1 in the most of lines. The coefficients of similarity of substitution lines of kapla and parent were 1 but it was 0.736 for kapla 3A. The coefficient of similarity of kapla and other lines was low. These lines and controls were clustered to 3 groups that kapla 3A and shayen 4b were in 2 separately and single groups. Based on silver staining, the range of coefficients of similarity varied from 0.7-1. The coefficients of similarity of almost all lines were 1. Kapla 3A, kapla 4B and shayen 7B had lowest similarity. According to cluster analysis, these lines and controls were clustered to 2 groups that kapla 3A was in the separately group. Based on Payne scoring system, only kapla 3A had 2* and 10 bands that can be main reason of difference to other lines and control. According to these scoring the bands of all lines (except kapla 3A) were similar to parent kapla and Chinese Spring; but some of lines of shayen and control were different and these lines were clustered to 3 groups that shayen 7A, shayen 4B and kapla 3A were located in separately group. Totally, in the kapla, 3A chromosomes and in shayen, 7A and 4B chromosomes had high variations in the band patterns.
    Keywords: substitution Lines, Glutenin, HMW, GS, Commassie blue, silver Staining, wheat
  • Dashti H., Naghavi M. R, Shahnejati A. A, Shirani H Pages 55-62
    Identification of genomic homologies provides some important tools for improving conservation and management of plant genetic resources. In order to evaluate genetic diversity in wheat germplasm, 30 samples from bread wheat, durum wheat and diploid wild relatives (AA and DD) were randomly selected and analysed using 11 ten-mer RAPD primers. These primers amplified different parts of the genome as a total of 105 loci with 953 bands were obtained. C and E primers amplified higher loci compared to other primers, while primer UBC64 showed the highest amount of bands. All used primers were able to determine genetic differences among genotypes. Two special bands were introduced for DDdiploids by F primer. Cluster analysis using UPGMA and Jaccards’ similarity coefficient revealed that the nearest samples were in 0.9 similarity, while the farther samples were in 0.5 similarity. At 0.7 similarity, evaluated samples clustered in 4 and at 0.65 similarity clustered in 2 main groups. This research showed that the accessions under study have not high genetic diversity the results of PCoA, approximately was in agreement with cluster analysis
  • Daniyaie A., Mousavi A., Farahani F., Dehsara B., Zaefi Zadeh M Pages 63-70
    In order to optimize embryogenic calli production in date palm, meristematic tissues were excised from 2-3 years old offshoots of Zahedi, Kabkab and Dayri genotypes and cultured on MS medium containing 100 mg/l 2,4-D, 3 g/l activated charcoal, 30 g/l sucrose supplemented with different concentrations of zeatin and TDZ as cytokinin resources. The samples were incubated at 25±2oC in the darkness. Initial calli were generated from explants cultured in various treatments which were able to produce embryogenic callus after 6-8 weeks of sub culturing in the same medium. The best callus production was observed in 0.5 and 3.0 mg/l of zeatin with respect to Zahedi and Kabkab cultivars and 0.1 mg/l of TDZ for Dayri. Meanwhile, the shortest callus generation time was correspondent to Kabkab, Zahedi and Dayri genotypes, respectively.