فهرست مطالب

  • سال ششم شماره 2 (پیاپی 25، تابستان 1390)
  • تاریخ انتشار: 1390/06/28
  • تعداد عناوین: 10
|
  • مقاله مروری
  • ثریا قاسمی، کامران قائدی*، محمدحسین نصر اصفهانی، ابوالقاسم اسماعیلی صفحات 5-12

    گیرنده های فعال کننده تکثیر پراکسیزوم ((PPARs، گروهی از گیرنده های هورمونی درون هسته ای هستند که حاوی سه نوع ایزوتیپ مختلف (α، δ/β و γ) بوده که عملکردشان در سطح رونویسی است.PPARγ اساسا در بافت چربی بیان شده و بیان ژن های مرتبط با سوخت و ساز چربی را تنظیم می کند. PPARγ در تمایز و تکثیر و آپوپتوز سلولی نقش دارد. PPARγ دارای سه ایزوفرم می باشد که در اثر تناوبی بودن منطقه پروموتوری این ژن حاصل می شوند. پلی مورفیسم رایج (Pro12Ala) در ایزوفرم PPARγ2 در بروز چاقی نقش دارد.PPARγ هدف تیازولودیددیون ها (که از داروهای ایجاد کننده حساسیت به انسولین و موثر در درمان دیابت نوع 2) هستند. نتایج ایمنوهیستوشیمی نشان می دهد که تمایز بافتی در طی حاملگی وابسته به PPARγ است. PPARγ بر روی سلول های کارسینوما در لاین های سلولی اثرات بازدارندگی توموری دارد. بنابراین آپوپتوز و القا توسط لیگاندهای PPARγ یک روش پیشنهادی در درمان سرطان ها است.

    کلیدواژگان: تیازولودیددیون ها (TZDs)، چاقی، سوخت و ساز چربی، گیرنده های فعال کننده تکثیر پراکسیزوم
  • مقالات پژوهشی
  • اعظم نیک فطرت، مجید طاهریان، احمد قنبری، محمدرضا بی همتا، سید علیرضا رضوی صفحات 13-21
    به منظور بررسی توارث پذیری و نحوه عمل ژن برای مقاومت به بیماری زنگ زرد در گندم، دو رقم مقاوم و یک رقم حساس (بولانی) تلاقی داده شدند. والدین (P1و P2) نسل های BC2، BC1، F2 و F1 هر تلاقی در شرایط گلخانه در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با سه تکرار کاشته شدند. گیاهچه های والدین و کلیه نسل ها با نژاد 4E0A+ مایه زنی شدند. صفات تیپ آلودگی و دوره کمون روی گیاهان نسل ها یادداشت برداری و تجزیه میانگین نسل ها برای صفات یادداشت شده انجام شد. مطالعه نحوه عمل ژن با استفاده از تجزیه میانگین نسل ها نشان داد که علاوه بر اثرات افزایشی و غالبیت، اثرات اپیستازی نیز نقش مهمی را در کنترل صفات دارند. ولی واریانس غالبیت نسبت به واریانس افزایشی نقش مهم تری را در کنترل صفات داشت. متوسط توارث پذیری عمومی و خصوصی برای صفت دوره نهان به ترتیب 33/0 و 28/0 و برای صفت تیپ آلودگی 42/0 و 39/0 برآورد گردید.
    کلیدواژگان: تجزیه میانگین نسل ها، زنگ زرد، گندم، نحوه توارث
  • رویا رهنما، سیدجواد حسینی*، سیداحمد قاسمی، وحید یاوری، حسین ذوالقرنین، عباس متین فر صفحات 23-31

    میگوی ببری سبز خلیج فارس، P.(penaeus) semisulcatus یکی از با ارزش ترین گونه های جنس Penaeus است. براساس خصوصیات ریختی، زیرگونه جدیدی از میگوی ببری سبز با نام P.(penaeus) semisulcatus persicus معرفی شده است. برای مطالعه تفاوت های ژنتیکی میان گونه و زیرگونه مذکور، 16S rRNA میتوکندریایی مورد توجه قرار گرفت. 10 نمونه از گونه (5 قطعه از سواحل بوشهر و 5 قطعه از سواحل بندرعباس) و 10 نمونه از زیرگونه (5 قطعه از سواحل بوشهر و 5 قطعه از سواحل بندرعباس) مورد استفاده قرار گرفتند.DNA ژنومی استخراج شده از پاهای شنای میگو به عنوان الگو استفاده شد. قطعه ای از ژن 16S rRNA با آغازگرهای جهانی 16Sar/16Sbr تکثیر و از هر دوطرف تعیین توالی شد. نتایج حاصل از تعیین توالی نشان داد که قطعه تکثیر شده دقیقا دارای 561 جفت باز و غنی از AT (4/66 درصد) است. همردیفی توالی های 16S rRNA گونه از هر دو ناحیه بوشهر و بندرعباس و همچنین زیرگونه از هر دو ناحیه بوشهر و بندرعباس نشان داد که توالی های 16S rRNA در گونه از هر دو ناحیه بوشهر و بندرعباس دقیقا با هم مطابقت دارند. نتیجه فوق برای توالی های 16S rRNA زیر گونه از هر دو ناحیه بوشهر و هرمزگان نیز مشاهده شد. نتیجه هم ردیفی توالی توافقی 16S rRNA از گونه و زیر گونه مذکور نشان داد که 18 جانشینی بازی در این دو رخ داده و نسبت جانشینی ترانزیشن به ترانسورژن 906/3 محاسبه شد. فاصله ژنتیکی این دو نیز براساس Kimura 2- parameter با استفاده از نرم افزار MEGA 4.0.2، 3/3 درصد محاسبه شد. فاصله ژنتیکی قابل توجه میان P.(penaeus) semisulcatus و زیرگونه آن، مطالعه بیشتر با استفاده ازسایر نشانگرهای ژنومیک و میتوکندریایی را مورد تاکید قرار می دهد.

    کلیدواژگان: میگوی ببری سبز، P، (Penaeus) semisulcatus، (penaeus)semisilcatus persicus، خلیج فارس، rRNA 16S
  • رحمت الله کریمی زاده، محتشم محمدی، محسن شیخ ممو، وحید باوی، طهماسب حسین پور، حسن خانزاده، حسن قوجق، محمد آرمیون صفحات 33-48
    روش های مختلفی برای تعیین اثر متقابل ژنوتیپ × محیط وجود دارد که عبارتند از روش های پارامتری، ناپارامتری و چند متغیره. در این پژوهش تعداد 19 ژنوتیپ پیشرفته گندم دوروم انتخابی از آزمایش های پیشرفته مقایسه عملکرد سال زراعی 84-1383 به همراه رقم شاهد سیمره به مدت سه سال زراعی (1384 تا 1387) در مناطق گچساران، گنبد، کوهدشت، مغان و ایلام در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در چهار تکرار کشت شدند. در این تحقیق از چهار روش چندمتغیره تجزیه خوشه ایلین و باتلر و روش امی (AMMI) برای تجزیه اثرات متقابل ژنوتیپ × محیط استفاده شد. در روش های اول و سوم تجزیه خوشه ایژنوتیپ شماره 14 و در روش های دوم و چهارم ژنوتیپ شماره 12 در یک گروه جداگانه قرار گرفتند و با عملکرد بالاتر از میانگین کل به عنوان پایدارترین ژنوتیپ ها انتخاب شدند. در روش امی ژنوتیپ های شماره 14، 2 و 4 با دارا بودن کمترین مقادیر SIPC1 و همچنین میانگین عملکرد دانه بالاتر از میانگین کل به عنوان پایدارترین ژنوتیپ ها مشخص شدند. با توجه به نتایج بدست آمده ژنوتیپ های شماره 14 و 12 به ترتیب با میانگین عملکرد 3218 و 2970 کیلوگرم در هکتار به عنوان ژنوتیپ های امیدبخش معرفی انتخاب شدند. ژنوتیپ های 2، 9 و 13 هم می توانند به عنوان ‍والدین سازگار و برتر در طرح های تلاقی مورد استفاده قرار گیرند.
    کلیدواژگان: پایداری، تجزیه خوشه ای، روش امی، روش پارامتری و ناپارامتری، گندم دوروم
  • حسین محمدی، محمد مرادی شهربابک، مصطفی صادقی صفحات 49-57
    در این تحقیق از تعداد 8366، 6360، 4350، 2890 و 2430 رکورد مربوط به صفات وزن تولد، شیرگیری، شش ماهگی، نه ماهگی و یک سالگی گوسفندان زندی ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند زندی (ایستگاه خجیر)، که در فاصله سال های 1370 تا 1386 جمع آوری شده بود، استفاده گردید. وراثت پذیری مستقیم و مادری صفات با تجزیه تک صفتی با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده و برازش شش مدل حیوانی مختلف با افزودن و حذف آثار ژنتیکی افزایشی مادری و محیطی دائمی مادری، برآورد شدند. آزمون نسبت درستنمائی نشان داد که مدل دارای آثار ژنتیکی مستقیم و ژنتیکی افزایشی مادری، بدون در نظر گرفتن کوواریانس بین آنها برای وزن تولد، مدل دارای آثار ژنتیکی مستقیم و محیط دائمی مادری برای وزن از شیر گیری و وزن شش ماهگی و مدل دارای آثار ژنتیکی مستقیم برای وزن نه ماهگی و وزن یک سالگی مناسب بودند. همبستگی های ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی با تجزیه چند صفتی و با مدل مناسب برای هر صفت برآورد شدند. ارزش اصلاحی جهت محاسبه روند ژنتیکی هر صفت، با استفاده از بهترین مدل دام تک صفتی و چند صفتی برآورد گردید. روند فنوتیپی، ژنتیکی و محیطی به ترتیب از طریق تابعیت میانگین فنوتیپی بر سال، میانگین ارزش اصلاحی بر سال و تفاوت ارزش اصلاحی از ارزش فنوتیپی بر سال برآورد شدند. روند ژنتیکی مستقیم وزن تولد، شیرگیری، شش ماهگی، نه ماهگی و یک سالگی با استفاده از تجزیه تک صفتی و چند صفتی به ترتیب 7/0±1/2 و 1/1±9/3، 4/12±5/98 و 2/38±3/106، 2/21±6/89 و 4/33±5/95، 6/10±4/26 و 5/16±2/32، 4/13±5/41 و 2/18±8/49 گرم در سال برآورد شدند.
    کلیدواژگان: پارامترهای ژنتیکی، روند ژنتیکی، صفات رشد، گوسفند زندی
  • محمدرضا نظری، رضا معالی امیری، سیده ساناز رمضانپور صفحات 59-69
    دمای پایین یکی از عوامل محدود کننده ی رشد و پراکنش موجودات است. گیاهان در فرایند سازگاری به کمک تغییرات متابولیسم سلولی که در نتیجه تغییر بیان ژن ها حاصل می شود، نسبت به سرما پاسخ می دهند. در این پژوهش، میزان کمی رونوشت ژن سوکروز سینتاز به عنوان آنزیم مهم در پاسخ به تنش های غیر زنده و سوخت وساز سلول، در کنار میزان نشت الکترولیتی به عنوان شاخص خسارت غشای سلولی، در سه دمای 10، 23 و 10- درجه سانتی گراد و زمان های مختلف، در دو نوع نخود کابلی و دسی ارزیابی گردید. نتایج حاکی از تفاوت معنی دار بیان این ژن در زمان های قرارگیری نمونه ها در 10 درجه سانتی گراد بود. همچنین انتقال گیاهچه ها به دمای 10- درجه سانتی گراد، پس از 24 ساعت سازگاری، تفاوت در پاسخ ژن و میزان خسارت غشایی در دو نوع ژنوتیپ را نشان داد. به طور کلی افزایش بیان ژن سوکروز سینتاز در دمای سازگاری که در بیشتر موارد با خسارت کمتر غشاء همراه بود و کاهش بیان آن در دمای انجماد، اهمیت سوکروز سینتاز را به عنوان یکی از ژن های موثر در فرایند سازگاری نمایان می سازد. بنابراین در دو ژنوتیپ نخود، وجود ارتباط بیان بیشتر ژن مذکور با خسارت کمتر غشاء محتمل است. این آزمایش، علاوه بر آشکار نمودن تفاوت در پاسخ ژنوتیپ های جم و 4322 در شرایط تنش، مدت زمان سازگاری را به عنوان عامل کلیدی در پاسخ این گیاهان مشخص کرد. همچنین تحت تنش سرما پاسخ پایدارتر و خسارت کمتر در ژنوتیپ جم نسبت به ژنوتیپ 4322 در سطح گلخانه ای مشاهده شد.
    کلیدواژگان: بیان کمی ژن، تنش سرما، سازگاری، سوکروز سینتاز، شاخص نشت الکترولیتی
  • یحیی محمدی، صابر قنبری، حسن درمانی کوهی، مرتضی ستایی مختاری، علی اسماعیلی زاده کشکوییه صفحات 71-82
    هدف از این تحقیق مطالعه همبستگی برآوردهای تشابه ژنتیکی بر اساس داده های شجره ای و مولکولی بود. بدین منظور از تعداد 95 راس گوسفند افشاری دارای شجره کامل نمونه گیری و برای 18 جایگاه میکروساتلایت ریز ماهواره تعیین ژنوتیپ انجام گرفت که در مجموع 102 آلل با میانگین 6 به ازای هر جایگاه مشاهده شد. جایگاه های OarJMP58 و MCMA2 با 9 آلل بیشترین و جایگاه های CSSM18،OarAE64 و BM8125 با 4 آلل کمترین چند شکلی را نشان دادند. میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای 17 جایگاه چند شکل معادل 72/0 برآورد گردید. میانگین ضریب هم نسبی مولکولی (fM) بر مبنای داده های ژنوتیپی برای تمامی جفت های متناظر (جفت فرد) معادل 36/0 برآورد شد. میانگین ضریب خویشاوندی افزایشی (a) به عنوان معیاری از تشابه ژنتیکی بر مبنای اطلاعات شجره ای معادل 032/0 برآورد گردید. این ضرایب در قالب ماتریس های متقارن برای رسم دندروگرام تشابه ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفتند. آنالیز همبستگی برای دو نوع اندازه گیری از تشابه ژنتیکی معادل 22/0محاسبه شد. نتایج این تحقیق نشان می دهد که برآوردهای ساده تشابه ژنتیکی افراد که تنها بر اساس شراکت آللی بر مبنای تعداد محدودی جایگاه بدست آمده است، نمی تواند مبنای دقیقی برای بیان روابط و مبنای تصیمیم گیری های اصلاحی در گله قرار گیرد. این نتیجه ادامه استفاده از داده های شجره ای را به عنوان مبنای اصلی برآوردها پیشنهاد می نماید.
    کلیدواژگان: تشابه ژنتیکی، گوسفند افشاری، نشانگر ریز ماهوار
  • یوسف ارشد، مهدی زهراوی صفحات 83-95
    در این تحقیق 511 نمونه ژنتیکی متعلق به 19 کشور از کلکسیون گندم نان بانک ژن گیاهی ملی ایران در قالب یک طرح مشاهده ای مورد ارزیابی قرار گرفتند. صفات طول سنبله، تراکم سنبله، ریشک دار بودن سنبله، رنگ گلوم، کرک دار بودن گلوم، زمان گلدهی، وزن صد دانه، ارتفاع بوته، قطر ساقه، تعداد سنبلچه در سنبله، تعداد گلچه درسنبلچه، تعداد دانه در سنبله، تعداد گره در ساقه، زمان رسیدن کامل، طول دوره پر شدن دانه، زمان سنبله دهی، زمان سنبله دهی تا رسیدن کامل و وزن دانه در سنبله ارزیابی شد. نتایج بررسی ضریب تغییرات صفات نشان داد که برای استفاده از منابع ژنتیکی مورد بررسی در این تحقیق در برنامه های اصلاحی بهتر است از تنوع موجود در عملکرد دانه و اجزاء آن استفاده شود تا صفات فنولوژیکی. بالاترین همبستگی مثبت بین صفات وزن دانه پنج سنبله و تعداد دانه در سنبله و بالاترین همبستگی منفی بین صفات زمان گلدهی و طول دوره پرشدن دانه مشاهده شد. در تجزیه رگرسیون به روش گام به گام برای وزن دانه پنج سنبله به عنوان متغیر وابسته، 6 صفت تعداد دانه در سنبله، وزن صد دانه، تعداد سنبلچه در سنبله، زمان رسیدن کامل، تعداد گلچه در سنبلچه و طول سنبله وارد مدل شدند. نتایج تجزیه علیت نشان داد، صفت تعداد دانه در سنبله دارای بزرگترین اثر مستقیم مثبت روی وزن دانه پنج سنبله است. در تجزیه به مولفه های اصلی براساس منشاء نمونه های ژنتیکی 5 مولفه اصلی اول 65/81 درصد از تغییرات کل داده ها را توجیه می کردند. براساس فواصل اقلیدسی مبتنی بر مولفه های اصلی، کمترین شباهت بین نمونه های چین و ارگوئه و بیشترین شباهت بین نمونه های آمریکا و آلمان شرقی (سابق) وجود داشت. با انجام تجزیه خوشه ای، منشاء نمونه های ژنتیکی در چهار گروه اصلی متمایز شدند. نتایج تجزیه واریانس چند متغیره براساس تمام صفات کمی ارزیابی شده، وجود اختلاف معنی دار بین چهار گروه را تایید نمود.
    کلیدواژگان: تجزیه رگرسیون، تنوع ژنتیکی، ژرم پلاسم، ضریب تغییرات، گندم
  • فرزانه فاضلی، کیانوش چقامیرزا صفحات 97-104
    شناخت تنوع ژنتیکی و طبقه بندی ذخایر توارثی (ژرم پلاسم) از فعالیت های مهم و ضروری در به نژادی و مدیریت حفظ ذخایر ژنتیکی گیاهان می باشد. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی در 99 توده بومی ایران و پنج رقم نخود زراعی تکثیر مکان های ژنی با استفاده از 21 آغازگر ISSR انجام شد. از تعداد 361 قطعه ای که در کل توده ها و ارقام تولید شدند 257 قطعه چند شکل بودند. تعداد باندهای چندشکل از 6 تا 22 به ازاء هر آغازگر متفاوت بودند و اطلاع بخش ترین مکان ژنی مربوط به آغازگر UBC864 بود. مقادیر PIC بین 15/0 تا 6/0 و شاخص نشانگر بین 43/6 تا 31/60 در هر آغازگر در نوسان بودند. ماتریس تشابه داده ها مشخص کرد که توده های شماره 93 و 94 دارای بیشترین تشابه به میزان 97 درصد، در حالی که کمترین میزان تشابه مربوط به توده های شماره 10 و 66 به میزان 54 درصد بود. تجزیه خوشه ایبه روش UPGMA و با استفاده از ضریب تشابه Jaccard 104 توده و رقم را در پانزده گروه مجزا گروه بندی کرد. زیر گروه های درون خوشه های اصلی با مقادیر بالای بوت استراپ تایید شدند. نتایج حاصل نشان داد که نشانگر ISSR یک سیستم نشانگری قابل اطمینان برای آشکارسازی سطح بالایی از چندشکلی است و از این رو می تواند بعنوان ابزار مفیدی برای بررسی تنوع ژنتیکی نمونه های گیاهی، راهنمایی در مطالعات اصلاحی آینده و مدیریت ژرم پلاسم نخود مورد استفاده قرار گیرد.
    کلیدواژگان: بوت استراپ، تنوع ژنتیکی، چندشکلی، نخود، نشانگر ملکولی ISSR
  • رضا حیدری جاپلقی، رحیم حداد *، قاسمعلی گروسی، سعید نواب پور صفحات 105-120

    تیوردوکسین ها (Trxs)، دی سولفید ردوکتازهای کوچک و فراوانی هستند که در تمام موجودات زنده از پروکاریوت ها تا یوکاریوت های عالی یافت شده و در تنظیم ردوکس سلولی دخالت دارند. در مقایسه با سایر موجودات زنده، گیاهان دارای 6 نوع تیوردوکسین مختلف f، h، m، o، x و y می باشند که تنها تیوردوکسین نوع h با اشکال متعدد، بطور وسیع مورد مطالعه قرار گرفته و در فرآیندهای مختلفی از جمله محافظت سلولی در برابر تنش اکسیداتیو ایفای نقش می نماید. همسانه سازی ژن تیوردوکسین نوع h از بافت حبه انگور عسکری (Vitis vinifera L. cv. Askari) با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره ای پلی مراز نسخه برداری معکوس (RT-PCR) انجام شده و ویژگی های فیزیکوشیمیایی، ساختاری و فیلوژنتیکی آن مورد بررسی قرار گرفت. توالی نوکلئوتیدی چارچوب بازخوانی این ژن، تحت عنوان VvTrx h4، به طول bp345 بوده و یک پروتئین با 114 اسیدآمینه را رمز نموده و دارای جایگاه فعال معمول WCGPC می باشد. وزن مولکولی تخمین زده شده و نقطه آیزوالکتریک پیش بینی شده این پروتئین به ترتیب برابر 76/12 کیلودالتون و 22/5 بوده و پیش بینی ساختار سه بعدی آن با استفاده از ساختار کریستالی ژن AtTrx h1 از آرابیدوپسیس نشان داد که این پروتئین با سایر تیوردوکسین های بررسی شده مطابقت داشته و با داشتن 5 صفحه β و 4 مارپیچ α، ساختار سه بعدی از نوع Thioredoxin Fold را نشان می دهد. توالی پروتئینی بدست آمده شباهت زیادی را با تیوردوکسین های نوع h سایر گیاهان، از قبیل صنوبر (89 درصد تشابه با تیوردوکسین Pth3) و رقم Shiranuhi از جنس مرکبات (86 درصد مشابه با تیوردوکسین Csh) نشان داده و بررسی های فیلوژنتیکی با استفاده از ژن های تیوردوکسین از گیاهان دیگر نشان داد که ژن VvTrx h4، تیوردوکسین نوع h بوده و متعلق به زیرکلاس IA از زیرگروه I می باشد.

    کلیدواژگان: انگور، تیوردوکسین نوع h، جداسازی، ساختار سه بعدی، همسانه سازی
|
  • Ghasemi S., Ghaedi K., Nasr Esfahani M. H, Esmaeili A Pages 5-12

    Peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) are nuclear hormone receptors comprising three different isotypes termed β/δ،α and γ. They act at the transcriptional level. PPARγ is expressed primarily in adipose tissue primarily in adipose tissue and is considered as an adipogenic factor which regulates the expression of genes associated with lipid metabolism. The ligandactivated nuclear receptor peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ) has been shown to regulate cell activation, differentiation, proliferation, and/or apoptosis. Alternative promoter regions within the PPARγ gene are responsible for the formation of three PPARγ isoforms. Occurrence of (Pro12Ala) polymorphism was found to be significantly associated with a change in lipid profile in obese carrier individuals. PPARγ is the target of the insulin sensitizing thiazplidinediones (TZDs), a class of currently used drugs in the treatment of type2 diabetes mellitus. PPARγ plays a major role in tissue differentiation. The repressive effects of PPARγ on tumor carcinoma cell lines have opened new hopes for therapeutic applications of this factor to inhibit the progress of cancer

  • Nikfetrat A., Taherian M., Ghanbari A., Bihamta M. R, Razavi A. R Pages 13-21
    to study the inheritance of stripe rust resistance and to estimate the genetic components of resistance in wheat, F1, F2, BC1 and BC2 generations derived from crosses between two resistant cultivars and one susceptible cultivar (Bolani) along with parental lines were evaluated in a randomized complete block design (RCBD) with three replications in greenhouse. The plant materials were inoculated with pathotype 4E0A+ of stripe rust. In all plants, resistance components including latent period and infection type were recorded after appearance of pustules on leaves. Generation mean analysis revealed that additive, dominance and epistasis play major roles in increasing and decreasing of latent period and infection type, respectively. In spite of significant additive effect, dominance effect was more important in controlling these two characteristics. Broad sense heritability and narrow sense heritability estimates for latent period was 0.33 and 0.28 and for infection type was 0.42 and 0.39 respectively
  • Rahnama R., Hosseini S. J, Qasemi S. A, Yavari V., Zolgharnin H., Metinfar A Pages 23-31

    the green tiger shrimp, P. (penaeus) semisulcatus is the most important species of the Penaeidfamily in Persian Gulf. Based on morphological characters, the new subspecies P.semisulcatus persicus is recognized. In the present study, the mitochondrial 16S rRNA is used for the molecular comparison of P. semisulcatus and P.semisulcatus persicus. Ten samples of the species (five from the coast of Boushehr and five from Bandarabbas) and ten samples of the subspecies (five from the coast of Boushehr and five from Bandarabbas) were collected and utilized for this purpose. Fragments of the 16S rRNA gene were amplified and sequenced, using the 16sar and 16sbr universal primers. The sequences were aligned using ClustalW. Results showed that the amplified fragments are 561bp and A-T rich (66.4%). The sequences alignments indicated that the mitochondrial 16S rRNA of Penaeus semisulcatus collected from Boushehr and Bandarabbas are identical. Results of the present study also indicated that the mitochondrial 16S rRNA of P.semisulcatus persicus collected from Boushehr and Bandarabbas are the same. The mitochondrial 16S rRNA alignments of species and subspecies reveal that 18 nucleotide substitutions are occurred and transition to transversion ratio was 3.906. Based on Kimura 2-parameter and using MEGA 4.0.2 software, the calculated genetic distance between P. semisulcatus and its subspecies was 3.3%. The notable genetic distance between P. semisulcatus emphasizes the need for further study on this issue, employing other genetic genomic and mitochondrial markers..

  • Karimizadeh R., Mohammadi M., Sheikh Mamo M., Bavi V., Hoseinpour T., Khanzadeh H., Ghojogh H., Armion M Pages 33-48
    Different methods for determining the effect of genotype × environment interaction, there are parametric, nonparametric and multivariate methods. Nineteen selective advanced genotypes of durum wheat from 2004-2005 advanced yield trial by cv. Saimareh with the control variety for three agronomic years (2005-2008) in five locations (i.e: Gachsaran, Gonbad, Koohdasht, Moghan and Ilam) planted by using randomized complete block design with 4 replicates. In this study, four multivariate cluster analysis methods of Lin and Butler and AMMI method for analyzing of Genotype × environment interactions were used. In methods one and three of cluster analysis genotype 14, in methods two and four of cluster analysis genotype 12 were placed in individual group and these genotypes were selected as most stable genotypes with higher yield than total mean yield. The genotypes of 2, 4 and 14 have lowest SIPC1 in AMMI method and higher average grain yield than total mean yield determined for most stable genotypes. By attention to the result, genotypes 12 and 14 with average yield of 3218 and 2970 kg/ha respectively selected as promising genotypes for introduce cultivar. Also genotypes 2, 9 and 13 can use for excel and adaptable parents in crossing block projects.
  • Mohammadi H., Moradi Shahrbabak M., Sadeghi M Pages 49-57
    In this study, the numbers 8366, 6360, 4350, 2890 and 2430 records related to birth weight, weaning weight, 6-month weight, 9-month weight and yearling weight Zandi sheep breeding sheep station Zandi (Khojir Station), the distance between 1991 to 2007 collection was gathered, were used. Direct heritability and maternal traits with analysis using single-trait restricted maximum likelihood, and fitting six different animal models with the addition and removal maternal additive genetic effects and maternal permanent environmental, were estimated. Than the likelihood ratio test showed that the model with direct genetic effects and maternal additive genetic, regardless of birth weight for the covariance between them, the model with direct genetic effects and permanent environmental maternal for weaning weight and weight six months and models with direct genetic for nine months weight and yearling weight were appropriate. Genetic correlation, phenotypic and environmental multivariate analysis and appropriate model for each trait were estimated. Estimated breeding value genetic trend for each trait, using the best single-trait and multivariate animal model estimated. Genetic trends were estimated by regressing the mean of breeding values on year. Direct genetic trend Birth weight, weaning, 6-months, 9- months and yearling of with analysis of univariate and multivariate were estimated 2.1±0. and 3.9±1.1, 98.5±1.40 and 106.28±38.2, 89.63±21.2 and 95.47±33.4, 26.35±10.6 and 32.22 ±1. , 41.53±13.4 and 49.83± 18.20 gr per year, respectively.
  • Nazari M. R, Maali Amiri R., Ramezanpour S. S Pages 59-69
    Low temperature is one of the factors that limits the growth and geographical distribution of crops. Plants response to low temperature by changing cell metabolisms which in turn are resulted from changes in gene expression pattern during the acclimation process. In this study quantification of Sucrose Synthase (Su Sy) gene expression, as an important enzyme in response to abiotic stresses and cell metabolisms, along with Electrolyte Leakage Index (ELI) as a membrane damage index were examined in two cultivars of chickpea plants for different time treatments in three temperature conditions 10, 23 and -10°C. Results indicated that there were significant differences in Su Sy expression between time treatments under 10°C condition. Also data showed that there was difference between two genotypes in gene expression and ELI after acclimation for 24 hours following exposure to -10°C. Increase in Su Sy expression under acclimation which most of the times was parallel with decrease in ELI, and also decrease in expression of foregoing gene under freezing temperature indicate the importance of Su Sy as an effective gene for cold acclimation. So, it may be extrapolated that there is a negative correlation between Su Sy transcription level and ELI. This study illustrate that these two genotypes (Jam and 4322) response differently to cold stress, and acclimation period can be considered as a key factor in plant responses, as well. Also in this work more stable response and less damage of Jam genotype than that of 4322 genotype was observed under cold stress and greenhouse condition.
  • Mohammadi Y., Ghanbari S., Darmani Koohi H., Sataei Mokhtari M., Esmaeilizadeh Kashkooeiyeh A Pages 71-82
    Acomprehensive knowledge of the amount of genetic diversity in a breeding flock would allow better management and could improve the effectiveness of breeding program. The objectives of the present study were to estimate the level of genetic similarity in a breeding flock of Afshari sheep and to compare the performance of pedigree and DNA marker based methods for estimating pairwise genetic similarities. Genetic relationships among 95 animals were estimated using both microsatellite markers and pedigree based data. A total of 102 polymorphic bands were obtained with 18 microsatellite primer pairs. Pedigree-based estimates of parent-offspring relationships and genotypic banding pattern were used to construct relatedness (a) and molecular coancestry (fM) matrices, respectively. The pedigree-based similarity (mean =0.032, range=0.00–0.75) was lower than the similarity assessed using microsatellite markers (mean= 0.36, range= 0.10–0.83). Similarity estimates were used to construct dendrograms by using the Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Averages (UPGMA). The degree of relationship between the similarity matrices based on marker and pedigree data was measured by the normalized Mantel test. Even though there was a large difference between the means of the two similarity measures, a low positive correlation (r=0.22, p 0.01) was detected between the two similarity matrices. The observed low correlation between molecular vs.,the pedigree based expected genetic similarities suggests that simple estimates of proportion of shared alleles using low density markers may not reflect the true proportions and it is preferable to use pedigree information whenever available.
  • Arshad Y., Zahravi M Pages 83-95
    In this research, 511 accessions of wheat collection of National Plant Gene Bank of Iran belonging to 19 different countries were investigated. Coefficient of variation indicated the usefulness of diversity in grain yield and its components, rather than phenologic traits, to be utilized in breedingprograms. The largest positive coefficient of correlation and was observed between grain yield of 5 spikes (as a trait) and number of seeds per spike and the largest negative coefficient of correlation was observed between flowering time and seed filling period. Multiple linear stepwise regression was performed by grain yield of 5 spikes as the dependent variable and six traits of number of seeds per spike, 100-grains weight, number of spikelets per spike, maturity time, number of florlet per spikelet and spike length entered the model. Results of path analysis indicated that number of seeds per spike had the largest positive effect on grain yield of 5 spikes. Five principal components comprised 81.65% of the total variation In data in principal component analysis based on origin of accessions. Accession of china and Uruguay had the lowest and of USA and former East Germany had the largest similarity based on Euclidean distance. Results of cluster analysis discriminated the origins of accessions in 4 groups. Multivariate analysis based on all quantitative confirmed the significant difference among four mentioned groups.
  • Fazeli F., Cheghamirza K Pages 97-104
    Genetic characterization and classification of germplasm yield important information that are quite helpful for crop breeding as well as conservation of genetic resources. The genetic relationship between the accessions and varieties of chickpea was assessed using 21 ISSR primers. Out of 361 bands, 257 showed polymorphism. Nnumber of polymorphic bands ranged from 6 to 22 per primer and the most informative loci was UBC864. Polymorphic information content (PIC value) ranged from 0.15 to 0.60 and marker index (MI) ranged from 6.43 to 60.31 per primer. A maximum genetic similarity value of 0.97 was observed between accessions 93 and 94 and a minimum similarity value of 0.54 was observed between accessions 10 and 66. Clustering analysis using UPGMA algorithm based on Jacquard's similarity coefficient, classified the chickpea accessions and cultivars into 15 major groups and the subgroups were strongly supported by high bootstrap value. Our results proved that ISSR markers to be as a reliable marker system with regards to detection of a high level of polymorphism and it can be used to guide future breeding studies and management of chickpea germplasm.
  • Heidari Japelaghi R., Haddad R., Garousi Gh, Navabpour S Pages 105-120

    thioredoxins (Trxs) are small ubiquitous disulfide reductases that are present in all organisms from prokaryotes to higher eukaryotes and involve in the cell redox regulation. In contrast to other organisms, plants contain six different Trx types: f, m, x, y, o and h that only h type Trx has been the most extensively studied and consists of multiple forms that involved in different processes including cellular protection against oxidative stress. Cloning of a h-type thioredoxin gene was performed from grape (Vitis vinifera L. cv. Askari) berry tissue by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) technique, and then its physico-chemical, structural and phylogenetic characteristics was analyzed. The nucleotide sequence of open reading frame, called VvTrx h4, was revealed a 345 bp long with a deduced amino acid of 114 residues, possessing a WCGPC active site. The estimated molecular mass and the predicted isoelectric point of the deduced polypeptide were 12.76 kDa and 5.22 respectively. Prediction of three-dimensional structure of VvTrx h4 using the crystal structure of AtTrx h1 from Arabidopsis was consistent with these predictions and with five β-sheets and four α helixes, contains the thioredoxin fold. The deduced protein sequence was shown a high similarity to thioredoxins h isolated from plants, e.g. Populus trichocarpa (89% similar with Pth3) and Citrus cv. Shiranuhi 86% similar with Csh). Phylogenetic studies using of thioredoxin from other plants was indicated that VvTrx h4 gene is a thioredoxin h, belonging to the subclass IA from subgroup I.