فهرست مطالب

زیست فناوری میکروبی - پیاپی 12 (بهار 1391)
  • پیاپی 12 (بهار 1391)
  • تاریخ انتشار: 1391/02/02
  • تعداد عناوین: 8
|
  • سحر پاست، علی ناظمی، محمدرضا خاتمی نژاد، میر ساعد میری نرگسی، ساناز موسوی، آرزو صالحی صفحه 1
    زمینه و هدف
    سلولز پلی ساکاریدی است که به عنوان بهترین ذخیره کربوهیدرات برای تولید انرژی بیولوژیک به شمار می رود. سلولازهای باکتریایی و قارچی نقش مهمی در هیدرولیز سلولز بازی می نمایند. اندوگلوکونازها پیوندهای بتا گلیکوزیدی (4-1) را در سلولز هیدرولیز می نمایند. هدف از این مطالعه جدا سازی و شناسایی سویه های جدید از جنس باسیلوس با قابلیت تولید آنزیم سلولاز از خاک بوده است.
    روش بررسی
    در این تحقیق از خاک 35 ناحیه جنگلی مختلف از غرب مازندران نمونه گیری انجام گردید و تعداد 40 باکتری از خاک این مناطق جدا گردید و از این تعداد 24 باکتری با قابلیت تولید سلولاز در محیط کربوکسی متیل سلولز (CMC agar) و با استفاده از آزمایش Grams iodine جداسازی شدند. بهینه سازی دمایی و زمانی روی سویه های مثبت انجام گرفت. سپس گونه های باکتریایی از طریق S rDNA sequencing 16شناسایی گردیدند. وزن مولکولی تقریبی آنزیم بوسیله رسوب دهی پروتئین و SDS-PAGE تعیین گردید.
    یافته ها
    در مجموع این باکتری ها به 5 سویه از 5 گونه Bacillus Cereus، Bacillus Subtilis، ،Bacillus Thuringiensis megaterium Bacillus و Bacillus mycoides تعلق داشتند. تمامی این 5 گونه شناسایی شده بیشترین مقدار آنزیم را در دمای 37 درجه سانتی گراد و در مدت 96 ساعت تولید می کردند. بیشترین تولید آنزیم متعلق به سویه Bacillus Subtilis جدا شده با u/ml 3.8بوده و همچنین وزن ملکولی این سویه تقریبا 60 کیلو دالتون تعیین گردید.
    نتیجه گیری
    مطالعات انجام شده پتانسیل بالای سویه های باسیلوس نواحی جنگلی شمال کشور در تولید آنزیم سلولاز را نشان می دهد بطوریکه می توان از این باکتری ها مستقیما در تولید شربت گلوکز از فیبرهای گیاهی کم ارزش و استفاده در سایر صنایع بهره گرفت.
    کلیدواژگان: شناسایی ملکولی، باسیلوس، سلولازها
  • عاطفه کریمی دستجرد، مریم تاج آبادی ابراهیمی، انوشه شریفان، هوشنگ نیکوپور، مریم هاشمی صفحه 7
    زمینه و هدف
    آفلاتوکسین ها از مهمترین مایکوتوکسین های قارچی با خواص سرطان زائی می باشد. آفلاتوکسین M1 از راه شیر و لبنیات می تواند به انسان منتقل شود. امروزه استفاده از روش های بیولوژیکی در حذف و کاهش سموم قارچی مورد توجه بسیاری قرار گرفته است. یکی از این روش ها اتصال باکتری های اسید لاکتیک به آفلاتوکسین و مهار عملکرد توکسین می باشد.
    روش بررسی
    10 سویه لاکتوباسیل ایزوله شده از ماست های محلی به منظور بررسی توانایی کاهش آفلاتوکسین با غلظت ng/ml 20 در محیط بافر فسفات بعد از مدت h 2 گرمخانه گذاری مورد آزمون HPLC قرار گرفتند. بعد از انتخاب بهترین سویه با بیشترین میزان کاهش، در زمان های 0، 4 و h 24 میزان کاهش آفلاتوکسین با روش HPLC بررسی گردید. همچنین به منظور بررسی توانایی کاهش آفلاتوکسین توسط سلول های مرده باکتری در زمان های مختلف، تیمار حرارتی بر روی سلول ها انجام شده و در زمان های 0، 4 و h 24 مورد آزمون قرار گرفتند.
    یافته ها
    دامنه کاهش آفلاتوکسین توسط لاکتوباسیلوس ها بین %65/47 - %26/51 می باشد. تفاوت بین زمان های مختلف برای سلول های زنده معنی دار بوده و دامنه ی کاهش بین %9/49-%76/60 بوده است. میزان کاهش آفلاتوکسین در زمان های مختلف توسط سلول های مرده %65/57-6/51 بوده است.
    نتیجه گیری
    لاکتوباسیلوس های بومی ایرانی پتانسیل خوبی در کاهش آفلاتوکسین دارند. عامل زمان در کاهش آفلاتوکسین توسط سلول های زنده باکتری تاثیرگذار می باشد ولی در کاهش آفلاتوکسین توسط سلول های مرده بی تاثیر بوده است.
    کلیدواژگان: آفلاتوکسین M1، HPLC، توانایی باند شدن، لاکتوباسیلوس های لبنی بومی
  • مسعود ملازاده، حامد ملاعباس زاده‎، نادر محمدزاده قشلاقی صفحه 13
    زمینه و هدف
    زمینه و هدف
    عفونت ها و اختلالات ادراری از شایع ترین بیماری ها و مشکلات دستگاه ادراری، تناسلی است که شیوع آن در زنان به مراتب بیشتر از مردان می باشد. این تحقیق با هدف بررسی میزان حساسیت و مقاومت سویه های اشریشیاکلی جدا شده از زنان باردار مراجعه کننده به آزمایشگاه تشخیص طبی در شهر خوی و شهر سلماس استان آذربایجان غربی انجام شد.
    روش بررسی
    این مطالعه به صورت مقطعی در سال 1389 از بین 1900 نمونه (1100 نمونه در خوی و 800 نمونه در سلماس) انجام گرفت و نمونه ها به صورت استریل تهیه و از لحاظ آزمایشات کامل ادرار، کشت و مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی حساسیت میکروبی با روش استاندارد دیسک دیفیوژن انجام و نتایج بدست آمده مورد تجزیه و تحلیل واقع شدند.
    یافته ها
    430 سویه اشریشیاکلی از خوی و 317 سویه اشریشیاکلی از سلماس شناسایی شد. بیشترین میزان مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک آمپی سیلین (93/80 درصد) در خوی و در سلماس (06/87 درصد) و کمترین میزان مقاومت نسبت به سفتی زوکسیم (98/6 درصد) در خوی و نیتروفورانتوئین (84/2 درصد) در سلماس گزارش شد.
    نتیجه گیری
    با توجه به افزایش شیوع مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک ها تشخیص سریع و به موقع سویه های مقاوم به منظور انتخاب گزینه های درمانی مناسب و جلوگیری از گسترش مقاومت امری ضروری به نظر می رسد، همچنین با رعایت نکات بهداشتی در بانوان باردار می توان از خطر عفونت کلیه ها و تولد کودکان نارس جلوگیری کرد.
    کلیدواژگان: عفونت های ادراری، بانوان، آنتی بیوتیک، اشریشیاکلی
  • طاهره اسماعیلی، زرین دخت امامی، علی محمد احدی، کهین شاهانی پور، مهسا شفیقی صفحه 21
    زمینه و هدف
    زیتون از با ارزش ترین گیاهان ایران است. تخمیر طبیعی زیتون و عمل تلخی زدایی توسط باکتری های اسید لاکتیک بخصوص لاکتوباسیلوس ها و در راس آن Lactobacillus plantarum انجام می گیرد که نوعی پروبیوتیک محسوب می شود. هدف از این تحقیق شناسایی بیوشیمیایی و مولکولی لاکتوباسیلوس پلانتاروم در بین انواع باکتری های اسید لاکتیک جدا شده از زیتون بومی ایران بود.
    روش بررسی
    28 سویه باکتری های اسید لاکتیک جدا شده از ارقام مختلف زیتون ایران و نیز باکتری استاندارد Lactobacillus plantarum بر روی محیط MRS کشت داده شدند، تست های بیوشیمیایی از جمله تست تخمیر قندها بر روی آن ها انجام گرفت. DNAباکتری ها با روش فنل-کلروفرم استخراج گردید. واکنش زنجیره ای پلی مراز، با پرایمرهای طراحی شده برای سکانسITS +16SrDNA، به روش Touch-Up PCR انجام گرفت. برای بررسی دقیق تر سویه ها، از تکنیک RFLP استفاده شد و تاثیر آنزیم های TaqI و HaeIII بر روی محصولات PCR مورد بررسی قرار گرفت.
    یافته ها
    از 28 سویه، 5 سویه با پرایمر های اختصاصی لاکتوباسیلوس پلانتاروم، باند اختصاصی تشکیل دادند. یکی از محصولات PCR پس از ترادف یابی، Lactobacillus plantarum تشخیص داده شد. در نتایج RFLP به دست آمده در سطح دو آنزیم TaqI و HaeIII تفاوتی بین سویه ها مشاهده نشد اما الگوی تخمیر قندها در یکی از سویه ها کمی متفاوت بود.
    نتیجه گیری
    لاکتوباسیلوس پلانتاروم که از سویه های پروبیوتیک است، قابل جداسازی از زیتون ایران می باشد. با توجه به حضور طبیعی این باکتری، با تقویت و افزایش تعداد آن در طی مراحل تلخی زدایی و تخمیر می توان ارزش پروبیوتیکی زیتون را افزایش داد.
    کلیدواژگان: plantarum، زیتون، PCR، RFLP
  • اکرم سادات طباطبایی پناه، زهره خدایی، سید محمدحسین قادریان، رضا اکبرزاده نجار صفحه 29
    زمینه و هدف
    باکتری هلیکوباکتر پیلوری یکی از شایع ترین عفونت های گوارشی در جهان به شمار می رود که می تواند باعث موارد پاتولوژیکی متفاوت، افزایش استرس اکسیداتیو و در نتیجه پاسخ های التهابی در مخاط معده شود. تشخیص بیماریزایی H.pylori به دلیل تخمین خطر علائم بالینی اهمیت زیادی دارد. هدف از این مطالعه، بررسی شیوع ژن cagA متعلق به هلیکو باکتر پیلوری و اندازه گیری سطوح سرمی 8-هیدروکسی-2- دئوکسی گوانوزین (8-OHdG) به عنوان یک مارکر حساس برای آسیب DNA اکسیداتیو در عفونت H.pylori با علائم بالینی متفاوت بود.
    روش بررسی
    از وسترن بلاتینگ برای ردیابی IgG های ضد پروتئین CagA، واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) برای تعیین حضور ژن cagA متعلق به هلیکو باکتر پیلوری و آزمون آسیب DNA اکسیداتیو با استفاده از سطوح سرمی 8-OHdG استفاده گردید.
    یافته ها
    زمانیکه هر دو تست اوره آز و کشت باکتریایی به ترتیب نتایج مثبت و منفی داشتند، نمونه ها به عنوان H.pylori مثبت ثبت گردیدند. H.pylori و cagA مثبت در تمام نتایج بالینی غالب بودند. ارتباط معنی داری بین شیوع آنتی بادی ضد آنتی ژن CagA یا ژن cagA و نتایج بالینی وجود نداشت. سطوح سرمی 8-OHdG در بیماران H.pylori مثبت در مقایسه با افراد H.pylori منفی بالاتر بود.
    نتیجه گیری
    در این مطالعه سویه های cagA مثبت غالب بوده، هرچند ارتباطی بین cagA با علائم بالینی و با پیشرفت PUD دیده نشد. بعلاوه، آزمایش های سرولوژیکی مانند وسترن بلاتینگ در تشخیص افراد آلوده شده با سویه های H.pylori در PUD و NUD مفید است. آلودگی H.pylori ممکن است با افزایش استرس اکسیداتیو و افزایش 8-OHdG سرمی در ارتباط باشد.
  • میترا صالحی، مرضیه ع، نم نم، نادر مصوری صفحه 35
    زمینه و هدف
    بیشترین گونه های سالمونلا که از افراد آلوده جدا گردیده سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس می باشد. هدف از این مطالعه جداسازی و شناسایی سالمونلا انتریتیدیس جدا شده از لاشه و مدفوع پرندگان مختلف با استفاده از روش مولتی پلکس PCR می باشد.
    روش بررسی
    نمونه های مورد مطالعه در این پژوهش، از لاشه یا مدفوع جوجه های 9 روزه موجود در مرغداری های شمال و غرب کشور و همچنین مدفوع یا لاشه پرندگان مختلف مانند عقاب طلایی،قو،غاز،فلامینگو موجود در چند مرکز نگهداری پرندگان در شهر تهران جمع آوری شدند. تفکیک اولیه ی ایزوله ها از طریق روش های میکروبیولوژی صورت گرفت. جهت شناسایی دقیق جنس و گونه، DNA ژنومی ایزوله ها و سویه ی استاندارد سالمونلا توسط پرایمر های اختصاصی به روش Multiplex-PCR مورد بررسی قرار گرفتند.
    یافته ها
    نتایج حاصل از شناسایی کلنی ها به روش متداول میکروبیولوژی نشان داد که 69/11% از کل پرندگان مورد بررسی، آلوده به باکتری سالمونلا می باشند. در مقایسه و بررسی نتایج حاصل از واکنش زنجیره ای پلیمراز در همه ی نمونه ها باند مربوط به جنس مشاهده شد در حالی که فقط در21/34% از آنها با اطمینان سالمونلا انتریتیدیس وجود داشت.
    نتیجه گیری
    بر اساس نتایج این تحقیق، روش MPCR به علت استفاده از پرایمر های اختصاصی جنس و گونه ی سالمونلا انتریتیدیس،در مقایسه با روش های باکتریولوژیک و PCR، برای تشخیص وتفکیک سالمونلا انتریتیدیس ازسایر گونه های سالمونلا و نیز سایر انتروباکتریاسه ها، دقیق تر، سریع تر و اختصاصی تر است. لذا استفاده روش مولکولیMPCR برای کنترل عفونت های سالمونلایی و جلوگیری از گسترش بیماری در بین تمام پرندگان کمک شایانی خواهد نمود.
    کلیدواژگان: پرندگان، ژنوم، ساالمونلوز، سالمونلا انتریتیدیس، مولتی پلکس PCR
  • الهام مسلمی، آسیه اکبریان، محمدحسن شاه حسینی، مریم قهری، فهیمه غلامی، سام مساحی، مونیکا علمی صفحه 43
    زمینه و هدف
    ویروس هرپس سیمپلکس که در انسان ایجاد عفونت می کند، عضوی از خانواده ی هرپس ویریده می باشد. روش های متنوعی برای تشخیص این ویروس وجود دارد اما برای ویروس ها روش هایی مثل کشت بسیار زمان بر است، در نتیجه روش های مولکولی از جمله PCR، تکنیک های مناسب تری هستند، اما بروز نتایج متفاوت در آزمایشگاه ها بدلیل استاندارد نبودن روش از معایب این تکنیک مولکولی قوی است. برای رفع این خطا در این تحقیق اقدام به طراحی اینترنال کنترل رقابتی IC به طریق PCR-Cloning گردید.
    روش بررسی
    در این مطالعه برای ساخت کنترل داخلی ویژه HSV ابتدا پرایمرهای ویژه PCR جهت تشخیص مولکولی بهینه شد. پرایمرهای مرکب (Composite Primer) برایIC-HSV نیز طراحی و سپس روش PCR برای IC-HSV بهینه گردید. IC-HSV تکثیر شده در پلاسمید pTZ57R الحاق شد و سپس درباکتری اشریشیا کلی JM107 ترانسفورم و کلون گردید. حساسیت و اختصاصیت تست مورد بررسی قرار گرفت.
    یافته ها
    اندازه محصول PCR HSV با پرایمرهای اختصاصی آن برابر با 454 جفت باز و محصول IC-HSV برابر با 662 جفت باز بود، که از نظر اندازه، اختلاف مطلوب را با هم دارند. تعداد حداقل IC در هر واکنش 1000 عدد تعیین شد. حساسیت تست PCR همراه با IC برای DNA ویروس هرپس سیمپلکس بین یک میلیون تا 100 پارتیکل ویروس مشخص گردید.
    نتیجه گیری
    در کنار سرعت و دقت بالای تکنیکPCR، نتایج منفی کاذب که به دلیل وجود مهارکنندگان واکنش PCR، رخ می دهند از مشکلات مهم این تکنیک هستند که می توانند کارایی این روش ها را کاهش دهند. استفاده از یک DNA دیگر به عنوان کنترل داخلی می تواند این خطاها را شناسایی کند. در واقع تکثیر این DNA حاکی از صحیح طی شدن تمامی مراحل تکثیر و شناسایی است.
    کلیدواژگان: ویروس هرپس سیمپلکس، PCR، اینترنال کنترل
  • زهرارجبی، ندا اکبری، جلال مردانه، محمد مهدی سلطان دلال صفحه 53
    زمینه و هدف
    عفونت ها از بزرگ ترین عوامل مرگ و میر در نوزادان به خصوص در کشور های در حال توسعه هستند.استفاده و تجویز نا مناسب آنتی بیوتیک ها می تواند در بروز مقاومت و گسترش عفونت نقش داشته باشد. لذا هدف ما در این مطالعه بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی میان ایزوله های جدا شده در نوزادان مبتلا به عفونت خون و ادرار بستری در بخش مراقبت ویژه (NICU) بیمارستان امام حسین شهر تهران می باشد.
    روش بررسی
    این مطالعه از نوع توصیفی طی7ماه بر روی 120نمونه های خون و ادرار از بخش NICU بیمارستان امام حسین انجام شد. پس از تلقیح نمونه های خون در محیط BHI و انکوباسیون 24 ساعته، بهمراه نمونه های ادرار جهت جداسازی باکتری ها برروی محیط های بلاد و مک کانکی اگار کشت و برای تایید گونه از روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی استفاده و تعیین الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی آنها به روش کربی بائر انجام گردید.
    یافته ها
    از 120 نوزاد با علائم بالینی مشکوک، 115 ایزوله (8/95%) را ارگانیسم های گرم منفی و 5 ایزوله (2/4%) را ارگانیسم گرم مثبت تشکیل دادند.کلبسیلا پنومونیه (1/39%) و انتروباکتر کلوآکه (8/21%) شایع ترین ارگانیسم های گرم منفی بودند. هر 5 ایزوله گرم مثبت را استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس تشکیل دادند.بیشترین حساسیت آنتی بیوتیکی در بین ارگانیسم های گرم منفی به سیپروفلوکساسین (91%) و در بین گرم مثبت ها به ونکومایسین(80%) مشاهده شد.
    نتیجه گیری
    نتایج بدست آمده نشان می دهد بیشترین آلودگی در بخش NICU ناشی از باسیل های گرم منفی بوده و سیپروفلوکساسین موثرترین آنتی بیوتیک جهت درمان می باشد.
    کلیدواژگان: NICU، عفونت خون، عفونت ادرار، ارگانیسم گرم منفی، بیمارستان امام حسین، آنتی بیوگرام
|
  • Past S., Nazemi A., Khatami Nejad Mr, Miri Nargesi , Mosavi S., Salehi A Page 1
    Background And Objective
    Cellulose is the best carbohydrate storage molecule for production of energy in biological systems. Bacterial and Fungal Cellulases play an important role in hydrolysis and use of cellulose. Endoglucanases hydrolyze glycosidic bonds in cellulose and convert it to glucose. The aim of this study was to isolate and identify new strains of the genus Bacillus from the forest soil, with the ability to produce cellulase.Methods of research: in this study was conducted from different 35 soils the forest located in the West of Mazandaran, Iran, and 40 bacterial isolates were collected of this located and Finally were isolated 24 bacterial by using Gram’s iodine test for their ability in production of cellulase on carboxymethyl cellulose (CMC agar). The temperature and time optimization were thereafter performed on the strains. The bacterial species were identified by 16S rDNA sequencing and the approximate molecular weight of the enzyme was determined by protein precipitation and SDS-PAGE.
    Results
    A number of 5 strains belonging to the 5 species including Bacillus Cereus, Bacillus Subtilis, Bacillus Thuringiensis, Bacillus megaterium and Bacillus mycoides, were identified in this study. The highest amounts of the enzyme were produced at 37 °C for 96 hours by all identified species. The highest level of cellulase production belonged to a Bacillus Subtilis strain with 3.8 u/ml. The molecular weight of cellulase isolated from this strain was determined to be about 60 kDa.
    Conclusion
    This study shows the high potential of cellulase production by Bacillus species isolated from the forested areas. These bacteria can directly be used for production of glucose syrup from vegetable fibers a well as in other industries.
    Keywords: Molecular identification, Bacillus, Cellulases
  • Karimi Dastjerd A., Tajabadi Ebrahimi M., Sharifan A., Nikoopourh, Hashemi M Page 7
    Background And Objective
    Aflatoxins are the most important carcinogenic fungal mycotoxins. Aflatoxin M1 transfer to human by consumption of contaminated milk and other dairy products. Nowdays biological methods are concern as a way to eliminate and reduce mycotoxins. One of this methods is by using specific lactic acid bacteria that have an ability of binding to aflatoxins and inhibition of toxin. Methods of research: Ten Lactobacillus spp. isolated from our local yogurt are examed for their ability to bind to aflatoxin M1 in PBS containing 20 ng/ml for 2 h at 37°C by HPLC method. After that, the best strain was selected and for different hours 0, 4 and 24 were examed for its ability to reduce aflatoxin by HPLC. Then heat treatment were done for cells and after 0,4 and 24 h, HPLC tests were done.
    Results
    The binding abilities of Lactobacillus strains ranged from 47.65% to 51.85%.The Y2L5 strain that isolated from Khik yogurt showed the most binding ability (51.26%).Incubation periods had significant effect on the removal of AFM1 by viable cells ranged from 60.76% to 49/9.
    Conclusion
    Reduction of aflatoxin in different periods for heat-killed cells ranged from 51.6% to 57.65%. The results showed that Iranian native Lactobacillus have good potential to reduce aflatoxin. The different incubation periods for removal of aflatoxin have a significant effects for viable bacterial cells but have no significant effects for dead cells
    Keywords: Aflatoxin M1, HPLC, Binding ability, Dairy native Lactobacillus
  • Mollazadeh M., Molla, Abbaszadeh H., Mohammadzadeh Gheshlaghi N Page 13
    Background And Objective
    urinary tracts and Infections are the most prevalent bacterial Infections that are more common in women than men. This study was done with aim of surveying the antibiotic susceptibility and resistance among strains of Escherichia coli that had been isolated from pregnant women in Khoy & Salmas city of West Azerbayjan.
    Materials And Methods
    This survey was done in section during of the 2010 year from 1900 samples (1100 samples in Khoy and 800 samples in Salmas) and samples have been in a sterile manner and whole pathological tests performed. Evaluation of antibiotic susceptibility had been checked with disk diffusion standard method and results were analyzed.
    Results
    430 Escherichia coli strains were Identification in Khoy and 317 Escherichia coli strains from salmas. Most resistant to antibiotic Ampicillin were (80.93%) in Khoy and (87.06%) in Salmas and Least resistant to Ceftizoxime were (6.98%) in Khoy and Nitrofurantoin (2.84%) in Salmas.
    Conclusion
    Considering to high prevalence of resistant to antibiotics, fast diagnostic and on time resistant strains to select the best clinical choise and prevent from resistant spread are necessary, To prevent of high risk of infection in kidneys and birth of oaf attention to hygiene points in pregnant women is effective.
    Keywords: Urinary tract infections, Womens, Antibiotics, Escherichia coli
  • Esmaeili T., Emami Z., Ahadi Am, Shahanipour K., Shafighi M Page 21
    Background And Objective
    Olive and its products are rich in lactic acid bacteria (LAB). Natural fermentation and bitterness process of olive is performed by lactic acid bacteria especially Lactobabacillus and in particular, Lactobacillus plantarum which is one of the probiotic bacteria. Today, Biochemical Approaches and molecular tools such as PCR-based methods are alternative methods commonly used for bacterial identification. The aim of this study was biochemical and molecular identification of Lactobacillus plantarum among lactic acid bacteria isolated from Iranian native olive.
    Materials And Methods
    In this research, 28 LAB strains isolated from different kinds of Iranian native olive and standard strain of Lactobacillus plantarum were cultured on MRS-agar and biochemical identification tests such as carbohydrate fermentation were performed on each strain. Bacterial DNA extraction was performed by phenol-chloroform method. Specific primers were designed for 16SrDNA+ITS sequence of Lactobacillus plantarum and PCR was performed by touch-up PCR method. In order to more evaluation of the strains and identification the differences between them, the RFLP technique was used and the effects of TaqI and HaeIII enzymes were analyzed on PCR products.
    Results
    From 28 isolated strains, 5 strains were formed strong band by specific primers of Lactobacillus plantarum. One of the PCR products was sent for sequencing and resulting data was confirmed that it was Lactobacillus plantarum. There is no differences between RFLP results on the level of two enzymes, HaeIII and TaqI, but carbohydrate pattern of one strain was slightly different.
    Conclusion
    The result indicated that Lactobacillus plantarum could be isolated from Iranian native olive. According to natural presence of these bacteria, by enrichment and increasing the number of them during fermentation and bitterness stages, the probiotic value of olive could be increased.
    Keywords: Lactobacillus plantarum, olive, PCR, RFLP
  • Tabatabaei Panah As, Khodaii Z., Ghaderian Smh, Akbarzadeh Najar R Page 29
    Background And Objective
    Helicobacter pylori (H. pylori) infection is one of the most common gastrointestinal infections worldwide. Infection with H. pylori strains cause in different pathological manifestation and increased oxidative stress leads to a strong inflammatory response in gastric mucosa. There is continuing interest in identifying H. pylori virulence factors that might predict the risk for symptomatic clinical outcomes. The prevalence of cagA gene, protein and the association of serum levels of 8-hydroxy-2-deoxyguanosine (8-OHdG) with oxidative DNA damage were determined.
    Materials And Methods
    The presence of IgG antibody against CagA protein was determined by using Western blotting technique. The presence of cagA gene was examined by PCR. Oxidative DNA damage status was determined using serum levels of 8-OHdG.
    Results
    Biopsies were considered as H. pylori-positive and negative when both the rapid urease test and bacterial culture gave positive and negative results respectively. H. pylori-positive and cagA-positive was predominant in all clinical outcomes. There was no significant association between prevalence of CagA status and clinical outcomes. The serum levels of 8-OHdG was at a higher level in H. pylori-positive patients.
    Conclusion
    Our results suggest that cagA-positive strains were predominant in patients. However, we found no association between cagA status and clinical outcomes and this virulence factor is not associated with the development of PUD. In addition, serological tests such as the western blotting are helpful in detecting subjects infected with H. pylori strains in PUD and NUD. H. pylori infection may be associated with increased serum 8-OHdG.
    Keywords: Helicobacter pylori, cagA, Peptic ulcer, DNA damage
  • Salehi M., Eyn, Nam Nam M., Mosavari N Page 35
    Background And Objective
    The most common serotypes of Salmonella isolated from infected human subjects are Salmonella enteric serovar Enteritidis. The purpose of this study was to isolate Salmonella enteritidis from feces and carcass of different birds using new multiplex PCR method.
    Materials And Methods
    Sample studied in this research, were collected from carcasses or feces of 9 days old chickens from North and West aviculturesof Iran and alsoFeces or carcasses of different birds such as golden eagles, swan, geese, Flamengo and etc of several Birds breeding and keeping centersin Tehran. The initial separation of the samples from other bacteria, were performed through microbiological methods For accurate identification of species, the genomic DNA from samples isolated and standard strains of Salmonella by Multiplex-PCR using specific primers were examined.
    Results
    Scrutiny of Colonies using common methods of Microbiology showed that 11.69% of all birds examined, are contaminated with salmonella. After compare and review the results of a Polymerase chain reaction, the genus band was observed in all samples, while only 34.21% of them were Salmonella enteritidis confidently. So the remaining samples are likely to infect other species. Review of Electrophoresis bands of the samples tested, and standard strains with desired size, makes it clear that primers used are proprietary. In addition to reducing time to detect Salmonella enteritidis, also has a high accuracy.
    Conclusion
    Based on these results, M PCR method due to using species– specific primers for Salmonella enteritidis is better, faster and more specific compared with bacteriological methods and differentiation of Salmonella enteritidis and other Salmonella species from other Enterobacteriaceae. Therefore, the use of molecular method M PCR will help to control Salmonella infection and prevent the spread of disease among all the birds
    Keywords: Birds, Genom, Multiplex PCR, Salmonellosis, Salmonella enteritidis
  • Moslemi E., Akbaryan A., Shahhosseiny, Ghahri M., Gholami F., Massahi S., Elmi M Page 43
    Background And Objective
    Herpes Simplex Virus (HSV) is a member of the herpes virus family, Herpesviridae, which infect humans. There are different methods for detection of this virus like cultural ways which is time consuming, but molecular methods such as PCR are more appropriate for detection of HSV. Although nowadays molecular assays are using in laboratories but different results are achieved because of lack of standard methods which are counted as disadvantageous of molecular methods. For solving this issue in this study, designing of competitive Internal control(IC) through PCR-cloning has been attempted.
    Materials And Methods
    primers for PCR test were optimized. Besides, the composite primers for IC-HSV were designed then the PCR was optimized. The IC-HSV which amplified, was ligated in pTZ57R plasmid then transformed in E.coli JM107 and was cloned. Specificity and sensitivity of test were determined.
    Results
    PCR amplicon for HSV and IC-HSV with special primers were 454bp and 662bp respectively, so there was a significant different between their size. The appropriate concentration of IC used in each reaction was 50 fg and the sensivity of HSV DNA with IC was between 1 million to 1000 virus particles.
    Conclusion
    Despite of high speed and accuracy of PCR, false positive and negative results which are caused by PCR inhibitors, are the most important problems of this technique that can reduce its efficiency. Using another DNA as an internal control can detect these inhibitors. Indeed, amplification of this DNA shows correct amplification and detection steps.
  • Rajabi Z., Akbari N., Mardaneh J., Soltan Dallal Mm Page 53
    Background And Objective
    Infections are a significant cause of morbidity and mortality in neonates, especially in developing countries. The irregular application and inappropriate prescription of antibiotics can lead to development of infection and resistance against bacteria. There for, our aim is the study of antibiotic susceptibility patterns among isolated of infected neonate who’s hospitalized in IMAM HOSSEIN hospital ′NICU for blood and urine infections.
    Materials And Methods
    This descriptive study was done during seven months from November 2011 to march 2012, on total of 120 blood and urine samples which obtain from NICU in IMAM HOSSEIN hospital. After inoculated blood samples directly on Brain Heart Infusion agar (BHI) and incubation this for 24 hours, with urine samples were cultured on Blood and MacConky agar, for isolation bacteria and utilized phenotypical and biochemical tests for species confirmation and determination of antibiotic susceptibility patterns was done with Kirby-Bauer test.
    Results
    A total of 120 neonate with clinical signs of blood and urine infections, 115 (95.8%) were gram negative bacteria and 5(4.2%) were gram positive bacteria. Klebsiella pneumoniae (39.1%) and Enterobacter cloacae (21.8%) were the most common pathogens and all of five gram positive bacteria was Staphylococcus epidermidis. The gram negative bacteria shown high degree of susceptibility to ciprofloxacin (91%) and gram positive bacteria shown to vancomycin(80%).
    Conclusion
    This result shown that the most contamination in NICU is from gram negative bacteria and ciprofloxacin is the most effective antibiotics for treatment.
    Keywords: NICU, Blood infection, Urine infection, Gram negative bacteria, Antibiogram