فهرست مطالب

فصلنامه دنیای میکروب ها
سال چهارم شماره 1 (پیاپی 10، بهار و تابستان 1390)

  • تاریخ انتشار: 1390/05/10
  • تعداد عناوین: 6
|
  • بهمن نظری*، هادی هانی، اسماعیل جرجان، زهرا منافی صفحات 7-14
    سابقه و هدف
    جاروسیت یکی از عوامل محدود کننده بازیابی مس از کانی های سولفیدی مس می باشد. این مطالعه با هدف ارزیابی تاثیر فاکتورهای غلظت سولفات فرو، pH و دما بر تشکیل جاروسیت در فرآیند بیولیچینگ کانی های سولفیدی معدن مس سرچشمه انجام شد. مواد و روش ها: در این پژوهش نمونه ای از دپوی سنگ شکنی هیپ بیولیچینگ معدن مس سرچشمه تهیه گردید. آزمایش های بیولیچینگ در ارلن های 500 میلی لیتری، درصد جامد 10% (وزنی/حجمی) نمونه سولفیدی، حجم پالپ 200 میلی لیتر، محیط کشت 9K، درصد تلقیح 10% (حجمی/حجمی) باکتری اسیدی تیوباسیلوس فرواکسیدانس و دور همزن 130 دور در دقیقه در انکوباتور شیکردار انجام گرفت. یافته ها: نتایج به دست آمده در این مطالعه نشان داد که با افزایش pH و غلظت سولفات فرو میزان ترسیب آهن فریک افزایش می یابد. بیشترین ترسیب فریک در غلظت 50 گرم بر لیتر سولفات فرو، دمای 32 درجه سانتی گراد و pH 2/2 ایجاد گردید. با توجه به نتایج حاصل از آنالیز های XRD و FTIR پسماند بیولیچینگ، مشخص گردید که رسوبات فریک ایجاد شده غالبا از نوع جاروسیت پتاسیم و آمونیم می باشند.
    نتیجه گیری
    با در نظر گرفتن شرایط بهینه پارامترهای مورد بررسی در این مطالعه امکان کنترل تشکیل جاروسیت در فرآیند بیولیچینگ و افزایش راندمان تولید مس از کانه های سولفیدی مس وجود دارد.
    کلیدواژگان: جاروسیت، بیولیچینگ، اسیدی تیوباسیلوس فرواکسیدانس، اکسیداسیون، ترسیب
  • محمد مشهدی کریم، مهرداد آذین، سید لطیف موسوی گرگری، میثم سرشار صفحات 15-22
    سابقه و هدف

    پروتیازها گروه مهمی از آنزیم های صنعتی هستند که امروزه به طور گسترده ای در صنایع مختلف مانند صنایع شوینده، چرم، دارویی و غذایی مورد استفاده قرار می گیرند. این مطالعه با هدف تثبیت سلول های باسیلوس لیکنی فرمیس در گویچه های آلژینات کلسیم ، بررسی اثر آن بر میزان تولید پروتیاز قلیایی و تاثیر عوامل مختلف بر پایداری گویچه های انجام شد. مواد و روش ها: در ابتدا سلول های زنده باسیلوس لیکنی فرمیس در داخل گویچه های آلژینات کلسیم تثبیت شدند. بیوکاتالیست های تثبیت شده به منظور تولید پروتیاز قلیایی مورد استفاده قرار گرفتند. میزان تولید پروتیاز قلیایی در دو حالت تخمیر توسط سلول های تثبیت شده و غوطه ور با یکدیگر مقایسه شدند. تاثیر میزان پرشدگی سلولی در گویچه ها بر میزان تولید آنزیم مورد مطالعه قرار گرفت. pH و دمای اپتیمم فعالیت آنزیمی نیز تعیین گردید. علاوه بر این تاثیر عواملی مانند  pH، زمان عمل آوری بیدها و تیمار با گلوتارآلدیید بر پایداری گویچه ها نیز بررسی گردید. یافته ها: در این مطالعه میزان تولید و بهره وری پروتیاز قلیایی در سلول های تثبیت شده نسبت به حالت آزاد به ترتیب 74 و 54 درصد افزایش نشان داد. در مورد میزان پرشدگی گویچه ها نیز بهترین تولید در میزان پرشدگی 5 درصد به دست آمد. pH و دمای اپتیمم فعالیت آنزیمی به ترتیب 8 و 65 درجه سانتی گراد تعیین گردید. بیشترین پایداری گویچه ها توسط عمل آوری در pH 4/7 و زمان ماند یک ساعت در کلرور کلسیم مشاهده شد. تیمار گویچه ها با گلوتارآلدیید نه تنها تاثیری بر افزایش پایداری شان نداشت بلکه کاهش پایداری را به دنبال داشت.

    نتیجه گیری

    استفاده از سلول های تثبیت شده باسیلوس لیکنی فرمیس در بیدهای آلژینات کلسیم می تواند موجب افزایش بهره وری تولید پروتیاز قلیایی نسبت به روش سلول های آزاد شود. از طرفی عدم نیاز به تهیه مکرر مایه تلقیح برای شروع هر تخمیر بسته می تواند منجر به کاهش هزینه های تولید آنزیم نیز گردد.

    کلیدواژگان: باسیلوس لیکنی فرمیس، پروتئاز قلیایی، تثبیت سلول، آلژینات کلسیم
  • جمیله نوروزی، رمضان رجب نیا، سیده مریم چناری* صفحات 23-28
    سابقه و هدف

    وجود جلای فلزی و تخمیر لاکتوز برای شناسایی و تمایز اشریشیا کلی از سایر انتروباکتریاسه ها سال هاست که در آزمایشگاه ها مورد استفاده قرار می گیرد. اما این روش ها اشکالاتی را نیز در تشخیص دقیق اشریشیا کلی به همراه دارد. در این مطالعه برای اولین بار در ایران با استفاده از تکنیک PCR به بررسی ژن lamB به منظور تمایز اشریشیا کلی و شیگلا از سایر اعضای انتروباکتریاسه جدا شده از نمونه های بالینی و آب های سطحی شهر بابل پرداخته است. مواد و روش ها: در این پژوهش به صورت مقطعی- توصیفی بر روی100 نمونه بالینی جدا شده بیماران مراجعه کننده به مراکز درمانی و 30 نمونه آب های سطحی شهر بابل انجام شد. تمامی نمونه ها بر روی محیط های ایوزین متیلن بلو و بلاد آگار کشت داده شدند. کلنی های رشد کرده با انجام تست های بیوشیمیایی شناسایی گشتند. سپس DNA نمونه ها استخراج و ژن lamB با استفاده از روش PCR تکثیر گردید. یافته ها: تمامی 130 نمونه کشت داده شده بر روی محیط های بلاد آگار و ایوزین متیلن بلو رشد کردند. در این پژوهش تمامی سویه های اشریشیا کلی (40 مورد) و  شیگلای(30 مورد) مورد پژوهش به میزان 100% ژن lamB را داشتند. اما در هیچ یک از باکتری های سالمونلا و کلبسیلا (هر کدام 30 مورد) ژن یاد شده وجود نداشت..

    نتیجه گیری

    . نتایج این پژوهش نشان داد که پایش ژن lamb یک روش مناسب برای جداسازی اولیه اشریشیا کلی و شیگلا از سایر اعضای انتروباکتریاسه می باشد.

    کلیدواژگان: انتروباکتریاسه، اشریشیا کلی، شیگلا، Lamb
  • ستاره خوب یار، محمد باقر نظری، عبدالله رحیمیان، محمدجواد مهربان پور* صفحات 29-35
    سابقه و هدف

    بیماری نیوکاسل یکی از بیماری های ویروسی حاد و مسری در ماکیان می باشد که همواره خسارات اقتصادی جبران ناپذیری را بر صنعت طیور وارد کرده است. با توجه به تلفات ایجاد شده توسط این ویروس، تشخیص بیماری و نیز اطلاع کافی از سویه های در حال گردش ویروسی امری حیاتی به نظر می رسد. هدف از این پژوهش، جداسازی و پاتوتایپینگ ویروس نیوکاسل در مرغداری های گوشتی استان فارس با استفاده از روش های RT-PCR و MDT بود. مواد و روش ها: در مطالعه حاضر 300 نمونه سواب کلواک و بافت نای از 30 واحد مرغداری با آمار تلفات بالا و درگیر با بیماری های تنفسی در استان فارس جمع آوری گردید. نمونه ها به تخم مرغ های جنین دار 11-9 روزه تلقیح و پس از 72 ساعت مایع آلانتوییک با استفاده از آزمون هماگلوتیناسیون، RT-PCR و MDT از نظر وجود ویروس نیوکاسل و نیز تایپ بندی سویه ها مورد بررسی قرار گرفتند. یافته ها: از مجموع نمونه های مورد بررسی با روش مولکولی، 10 نمونه با تکثیر قطعه 535 جفت بازی آلوده به ویروس نیوکاسل شناخته شدند. سپس با روش MDT سویه های ولوژنیک، مزوژنیک و لنتوژنیک به ترتیب در 6، 3 و 1 نمونه شناسایی گردید.

    نتیجه گیری

    به دلیل جداسازی ویروس های ولوژنیک و مزوژنیک از مرغداری ها،ضرورت پایش مستمر سویه های واکسن وارزیابی ایمنی زایی آنها وجود دارد.

    کلیدواژگان: ویروس نیوکاسل، پاتوتایپینگ، RT-PCR، MDT
  • وحید حمایت خواه جهرمی*، کرامت الله دری، حمیدرضا مومنی، حبیب الله جوهری، حسین کارگر صفحات 36-40
    سابقه و هدف

    ویروس سیتومگال (CMV) در افراد با نقص ایمنی و دریافت کنندگان خون و فراورده های خونی باعث عفونت شدید می گردد. عواملی که در عفونت اولیه به ویروس سیتومگال نقش دارند شامل دریافت خون و فراورده های خونی آلوده برای همودیالیز و تعداد دفعات دیالیز می باشد. در پژوهش حاضر، شیوع موارد مثبت عفونت فعال و عفونت نهفته ویروس سایتومگال در گروه بیماران همودیالیزی و گروه کنترل به صورت مورد-شاهدی بررسی گردید. مواد و روش ها: 43 بیماری دیالیزی به عنوان گروه بیمار و 43 نفر فرد سالم که از نظر جنس و سن با گروه بیمار هماهنگ بودند به عنوان گروه شاهد انتخاب شدند. سرم خون هر دو گروه برای تعیین وجود IgG و IgM اختصاصی علیه ویروس سیتو مگال با روش الایزا (ELISA) مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: 39 بیمار همودیالیزی (69/90 درصد) دارای آزمایش مثبت Anti-CMV IgG و 8 بیمار همودیالیزی یعنی 60/18 درصد از آن ها دارای آزمایش مثبت Anti-CMV IgM (عفونت فعال با ویروس سیتومگال) بودند در حالی که شیوع عفونت فعال با CMV در گروه شاهد تنها یک مورد (36/2%) بود که اختلاف آماری معنی داری با گروه بیمار داشت.

    نتیجه گیری

    ویروس سیتومگال باعث عفونت شدید می شود که می تواند ناشی از طول دوره و تعداد دفعات دیالیز و دریافت فراورده های آلوده در افراد دیالیز شونده باشد.

    کلیدواژگان: ویروس سیتومگال، همودیالیز، ELISA، IgM، IgG
  • محمد حسن شاه حسینی*، پر گل قوام مصطفوی، غلامحسین و‏ثوقی، ساناز آزادبادی صفحات 41-49
    سابقه و هدف

    مرجان های سخت و نرم خلیج فارس دارای جلبک تک سلولی هم زیستی به نام زوگزانتله می باشند که نقش مهمی در تامین مواد آلی مورد نیاز مرجان ها ایفا می نماید. آبسنگ های مرجانی این ناحیه از خلیج به دلیل قرار گرفتن در عرض های جغرافیایی نیمه گرمسیری و وجود دامنه وسیع تغییرات دمای آب و شوری بالا همواره تحت تاثیرتنش های محیطی می باشند. این تنش ها می تواند منجر به تغییر زوگزانتله های همزیست با آن ها گردد. این مطالعه با هدف شناسایی کلادهای Symbiodinium به روش مولکولی و نیز بررسی حضور کلاد D زوگزانتله در مرجان های نرم و سخت جزیره لارک در خلیج فارس انجام شده است.
    مواد و روش ها: 3 گونه از مرجان های نرم شمال و شمال شرق جزیره لارک و 5 گونه مرجان سخت در شمال جزیره جمع آوری گردید. پس از استخراج DNA، زیرواحد بزرگ ریبوزومی S28 با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) تکثیر شد. سپس توالی زیرواحد بزرگ ریبوزومی S28 با استفاده از آنالیز فیلوژنی، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.
    یافته ها: به دنبال تکثیر قطعه ای از ژن زیرواحد بزرگ ریبوزومی S28، توالی bp780 به دست آمد. پس از توالی یابی قطعه ژنی تکثیر یافته و مقایسه آن با ترادف های ژنی موجود در بانک ژنی مشخص گردید که کلادهای هم زیست با مرجان های نرم اطراف جزیره لارک، از نوع کلاد D می باشند.

    نتیجه گیری

    غالب بودن کلاد D به علت درجه حرارت بالای خلیج فارس و نیز شرایط ناپایدار تنگه هرمز در مرجان های نرم و سخت جزیره لارک کاملا طبیعی می باشد.

    کلیدواژگان: Symbiodinium، کلاد D، جلبک تک سلولی، خلیج فارس
|
  • Bahman Nazari *, Hadi Hani, Esmaeil Jorjani, Zahra Manafi Pages 7-14
    Background and Objective
    Jarosite is one of the limiting factors for recovery of copper from copper sulfide minerals. This study aimed to evaluate the influence of concentration of ferrous sulfate, pH and temperature on the jarosite formation during the sulfide ore bioleaching of Sarcheshmeh copper mine.
    Material and Methods
    In this study, samples were collected from the depot crushing heap bioleaching site of Sarcheshmeh Copper Mine. The bioleaching experiments were performed in 500 ml flasks, containing 10% solids of sulfide ore  (w/v), pulp (200 ml), the 9K culture medium, bacteriainoculation (10% v/v of Acidithiobacillus ferrooxidans). The flask were shaked at 130 rpm throughout incubation.
    Results
    Our results showed that increase in pH and concentration of ferrous sulfate facilitate rate of ferric iron precipitation. Maximum precipitation rate of ferric was achieved in 50 g/l of sulfate concentration, temperature 32 ° C and pH 2/2. According to XRD and FTIR analysis of Bioleaching residue, the produced ferric precipitations are often potassium and ammonium jarosite.
    Conclusion
    With regard to the optimal conditions in this study in terms of pH, temperature and concentration of ferrous sulfate it is possible to regulate Jarosite formation through bioleaching process and to increase the production of copper efficiency from copper sulfide ores.
    Keywords: Jarosite, Bioleaching, Acidithiobacillus ferrooxidans, Oxidation, Precipitation
  • Mohammad Mashhadi-Karim, Mehrdad Azin, Seyyed Latif Mousavi Gargari, Meysam Sarshar Pages 15-22
    Background and Objective

    Proteases are an important group of industrial enzymes, which are widely used in different industries such as detergent, leather tanning, pharmaceutical, and food industries. The aim of this study was to immobilize Bacillus licheniformis cells in calcium alginate beads and study of its effects on the amount of alkaline protease production. Effects of several different conditions on stability of the beads were also examined.

    Material and Methods

    Bacillus licheniformis cells were immobilized in calcium alginate beads and were used for production of alkaline protease. The amount of enzyme production was compared in immobilized and free-cell fermentation. Effect of stuffing rate (%) on the enzyme production was studied. Optimum pH and temperature of enzyme activity were also determined. Furthermore, effects of pH, curing time and treating the beads by glutaraldehyde on stability of the beads were examined.

    Results

    In this study the amount of production and productivity of protease in immobilized cells state showed an increase of 74% and 54% in comparison to free cells state, respectively. The highest amount of the production of the enzyme was obtained in stuffing rate of 5% (v/v). Optimum pH and temperature of the enzyme activity were determined 8 and 65oC, respectively. The highest stability of the beads was observed at curing time of 1 hour at pH of 7.4. Treating the beads by glutaraldehyde was detrimental to their stability.

    Conclusion

    Use of immobilized cells of Bacillus licheniformis in calcium alginate beads on the one hand, can increase productivity of the alkaline protease in comparison to free cells method, and on the other hand, reduces the cost of the enzyme production because of eliminating the need of preparation of inoculum for the new batches.

    Keywords: Bacillus licheniformis, Alkaline protease, Cell immobilization, Calcium alginate
  • Jamileh Nowroozi, Ramazan Rajabnia, Seyedeh Maryam Chenari * Pages 23-28
    Background and Objective

    Metallic green sheen and lactose fermentation has been used for identification and differentiation of E. coli from other enterobacteriaceae in laboratories for many years. However, these methods defect to accurate diagnosis of E. coli.  This study employed lamB gene PCR amplification to distinguish E. coli and Shigella from other enterobacteriaceae isolated from clinical samples and surface waters, collected in Babol, Iran.

    Material and Methods

    In this cross-sectional study, 100 clinical samples from patients attending health centers and 30 surface water samples were gathered in Babol . All samples were grown on blood agar and Eosin methylene blue. After first biochemical identification, DNA of the samples were extracted and lamB gene was amplified using the PCR reaction.

    Results

    After cultivation of the samples on blood agar and eosin methylene blue media and biochemical identification of the strains, it has been shown that all 40 isolated E. coli and 30 Shigella carry the lamB gene. However, none of the Salmonella and Klebsiella strains showed the related band.

    Conclusions

    According to the findings of this study, investigation of lamB gene is an appropriate method for initial isolation of E. coli and Shigella from other enterobacteriaceae.

    Keywords: Enterobacteriaceae, E. coli, Shigella, lamB gene
  • Setareh Khoobyar, Mohammad Bagher Nazari, Abdollah Rahimian, Mohammad Javad Mehrabanpour * Pages 29-35
    Background and objective

    Newcastle is an acute and contagious disease in poultry that has irreparable economic detriments in the poultry industry. Due to many deaths in broiler chicken flocks, it is vital to detect and characterize the viral circulation. The aim of this study was to isolation and pathotyping of Newcastle virus by RT-PCR and MDT (Mean death time) methods in broiler chickens in Fars province.

    Material and Methods

    In this study 300 tracheal tissue and cloacal swab samples from 30 infected poultry farms with a high mortality and respiratory disease were collected in Fars province. The samples were inoculated in  the allantoic cavities of 9-11-day-old embryonated chicken eggs. After 72 hours incubation, the allantoic fluids were tested by hemagglutination, RT-PCR and MDT methods for the present of Newcastle virus and their pathotyping.

    Results

    10 out of total samples investigated by molecular method showed a 535bp amplification band fragment and were identified as Newcastle viruses. Also, among these samples, Velogenic, Mesogenic and Lentogenic strains identified in 6, 3 and 1 sample respectively by MDT method.

    Conclusion

    Based on isolation of velogenic and mesogenic viruses in broiler chickens flocks, it is essential to continues survey vaccine strains and their effectiveness.

    Keywords: Newcastle virus, Pathotyping, MDT, RT-PCR
  • Vahid Hemayatkhah Jahromi *, Karamatallah Dory, Hamid Reza Momeni, Habiballah Jowhary, Hossein Kargar Pages 36-40
    Background and Objective

    Cytomegalovirus leads to severe infection in individuals with immune deficiency and recipient of blood and its production. Infected blood reception,  and haemodialysis are some of the risk factor factors in primary infection of cytomegalovirus. In this case-control study, positive epidemiological of active and passive cytomegalovirus infection were investigated in haemodialysis patients and control group.

    Material and methods

    Blood serums of 43 haemodialysis patients and 43 healthy controls, who were similar to the patients in terms of sex and age, were investigated for determination of specific anti IgG and IgM of cytomegalovirus.

    Results

    Data revealed that 39 haemodialysis patient (69.90%) were positive for anti- IgG CVM and 8 haemodialysis (18.60%) were positive for anti-IgG CMV (active infection with cytomegalovirus) while active infection with cytomegalovirus in control group had significant difference with patient group (36.2%).

    Conclusion

    Cytomegalovirus cause severe infection in haemodialysis patients, and the rate of infection is directly relatd totransfusion repetitions.

    Keywords: Cytomegalovirus, Haemodialysis, ELISA, IgM, IgG
  • Mohammad Hassan Shahhosseiny *, Pargol Ghavam Mostafavi, Gholamhossein Vosughi, Sanaz Azadbody Pages 41-49
    Background and Objectives

    Dominant sclerectinian and soft corals contain the symbiotic single cell called zooxanthellae which have important role in preparing organic material for coral requirements. The coral reefs of this area in the gulf are always under effects of environmental conditions, such as subtropical latitude, temperature and salinity variations, changing symbiotic zooxanthellae. The aims of this study was identification of Symbiodinium clades and presence of clade D in sclerectinian and soft corals of Larak island by molecular methods.

    Materials and Methods

    Three soft coral species and five sclerectinian coral species were collected from north and north east of Larak island, respectively. After DNA extraction, partial 28S ribosomal DNA of Symbidinium were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Then PCR products were analyzed by phylogenetic analyses of the partial 28S ribosomal sequence.

    Results

    To follow amplification of 28S large ribosomal subunit gene, the 780 bp PCR products were sequenced and were compared to the gene bank. The results showed that all the symbiotic clades of soft corals in Larak Island belonged to clade D.

    Conclusion

    Dominance of clade D in sclerectinian and soft corals in Larak island due to of high temperature in the Persian Gulf and unstable condition of Hormoz strait is normal and natural.

    Keywords: Symbiodinium, Clade D, Unicellular Algea, Persian Gulf