فهرست مطالب

  • سال ششم شماره 3 (پاییز 1392)
  • تاریخ انتشار: 1392/11/01
  • تعداد عناوین: 8
|
  • ساخت شاتل وکتور بیانی برای باکتری های اشریشیا کلی و باسیلوس سابتیلیس
    محمدرضا رشیدی، مجید مقبلی صفحات 188-197
    سابقه و هدف
    باسیلوس سابتیلیس به دلیل ویژگی های غیربیماری زا بودن و توانایی ترشح مقادیر بالای پروتئین، به عنوان یک میزبان خوب برای کلون سازی ژن و بیان پروتئین در نظر گرفته می شود. اما کارایی انتقال DNA پلاسمیدی اتصال یافته به درون سلول های باسیلوس سابتیلیس مستعد در مقایسه با سلول های اشریشیا کلی مستعد شده با کلرید کلسیم پایین می باشد. بنابراین بهتر است مراحل اولیه کلون سازی با استفاده از یک شاتل وکتور در اشریشیا کلی انجام شود و سپس باسیلوس سابتیلیس با مقدار زیادی از وکتور هیبرید ترانسفورم گردد. این مطالعه با هدف ساخت یک شاتل وکتور با استفاده از پلاسمیدهای pWB980 و pET-16b به منظور کلون سازی و بیان ژن در باسیلوس سابتیلیس انجام شد.
    مواد و روش ها
    پلاسمید pWB980 به روش لیز قلیایی از میزبان خود جداسازی شد. به منظور دست یابی به قطعه مورد نظر با استفاده از آنزیم های برش دهندهEcoRI و SnaBI هضم دوگانه انجام شد. سپس یک توالی نوکلئوتیدی ویژه از پلاسمید pET-16b نیز به وسیله ی PCR تکثیر شد و مورد هضم دوگانه قرار گرفت. در مرحله بعد با انجام واکنش اتصال بین این دو قطعه پلاسمیدهای ایجاد شده به اشریشیا کلی TOP10 منتقل شدند. در نهایت سلول های دارای شاتل وکتور غربالگری و پس از استخراج پلاسمید با یک روش مناسب به باسیلوس سابتیلیس WB600 منتقل گردید.
    یافته ها
    شاتل وکتور حاصله به سادگی در هر دو میزبان همانندسازی کرد. این پلاسمید در باسیلوس سابتیلیس ثبات مناسبی از خود نشان داد که در حفظ آن در میزبانش بسیار سودمند است.
    نتیجه گیری
    شاتل وکتورpMR12 به دلیل داشتن 8 جایگاه منحصر به فرد در پلی لینکر و با اندازه مناسب kb 4/5 می تواند یک سیستم کارآمد به منظور کلون سازی آسان ژن محسوب گردد. این اولین گزارش از ساخت یک شاتل وکتور بیانی برای اشریشیا کلی و باسیلوس سابتیلیس در ایران می باشد.
    کلیدواژگان: اشریشیاکلی، باسیلوس سابتیلیس، کلون سازی، شاتل وکتور
  • تولید بیولوژیکی و بررسی خواص ضد باکتریایی نانوذرات طلا
    پرستو پورعلی، مجید باصری صالحی، سیما افشارنژاد، جواد بهروان صفحات 198-211
    سابقه و هدف
    نانوذرات تولید شده با روش بیولوژیکی در عین بی خطر بودن، دارای اثرات ضد باکتریایی مناسبی بر علیه جدایه های مسبب عفونت های انسانی می باشند. این مطالعه با هدف جداسازی و شناسایی سویه های تولید کننده نانوذرات طلا از خاک به صورت درون و برون سلولی و نیز بررسی خواص ضد باکتریایی نانوذرات طلای تولیدی بر علیه 10 باکتری بیماری زا انجام شده است.
    مواد و روش ها
    در این مطالعه پس از جداسازی باکتری ها از خاک و تولید نانوذرات طلا توسط روماند و سلول های آن ها، تولید بیولوژیکی نانوذرات از طریق اسپکتروفوتومتر، میکروسکوپ الکترونی گذاره و پراش اشعه اکس تایید گردید. به منظور شناسایی سویه های تولید کننده نانوذرات طلا از روش PCR و سپس تعیین توالی استفاده شد. در نهایت خواص ضد باکتریایی نانوذرات تولیدی بر علیه 10 باکتری بیماری زا با روش چاهک گذاری مورد بررسی قرار گرفت.
    یافته ها
    در مجموع 38 سویه قادر به تولید نانوذرات طلا به صورت خارج سلولی بودند. از این میان 16 سویه توانایی تولید نانوذرات طلا به صورت درون سلولی را نیز دارا بودند. تصاویر میکروسکوپ الکترونی گذاره حاصل از نانوذرات طلا نشان داد که نانوذرات دارای ابعادی کمتر از 100 نانومتر بوده اند و نتایج پراش اشعه اکس حضور ساختار کریستالین نانوذرات طلا را تایید نمود. 3 سویه برتر تولید کننده نانوذرات طلا شامل باسیلوس موجاونسیس، باسیلوس اسپیزیزنی و باسیلوس والیسمورتیس بودند. نتایج بررسی اثر ضد باکتریایی نانوذرات طلا تولیدی نشان داد که نانوذرات تولیدی به روش خارج سلولی بهتر از نانوذرات تولیدی به روش درون سلولی توانایی مهار رشد باکتری های بیماری زا را دارند.
    نتیجه گیری
    تولید نانوذرات طلا با روش بیولوژیکی قابل انجام است و نانوذرات طلا تولیدی دارای خواص ضد باکتریایی مشابه بر علیه باکتری های گرم مثبت و منفی می باشند.
    کلیدواژگان: تولید بیولوژیکی، نانوذرات طلا، اثرات ضد باکتریایی
  • بررسی وجود ژن کد کننده اسکوالن اپواکسیداز در قارچ درماتوفیت ترایکوفایتون ویولاسئوم
    فاطمه نوربخش، مهدی میررحیمی، ساسان رضایی، هاتف آجودانی فر صفحات 212-218
    سابقه و هدف
    ترایکوفایتون ویولاسئوم یک قارچ درماتوفیت است که پوست، ناخن و موی انسان را مورد تهاجم قرار می دهد. اما مطالعات کمی بر روی زیست شناسی مولکولی این قارچ انجام شده است. این مطالعه با هدف بررسی حضور ژن کد کننده اسکوالن اپواکسیداز در قارچ ترایکوفایتون ویولاسئوم انجام شده است.
    مواد و روش ها
    این مطالعه به صورت مقطعی بر روی قارچ ترایکوفایتون ویولاسئوم جدا شده از بیماران مراجعه کننده به بخش قارچ شناسی دانشگاه علوم پزشکی تهران با علایم کچلی، انجام گردید. پس از استخراج DNA، به کمک پرایمرهای اختصاصی، ژن کد کننده اسکوالن اپواکسیداز با روش PCR تکثیر و توالی آمینواسیدی آن با روش تعیین توالی مشخص گردید.
    یافته ها
    الکتروفورز محصول PCR حضور قطعه حدود 600 جفت بازی، تایید کننده تکثیر ژن اسکوالن اپوکسیداز را نشان داد. این توالی با شماره دسترسیJX869101 در پایگاه جهانی ژن (NCBI) ثبت گردید. این قطعه، پروتئینی با 220 آمینو اسید را رمز می نماید. مقایسه توالی این ژن با سایر ژن های موجود در بانک های اطلاعات ژنتیکی، همسانی بالا و معنی دار آن را با سایر ژن های کد کننده پروتئین آنزیم اسکوالن اپوکسیداز در قارچ ها و یوکاریوت های دیگر نشان داد.
    نتیجه گیری
    نتایج این پژوهش نشان داد که توالی اسیدآمینه که پروتئین را می سازد حدود 78 درصد با توالی اسکوالن اپواکسیداز سایر قارچ ها تشابه دارد.
    کلیدواژگان: ترایکوفایتون ویولاسئوم، اسکوالن اپواکسیداز، درماتوفیت
  • شیوع ژن های مقاومت به آمینوگلیکوزیدها در اسینتوباکتر بامانی جدا شده از بیماران شهر تبریز
    کتایون علی اکبر زاده، صفر فرج نیا، اشرف کریمی نیک صفحات 219-227
    سابقه و هدف
    اسینتوباکتر یکی از عوامل مهم عفونت های بیمارستانی مقاوم به اغلب آنتی بیوتیک های متداول است که نقش مهمی در مرگ و میر بیماران بستری ایفا می نماید. آمینوگلیکوزیدها از داروهای اصلی مورد استفاده در درمان عفونت های ناشی از این باکتری می باشند. با این وجود مقاومت نسبت به آمینوگلیکوزیدها در این باکتری توسعه پیدا کرده است. این مطالعه با هدف تعیین فراوانی ژن های کد کننده آنزیم های تغییر دهنده آمینوگلیکوزیدها تیپ های aphA6 و aadB در سویه های اسینتوباکتر بامانی جدا شده از بیماران بیمارستان امام رضا شهر تبریز انجام شد.
    مواد و روش ها: این پژوهش به صورت توصیفی - تحلیلی بر روی 103 نمونه اسینتوباکتر بامانی جدا شده از بیماران بستری در بیمارستان امام رضا تبریز انجام شد. شناسایی و تعیین هویت جدایه ها با استفاده از آزمون های افتراقی و بیوشیمیایی انجام گرفت. ارزیابی الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی به کانامایسین، جنتامایسین، آمیکاسین و توبرامایسین با استفاده از روش انتشار دیسک انجام شد. سپس به منظور ارزیابی حضور ژن های aphA6 و aadB از روش PCR استفاده گردید.
    یافته ها: از مجموع جدایه های مورد بررسی، 52 مورد (50/48%) ژن aphA6 و 16 مورد (15/53%) ژن aadB را داشتند. همچنین بیشترین میزان مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک های کانامایسین (94%)، جنتامایسین (86%)، آمیکاسین(81%) و توبرامایسین (63%) بوده است.
    نتیجه گیری
    نتایج این پژوهش شیوع قابل توجه ژن های کد کننده آنزیم های تغییر دهنده آمینوگلیکوزیدها در جدایه های اسینتوباکتر بامانی در منطقه مورد بررسی را نشان داد. از این رو ضرورت توجه بیشتر به منظور پایش گسترده مقاومت آنتی بیوتیکی و پیشگیری از انتشار ژن های مقاومت دارویی در این باکتری ها وجود دارد.
    کلیدواژگان: اسینتوباکتر بامانی، مقاومت به آمینوگلیکوزیدها، aphA6، aadB
  • جداسازی، شناسایی مولکولی و ارزیابی تجزیه زیستی آنتراسن نوکاردیا سیریاسیجورجیکا جدا شده از خاک پالایشگاه اصفهان
    ایمانه امینی، آرزو طهمورث پور، آتوسا عبداللهی، منیر دودی صفحات 228-236
    سابقه و هدف
    هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ای گروهی از ترکیبات غیر قطبی هستند که به دلیل پایداری در محیط و سمیت بالا از نگرانی های عمده سازمان حفاظت از محیط زیست محسوب می گردند. تجزیه زیستی این ترکیبات روشی ارزان و ایمن برای پاک سازی محیط می باشد. این پژوهش با هدف، جداسازی و شناسایی مولکولی سویه ای از جنس نوکاردیا با توانایی تجزیه آنتراسن در شرایط آزمایشگاهی انجام شد.
    مواد و روش ها
    این پژوهش به صورت مقطعی با نمونه برداری از خاک آلوده به نفت در محدوده پالایشگاه اصفهان وتعیین برخی از ویژگی های شیمیایی نمونه انجام گرفت. برای جداسازی باکتری ها از روش غنی سازی در محیط کشت پایه نمکی حاوی 50 میلی گرم بر لیتر آنتراسن استفاده شد. جدایه ای که مورفولوژی شبیه به نوکاردیا داشت برای ادامه مطالعه انتخاب گردید. آزمون های های بیوشیمیایی و آنالیز توالی ژن 16S rRNA به منظور شناسایی این سویه انجام گرفت. سپس میزان تجزیه زیستی آنتراسن پس از 9 روز توسط دستگاه گاز کروماتوگرافی (GC) اندازه گیری شد.
    یافته ها
    غلظت آنتراسن در نمونه خاک 18/48 میلی گرم بر کیلوگرم گزارش شد که بیشتر از حد مجاز می باشد. جدایه شناسایی شده به عنوان نوکاردیا سیریاسیجورجیکا سویه ATAI20 با شماره دسترسی KF113844 در پایگاه NCBI به ثبت رسید که 36/60 درصد از آنتراسن (با غلظت 50 میلی گرم بر لیتر) را پس از 9 روز تجزیه کرد.
    نتیجه گیری
    نتایج این پژوهش کفایت نوکاردیا سیریاسیجورجیکا سویه ATAI20 در تجزیه زیستی هیدروکربن های آروماتیک را نشان داد. از این رو انجام پژوهش های بیشتر به منظور استفاده کاربردی از این سویه به منظور حذف زیستی آنتراسن از پساب های آلوده پیشنهاد می گردد.
    کلیدواژگان: آنتراسن، تجزیه زیستی، نوکاردیا سیریاسیجورجیکا
  • جداسازی و شناسایی مولکولی باکتری های تولید کننده L- آسپاراژیناز از خلیج فارس
    فاطمه ایزدپناه قشمی، صدیقه جوادپور، کیانوش ملک زاده صفحات 237-245
    سابقه و هدف
    L-آسپاراژیناز یک ماده آنتی نئوبلاستیک می باشد که در شیمی درمانی لوسمی لنفوبلاستیک حاد به کار می رود. این آنزیم در بسیاری از جانوران و میکروارگانیسم ها وجود دارد. با این وجود باکتری ها منبع مناسبی برای استخراج این آنزیم به شمار می روند. این مطالعه با هدف جداسازی و شناسایی مولکولی باکتری های تولید کننده L-آسپاراژیناز از خلیج فارس انجام شد.
    مواد و روش ها
    در مطالعه تجربی حاضر از نمونه های آب و رسوبات خلیج فارس نمونه گیری به عمل آمد. به منظور غربالگری باکتری های تولید کننده L-آسپاراژیناز از محیط کشت M9 استفاده گردید. پس از تهیه عصاره خام، میزان فعالیت آنزیم با روش رنگ سنجی تعیین شد. 13 سویه که دارای بیشترین فعالیت آنزیمی بودند، انتخاب و با روش PCR و تعیین توالی ژن 16S rRNA شناسایی گردیدند.
    یافته ها
    در مجموع 181 کلنی از نمونه های مورد بررسی جداسازی گردید. از این میان 57 کلنی توانایی تولید آنزیم L-آسپاراژیناز را داشتند. آنالیز توالی ژن 16S rRNA نشان داد که از مجموع 13 باکتری با بیشترین فعالیت آنزیمی، 8 سویه (61/5%) متعلق به جنس باسیلوس، دو سویه (15/4%) سودوموناس و 1 سویه به هر کدام از جنس های زوبللا (7/7%)، اوشنیموناس (7/7%)، و اسنیتوباکتر (7/7%) تعلق داشت. همچنین اسینتوباکتر سویهPG_14 کمترین فعالیت آنزیمی (IU 0/07) و سودوموناس سویهPG_01 بیشترین فعالیت آنزیمی (IU 6/1) را دارا بودند.
    نتیجه گیری
    باکتری های جدا شده از خلیج فارس منبع بالقوه ای از L-آسپاراژیناز می باشند. از فعالیت بالای سودوموناس سویهPG_01 می توان به منظور تولید این آنزیم استفاده نمود. مطالعه حاضر، اولین گزارش تولید L-آسپاراژیناز توسط جنس زوبللا می باشد.
    کلیدواژگان: آنزیم L، آسپاراژیناز، باکتری، 16S rRNA، خلیج فارس
  • ارزیابی ژن actA در لیستریا مونوسیتوژنز جداسازی شده از لبنیات
    جمیله نوروزی، سهیلا مرادی بیدهندی، مرضیه شفیعی صفحات 246-252
    سابقه و هدف
    لیستریا باکتری گرم مثبت و درون سلولی اختیاری است. یکی از مهم ترین ژن های این باکتری actA می باشد که موجب حرکت باکتری در سلول میزبان و در نتیجه بیماری زایی آن می گردد. این مطالعه با هدف ارزیابی حضور ژن actA در سویه های لیستریا مونوسیتوژنز جداسازی شده از فرآورده های لبنی انجام شده است.
    مواد و روش ها
    این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی بر روی 70 نمونه جمع آوری شده از فرآورده های لبنی مختلف در شهرهای تهران و بابلسر از خرداد ماه 1391 تا مرداد ماه 1391 انجام شد. برای جداسازی گونه های لیستریا از محیط هایBHI آگار و مولر آگار استفاده گردید. به منظور بررسی حضور ژن actA در گونه های لیستریای جداسازی شده از روش PCR استفاده شد. همچنین برای تعیین ویژگی تهاجمی لیستریا مونوسیتوژنز از محیط TSA حاوی 0/0015% رنگ قرمز کنگو استفاده گردید.
    یافته ها
    در مجموع 10 مورد آلودگی با لیستریا مونوسیتوژنز، 4 مورد لیستریا اینوکوآ، 2 مورد لیستریا ولشیمری و 1 مورد لیستریا سلیگری در نمونه های شیر، پنیر معمولی و پنیر نرم شناسایی گردید. همچنین در این مطالعه در هیچ یک از نمونه های ماست و کره آلودگی لیستریایی مشاهده نگردید. در تمامی نمونه های مورد بررسی فراوانی ژن actA به صورت 100% مشاهده گردید. تنها در نمونه های کنترل مربوط به سبزیجات حضور ژن 14% بود. از مجموع 10 مورد لیستریا مونوسیتوژنز جداسازی شده، 100% سویه های کلینیکی، 70% سویه های غذایی و 100% سویه های استاندارد خریداری شده از موسسه رازی دارای فنوتیپ قرمز کنگو مثبت بودند.
    نتیجه گیری
    با توجه به نتایج به دست آمده در این مطالعه پیشنهاد می گردد که بدون نیاز به انجام کشت از روش PCR برای شناسایی ژن actA و نیز اثبات وجود لیستریا مونوسیتوژنز در انواع نمونه ها استفاده شود. همچنین به دلیل مصرف گسترده لبنیات توسط جامعه، نظارت دقیق بر مراحل تولید، حمل و نقل و توزیع آن با هدف کاهش آلودگی باکتریایی ضروری به نظر می رسد.
    کلیدواژگان: لیستریا مونوسیتوژنز، ژن actA، فنوتیپ قرمز کنگو، واکنش زنجیره ای پلی مراز
  • شیوع ویروس تریستزا در باغات مرکبات استان فارس
    کاوس ایازپور، محمودرضا صباحی، گیلدا نجفی پور صفحات 253-262
    سابقه و هدف
    بیماری تریستزا یکی از مهم ترین بیماری های ویروسی مرکبات در سراسر دنیا است. استان فارس به عنوان قطب دوم تولید مرکبات در ایران است که آلودگی به ویروس تریستزای مرکبات نیز در این استان گزارش شده است. این پژوهش با هدف ارزیابی پراکنش ویروس، تعیین میزان و درصد آلودگی گونه های مختلف مرکبات در شهرستان های مختلف استان فارس انجام شد.
    مواد و روش ها
    این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی برای 230 نمونه از گونه های مختلف مرکبات جمع آوری شده از شهرستان های کازرون، فیروزآباد، قیروکارزین، جهرم، داراب و فسا انجام گرفت. ابتدا آلودگی نمونه ها به ویروس تریستزا با استفاده از آزمون الایزا بررسی شد. با توجه به تعداد نمونه های آلوده به کل نمونه ها میزان و درصد آلودگی محاسبه گردید. سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی نواحی ژن پوشش پروتئینی و ژن p23 ویروس تریستزای مرکبات با روش PCR ارزیابی شد.
    یافته ها
    نتایج آزمون الایزا آلودگی تمامی گونه های مرکبات به ویروس را نشان داد. آلودگی به ویروس در همه مناطق مورد بررسی مشاهده شد. از مجموع 230 نمونه مورد بررسی، آلودگی 24/35 درصد از مرکبات به ویروس تریستزا تایید گردید. بیشترین درصد آلودگی به ترتیب مربوط به شهرستان های جهرم، قیروکارزین، داراب، کازرون، فیروزآباد و فسا بود. همچنین بیشترین میزان آلودگی مربوط به گونه نارنگی و پس از آن گونه های لیمو لیسبون، لیموترش، پرتقال و لیموشیرین قرار داشتند.
    نتیجه گیری
    نتایج این پژوهش افزایش میزان آلودگی گونه های مختلف مرکبات به ویروس تریستزا، نسبت به سال های گذشته را نشان داد. از این رو ضرورت توجه بیشتر به کنترل این بیماری در منطقه مورد پژوهش وجود دارد.
    کلیدواژگان: کلاستروویروس، ویروس تریستزای مرکبات، درصد آلودگی
|
  • Construction of an expression shuttle vector for Escherichia coli and Bacillus subtilis
    Mohammad Reza Rashidi, Majid Moghbeli Pages 188-197
    Background And Objectives
    Bacillus subtilis is considered as a suitable host for gene cloning and protein expression due to non-pathogenicity and ability to secrete high amounts of proteins. However, transformation efficiency of ligated plasmid DNA into competent cells of B. subtilis is low, as compared to that into CaCl2 shocked cells of Escherichia coli. Therefore, cloning the target in E. coli using a shuttle vector before transfer into B. subtilis by a high amount of hybrid vector is more efficient. The aim of this study is construction a shuttle vector using pW980 and pET-16b plasmids for gene cloning and expression in B. subtilis.
    Materials And Methods
    pWB980 plasmid was isolated from its host using alkaline lysis method. It was undergone a double digestion to obtain the segment of interest using EcoRI and SnaBI enzymes. Then a special fragment of pET-16b plasmid was also amplified by PCR and was double digested. Ligation reaction was performed between these two segments and then it was transferred to E. coli TOP10. Following screening the cells containing shuttle vector, plasmid was extracted and was transferred to B. subtilis WB600 by an effective method.
    Results
    The resulting shuttle vector replicated easily in both hosts. It showed good stability in B. subtilis, which is helpful for its maintenance in its host.
    Conclusion
    In this study, the resulting shuttle vector - pMR12 - had 8 unique cloning site in its polylinker and a suitable size (5.4 kb), which make it possible to simply gene cloning into it. This is the first report of construction of an expression shuttle vector for Escherichia coli and Bacillus subtilis in Iran.
    Keywords: Escherichia coli, Bacillus subtilis, Cloning, Shuttle vector
  • Biological production and assessment of the antibacterial activity of gold nanoaprticles
    Parastoo Pourali, Majid Baseri Salehi, Sima Afsharnejad, Javad Behravan Pages 198-211
    Background And Objectives
    In addition to safety, nanoparticles produced via biological methods show antimicrobial activity against human pathogens. This study was aimed to isolation and identification of intracellular and extracellular gold nanoparticle producing strains from soil and to investigate the antimicrobial effects of the produced nanoparticles on 10 common bacterial pathogens.
    Materials And Methods
    In this study, after isolation of bacteria from the soil and production of the gold nanaoparticles by their supernatants and their pure cells, the bio-production was confirmed through visible spectrophotometry, transmission electron microscopy (TEM) and X-ray diffraction analysis (XRD). The nanoparticle producing stains were identified based on gene amplification by PCR and gene sequencing. Finally, the antibacterial properties of the produced gold nanoaprticles against 10 pathogenic bacteria was assessed by well diffusion method.
    Results
    Results showed that 38 strains had ability to produce extracellular gold nanoparticles. Among them 16 strains had ability to produce intracellular gold nanoparticles as well. TEM images of the gold nanoparticles showed sizes less than 100 nm and the XRD patterns confirmed the crystalline structure of the gold nanoparticles. Three bacterial strains, Bacillus mojavensis, Bacillus subtilis and Bacillus vallismortis, showed higher productivity. Antibacterial tests showed that the extracellular gold nanoaprticles had better activity against pathogenic bacterial strains than the intracellular produced ones.
    Conclusion
    Production of gold nanoparticles was performed by biological method. This nanoparticles showed a same antibacterial activity against both tested gram positive and negative bacteria.
    Keywords: Bioproduction, Gold nanoparticles, antibacterial activity
  • Characterization of squalene epoxidase encoding gene in dermatophyte pathogen Trichophyton violaceum
    Fatemeh Noorbakhsh, Mehdi Mir Rahimi, Sasan Rezaei, Hatef Ajodani Far Pages 212-218
    Background And Objectives
    Trichophyton violaceum is one of the dermatophyte fungi which invades the skin, nail and hair of humans. Few studies were carried out in the field of molecular biology of this fungus. This study aimed to evaluate the presence of the squalene epoxidase encoding gene in Trichophyton violaceum.
    Materials And Methods
    This sectional study was performed on the Trichophyton violaceum isolated from the patients who were visited at department of Mycology, Medical division of Tehran University. Following DNA extraction, the squalene epoxidase encoding gene was amplified by PCR preformed and its specified primers. The amplified gene was finally sequenced and its aminoacid sequences were identified.
    Results
    Based on electrophoresis of PCR products, a fragment with 600bp nt was observed, which confirmed the amplification of squalene epoxidase gene. This gene was recorded in the national the NCBI gene bank as JX869101. This gene encodes a polypeptide with 220 aminoacids. PCR Nucleotide sequence comparison of this new gene with other existing genes in the gene bank revealed a significant homology with squalene epoxidase genes in other members of the fungi and other eukaryotes, as well.
    Conclusion
    The aminoacid sequence of the encoded protein was about 78% identical to the sequence of squalene epoxidase from other fungi.
    Keywords: Trichophyton violaceum, Squalene epoxidase, Dermatophyte
  • Prevalence of aminoglycoside resistance genes in Acinetobacter baumannii isolates from patients in Tabriz city
    Katayoon Aliakbarzadeh, Safar Farajnia, Ashraf Karimi Nik Pages 219-227
    Background And Objectives
    Acinetobacter baumannii is one of the major causes of nosocomial infections resistant to most of available antibiotics, which is known as an important reason of nosocomial death. Although the aminoglycosides are still used as drugs of choice for treatment of Acinetobacter infections, resistance to aminoglycosides has been increasing in this bacterium. The present study investigated the prevalence of the encoding genes of aminoglycoside modifying enzymes, aphA6 and aadB, in Acinetobacter baumannii strains isolated from patients in Emam Reza hospital, in Tabriz city.
    Material and Methods
    This cross- sectional study was carried out on 103 Acinetobacter baumannii isolated from hospitalized patient in Imam Reza hospital located at Tabriz. Identification of the strains was performed based on differential and biochemical tests. Antimicrobial susceptibility patterns of the isolates to different aminoglycoside antibiotics including gentamicin, amikacin, tobramycin and kanamycin were evaluated by disc diffusion method. Then the PCR technique used to evaluate the presence of aphA6 and aadB genes.
    Results
    A total of studied isolates, 52 (50.48%) and 16 (15.53%) cases were positive for aphA6 and aadB genes, respectively. Also, the highest resistance was recorded for kanamycin (94%), gentamicin (86%), amikacin (81%) and tobramycin (63%) antibiotics.
    Conclusion
    The results of this study showed the remarkable prevalence of the encoding genes of aminoglycoside modifying enzymes in the A. baumannii isolates. Therefore, a widespread surveillance of resistance to antibiotics and prevention of distribution of these antibiotic-resistant genes is necessary.
    Keywords: Acinetobacter baumannii, Aminoglycoside resistance, aphA6, aadB
  • Isolation, molecular identification & anthracene biodegradation of Nocardia cyriacigeorgica isolated from oil refinery soil in Isfahan
    Imaneh Amini, Arezoo Tahmourespour, Atousa Abdollahi, Monir Doudi Pages 228-236
    Background And Objectives
    Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are a group of non-polar compounds that are categorized as one of main environmental concerns due to their highly toxicity and persistent in the environment. Biodegradation of such pollutants is a safe inexpensive clean up method. This study was aimed to isolation and molecular identification of a Nocardia strain with the ability to degrade anthracene in vitro condition.
    Material and Methods
    Petroleum contaminated soil sample was collected from Isfahan refinery and some chemical properties of sample were measured. Anthracene degrading bacteria were isolated by the enrichment culture technique in basal salt medium with 50 mg/l anthracene. Only one isolate with similar morphology to Nocardia sp was selected. Identification of isolate was done based on biochemical tests and 16S rRNA gene analyses. Then, the biodegradation rate of anthracene was measured after 9 days by Gas chromatography (GC).
    Results
    Anthracene concentration in soil sample was 18.48 mg/kg that is more than allowable concentration. Isolate was recorded as Nocardia cyriacigeorgica ATAI20 in the NCBI database under accession number KF113844. Biodegradation of anthracene (50 mg/l) was 36.60% after 9 days.
    Conclusion
    Based on this study, Nocardia cyriacigeorgica ATAI20 was actively able to degrade aromatic hydrocarbons. Therefore, further studies would be useful for commercial application of this strain in bioremediation of antheracene from polluted wastewaters.
    Keywords: Anthracene, Biodegradation, Nocardia cyriacigeorgica
  • Isolation and molecular identification of L- asparaginase producing bacteria from Persian Gulf
    Fatemeh Izadpanah Qeshmi, Sedigheh Javadpour, Kianoosh Malekzadeh Pages 237-245
  • Detection of actA gene in Listeria monocytogenes isolated from dairy products
    Jamileh Norowzi, Soheila Moradi Bidhendi, Marzieh Shafiee Pages 246-252
    Background And Objectives
    Listeria is a gram-positive facultative intracellular bacteria. The actA is one of the most important genes in this bacterium, which involves in bacterial movement in the host cell and so in its pathogenesis. The purpose of this study is to evaluate the actA gene in Listeria monocytogenes strains isolated from dairy products.
    Materials And Methods
    This cross sectional study was performed on 70 samples of dairy products collected from Tehran and Babolsar, Iran from June to August 1391. The samples were grown onto BHI agar and Mueller agar. A PCR approach was used to detect the presence of the actA gene in the isolated Listeria species. Also, the isolated were grown into TSA containing 0.0015% Congo red in order to determine the invasive properties of L. monocytogenes.
    Results
    This study showed contamination of the milk, cheese and soft cheese samples with L. monocytogenes (10 cases), L. innocua (4 cases), L. welshimeri (2 cases) and L. seeligeri (1 case). Furthermore, no yogurt and butter samples were contaminated with Listeria. Although all of these isolates contained actA gene in their genome, only 14% of the strains isolated from vegetables were positive for this gene. A total of 10 cases of isolated L. monocytogenes, 100% of the clinical strains, 70% of the strain food and 100% of standard strains purchased from Razi Institute were positive for Congo red phenotype.
    Conclusion
    According to the results obtained in this study, detection of actA gene based on PCR can be used as an alternative approach for identification of pathogenic L. monocytogenes in samples without culture method. Also, due to the widespread use of dairy by individuals, it seems necessary to reduce bacterial contamination monitoring the production process, transport and distribute this material.
    Keywords: Listeria monocytogenes, actA gene, Congo red phenotype, PCR
  • The prevalence of Citrus tristeza virus in orchards of Fars Province
    Kavoos Ayazpour, Mahmood Reza Sabahi, Gilda Najafipour Pages 253-262
    Background And Objectives
    Tristeza is one of the most important viral diseases in citrus products worldwide. Fars province is one the most important citrus growing regions in Iran. Infection to citrus tristeza virus (CTV) has been reported from many citrus orchards in this region. The objectives of this research were to determine CTV distribution, evaluation of citrus species infection to CTV and to compare the infection prevalence rate to CTV in different regions of Fars province.
    Material And Methods
    This cross sectional study was performed on 230 samples collected from different citrus species grown in Kazeroun, Firouzabad, Ghir-o-Karzin, Jahrom, Darab and Fasa regions. First existence of infection to Tristeza virus was detected using ELISA. The prevalence of infection was calculated based on the rate of infection in the total numbers of samples. Next, a PCR amplification was performed based on the primers specific for coat protein and p23 genes.
    Results
    Based on the ELISA test, all citrus species were infected to CTV. The virus infection was detected in all the regions of interest. Totally, 24.35% out of 230 collected samples were infected to CTV. The highest infection prevalence was found in Jahrom, Ghir-o-Karzin, Darab, Kazeroun, Firouzabad and Fasa, respectively. Furthermore, mandarin was found the most infected fruit between all citrus family, followed by lemon Lesbon, lime, orange and sweet lime, respectively.
    Conclusion
    The results of this research showed that CTV infection has increased during the past years. As a result, control of the disease in this region is necessary.
    Keywords: Closterovirus, Citrus tristeza virus, Percentage of infection